genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.25.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 ID=Chr13-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58321163

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

This is table  25  of  199  ( 23770 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7304143--7304176	7	4.9	7	96	0	59	29	0	2	67	1.05
7304143--7304179	14	2.6	14	91	0	65	27	0	5	67	1.12
7306791--7306926	41	3.5	40	79	6	136	32	22	18	26	1.97
7307778--7307834	25	2.3	25	84	6	80	3	19	3	73	1.12
7314273--7314307	17	2.0	18	88	5	54	45	11	8	34	1.71
7314629--7314738	41	2.8	41	84	5	138	34	23	17	24	1.96
7314897--7314944	2	24.5	2	87	12	73	47	2	0	50	1.12
7316342--7316376	15	2.3	15	95	0	61	34	2	17	45	1.63
7316589--7316618	14	2.1	14	93	0	51	36	0	0	63	0.95
7318221--7318266	22	2.1	21	92	4	74	23	21	0	54	1.45
7326124--7326205	41	2.0	41	97	0	155	37	7	3	51	1.48
7327525--7327549	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
7334402--7334426	12	2.1	12	100	0	50	24	36	24	16	1.94
7334586--7334660	9	8.4	9	88	2	116	34	24	9	32	1.87
7334585--7334660	26	2.9	26	90	2	116	35	23	9	31	1.86
7334660--7334769	37	3.0	37	93	0	184	47	14	4	33	1.65
7334703--7334763	17	3.4	17	68	12	50	50	13	3	32	1.57
7334683--7334746	20	3.3	20	68	12	62	43	18	6	31	1.75
7335013--7335057	7	6.3	7	79	5	54	55	13	15	15	1.69
7339502--7339535	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
7354145--7354651	124	4.1	126	85	3	641	28	16	15	39	1.89
7354611--7354676	28	2.4	28	89	0	105	34	13	3	48	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7354623--7354673	14	3.6	14	86	0	75	35	11	0	52	1.38
7354768--7354865	32	3.0	33	79	4	101	43	18	1	36	1.57
7356940--7357008	28	2.5	26	81	11	75	44	34	0	20	1.52
7365256--7365667	125	3.3	125	94	0	709	31	17	20	29	1.96
7366625--7366654	14	2.1	14	93	0	51	36	23	16	23	1.94
7368189--7368245	11	5.2	11	83	14	73	42	0	33	24	1.55
7370500--7370759	104	2.6	101	88	4	389	26	0	12	60	1.37
7370984--7371060	14	5.5	14	73	14	61	31	1	6	61	1.30
7370978--7371019	17	2.4	18	84	11	61	30	0	4	64	1.14
7373466--7373511	21	2.2	21	92	0	74	19	19	41	19	1.91
7376889--7376941	24	2.2	24	93	0	88	30	13	5	50	1.64
7377835--7377887	16	3.3	16	100	0	106	37	5	35	20	1.77
7377869--7377963	44	2.1	45	86	5	131	32	5	28	33	1.80
7378100--7378391	117	2.5	117	93	3	489	48	4	3	43	1.39
7378148--7378332	61	3.1	60	67	18	170	48	7	2	42	1.44
7378100--7378390	59	4.9	57	67	16	146	48	4	3	43	1.39
7378374--7378613	47	5.3	46	67	20	155	46	3	3	46	1.37
7378359--7378612	91	2.8	88	85	8	266	46	3	3	46	1.37
7378439--7378488	18	3.0	17	82	8	50	54	2	2	42	1.23
7378419--7378488	26	2.6	26	70	17	63	48	2	2	45	1.32
7378432--7378574	44	3.2	43	68	16	128	48	2	3	46	1.31
7381754--7381981	100	2.3	100	100	0	456	41	14	4	39	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7381747--7381907	48	3.3	48	69	19	159	42	13	4	39	1.64
7382084--7382133	26	1.9	26	88	8	75	44	0	0	56	0.99
7393458--7393540	40	2.1	40	86	4	114	27	21	10	39	1.87
7401000--7401129	65	2.0	65	92	0	215	41	23	11	23	1.87
7409061--7409104	3	14.7	3	100	0	88	68	0	0	31	0.90
7412382--7412442	24	2.6	25	84	10	83	45	0	1	52	1.10
7412421--7412471	18	2.7	19	82	11	61	52	1	1	43	1.23
7412540--7412605	16	4.1	16	75	11	64	46	0	1	51	1.10
7414297--7414339	21	2.0	21	95	0	77	30	4	6	58	1.45
7414964--7415114	45	3.4	45	71	8	121	37	19	18	23	1.94
7415178--7415287	34	3.2	33	77	2	103	40	10	12	37	1.77
7419807--7419856	25	2.0	25	84	0	64	28	22	26	24	1.99
7420406--7420531	55	2.3	55	84	2	164	10	21	23	45	1.82
7420431--7420535	28	3.8	28	73	2	95	9	20	23	45	1.80
7420536--7420587	17	3.4	17	65	25	51	17	21	13	48	1.81
