genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 ID=Chr13-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58321163

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21981277--21981326	25	2.0	25	96	0	91	40	2	24	34	1.66
21981271--21981325	25	2.2	25	90	0	83	45	1	23	29	1.63
21981403--21981436	10	3.1	11	87	12	52	17	11	2	67	1.34
21981404--21981439	12	3.2	12	88	11	58	22	8	5	63	1.43
21989644--21989699	30	1.9	30	86	13	82	60	8	14	16	1.57
21990949--21991007	23	2.5	23	78	8	66	25	5	33	35	1.78
21995882--21995916	13	2.7	13	90	0	52	45	0	11	42	1.40
21997710--21997761	12	4.2	12	72	18	52	71	5	7	15	1.29
21997810--21997840	16	1.9	16	100	0	62	64	3	12	19	1.41
21998644--21998765	46	2.7	46	88	0	172	23	20	24	31	1.98
21998644--21998765	23	5.3	23	83	2	138	23	20	24	31	1.98
22000010--22000041	11	2.9	11	100	0	64	28	18	25	28	1.98
22005483--22005634	33	4.5	33	86	3	198	16	7	34	40	1.78
22015846--22015886	18	2.2	19	91	4	66	60	0	0	39	0.96
22017842--22017880	20	2.0	20	89	0	60	30	20	0	48	1.50
22023914--22023957	19	2.2	20	88	4	63	54	9	15	20	1.68
22035682--22035740	28	2.1	28	83	0	73	13	23	22	40	1.89
22035779--22035868	28	3.2	28	82	0	117	17	13	23	45	1.84
22035642--22035827	98	1.9	98	87	0	273	21	18	23	36	1.95
22039833--22039892	31	1.9	31	86	6	86	23	13	13	50	1.77
22042051--22042145	42	2.3	42	90	3	147	30	27	14	27	1.95
22042076--22042171	42	2.3	41	83	5	113	26	29	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22045070--22045121	26	2.0	26	85	7	70	48	5	1	44	1.38
22045079--22045132	26	2.1	26	92	0	90	46	7	0	46	1.31
22046428--22046491	33	1.9	33	100	0	128	20	3	15	60	1.48
22052916--22052954	20	1.9	21	85	15	55	46	5	20	28	1.72
22056587--22056652	27	2.4	27	84	0	87	39	22	6	31	1.79
22059351--22059572	43	5.2	44	76	13	185	29	13	23	33	1.93
22059365--22059556	43	4.5	43	82	7	212	28	14	24	32	1.95
22059313--22059574	85	3.1	84	78	13	248	29	14	22	33	1.93
22068036--22068083	23	2.1	22	88	3	69	14	25	4	56	1.56
22072346--22072393	18	2.7	18	83	0	60	43	2	16	37	1.60
22078652--22078742	25	3.6	24	66	24	62	67	2	5	25	1.24
22078868--22078904	15	2.5	15	100	0	74	62	5	0	32	1.18
22078868--22078908	3	13.7	3	89	0	64	63	4	0	31	1.15
22084315--22084539	114	2.0	114	99	0	441	39	6	11	43	1.65
22096296--22096336	21	2.0	21	90	0	64	34	2	4	58	1.32
22102693--22102724	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
22106252--22106459	91	2.3	91	92	0	335	45	3	4	46	1.39
22106374--22106434	28	2.2	28	85	5	81	45	0	3	50	1.17
22106292--22106434	44	3.2	43	69	20	121	46	2	3	48	1.31
22106475--22106889	122	3.4	123	96	1	739	42	3	5	48	1.43
22106845--22106886	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
22108503--22108690	61	3.1	61	70	14	208	42	1	7	48	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22108555--22108606	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
22108488--22108722	120	2.0	120	99	0	461	42	1	6	49	1.39
22108675--22108717	15	3.0	15	83	10	54	48	0	0	51	1.00
22108939--22108992	16	3.4	16	92	0	90	27	35	1	35	1.68
22109791--22109818	3	9.3	3	100	0	56	67	32	0	0	0.91
22110204--22110645	218	2.0	218	100	0	884	24	10	20	44	1.83
22112715--22113291	117	4.9	117	97	1	1091	42	2	4	50	1.36
22112874--22112903	15	1.9	16	93	6	53	43	0	6	50	1.28
22112895--22112929	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
22112994--22113023	15	1.9	16	93	6	53	43	0	6	50	1.28
22113015--22113049	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
22113111--22113140	15	1.9	16	93	6	53	43	0	6	50	1.28
22113132--22113166	18	2.0	17	94	5	61	48	0	0	51	1.00
22113137--22113176	18	2.2	18	86	8	55	52	0	0	47	1.00
22113249--22113283	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
