genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 ID=Chr13-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58321163

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

This is table  72  of  199  ( 23770 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21550226--21550319	48	2.0	48	100	0	188	46	10	17	25	1.79
21551699--21551831	50	2.7	50	81	4	160	30	23	22	24	1.99
21561836--21561870	9	3.9	9	100	0	70	20	0	11	68	1.20
21566889--21567092	27	7.6	27	86	1	257	43	22	16	17	1.88
21566889--21567092	80	2.5	81	88	3	304	43	22	16	17	1.88
21569637--21570070	27	16.2	27	81	0	442	41	22	17	18	1.90
21578672--21578710	16	2.5	15	83	8	51	43	0	2	53	1.14
21580772--21580815	22	2.0	22	86	0	61	50	2	0	47	1.13
21592033--21592066	16	2.1	16	94	0	59	64	14	0	20	1.28
21592570--21592631	21	3.0	21	78	0	70	40	19	16	24	1.91
21593820--21593912	24	3.9	24	72	13	102	22	17	1	59	1.44
21593871--21593922	24	2.2	23	89	3	77	25	17	0	57	1.40
21598393--21598588	50	3.9	49	75	6	169	21	28	22	27	1.99
21604052--21604245	50	3.9	50	75	4	169	27	21	28	22	1.99
21609017--21609457	40	11.1	39	80	6	435	34	18	29	18	1.94
21609038--21609457	79	5.3	79	86	2	574	34	18	29	17	1.94
21609298--21609402	20	5.3	20	64	11	72	32	19	35	13	1.90
21612138--21612297	33	4.8	33	72	1	133	46	16	22	13	1.82
21612140--21612297	66	2.4	66	80	5	185	46	17	22	13	1.83
21616132--21616167	13	2.8	13	95	0	63	61	11	5	22	1.50
21619848--21619907	31	1.9	32	86	6	88	40	30	18	11	1.86
21628181--21628455	41	6.6	40	80	9	309	34	26	17	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21628177--21628455	84	3.4	83	91	2	427	33	26	17	22	1.96
21628181--21628462	125	2.3	125	83	4	347	34	26	16	22	1.95
21649074--21649114	18	2.3	18	88	12	59	36	0	19	43	1.51
21649338--21649413	23	3.3	23	90	0	125	22	22	26	28	1.99
21650496--21650626	51	2.6	51	84	8	162	25	16	27	30	1.96
21654186--21654212	12	2.2	12	100	0	54	18	0	22	59	1.38
21663491--21663585	44	2.2	44	94	0	163	42	12	21	24	1.87
21663664--21663723	30	2.0	30	96	0	111	21	23	33	21	1.97
21663614--21663773	80	2.0	80	92	2	268	23	22	33	20	1.97
21663694--21663823	50	2.6	50	88	0	179	27	19	33	20	1.96
21673499--21673549	26	1.9	27	92	4	86	41	41	3	13	1.63
21679500--21679580	6	13.7	6	84	2	74	70	9	7	12	1.34
21679497--21679582	41	2.2	39	83	6	109	72	9	6	11	1.29
21679495--21679589	47	2.0	46	85	4	127	71	8	9	10	1.31
21679588--21679612	8	3.1	8	100	0	50	76	0	24	0	0.80
21680461--21680512	9	6.6	8	79	20	65	76	0	11	11	1.01
21680460--21680503	15	2.9	16	90	10	74	77	0	11	11	1.00
21680462--21680523	23	2.7	24	87	9	94	74	0	12	12	1.08
21680469--21680523	15	3.6	15	74	13	58	74	0	12	12	1.07
21682876--21682915	13	2.9	14	85	7	64	67	0	12	20	1.22
21689680--21690121	129	3.4	129	94	1	760	31	19	24	25	1.98
21690551--21690607	10	5.6	10	81	4	69	29	26	15	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21690531--21690607	30	2.5	30	85	6	93	25	28	16	28	1.97
21690550--21690610	20	3.0	20	82	2	77	27	26	14	31	1.95
21695227--21695283	10	5.6	10	81	4	69	29	26	15	28	1.96
21695207--21695283	30	2.5	30	85	6	93	25	29	16	27	1.97
21695226--21695286	20	3.0	20	82	2	77	27	26	14	31	1.95
21702560--21702606	21	2.2	21	96	0	85	14	12	25	46	1.80
21704976--21705012	18	2.0	19	89	5	58	51	0	40	8	1.32
21708449--21708491	22	2.0	22	95	0	77	55	4	11	27	1.55
21712381--21712571	50	3.8	51	73	4	158	23	27	19	30	1.98
21712904--21712961	30	1.9	30	85	0	80	25	22	10	41	1.85
21719906--21720091	50	3.7	50	80	3	198	21	26	23	28	1.99
21729701--21729765	7	9.1	7	76	8	51	41	40	0	18	1.51
21730161--21730205	14	3.2	14	81	9	56	35	42	0	22	1.54
21730176--21730256	21	3.8	21	73	11	67	39	35	0	24	1.56
21730186--21730249	14	4.5	15	80	9	62	37	35	0	26	1.57
