genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.94.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 ID=Chr13-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58321163

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

This is table  94  of  199  ( 23770 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28830968--28831079	38	2.9	38	81	7	127	31	4	3	60	1.33
28830996--28831055	19	3.2	19	77	13	61	35	3	1	60	1.23
28830996--28831076	41	2.1	38	86	6	108	32	2	2	62	1.21
28831032--28831135	10	10.9	10	70	19	53	30	2	0	65	1.14
28831012--28831119	10	11.4	9	67	22	53	29	2	1	65	1.17
28831065--28831134	36	2.0	34	91	5	113	28	2	1	67	1.14
28831142--28831320	86	2.1	83	86	7	245	32	7	21	37	1.81
28833123--28833169	23	2.0	24	87	4	69	63	0	2	34	1.06
28834223--28834291	34	2.0	34	88	5	104	53	17	4	24	1.62
28835033--28835552	120	4.4	120	97	0	958	52	5	0	41	1.30
28836946--28837049	49	2.1	49	94	0	181	50	10	7	31	1.65
28839653--28839723	36	2.1	36	84	7	94	46	16	5	30	1.70
28840936--28841080	78	1.9	78	83	0	191	27	16	22	33	1.95
28841988--28842038	20	2.5	20	87	6	68	64	5	23	5	1.38
28843545--28843712	70	2.4	70	83	5	205	31	20	20	27	1.97
28845130--28845232	53	1.9	54	94	2	181	26	22	14	36	1.92
28846875--28846910	17	2.1	17	89	0	54	75	8	2	13	1.15
28848016--28848090	14	5.5	13	82	10	80	78	4	17	0	0.90
28848013--28848090	7	10.9	7	73	15	54	78	3	17	0	0.90
28848013--28848075	26	2.5	25	87	10	85	79	1	19	0	0.82
28848016--28848090	11	7.1	10	77	19	64	78	4	17	0	0.90
28848026--28848090	22	3.0	21	82	13	78	78	3	18	0	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28850240--28850281	22	1.9	22	90	0	66	7	7	14	71	1.29
28850245--28850292	22	2.2	22	84	0	60	8	10	10	70	1.33
28856172--28856253	38	2.2	38	88	0	119	54	8	13	23	1.66
28857078--28857165	39	2.3	39	86	4	115	21	21	19	37	1.94
28857091--28857166	39	2.0	39	89	2	118	25	21	17	36	1.94
28857717--28857753	7	5.4	7	90	6	58	32	51	0	16	1.45
28857725--28857750	13	2.0	13	100	0	52	30	61	0	7	1.24
28857849--28857881	15	2.3	15	94	5	59	33	33	0	33	1.58
28858136--28858285	41	3.7	41	87	7	223	32	26	20	20	1.97
28858325--28858461	40	3.4	41	80	8	149	18	25	21	33	1.97
28859977--28860031	23	2.4	23	80	14	69	27	32	0	40	1.57
28859977--28860031	11	4.9	11	71	20	51	27	32	0	40	1.57
28859994--28860090	51	1.9	50	83	8	124	28	23	2	45	1.64
28860018--28860074	29	2.0	28	82	3	69	29	19	3	47	1.66
28862348--28862435	45	2.0	45	88	0	131	34	0	12	53	1.39
28862403--28862460	25	2.3	25	87	0	80	37	0	13	48	1.43
28865653--28866072	125	3.4	125	86	3	621	29	21	18	29	1.97
28866679--28866745	20	3.2	21	83	8	84	59	5	2	31	1.36
28866679--28866745	21	3.2	21	79	8	75	59	5	2	31	1.36
28866709--28866763	21	2.7	21	83	8	60	63	3	0	32	1.12
28871168--28871293	62	2.0	62	87	0	180	26	15	13	44	1.84
28873426--28873628	51	4.0	51	86	1	237	22	29	28	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28879034--28879110	8	8.8	9	72	17	56	36	0	1	62	1.04
28879039--28879095	28	2.0	28	86	3	78	40	0	1	57	1.09
28879082--28879106	7	3.6	7	100	0	50	36	0	0	64	0.94
28879683--28879721	19	2.0	20	85	5	53	58	2	0	38	1.12
28885398--28885548	77	2.0	77	95	0	275	38	9	26	25	1.86
28888379--28888419	12	3.6	12	83	6	50	43	0	0	56	0.99
28890648--28890755	35	3.2	34	64	12	87	40	0	12	45	1.49
28890722--28890769	25	1.9	25	95	0	87	43	0	14	41	1.45
28890633--28890784	67	2.3	67	82	5	225	42	0	11	45	1.45
28890830--28891290	66	6.9	67	85	4	571	46	24	0	27	1.59
28890860--28891248	44	8.8	44	82	6	416	46	25	1	26	1.59
28890903--28891246	89	3.9	89	79	9	423	46	25	0	27	1.58
28890829--28891248	155	2.7	154	86	5	587	46	25	0	27	1.59
28890830--28891270	23	19.9	23	77	8	416	46	24	0	27	1.59
28891638--28891762	21	5.8	20	81	11	115	43	28	0	28	1.61
