genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 ID=Chr13-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58321163

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

This is table  7  of  199  ( 23770 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2095820--2095847	8	3.5	8	100	0	56	89	0	10	0	0.49
2107924--2108013	30	3.0	30	100	0	180	36	0	36	26	1.57
2127658--2127771	58	1.9	58	86	8	160	26	21	7	43	1.80
2139727--2139782	27	2.1	27	100	0	112	33	7	3	55	1.45
2140110--2140330	113	1.9	114	83	0	282	21	10	31	36	1.88
2145673--2145713	17	2.3	18	84	12	50	70	12	0	17	1.16
2152436--2152461	11	2.4	11	100	0	52	38	7	0	53	1.30
2152424--2152528	42	2.5	41	87	10	149	36	2	0	60	1.11
2156829--2156855	12	2.2	12	100	0	54	25	18	25	29	1.98
2156863--2156906	2	22.0	2	100	0	88	0	50	0	50	1.00
2185001--2185033	14	2.4	14	90	5	50	42	3	3	51	1.32
2187084--2187122	18	2.1	19	86	13	55	35	12	15	35	1.86
2187522--2187556	2	17.0	2	94	5	61	48	0	2	48	1.16
2194426--2194502	25	3.1	25	92	0	127	40	10	24	24	1.86
2197178--2197237	27	2.2	27	84	0	84	28	1	1	68	1.09
2197680--2197718	17	2.3	17	90	0	60	46	0	0	53	1.00
2199836--2199879	21	2.1	21	83	8	54	50	4	4	40	1.43
2199890--2199928	18	2.2	18	85	0	51	41	0	0	58	0.98
2206797--2206939	68	2.1	69	94	2	252	62	1	20	15	1.39
2207695--2207741	23	2.1	22	88	4	67	63	2	4	29	1.25
2207718--2207749	14	2.3	15	89	10	50	71	0	3	25	1.00
2209586--2209623	18	2.1	18	95	0	67	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2209739--2209775	16	2.3	17	86	13	60	62	0	0	37	0.96
2211453--2211518	28	2.4	28	78	16	75	57	6	3	33	1.38
2211511--2211560	23	2.3	23	89	6	77	50	0	4	46	1.20
2211592--2211632	14	3.1	14	75	13	50	46	0	0	53	1.00
2211671--2211722	15	3.2	16	78	13	52	38	0	1	59	1.08
2219281--2219324	22	2.1	21	87	8	63	45	13	15	25	1.83
2248002--2248053	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
2248262--2248298	17	2.2	18	85	9	51	51	0	0	48	1.00
2255862--2255912	15	3.5	15	72	5	50	23	13	13	49	1.78
2256219--2256252	14	2.5	14	95	4	61	50	35	0	14	1.44
2256352--2256377	11	2.4	11	100	0	52	88	0	11	0	0.52
2257597--2257622	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
2261912--2261943	2	16.0	2	93	0	55	3	0	50	46	1.17
2265877--2265941	30	2.1	30	83	8	78	41	15	10	32	1.81
2283865--2283923	30	2.0	30	82	0	73	44	8	6	40	1.61
2302183--2302222	21	1.9	21	85	10	55	57	0	0	42	0.98
2302479--2302523	23	2.0	24	86	8	67	35	15	0	48	1.45
2304102--2304136	5	7.0	5	100	0	70	60	0	0	40	0.97
2312035--2312093	20	3.0	20	80	4	68	55	1	3	38	1.26
2312441--2312488	2	24.5	2	95	4	89	50	0	0	50	1.00
2319744--2319786	21	2.1	20	87	12	61	69	0	0	30	0.88
2321745--2321804	20	3.0	20	78	4	68	55	3	3	38	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2322057--2322099	19	2.2	20	87	8	61	39	2	2	55	1.25
2322342--2322384	22	2.0	22	90	4	70	48	2	0	48	1.14
2322344--2322412	33	2.1	32	81	7	77	43	2	0	53	1.15
2324668--2324859	97	2.0	97	93	3	336	36	25	9	28	1.88
2326178--2326291	19	5.8	19	82	5	129	38	14	8	37	1.78
2326178--2326290	40	2.8	40	90	4	167	38	14	8	38	1.77
2326178--2326291	59	1.9	58	87	1	165	38	14	8	37	1.78
2330103--2330160	31	1.9	31	86	13	86	34	6	3	55	1.44
2331731--2331780	25	2.0	25	84	7	66	38	2	0	60	1.09
2337271--2337316	19	2.4	19	92	3	74	23	15	17	43	1.87
2339514--2339734	43	5.2	42	84	4	264	26	29	18	25	1.98
2339766--2339799	16	2.1	16	94	0	59	58	8	0	32	1.29
2341610--2341636	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2349837--2349863	4	6.8	4	100	0	54	25	0	0	74	0.83
2349833--2349875	12	3.6	12	87	0	50	30	0	2	67	1.03
