genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 ID=Chr13-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58321163

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

This is table  64  of  199  ( 23770 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19033565--19033832	42	6.3	42	88	7	359	29	20	23	26	1.99
19033565--19033832	85	3.2	85	89	7	379	29	20	23	26	1.99
19033565--19033832	127	2.1	127	87	6	384	29	20	23	26	1.99
19034268--19034312	21	2.1	21	87	0	63	2	44	22	31	1.65
19039902--19040147	9	28.2	9	69	12	156	31	3	19	45	1.67
19039902--19039988	25	3.4	25	75	13	79	32	3	17	47	1.64
19040291--19040693	53	7.6	53	68	14	247	45	4	10	39	1.60
19040395--19040446	13	4.0	13	87	9	70	42	3	9	44	1.55
19040558--19040712	13	11.8	13	69	13	75	45	4	10	40	1.59
19040258--19040953	266	2.5	273	94	4	1199	45	5	10	39	1.60
19040837--19040947	58	1.9	58	88	3	170	48	6	9	36	1.60
19042789--19043159	198	1.9	198	91	3	613	36	21	14	28	1.92
19043674--19043699	13	2.0	13	100	0	52	7	0	7	84	0.77
19043822--19043991	89	1.9	88	81	3	207	41	26	2	28	1.70
19043973--19044106	7	19.3	7	88	3	182	30	44	0	24	1.59
19044200--19044243	7	6.6	7	89	10	74	31	52	0	15	1.44
19044200--19044238	12	3.1	12	86	13	60	30	53	0	15	1.42
19044185--19044238	26	2.1	26	85	0	72	31	48	0	20	1.50
19044897--19045219	113	2.9	112	77	9	348	27	21	17	33	1.96
19045352--19045443	41	2.2	41	86	3	123	19	16	32	31	1.94
19046389--19046447	7	7.9	7	83	14	64	16	0	49	33	1.47
19046388--19046447	24	2.6	23	92	5	95	16	0	48	35	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19048728--19048753	12	2.2	12	100	0	52	23	7	7	61	1.49
19049325--19049382	25	2.3	26	90	3	91	37	15	5	41	1.70
19050214--19050253	21	1.9	21	84	0	53	45	10	0	45	1.37
19050176--19050386	69	3.1	69	95	0	377	44	6	3	46	1.45
19050672--19050949	16	16.8	16	70	18	169	47	18	1	32	1.57
19050676--19050770	34	2.9	34	77	3	95	49	20	2	28	1.60
19050742--19050991	25	10.0	24	76	14	149	47	16	1	34	1.55
19050719--19050953	75	3.1	74	76	13	207	47	18	0	32	1.55
19051097--19051248	66	2.3	66	88	2	216	39	17	29	13	1.88
19051219--19051268	21	2.4	21	89	0	73	38	18	44	0	1.50
19051591--19051795	43	4.8	43	91	0	302	25	20	32	20	1.97
19054098--19054290	66	2.9	67	83	6	239	43	9	7	39	1.65
19059673--19059744	27	2.7	27	80	6	67	36	18	8	37	1.81
19059696--19059747	27	1.9	27	92	0	86	30	17	9	42	1.81
19065630--19065665	18	2.0	18	89	10	56	16	11	16	55	1.68
19073785--19073841	21	2.7	21	73	13	62	35	8	33	22	1.85
19074295--19074328	17	2.0	17	88	0	50	20	8	11	58	1.59
19077168--19077211	23	1.9	22	82	17	54	31	2	2	63	1.19
19078490--19078522	15	2.1	16	88	5	50	69	3	0	27	1.03
19079140--19079199	30	2.0	30	96	0	111	56	11	3	28	1.51
19090111--19090187	34	2.3	34	84	2	111	20	1	15	62	1.40
19091687--19091727	2	21.5	2	87	9	59	43	0	2	53	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19092201--19092314	43	2.7	43	82	13	153	22	21	28	27	1.99
19093168--19093314	23	6.3	23	77	6	143	25	18	14	41	1.89
19093168--19093314	70	2.1	70	93	0	249	25	18	14	41	1.89
19093231--19093324	47	2.0	47	87	2	136	24	17	18	40	1.91
19093244--19093358	47	2.4	47	82	2	124	25	17	18	39	1.92
19093227--19093384	23	6.8	23	73	5	75	25	16	17	40	1.90
19098300--19098388	45	2.0	45	95	0	160	32	24	17	24	1.97
19098395--19098535	51	2.8	51	83	4	185	32	28	16	22	1.96
19101147--19101205	24	2.5	24	77	0	64	20	15	20	44	1.87
19103773--19103812	20	2.0	20	85	5	53	37	5	15	42	1.68
19106186--19106461	143	2.0	132	84	7	354	42	13	19	25	1.87
19111379--19111413	18	1.9	18	88	11	54	22	2	25	48	1.64
19115958--19116738	388	2.0	388	98	0	1526	39	8	16	35	1.79
19117462--19117571	33	3.3	33	63	14	89	30	17	24	27	1.97
19117463--19117626	68	2.4	68	88	5	240	30	17	26	26	1.97
