genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 ID=Chr13-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58321163

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24116389--24116439	11	4.6	11	92	0	84	19	23	7	49	1.74
24116353--24116439	33	2.6	33	80	5	86	21	26	4	47	1.70
24116446--24116489	12	3.8	12	81	3	54	40	0	0	59	0.98
24117591--24117615	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
24118266--24118301	18	2.0	18	94	0	63	25	27	8	38	1.84
24118561--24118609	21	2.3	21	79	6	55	32	36	28	2	1.69
24118794--24119422	45	14.0	45	80	11	713	49	25	0	25	1.52
24118798--24119422	91	7.0	90	81	9	626	49	24	0	25	1.52
24119229--24119260	15	2.2	15	94	5	57	56	21	0	21	1.43
24118798--24119430	23	28.2	23	73	15	438	49	24	0	25	1.52
24119425--24119668	116	2.1	116	93	3	411	39	8	7	44	1.63
24122684--24123045	123	2.9	123	89	1	553	32	22	14	30	1.94
24123306--24123374	29	2.4	28	78	4	75	43	15	14	26	1.85
24124804--24124854	27	1.9	26	92	4	84	54	5	3	35	1.43
24128234--24128293	29	2.1	28	90	3	93	41	18	11	28	1.85
24128861--24128987	21	5.9	21	65	21	75	40	13	18	27	1.87
24128805--24128988	87	2.1	87	91	2	298	40	13	19	27	1.89
24130958--24131060	19	5.0	22	82	8	96	38	16	7	36	1.78
24130981--24131073	19	4.8	19	90	1	150	37	16	9	36	1.81
24130958--24131073	38	2.9	39	89	6	171	38	16	8	36	1.79
24132730--24132791	3	20.7	3	100	0	124	33	0	0	66	0.92
24133026--24133073	16	2.9	16	87	6	60	41	2	0	56	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24133026--24133063	16	2.2	18	90	9	62	39	0	0	60	0.97
24146607--24146639	12	2.8	12	100	0	66	18	0	24	57	1.40
24156130--24156198	24	2.9	24	84	4	95	39	4	8	47	1.54
24173977--24174075	42	2.3	42	82	5	119	30	23	20	26	1.98
24176073--24176134	24	2.6	23	89	5	97	38	4	8	48	1.54
24178230--24178418	42	4.5	42	74	11	145	23	14	26	34	1.94
24178230--24178466	84	2.8	84	83	3	271	23	16	25	34	1.95
24185552--24185793	42	5.7	41	71	11	150	26	14	23	34	1.94
24185562--24185800	85	2.8	83	84	4	280	25	16	23	34	1.95
24185612--24185752	43	3.3	42	73	9	115	24	15	24	36	1.94
24188986--24189061	23	3.1	23	68	27	66	23	7	30	38	1.83
24196377--24196417	20	2.0	20	85	0	55	43	7	2	46	1.44
24197966--24197995	15	2.0	15	93	0	51	0	40	3	56	1.16
24200019--24200140	40	3.0	40	78	7	122	15	25	18	40	1.90
24204603--24204805	75	2.7	75	73	3	183	28	19	25	27	1.99
24207864--24208761	447	2.0	447	96	0	1643	31	22	14	31	1.94
24214825--24214883	21	2.8	21	84	0	73	44	32	13	10	1.77
24222498--24222667	90	1.9	90	84	4	227	22	28	11	37	1.89
24222564--24222645	30	2.7	30	88	0	119	26	28	8	36	1.86
24222506--24222667	30	5.4	30	75	12	109	21	27	11	38	1.88
24224983--24225239	27	9.5	27	87	0	352	43	19	20	17	1.88
24225173--24225296	63	2.0	63	87	3	178	43	18	20	17	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24225236--24225295	27	2.2	27	87	0	84	43	16	20	20	1.88
24236296--24236339	22	2.0	21	83	12	54	40	0	0	59	0.98
24245791--24245925	50	2.7	51	83	4	166	33	27	14	24	1.95
24247146--24247446	27	11.1	27	82	5	333	42	17	21	18	1.90
24247842--24247906	28	2.3	28	97	0	121	23	21	23	32	1.98
24249570--24249908	172	2.0	170	85	6	456	33	10	18	38	1.84
24250503--24250540	19	2.1	18	85	14	51	31	0	10	57	1.32
24251188--24251443	120	2.1	121	82	1	327	14	16	25	44	1.85
24251193--24251427	40	5.9	40	86	1	292	14	15	25	44	1.85
24254977--24255026	19	2.7	20	74	22	54	36	6	16	42	1.72
24263952--24264172	51	4.4	51	75	6	173	27	16	24	31	1.96
24264005--24264126	50	2.4	50	79	4	129	26	15	25	32	1.95
24267949--24267982	16	2.2	15	89	5	50	44	0	0	55	0.99
24277676--24277707	16	2.0	16	93	0	55	59	0	15	25	1.36
24285789--24285862	32	2.3	32	100	0	148	33	28	21	16	1.95
24293704--24293729	12	2.2	12	100	0	52	19	65	0	15	1.27