21730392--21730510	7	16.7	7	69	16	57	37	36	0	24	1.62
21730483--21730524	14	2.9	14	89	6	66	35	38	0	26	1.57
21730479--21730525	15	3.3	15	88	8	71	40	34	0	25	1.56
21730736--21730790	25	2.2	25	75	12	60	21	9	7	61	1.50
21730875--21731109	41	5.8	40	83	4	238	31	25	18	23	1.97
21730891--21731119	82	2.8	81	81	4	264	33	27	18	20	1.96
21731095--21731145	26	2.0	26	84	0	66	41	35	13	9	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21731120--21731306	41	4.6	41	80	0	203	34	29	17	19	1.94
21731013--21731207	108	1.8	108	89	4	313	36	27	16	20	1.93
21730972--21731268	149	2.0	149	84	1	389	35	27	17	19	1.94
21730952--21731304	190	1.9	190	83	2	458	33	28	17	20	1.96
21731351--21731463	40	2.8	40	83	2	129	26	21	16	35	1.95
21754623--21754660	18	2.1	18	100	0	76	34	23	15	26	1.95
21755274--21755313	3	13.3	3	83	0	53	7	27	0	65	1.20
21769872--21770061	40	4.8	40	78	0	200	21	27	16	33	1.95
21769872--21769933	20	3.1	20	65	9	54	19	30	20	29	1.97
21776995--21777104	40	2.8	40	86	5	150	23	29	13	33	1.93
21778673--21778736	32	2.0	32	87	6	94	46	0	20	32	1.51
21786773--21786887	35	3.3	34	77	15	101	27	28	1	41	1.66
21786931--21787005	25	3.0	25	86	0	105	18	49	10	21	1.77
21787141--21787185	20	2.2	21	84	7	58	17	2	13	66	1.34
21799804--21799849	21	2.1	22	84	4	58	67	0	23	8	1.18
21806465--21806494	11	2.7	11	89	0	51	83	0	10	6	0.81
21812459--21812501	22	2.0	22	100	0	86	37	13	25	23	1.92
21820126--21820186	20	3.0	20	81	9	70	27	24	13	34	1.93
21820126--21820183	10	5.7	10	74	11	55	29	25	13	31	1.94
21822423--21824032	806	2.0	805	83	6	2015	42	17	17	22	1.89
21834416--21834466	24	2.2	23	82	10	59	45	13	17	23	1.84
21836973--21837038	29	2.4	27	82	10	80	13	19	0	66	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21837052--21837118	18	3.6	18	80	6	80	7	16	4	71	1.25
21837053--21837096	6	7.3	6	78	0	52	4	15	4	75	1.14
21838183--21838221	11	3.1	14	82	17	50	12	5	7	74	1.20
21842975--21843009	18	2.1	16	89	10	52	11	5	8	74	1.22
21845505--21845545	21	2.0	21	85	0	55	7	24	2	65	1.30
21847558--21847612	29	2.0	27	86	13	76	60	9	14	16	1.59
21854344--21854400	12	4.8	12	73	16	55	70	1	15	12	1.25
21854391--21854447	27	2.2	26	81	6	62	61	0	26	12	1.31
21868451--21868501	15	3.5	15	83	5	68	72	1	21	3	1.11
21868532--21868562	6	5.2	6	92	0	53	80	0	19	0	0.71
21872484--21872518	12	2.8	12	95	4	61	68	8	5	17	1.35
21877860--21877920	20	3.1	19	82	15	70	32	11	29	26	1.91
21884857--21884917	20	3.1	19	82	15	70	32	11	29	26	1.91
21895554--21895595	21	1.9	21	90	9	66	71	2	7	19	1.20
21895553--21895597	11	4.0	11	82	11	56	68	2	8	20	1.27
21932303--21932349	18	2.6	18	80	12	60	21	19	0	59	1.38
21932379--21932437	18	3.3	18	82	0	73	5	13	6	74	1.19
21932411--21932441	11	2.7	12	90	10	55	0	9	6	83	0.79
21932337--21932441	6	17.2	6	67	14	54	6	17	4	71	1.25
21939166--21939212	18	2.6	18	80	12	60	19	19	0	61	1.34
21939242--21939300	18	3.3	18	82	0	73	5	13	6	74	1.19
21939274--21939304	11	2.7	12	90	10	55	0	9	6	83	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21939200--21939304	6	17.2	6	68	9	61	6	17	3	72	1.21
21940494--21940522	10	2.7	11	94	5	51	6	3	6	82	0.93
21942242--21942276	13	2.7	13	90	0	52	45	0	11	42	1.40
21950816--21950929	55	2.1	55	100	0	228	26	17	18	37	1.93
21956278--21956379	52	1.9	53	90	2	161	32	22	18	26	1.97
21958232--21958305	23	3.2	23	88	0	121	31	5	29	33	1.80
21962424--21962468	19	2.3	19	82	14	56	8	15	0	75	1.03
21962415--21962468	20	2.7	19	85	8	63	9	16	0	74	1.07
21964905--21964978	23	3.2	23	86	0	112	32	5	28	33	1.80
21974013--21974176	81	2.0	81	93	0	283	30	23	23	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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