genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 ID=Chr13-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58321163

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

This is table  8  of  199  ( 23770 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2593886--2593945	12	5.2	12	72	11	54	3	38	18	40	1.67
2593911--2593978	21	3.2	21	87	0	91	2	42	19	35	1.66
2595718--2595845	39	3.2	38	76	6	112	35	22	21	20	1.96
2595837--2596163	113	2.9	114	89	1	496	23	19	25	31	1.98
2596070--2596213	73	2.0	73	87	4	211	25	20	21	32	1.98
2596334--2596363	10	3.0	10	95	0	51	63	0	6	30	1.20
2596627--2596658	15	2.0	17	88	11	50	21	0	31	46	1.52
2596667--2596716	21	2.4	21	82	0	64	16	2	40	42	1.59
2597237--2597692	115	4.0	113	82	3	466	28	17	22	31	1.97
2598720--2598779	30	2.0	31	86	3	86	40	0	40	20	1.52
2599073--2599103	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
2600556--2600584	15	1.9	15	100	0	58	44	13	13	27	1.82
2602797--2602865	21	3.3	21	89	0	93	36	21	40	1	1.63
2603299--2603391	42	2.2	42	86	9	127	26	20	23	29	1.99
2603312--2603392	42	1.9	42	90	9	130	27	22	20	29	1.99
2603456--2603523	31	2.2	31	97	0	127	30	20	26	22	1.98
2603515--2603558	22	2.0	22	81	0	52	47	25	15	11	1.79
2604464--2604494	16	1.9	16	100	0	62	51	6	3	38	1.44
2604960--2605017	26	2.2	26	93	0	98	39	3	17	39	1.66
2606898--2606938	19	2.1	20	82	13	50	46	0	4	48	1.23
2607664--2607753	15	6.4	15	67	23	61	33	43	1	22	1.61
2607667--2607716	25	2.0	25	88	11	77	32	48	0	20	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2607692--2607764	29	2.5	29	84	6	94	32	42	1	23	1.63
2607661--2607782	14	8.2	15	70	12	74	32	43	0	22	1.59
2608394--2608549	41	3.8	42	73	7	140	40	25	15	19	1.90
2608372--2608527	82	1.9	82	86	5	226	41	26	15	16	1.88
2613512--2613566	24	2.4	22	80	11	65	34	1	3	60	1.25
2613936--2614009	4	18.5	4	100	0	148	50	25	0	24	1.50
2619129--2619217	31	2.8	31	84	1	97	31	19	11	38	1.87
2619653--2619711	18	3.1	19	83	13	68	57	6	1	33	1.35
2621860--2621923	31	2.1	30	82	5	76	46	9	7	35	1.65
2622343--2622379	17	2.1	18	90	5	58	48	2	2	45	1.30
2636951--2636991	20	2.0	20	86	9	57	56	0	0	43	0.99
2636946--2637004	17	3.4	17	75	9	64	55	0	0	44	0.99
2636990--2637070	28	2.9	28	78	7	76	65	1	3	29	1.17
2637033--2637069	19	2.0	19	89	5	58	72	2	0	24	0.97
2637264--2637414	10	15.4	10	66	19	61	29	5	0	64	1.17
2637303--2637354	19	2.8	18	80	5	59	36	3	0	59	1.16
2637333--2637366	11	3.1	11	86	0	50	23	8	0	67	1.18
2637344--2637402	18	3.2	19	78	7	59	28	6	0	64	1.19
2639740--2639804	30	2.0	32	88	11	98	36	12	23	27	1.90
2642576--2642645	36	1.9	36	91	0	113	38	17	24	20	1.93
2645114--2645158	20	2.2	21	84	4	56	37	0	2	60	1.09
2646200--2646241	20	2.1	20	86	0	57	35	21	16	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2650623--2650675	21	2.6	20	82	5	61	62	1	1	33	1.17
2663492--2663591	20	5.4	20	70	21	76	38	7	9	46	1.63
2663453--2663582	52	2.5	52	88	4	194	41	5	8	44	1.57
2663478--2663558	24	3.2	24	66	19	65	32	6	11	50	1.62
2663924--2663980	27	2.1	27	87	6	80	50	1	0	47	1.11
2666673--2666806	60	2.3	59	80	5	137	44	14	5	35	1.70
2670908--2670965	28	2.2	26	87	6	80	53	1	0	44	1.10
2682376--2683157	156	5.0	156	86	3	1033	30	22	12	34	1.91
2683034--2683285	130	1.9	132	87	4	375	34	23	11	30	1.91
2684406--2684458	22	2.4	22	75	12	54	47	15	7	30	1.73
2685187--2685319	65	2.0	65	83	0	167	36	9	15	38	1.79
2688551--2688649	38	2.5	39	76	12	105	15	13	24	47	1.80
2690391--2690533	74	1.9	74	94	0	250	39	9	11	39	1.74
2703615--2703653	19	1.9	19	85	10	51	46	10	5	38	1.60
2706885--2706930	11	4.2	11	80	0	56	52	13	17	17	1.75