19117805--19117864	30	2.0	30	87	3	86	36	13	23	26	1.92
19123017--19123060	22	1.9	22	86	9	61	38	13	2	45	1.56
19123289--19123366	25	3.1	24	71	14	68	29	16	21	32	1.96
19127284--19127386	52	2.0	52	98	0	197	43	18	17	20	1.88
19128464--19128522	30	1.9	31	86	10	86	44	8	20	27	1.80
19137813--19137865	20	2.7	20	90	0	79	49	0	24	26	1.51
19148688--19149037	89	3.9	89	82	4	402	27	25	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19148688--19149037	178	2.0	177	83	2	443	27	25	18	28	1.98
19161565--19161706	48	3.0	48	86	0	176	25	28	17	28	1.98
19167208--19167406	48	4.1	48	90	0	218	23	29	19	27	1.98
19172505--19172537	16	2.1	16	88	5	50	54	15	9	21	1.68
19173009--19173061	13	4.1	13	95	0	97	39	24	7	28	1.82
19173348--19173434	41	2.1	42	95	2	158	36	2	17	43	1.62
19173357--19173447	41	2.2	41	90	5	141	36	3	19	40	1.68
19174491--19174715	75	3.0	75	92	0	369	45	9	14	30	1.77
19174690--19175110	138	3.1	138	90	2	650	40	9	6	43	1.63
19177384--19177410	14	1.9	14	100	0	54	14	25	22	37	1.93
19180238--19180300	30	2.1	30	85	8	83	49	11	7	31	1.67
19188039--19188234	27	7.3	27	80	6	193	44	18	16	19	1.86
19188039--19188251	53	4.0	53	75	7	148	45	17	17	19	1.86
19197900--19198144	50	4.9	50	86	2	312	21	28	22	27	1.99
19199552--19199894	51	6.6	51	77	8	295	29	15	25	29	1.96
19199552--19199827	102	2.7	102	91	1	421	29	14	26	29	1.95
19199772--19199883	56	2.0	56	98	0	215	31	17	25	25	1.97
19199552--19199889	102	3.3	102	87	5	362	29	15	25	29	1.96
19206370--19206713	102	3.4	101	87	2	451	28	16	25	29	1.96
19206370--19206707	51	6.7	50	78	7	315	28	16	25	29	1.96
19213491--19213539	18	2.7	18	84	6	55	8	30	16	44	1.76
19216856--19217000	50	2.9	50	81	2	139	26	20	29	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19218403--19218446	22	2.0	22	90	0	70	56	0	2	40	1.11
19218393--19218444	11	4.8	11	79	13	54	57	1	1	38	1.21
19221549--19221586	5	7.6	5	100	0	76	60	0	0	39	0.97
19232318--19232390	6	12.5	6	94	5	132	0	31	0	68	0.90
19232319--19232386	34	2.0	34	100	0	136	0	32	0	67	0.91
19237222--19237499	144	1.9	144	82	1	342	31	16	21	30	1.95
19237471--19237525	28	2.0	28	85	0	74	20	23	36	20	1.95
19237499--19237735	104	2.3	104	84	0	357	32	20	20	27	1.97
19239320--19239361	20	2.1	20	100	0	84	38	23	9	28	1.86
19246934--19246992	30	2.0	30	89	0	91	28	3	8	59	1.43
19253911--19253940	14	2.1	14	93	0	51	83	0	13	3	0.77
19255834--19256011	96	1.9	96	91	4	297	25	16	23	33	1.96
19257877--19257932	28	2.0	29	89	3	87	62	1	0	35	1.06
19257974--19258015	22	1.9	22	90	0	66	33	0	33	33	1.58
19257965--19258067	52	2.0	51	83	9	129	34	0	32	33	1.58
19258017--19258108	22	4.2	23	82	8	111	42	0	27	30	1.56
19258017--19258108	44	2.1	44	85	4	123	42	0	27	30	1.56
19260250--19260320	27	2.8	26	78	17	69	40	2	0	56	1.14
19260275--19260344	19	3.5	21	79	16	78	48	4	0	47	1.21
19260310--19260350	19	2.2	19	100	0	82	58	4	0	36	1.20
19260901--19260968	30	2.2	31	81	5	84	36	1	0	61	1.05
19261516--19261546	15	2.0	16	93	6	55	29	0	0	70	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19261593--19261627	18	1.9	18	88	11	54	54	0	2	42	1.15
19262134--19262161	12	2.3	12	100	0	56	35	0	0	64	0.94
19262289--19262353	30	2.2	30	94	0	112	58	13	3	24	1.50
19262383--19262425	22	2.0	22	85	0	59	60	9	11	18	1.57
19262390--19262430	11	3.7	11	80	0	55	56	9	14	19	1.66
19264024--19264249	3	75.7	3	71	8	140	32	5	2	59	1.35
19264131--19264179	19	2.6	19	75	12	55	28	4	2	65	1.22
19269381--19269427	19	2.5	19	86	6	60	27	19	8	44	1.79
19272203--19272242	17	2.4	17	91	4	64	82	2	5	10	0.91
19272204--19272242	8	4.8	8	87	6	60	84	2	2	10	0.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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