genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 ID=Chr13-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58321163

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   

This is table  69  of  199  ( 23770 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20568584--20568623	5	7.0	6	81	18	50	65	0	0	35	0.93
20568703--20568762	11	5.1	12	76	15	63	0	20	1	78	0.84
20568690--20568762	25	2.9	25	87	4	94	2	16	1	79	0.92
20568706--20568762	23	2.4	25	88	8	84	0	21	1	77	0.86
20568985--20569050	14	4.7	14	83	7	80	0	28	0	71	0.87
20568976--20569049	21	3.5	21	86	1	112	0	27	0	72	0.84
20569272--20569327	25	2.2	25	78	6	60	3	8	16	71	1.25
20569728--20569764	9	4.1	9	96	0	65	56	13	0	29	1.37
20569698--20569898	68	2.8	76	84	14	305	46	9	4	38	1.57
20569737--20569916	68	2.7	68	97	1	337	47	8	3	39	1.53
20569805--20569832	9	3.1	9	100	0	56	57	10	0	32	1.33
20569905--20569946	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
20569920--20569975	23	2.5	23	82	2	69	44	1	1	51	1.22
20569737--20569938	68	3.1	66	92	6	301	48	8	3	39	1.52
20570295--20570454	30	5.4	29	84	7	207	38	2	27	31	1.70
20570295--20570454	58	2.7	59	87	5	234	38	2	27	31	1.70
20570654--20571573	78	12.0	76	84	6	988	35	20	17	26	1.95
20570653--20571573	230	4.0	229	85	8	1136	35	20	17	26	1.95
20571754--20571843	11	8.6	11	66	19	50	55	1	1	42	1.14
20571765--20571890	40	3.2	40	86	2	173	57	0	2	38	1.17
20571801--20571880	11	7.5	11	71	20	55	55	1	3	40	1.26
20573033--20573084	9	5.9	9	82	8	63	0	3	9	86	0.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20573023--20573084	18	3.4	18	84	8	63	0	6	8	85	0.74
20580543--20580615	37	2.0	38	84	10	98	46	9	9	34	1.69
20580589--20580973	18	21.7	17	72	10	213	44	11	12	31	1.78
20580543--20580647	34	2.9	36	81	14	103	45	11	9	33	1.73
20580702--20580940	35	6.8	36	78	7	168	45	11	12	30	1.78
20581205--20581267	20	3.2	20	84	6	76	41	9	14	34	1.78
20581206--20581271	19	3.5	19	82	11	66	43	9	15	31	1.77
20581629--20581688	11	5.1	12	76	15	63	0	20	1	78	0.84
20581628--20581675	13	3.7	14	73	18	50	0	18	0	81	0.70
20581630--20581688	25	2.4	25	91	2	93	0	20	1	77	0.85
20581620--20581688	23	3.0	22	80	17	79	1	17	1	79	0.88
20581926--20582012	21	3.9	21	89	7	120	0	21	0	78	0.76
20581926--20582009	7	11.3	7	85	9	105	0	21	0	78	0.75
20582160--20582200	20	2.0	21	85	4	57	7	9	19	63	1.48
20582500--20582662	30	5.4	30	85	2	211	38	3	25	32	1.72
20594073--20594294	36	5.9	36	85	10	300	31	20	10	37	1.87
20594073--20594294	82	2.9	74	88	7	304	31	20	10	37	1.87
20594181--20594335	46	3.6	46	78	16	204	29	23	12	35	1.91
20594145--20594335	82	2.3	82	96	0	346	29	22	11	36	1.89
20603038--20603230	50	3.8	50	90	0	296	20	30	23	25	1.98
20603325--20603355	13	2.4	13	94	0	53	54	12	0	32	1.38
20612888--20613076	103	1.8	103	96	0	351	19	21	30	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20620379--20620487	42	2.6	42	88	1	155	15	34	24	24	1.95
20620456--20620646	104	1.8	106	81	4	244	24	29	21	24	1.99
20622512--20622557	9	5.1	9	89	0	56	17	36	13	32	1.88
20622512--20622559	18	2.7	18	86	0	69	16	37	12	33	1.86
20626944--20626988	22	2.0	23	95	4	83	48	13	8	28	1.72
20631371--20631413	6	7.0	6	91	2	59	44	0	4	51	1.22
20634474--20634521	24	2.1	24	84	7	64	29	2	16	52	1.56
20638134--20638159	11	2.4	11	100	0	52	69	0	7	23	1.14
20645169--20645195	7	3.9	7	100	0	54	14	0	0	85	0.61
20648850--20648919	34	2.1	34	83	0	86	25	25	35	12	1.92
20650947--20650992	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
20655724--20655750	3	9.0	3	100	0	54	33	33	0	33	1.58
20658716--20658744	3	9.7	3	100	0	58	34	0	34	31	1.58
20673225--20673274	26	2.0	26	84	4	66	54	10	6	30	1.58