28891639--28891739	44	2.4	42	88	3	139	41	30	0	26	1.62
28891639--28891762	44	2.9	44	84	4	137	43	28	0	27	1.61
28891767--28892009	115	2.1	116	92	2	400	40	8	6	44	1.61
28895018--28895244	124	1.8	125	85	0	321	34	20	14	30	1.92
28895018--28895270	124	2.0	125	83	1	319	33	21	13	30	1.92
28901134--28901238	54	1.9	54	82	3	131	19	27	26	26	1.99
28919700--28919821	23	5.3	23	81	0	163	32	22	20	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28919707--28919821	46	2.5	46	92	0	185	33	22	20	23	1.98
28933459--28933539	42	1.9	42	89	0	126	30	25	14	28	1.95
28935894--28935948	24	2.3	24	90	0	83	14	20	45	20	1.85
28938271--28938333	33	1.9	33	83	6	83	28	20	1	49	1.58
28939406--28939461	18	3.2	18	76	5	60	57	0	3	39	1.16
28941987--28942089	21	5.0	21	84	2	129	14	22	19	43	1.87
28963359--28963461	31	3.4	30	71	9	93	35	16	10	36	1.83
28963418--28963483	31	2.1	31	86	5	89	33	13	10	42	1.79
28964548--28964604	17	3.0	18	76	20	62	61	5	22	10	1.48
28965853--28966347	165	3.0	165	97	0	927	31	18	11	38	1.87
28968303--28968340	20	2.0	20	89	5	60	47	10	10	31	1.72
28968442--28968484	22	2.0	22	90	9	70	18	23	23	34	1.96
28969967--28969999	11	3.0	11	87	12	50	72	0	0	27	0.85
28972880--28972926	2	23.5	2	100	0	94	51	0	0	48	1.00
28973399--28973446	19	2.6	19	87	6	64	70	4	4	20	1.21
28973995--28974029	17	2.0	18	88	5	54	80	0	5	14	0.89
28985725--28985761	7	5.3	7	100	0	74	40	0	0	59	0.97
28985725--28985769	21	2.1	21	88	8	65	42	0	0	57	0.98
28991708--28991732	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
28991792--28991832	3	13.7	3	100	0	82	31	0	0	68	0.90
28991843--28992133	145	2.0	145	99	0	573	34	12	6	46	1.68
28992057--28992102	24	1.9	24	81	0	56	32	6	4	56	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28992099--28992141	21	2.0	21	81	0	50	30	25	9	34	1.87
28993228--28993253	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
28995561--28995606	15	3.0	15	83	3	56	82	4	4	8	0.93
29009438--29009473	15	2.3	15	90	4	54	50	0	0	50	1.00
29009633--29009671	20	2.0	20	89	0	60	71	0	2	25	0.98
29009905--29009929	9	2.8	9	100	0	50	32	8	0	60	1.26
29013810--29013896	42	2.1	42	100	0	174	29	16	13	40	1.87
29014689--29014763	27	2.8	28	80	11	86	24	12	41	22	1.87
29014716--29014762	13	3.5	13	80	5	58	23	12	44	19	1.85
29014715--29014776	27	2.3	27	80	0	70	24	12	43	19	1.86
29014756--29014821	14	4.6	14	71	17	55	30	15	31	22	1.95
29016041--29016147	56	1.9	55	84	5	144	14	42	14	28	1.85
29016162--29016192	16	2.0	15	93	6	53	22	25	6	45	1.76
29021373--29021400	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
29022530--29022577	8	5.9	8	78	11	53	64	0	0	35	0.94
29022856--29022918	30	2.1	30	82	8	74	49	7	3	39	1.48
29040379--29040412	6	5.5	6	89	6	50	23	0	0	76	0.79
29045318--29045376	17	3.8	16	74	19	52	35	3	3	57	1.32
29045344--29045400	23	2.5	23	72	13	64	36	3	5	54	1.40
29045706--29045757	26	2.0	26	81	11	61	36	3	1	57	1.28
29046218--29046251	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
29050488--29050521	7	4.9	7	92	0	59	88	11	0	0	0.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29050488--29050526	14	2.7	14	88	4	60	87	12	0	0	0.55
29051521--29051773	43	5.9	43	83	2	303	27	30	18	23	1.97
29052112--29052252	65	2.2	65	84	3	176	14	28	17	39	1.89
29052145--29052273	66	2.0	65	86	4	179	15	24	17	42	1.88
29057676--29057927	9	28.7	9	67	16	91	31	4	17	46	1.68
29057672--29057786	25	5.0	23	72	21	107	29	4	19	46	1.69
29057685--29057782	41	2.4	41	85	0	142	28	5	19	46	1.71
29057797--29057846	21	2.4	21	100	0	100	44	4	6	46	1.47
29057838--29057927	25	3.6	25	78	3	83	28	4	21	45	1.71
29057936--29058046	20	5.8	20	75	12	115	40	4	6	48	1.49

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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