2721087--2721127	22	1.9	21	85	5	55	60	7	0	31	1.24
2721117--2721152	18	2.1	18	89	5	56	72	0	0	27	0.85
2721246--2721312	30	2.2	30	89	5	100	52	13	1	32	1.50
2721461--2721534	29	2.6	27	70	27	64	28	2	2	66	1.19
2723055--2723107	18	2.8	19	80	11	65	20	1	3	73	1.08
2724163--2724234	37	1.9	37	88	0	108	36	25	8	30	1.85
2726935--2726968	15	2.2	16	89	5	52	67	0	0	32	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2727543--2727644	10	10.8	9	73	17	66	27	1	1	68	1.11
2727544--2727657	18	6.2	18	74	19	78	24	2	1	71	1.09
2727589--2727644	21	2.8	20	81	10	62	28	0	0	71	0.86
2727627--2727657	7	4.3	7	95	4	53	12	3	0	83	0.75
2730822--2730861	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
2736759--2736808	17	3.0	16	77	22	50	68	2	6	24	1.23
2738258--2738309	27	1.9	27	84	0	68	40	34	5	19	1.75
2741335--2741368	16	2.1	16	94	0	59	0	17	0	82	0.67
2749897--2749950	4	13.5	4	100	0	108	50	25	0	24	1.50
2761005--2761097	34	2.6	34	80	13	98	31	3	1	64	1.16
2761022--2761073	24	2.1	26	82	7	63	32	1	0	65	1.04
2766242--2766295	18	3.1	17	72	17	56	33	20	1	44	1.62
2767000--2767067	24	2.8	24	71	20	61	4	27	1	66	1.20
2767502--2767558	29	2.0	29	89	6	89	52	3	0	43	1.18
2770862--2770902	6	6.7	6	88	5	64	36	0	63	0	0.95
2770859--2770910	18	2.9	18	77	11	61	42	0	57	0	0.98
2771047--2771073	14	1.9	14	100	0	54	37	14	18	29	1.91
2782827--2782865	20	1.9	21	89	5	62	61	0	0	38	0.96
2785500--2785550	18	2.8	18	69	0	57	13	41	3	41	1.63
2790140--2790197	28	2.1	28	100	0	116	44	3	34	17	1.65
2790161--2790305	71	2.0	71	100	0	290	42	11	25	20	1.85
2791070--2791094	12	2.1	12	100	0	50	84	16	0	0	0.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2796141--2796459	96	3.3	95	86	5	410	38	16	3	41	1.66
2798873--2798900	13	2.2	13	100	0	56	32	14	7	46	1.71
2804958--2805009	25	2.1	24	82	10	61	67	1	1	28	1.12
2809829--2809869	3	13.7	3	100	0	82	65	0	34	0	0.93
2814709--2814740	16	2.0	16	100	0	64	37	31	12	18	1.88
2817305--2817352	20	2.3	20	89	3	69	50	6	2	41	1.39
2818077--2818253	9	18.4	9	71	16	72	64	3	2	29	1.22
2818081--2818113	17	1.9	17	93	0	57	69	0	0	30	0.88
2818086--2818251	78	2.1	77	80	10	196	63	3	2	30	1.24
2818194--2818248	20	2.8	21	73	15	55	69	5	0	25	1.10
2818156--2818240	41	2.1	41	80	12	95	63	5	0	30	1.18
2818758--2818804	20	2.4	21	82	13	64	27	8	4	59	1.45
2818857--2818924	32	2.2	32	84	5	86	26	2	1	69	1.12
2821897--2821964	9	7.4	9	83	9	93	22	10	27	39	1.86
2823165--2823196	12	2.4	14	90	10	50	75	0	0	25	0.81
2834339--2834363	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2835072--2835121	26	1.9	26	84	8	66	34	2	2	62	1.18
2838659--2838731	27	2.7	27	87	4	94	20	35	24	19	1.95
2838684--2838749	27	2.4	27	82	0	78	22	36	24	16	1.94
2849831--2849953	65	1.9	64	85	5	167	44	8	14	31	1.76
2851416--2851470	15	3.6	15	76	18	60	74	0	10	14	1.07
2851414--2851455	20	2.1	20	82	8	50	78	0	9	11	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2852423--2852460	18	2.1	19	85	9	53	44	34	7	13	1.72
2861132--2861199	3	22.7	3	83	5	84	35	1	32	30	1.67
2861196--2861229	15	2.3	15	89	0	50	44	0	41	14	1.45
2887821--2887859	21	1.9	21	89	5	62	33	17	5	43	1.72
2888340--2888382	18	2.4	16	82	17	50	41	11	2	44	1.53
2888340--2888384	17	2.5	17	80	20	56	42	11	2	44	1.52
2888785--2888813	12	2.4	12	100	0	58	31	10	17	41	1.83
2897034--2897146	55	2.0	55	86	6	154	47	7	16	27	1.74
2900015--2900051	18	2.1	18	94	0	65	51	0	13	35	1.41
2911253--2911297	23	2.0	23	95	0	81	35	6	0	57	1.25

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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