24294477--24294648	25	7.0	25	84	5	154	23	23	22	31	1.98
24294484--24294648	50	3.3	49	83	4	188	23	23	22	31	1.98
24294496--24294641	75	2.0	74	84	1	193	23	23	23	30	1.99
24301798--24301919	23	5.3	23	87	0	190	32	27	19	20	1.97
24304490--24304530	21	1.9	22	85	14	59	48	9	4	36	1.58
24305295--24305364	34	2.1	34	97	0	131	42	2	35	18	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24309991--24310747	132	5.7	132	95	0	1334	25	23	20	31	1.98
24310375--24310835	88	5.2	88	74	12	383	23	24	21	30	1.99
24310507--24310967	220	2.1	220	94	0	807	23	25	20	30	1.99
24310375--24311097	352	2.1	352	95	0	1284	23	25	20	30	1.99
24310700--24311417	132	5.4	132	88	4	968	24	26	19	29	1.99
24310040--24311411	264	5.2	262	87	5	976	24	24	19	30	1.98
24310243--24311231	484	2.0	484	94	0	1744	24	25	20	30	1.98
24310057--24311381	44	30.1	44	65	15	314	24	24	19	30	1.98
24323114--24323254	51	2.8	51	83	2	176	47	21	11	19	1.80
24323106--24323260	26	6.0	26	82	5	163	47	22	10	19	1.80
24328423--24328458	2	18.0	2	94	0	63	50	2	0	47	1.15
24329487--24329544	19	2.8	20	75	19	57	51	3	1	43	1.28
24329901--24329940	21	1.9	21	94	0	71	55	12	12	20	1.69
24330405--24330450	18	2.5	19	73	16	51	65	4	4	26	1.30
24330659--24330692	17	1.9	18	88	5	52	73	8	5	11	1.24
24332131--24333713	177	8.9	178	86	3	2085	35	13	12	37	1.83
24333631--24333808	95	1.9	94	91	1	293	38	15	13	32	1.87
24333842--24333905	24	2.4	25	85	12	76	42	0	3	54	1.16
24339720--24339865	30	4.9	30	87	1	204	30	23	26	19	1.98
24339975--24340075	26	3.9	26	77	5	123	41	22	17	17	1.90
24340271--24340683	27	15.3	27	84	5	453	25	17	17	38	1.92
24350499--24350541	16	2.6	17	82	7	54	46	0	2	51	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24354707--24354737	16	1.9	16	93	0	53	80	16	0	3	0.83
24356100--24356124	11	2.3	11	100	0	50	40	8	0	52	1.31
24356084--24356194	40	2.7	41	86	10	138	33	3	0	63	1.12
24356161--24356189	12	2.5	12	94	5	51	20	0	0	79	0.74
24356522--24356550	13	2.1	14	93	6	51	65	6	0	27	1.18
24356533--24356567	18	1.9	18	94	0	61	62	5	2	28	1.32
24356605--24356663	28	2.1	29	87	3	84	32	28	1	37	1.67
24357084--24357117	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
24359214--24359246	17	1.9	17	93	0	57	0	18	0	81	0.68
24366218--24366261	14	2.8	15	83	16	54	61	6	0	31	1.22
24366288--24366344	29	2.0	29	89	0	87	38	26	0	35	1.57
24366570--24366606	18	2.0	19	89	5	58	24	0	10	64	1.25
24375219--24375252	13	2.5	13	90	4	50	67	0	0	32	0.91
24377904--24377938	14	2.4	14	95	4	61	8	25	0	65	1.21
24377884--24377928	19	2.5	18	83	16	58	6	26	0	66	1.16
24380973--24381049	35	2.2	37	79	11	90	45	1	2	50	1.23
24381211--24381247	16	2.3	16	100	0	74	21	35	5	37	1.77
24392693--24392935	46	5.5	45	67	14	155	33	19	18	28	1.95
24392650--24392935	87	3.3	88	72	7	296	33	19	18	28	1.96
24392562--24393259	175	4.1	174	82	8	892	33	18	19	28	1.96
24392615--24393007	87	4.5	85	72	7	295	34	18	19	27	1.95
24392973--24393040	33	2.1	33	97	0	127	44	7	20	27	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24393006--24393228	44	5.3	43	67	13	113	31	17	21	29	1.96
24393008--24393240	127	1.8	128	85	3	308	32	17	21	28	1.96
24393008--24393284	127	2.1	128	80	5	290	32	16	21	29	1.95
24393671--24393700	11	2.7	11	89	0	51	70	0	0	30	0.88
24403174--24403213	21	2.0	20	85	14	55	40	2	10	47	1.50
24410068--24410262	43	4.6	43	83	4	236	23	16	20	39	1.92
24410068--24410281	86	2.5	86	80	3	263	23	16	20	39	1.91
24410069--24410305	43	5.5	43	81	4	212	23	15	20	40	1.90
24410068--24410306	85	2.8	84	78	4	257	23	15	20	41	1.90
24410300--24410349	19	2.6	19	80	0	64	20	24	20	36	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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