22112715--22113291	237	2.4	236	97	0	1095	42	2	4	50	1.36
22113429--22113530	44	2.4	43	78	14	113	35	29	3	31	1.76
22113442--22113534	44	2.1	46	87	4	136	36	27	4	31	1.76
22113516--22113568	16	3.3	16	86	0	79	26	32	3	37	1.74
22118651--22118723	36	2.0	36	97	0	137	34	6	27	31	1.83
22122873--22122906	17	1.9	18	88	5	52	23	11	17	47	1.81
22126200--22126226	12	2.2	12	100	0	54	77	22	0	0	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22136943--22136982	18	2.2	19	86	13	57	30	20	10	40	1.85
22145392--22145768	132	2.9	132	89	1	567	32	20	22	24	1.98
22149732--22149771	17	2.6	16	84	15	57	15	47	0	37	1.45
22149736--22149779	19	2.3	19	88	0	61	15	45	0	38	1.47
22160672--22160706	16	2.1	17	89	5	54	11	51	0	37	1.38
22169325--22169365	21	2.0	21	90	0	64	31	2	0	65	1.05
22175970--22176010	4	10.2	4	84	10	57	75	0	2	21	0.92
22177636--22177660	12	2.1	12	100	0	50	44	8	0	48	1.32
22182865--22182984	60	2.0	60	95	0	213	28	29	23	19	1.98
22191132--22191221	43	2.1	43	85	4	119	22	28	27	21	1.99
22193162--22193515	45	7.9	45	82	2	307	23	20	17	38	1.93
22193210--22193515	135	2.3	135	88	1	452	24	20	18	36	1.94
22193210--22193515	45	6.8	45	85	0	389	24	20	18	36	1.94
22199194--22199498	45	6.8	45	85	2	373	23	21	18	36	1.95
22200188--22200351	80	2.0	80	97	0	310	48	18	11	20	1.79
22207029--22207110	41	2.0	41	100	0	164	41	19	17	21	1.90
22209846--22209891	22	2.1	22	100	0	92	39	4	17	39	1.69
22216606--22216767	45	3.6	44	82	4	182	24	14	25	34	1.94
22221057--22221293	30	8.0	30	78	4	169	24	27	13	34	1.93
22227803--22227841	20	2.0	20	90	10	62	15	25	2	56	1.52
22228037--22228182	56	2.8	51	79	13	156	26	26	19	26	1.99
22231564--22231718	29	5.3	30	70	8	122	20	28	14	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22231567--22231712	59	2.5	57	75	13	152	19	29	15	36	1.92
22259179--22259389	117	1.8	117	90	4	345	22	10	24	43	1.84
22259897--22260039	33	4.3	33	73	8	105	25	2	44	27	1.68
22269170--22269234	27	2.4	27	86	0	85	23	15	18	43	1.88
22274063--22274193	48	2.8	47	89	4	192	43	19	11	25	1.84
22274063--22274218	47	3.3	47	87	3	197	41	19	11	26	1.86
22280591--22280728	47	2.9	47	88	2	197	26	15	21	36	1.93
22282902--22282957	22	2.5	23	82	8	71	41	5	0	53	1.24
22283541--22283577	18	2.0	19	89	5	58	24	18	13	43	1.86
22284804--22284845	21	2.0	21	100	0	84	23	9	9	57	1.60
22292162--22292231	19	3.4	19	68	21	59	45	2	11	40	1.55
22292141--22292238	44	2.2	44	100	0	196	42	2	11	43	1.51
22292146--22292219	25	3.2	25	67	21	79	43	1	12	43	1.50
22292171--22292239	19	3.3	19	67	21	57	42	2	8	46	1.49
22294028--22294073	22	2.0	23	84	12	60	30	8	10	50	1.68
22296672--22296900	50	4.5	50	77	9	169	24	26	21	28	1.99
22308916--22308974	11	5.2	11	75	20	50	42	0	35	22	1.54
22309078--22309107	14	2.1	15	93	6	53	10	6	13	70	1.34
22311207--22311369	75	2.2	75	78	8	170	49	11	10	28	1.72
22320199--22320342	75	1.9	75	83	5	184	26	13	11	49	1.75
22320199--22320361	75	2.2	74	79	10	179	25	12	12	49	1.75
22320505--22320674	41	4.2	41	83	1	225	33	15	28	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22320860--22320948	43	2.1	43	89	4	135	31	24	8	34	1.87
22325778--22325951	51	3.5	50	77	6	183	24	17	27	31	1.97
22325968--22326062	45	2.1	45	92	0	154	29	17	22	30	1.97
22330784--22330968	101	1.8	102	87	5	277	22	17	28	30	1.97
22330784--22330966	51	3.6	50	79	9	176	22	18	28	30	1.97
22330972--22331066	45	2.1	45	90	0	145	29	17	21	31	1.96
22336446--22336484	19	2.1	19	90	0	60	23	5	10	61	1.48
22336937--22336987	27	1.9	26	84	11	68	23	9	11	54	1.66
22340525--22340570	19	2.4	18	82	10	56	23	23	13	39	1.90
22341755--22341793	19	2.1	19	100	0	78	41	10	33	15	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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