2351095--2351131	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
2356563--2356587	7	3.6	7	100	0	50	0	0	40	60	0.97
2362401--2362451	22	2.4	21	78	12	52	76	1	13	7	1.09
2362407--2362443	13	2.8	14	84	12	51	72	2	16	8	1.19
2364024--2364073	18	2.8	18	80	11	59	30	0	2	68	1.01
2364046--2364094	18	2.9	18	77	17	52	36	0	0	63	0.95
2364931--2364984	25	2.1	26	83	10	67	42	5	11	40	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2374435--2374517	31	2.7	32	81	5	91	51	10	10	26	1.69
2375525--2375567	16	2.5	18	85	7	54	23	0	4	72	1.04
2377051--2377086	17	2.1	18	89	5	56	52	0	2	44	1.15
2386542--2386624	38	2.2	38	82	0	94	33	19	12	34	1.88
2388357--2388440	42	2.0	42	86	4	116	42	19	22	15	1.88
2390394--2390427	17	1.9	18	88	5	52	41	0	2	55	1.15
2395094--2395126	15	2.1	16	88	5	50	24	6	0	69	1.10
2397839--2397878	18	2.2	18	86	0	53	65	0	5	30	1.14
2403094--2403146	28	2.0	28	85	7	74	45	3	0	50	1.19
2403136--2403168	16	2.1	16	88	5	50	27	9	3	60	1.42
2403138--2403210	37	1.9	39	81	8	89	39	5	4	50	1.44
2406066--2406103	18	2.1	18	90	0	58	44	0	2	52	1.14
2417533--2417583	19	2.6	20	84	3	59	66	3	0	29	1.09
2421427--2421469	22	1.9	23	85	4	61	58	6	0	34	1.25
2426237--2426623	139	2.8	137	81	3	458	26	14	11	48	1.77
2444370--2444403	2	17.0	2	100	0	68	50	0	50	0	1.00
2457442--2457535	28	3.2	28	64	11	71	50	13	18	18	1.79
2457443--2457556	60	1.9	60	87	1	165	46	13	18	21	1.83
2467236--2467281	9	5.0	9	81	5	56	34	2	4	58	1.30
2467807--2467904	51	1.9	51	85	0	133	35	2	17	44	1.60
2484421--2484466	22	2.1	22	95	0	83	39	32	6	21	1.79
2492894--2492942	11	4.6	11	80	14	50	69	4	2	24	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2493088--2493117	15	1.9	16	93	6	53	40	6	3	50	1.45
2501940--2501989	22	2.2	23	85	3	66	32	0	4	64	1.12
2509216--2509253	20	1.9	20	84	10	51	55	10	28	5	1.56
2515976--2516016	9	4.6	9	90	0	64	24	9	24	41	1.85
2515968--2516016	18	2.7	18	96	0	89	24	8	24	42	1.81
2517443--2517475	14	2.4	14	94	0	57	60	0	39	0	0.97
2517443--2517473	12	2.6	12	94	0	53	61	0	38	0	0.96
2517827--2517859	15	2.1	16	88	5	50	15	6	9	69	1.34
2519825--2519867	3	14.3	3	100	0	86	32	0	0	67	0.91
2529904--2529934	13	2.4	13	94	0	53	32	3	12	51	1.56
2537665--2537699	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
2539811--2539870	19	3.2	18	83	9	66	58	6	0	35	1.24
2539830--2539870	20	2.1	19	86	4	55	60	7	0	31	1.24
2545776--2545824	22	2.2	22	81	0	62	61	2	2	34	1.19
2546521--2547348	274	3.0	274	99	0	1647	29	9	18	42	1.82
2547556--2547598	21	2.0	23	86	9	63	48	2	2	46	1.27
2549668--2549768	52	1.9	52	93	0	175	31	7	25	34	1.85
2551420--2551448	14	2.1	14	100	0	58	20	6	31	41	1.79
2551481--2551516	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2556019--2556158	40	3.5	40	77	6	142	31	24	16	27	1.96
2557105--2557194	5	19.0	5	81	13	102	55	1	1	42	1.14
2565923--2566021	41	2.4	41	83	1	128	34	23	15	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2566858--2566925	28	2.5	28	80	7	77	2	19	4	73	1.13
2567177--2567224	23	2.1	23	96	0	87	54	18	0	27	1.44
2567668--2567713	22	2.0	23	87	4	67	65	0	0	34	0.93
2568220--2568260	13	2.9	15	79	20	52	58	0	0	41	0.98
2568613--2568684	33	2.2	34	82	9	96	51	13	4	30	1.60
2584522--2584596	32	2.4	31	84	8	89	40	28	16	16	1.89
2589085--2589129	19	2.3	20	85	7	58	62	0	4	33	1.15
2592757--2592807	27	1.9	27	84	4	68	17	9	27	45	1.80
2593223--2593451	43	5.3	43	88	6	306	31	20	24	24	1.98
2593223--2593449	85	2.7	84	86	6	305	30	21	24	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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