20683512--20683537	3	8.7	3	100	0	52	69	0	30	0	0.89
20692233--20692266	17	2.1	16	88	5	50	58	8	8	23	1.56
20692303--20692340	19	2.0	20	85	15	53	71	7	2	18	1.23
20692584--20692633	18	2.7	19	78	9	59	54	8	4	34	1.49
20692639--20692689	19	2.5	21	84	12	70	64	3	0	31	1.11
20692573--20692798	108	2.1	109	80	5	253	58	4	3	32	1.36
20697886--20697925	14	2.9	14	84	0	53	35	7	15	42	1.75
20699195--20699231	19	1.9	19	100	0	74	54	16	5	24	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20713428--20713500	33	2.3	31	84	11	87	19	19	23	38	1.93
20714306--20714339	12	2.8	13	86	13	54	50	0	0	50	1.00
20714306--20714364	23	2.5	23	83	8	66	49	0	3	47	1.18
20714508--20714947	9	49.3	9	71	15	299	45	20	1	31	1.61
20714866--20714938	19	4.6	17	66	30	63	42	21	5	30	1.76
20714810--20714950	26	5.8	26	76	18	133	43	21	2	31	1.67
20714902--20714942	19	2.2	19	95	0	73	43	24	7	24	1.79
20720463--20720533	21	3.4	21	86	0	97	30	18	47	2	1.63
20723715--20723911	108	1.8	108	92	2	333	30	8	10	51	1.65
20723958--20724143	96	1.9	96	93	0	318	30	8	10	51	1.66
20723823--20724265	224	1.9	229	85	5	603	32	11	9	46	1.74
20727169--20727275	7	14.9	7	72	9	54	34	41	0	23	1.61
20727171--20727240	15	4.7	15	74	12	56	32	42	1	22	1.63
20727259--20727307	14	3.4	14	80	5	62	38	34	2	24	1.67
20727513--20727567	25	2.2	26	87	9	80	21	5	7	65	1.38
20727651--20727769	41	2.9	41	87	5	177	27	33	17	21	1.96
20727822--20727955	40	3.4	39	75	7	126	23	23	18	34	1.96
20728019--20728243	86	2.6	85	83	4	238	33	9	16	40	1.81
20728198--20728339	40	3.6	40	78	8	121	32	7	14	46	1.71
20731531--20731727	43	4.6	42	83	5	218	22	14	30	32	1.93
20731531--20731820	86	3.3	86	78	12	247	22	15	28	32	1.95
20731674--20731849	92	1.9	92	91	0	289	24	18	26	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20732908--20733043	46	3.0	46	79	2	148	29	19	20	30	1.97
20738845--20739039	41	4.8	41	81	5	207	21	30	15	33	1.94
20738847--20739059	82	2.6	81	80	2	239	21	30	15	33	1.94
20741435--20741485	23	2.2	23	92	0	84	27	9	21	41	1.84
20742997--20743328	50	6.6	50	91	0	502	21	32	21	25	1.98
20746280--20746330	23	2.2	23	89	6	77	29	9	19	41	1.84
20752685--20752717	17	1.9	17	93	0	57	39	0	6	54	1.25
20752783--20753334	138	4.0	138	90	0	827	43	5	9	40	1.61
20756413--20756448	18	2.0	18	88	0	54	38	22	0	38	1.54
20760480--20760522	22	2.0	22	85	0	59	32	23	23	20	1.98
20775961--20776067	50	2.1	51	83	8	130	27	18	25	28	1.98
20778997--20779043	24	1.9	24	86	4	67	36	0	38	25	1.56
20779729--20779929	27	7.4	27	91	0	285	40	21	18	19	1.92
20779866--20779955	27	3.3	27	85	0	72	43	22	15	18	1.88
20779731--20779955	54	4.2	54	84	2	182	41	21	17	20	1.90
20781245--20781431	51	3.7	51	75	5	164	24	14	27	33	1.94
20786883--20787079	51	3.9	50	79	5	202	23	17	27	31	1.97
20787075--20787169	45	2.1	45	86	0	136	25	17	23	33	1.96
20797289--20797465	29	6.0	29	78	5	133	36	11	28	23	1.89
20797391--20797476	29	2.9	29	89	1	118	38	13	26	20	1.91
20798835--20798927	42	2.2	42	90	0	141	24	27	27	19	1.99
20800464--20800512	22	2.2	22	82	7	64	46	20	14	18	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20800524--20800738	32	6.7	32	77	6	152	35	23	20	20	1.96
20800524--20800738	96	2.2	96	78	8	231	35	23	20	20	1.96
20800787--20800846	27	2.3	26	80	11	68	35	20	23	21	1.96
20803155--20803293	43	3.5	43	70	18	145	20	14	26	38	1.91
20803118--20803330	76	2.8	76	87	0	309	21	16	26	35	1.94
20810684--20810822	43	3.5	43	75	18	181	21	15	26	35	1.94
20810563--20810858	76	3.9	76	86	1	418	22	15	26	35	1.94
20810563--20810858	151	2.0	150	89	2	450	22	15	26	35	1.94
20816183--20816229	22	2.2	21	96	3	85	80	6	0	12	0.88
20817234--20817291	21	2.7	21	86	2	80	75	0	24	0	0.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199