7420524--7420595	29	2.5	29	93	0	126	18	20	12	48	1.80
7420659--7420740	41	2.0	42	92	2	139	13	21	28	36	1.91
7422042--7422075	17	2.0	17	100	0	68	17	5	29	47	1.71
7425747--7425959	111	1.9	111	83	3	277	33	4	13	49	1.61
7432543--7432587	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
7436615--7436664	21	2.4	21	86	0	64	36	32	4	28	1.76
7447618--7447828	111	1.9	111	84	1	280	34	3	12	49	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7451666--7451745	37	2.2	37	84	4	99	37	17	18	26	1.93
7457915--7457984	7	10.3	7	76	17	58	38	0	47	14	1.44
7457915--7457984	12	5.1	14	75	14	58	38	0	47	14	1.44
7457924--7457966	16	2.6	16	85	3	50	37	0	51	11	1.39
7457924--7457972	23	2.1	24	88	3	73	36	0	51	12	1.40
7471195--7471258	25	2.6	25	78	14	62	31	17	39	12	1.87
7471438--7471573	39	3.4	40	87	3	184	13	22	18	44	1.85
7478470--7478828	130	2.7	132	87	4	530	25	25	20	28	1.99
7479089--7479213	44	2.8	44	76	2	117	27	23	20	29	1.98
7479285--7479589	44	6.9	44	77	10	244	27	21	18	33	1.96
7479342--7479625	44	6.3	45	78	7	154	27	23	17	32	1.96
7484197--7484240	19	2.3	19	84	7	54	38	11	25	25	1.89
7486892--7486934	22	1.9	22	85	4	59	39	16	6	37	1.75
7488806--7488873	30	2.3	30	84	5	93	51	19	7	22	1.71
7490628--7490719	22	4.5	22	71	15	88	38	28	17	16	1.91
7490650--7490746	38	2.5	37	85	6	115	40	26	16	16	1.90
7493149--7493240	48	1.9	48	90	0	148	29	28	5	36	1.79
7496700--7496764	19	3.2	21	78	20	68	63	3	3	30	1.25
7496710--7496764	20	2.7	20	77	11	58	60	3	3	32	1.32
7497807--7497903	31	3.2	31	71	14	85	29	5	17	47	1.69
7498958--7499053	32	2.9	34	76	21	112	35	3	7	54	1.44
7498939--7499042	34	3.1	33	75	21	117	30	4	7	56	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7500133--7500172	12	3.3	12	83	10	55	20	2	0	77	0.88
7500134--7500167	18	1.9	18	94	5	61	17	2	0	79	0.86
7501899--7502099	51	4.0	50	81	5	226	25	16	27	29	1.97
7501908--7502092	101	1.8	102	88	3	284	24	17	27	30	1.97
7505816--7505898	26	3.3	25	81	6	96	19	22	22	34	1.96
7505830--7505898	26	2.7	26	86	4	97	18	21	21	37	1.94
7505930--7505985	25	2.3	25	84	3	69	17	28	23	30	1.97
7505842--7506026	73	2.5	71	74	9	167	21	25	18	34	1.96
7506040--7506123	25	3.4	24	71	12	64	21	23	22	32	1.98
7513611--7513679	30	2.3	30	94	2	120	21	10	20	47	1.79
7514980--7515057	26	2.9	26	86	3	111	55	10	10	24	1.64
7514985--7515066	26	3.1	26	77	11	87	56	7	9	26	1.58
7517850--7518058	43	4.9	42	76	10	192	23	18	28	30	1.97
7517939--7518038	42	2.4	42	81	5	121	28	18	25	29	1.98
7518908--7518933	9	2.9	9	100	0	52	11	0	30	57	1.34
7524743--7524955	27	7.9	27	86	0	273	18	18	20	42	1.90
7531508--7531538	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
7531592--7531628	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
7534046--7534091	23	2.0	24	82	4	58	32	26	0	41	1.56
7534237--7534360	3	41.3	3	95	0	221	63	0	2	33	1.07
7535045--7535078	17	2.1	17	88	5	52	2	11	5	79	1.02
7535105--7535154	24	2.0	24	84	3	64	54	4	0	42	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7535448--7535489	12	3.4	12	81	15	50	59	2	0	38	1.10
7537833--7538129	82	3.5	83	79	7	242	43	11	13	32	1.79
7537883--7538140	82	3.0	86	84	3	292	42	11	13	32	1.80
7538115--7538163	23	2.1	23	92	7	82	24	8	4	63	1.40
7538028--7538239	110	1.9	109	82	4	266	38	8	11	40	1.73
7538223--7538298	39	2.0	39	87	7	111	39	1	7	51	1.39
7538261--7538538	87	3.2	86	81	6	301	43	8	12	35	1.73
7541439--7541773	183	1.8	184	84	5	464	34	31	8	24	1.87
7544385--7544451	20	3.3	20	74	2	62	41	5	8	43	1.60
7544550--7544592	20	2.2	20	87	4	61	37	11	9	41	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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