genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.79.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 ID=Chr13-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58321163

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

This is table  79  of  199  ( 23770 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23802450--23802545	49	2.0	49	83	4	122	26	23	13	36	1.92
23802808--23803185	192	1.9	193	89	3	580	39	24	6	29	1.80
23804144--23804313	14	12.1	14	77	2	153	32	21	12	32	1.91
23804144--23804313	28	6.1	28	78	2	171	32	21	12	32	1.91
23805156--23805185	15	2.1	15	93	6	53	33	0	0	66	0.92
23814781--23814811	16	1.9	16	93	0	53	16	9	19	54	1.68
23817519--23817556	20	2.0	20	84	5	51	10	7	13	68	1.39
23820086--23820175	44	2.0	44	100	0	180	36	8	20	34	1.84
23820102--23820171	22	3.2	22	62	22	56	38	11	18	31	1.86
23820218--23820275	30	1.9	30	89	0	89	39	1	25	32	1.66
23820617--23820908	50	5.7	50	80	3	255	27	21	28	22	1.99
23822933--23822982	24	2.1	24	100	0	100	30	12	16	42	1.84
23826965--23827143	50	3.6	50	89	0	241	25	22	31	20	1.98
23826917--23827143	100	2.2	103	83	4	271	25	22	30	22	1.99
23840445--23840497	24	2.2	24	83	6	63	67	1	5	24	1.22
23840530--23840554	13	1.9	13	100	0	50	80	4	0	16	0.87
23841336--23841375	20	2.0	20	85	4	55	75	0	10	15	1.05
23841340--23841389	18	2.9	17	80	8	57	80	0	8	12	0.92
23841347--23841389	20	2.4	17	85	14	52	79	0	6	13	0.93
23842275--23842394	44	2.7	44	87	5	154	29	20	20	29	1.98
23842479--23842553	36	2.1	36	89	0	114	30	22	20	26	1.98
23842415--23843260	138	6.5	135	74	10	713	28	25	16	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23842429--23842604	87	2.0	87	80	2	192	29	23	18	27	1.98
23842526--23842666	51	2.8	51	74	0	138	27	26	16	29	1.97
23842542--23843284	123	5.8	123	74	10	646	29	25	15	29	1.96
23842896--23842939	21	2.1	21	87	4	63	20	36	9	34	1.84
23842926--23843040	51	2.3	51	87	0	167	30	24	13	31	1.94
23843006--23843076	36	2.0	36	88	0	106	30	19	16	32	1.95
23842968--23843127	87	1.8	87	89	0	248	28	23	15	31	1.95
23843046--23843188	51	2.8	50	80	3	169	26	25	18	29	1.98
23843166--23843209	21	2.1	21	86	0	61	20	34	6	38	1.79
23843119--23843260	72	2.0	72	85	0	194	25	27	16	30	1.96
23842428--23843296	261	3.3	261	89	0	1308	28	25	16	29	1.97
23844618--23844661	5	8.8	5	85	9	63	0	18	0	81	0.68
23846350--23846391	3	14.0	3	84	0	57	61	2	4	30	1.29
23846501--23846526	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
23848353--23848395	12	3.5	12	81	6	50	34	2	0	62	1.08
23848354--23848396	13	3.4	13	87	6	52	32	2	0	65	1.06
23859108--23859152	22	2.1	21	83	4	54	44	0	33	22	1.53
23859137--23859174	19	2.0	19	94	0	67	31	0	39	28	1.57
23860059--23860091	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
23860643--23860709	9	7.4	9	85	6	91	40	20	10	28	1.86
23862311--23862337	7	3.9	7	100	0	54	59	0	14	25	1.36
23862340--23862393	24	2.2	24	93	6	92	53	3	0	42	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23862377--23862404	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
23868582--23868720	52	2.7	51	86	9	180	48	0	11	40	1.39
23872642--23873977	664	2.0	661	85	3	1826	32	11	19	36	1.88
23874390--23874442	27	2.0	27	88	7	81	39	15	16	28	1.89
23874385--23874450	27	2.5	25	79	15	71	39	15	18	27	1.90
23879002--23879045	13	3.4	13	81	9	54	34	2	0	63	1.07
23887585--23887638	15	3.8	14	76	9	56	83	3	9	3	0.89
23887586--23887700	25	4.4	25	73	18	85	80	2	11	6	1.00
23887585--23887695	28	4.2	26	74	15	86	80	2	10	6	0.99
23887587--23887706	36	3.5	33	74	21	95	79	2	12	5	1.01
23887601--23887702	43	2.5	41	79	14	104	79	1	12	5	0.99
23891032--23891107	23	3.3	23	96	0	143	31	26	21	21	1.98
23891194--23891222	8	3.6	8	100	0	58	34	27	13	24	1.93
23891327--23891365	18	2.2	17	86	13	53	46	20	0	33	1.51
23892568--23893768	44	27.5	44	68	9	435	28	20	24	27	1.99
23892558--23893793	218	5.7	218	89	2	1820	28	19	24	27	1.99
23894928--23894978	21	2.4	20	81	12	57	21	9	7	60	1.53
23895195--23895254	24	2.5	22	84	10	66	40	11	5	43	1.63
23899292--23899329	20	1.9	20	88	0	58	28	13	26	31	1.93
23902528--23902625	50	2.0	50	89	0	151	32	13	27	26	1.93
23902805--23902904	29	3.4	29	73	10	103	33	13	28	26	1.93
23902761--23902928	31	5.5	31	68	11	114	33	11	27	26	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23902747--23903048	121	2.5	120	82	3	349	33	12	27	26	1.92
23902745--23903048	60	5.1	60	82	4	317	33	12	26	26	1.92
23914351--23914607	127	2.0	128	98	0	498	29	12	14	43	1.81
23933993--23934047	27	2.0	27	96	0	101	23	7	20	49	1.74
23935164--23935193	15	2.1	15	93	6	53	46	26	13	13	1.80
23935164--23935193	7	4.1	7	91	8	51	46	26	13	13	1.80
23939475--23939539	30	2.2	30	83	5	78	47	0	3	49	1.17
23939495--23939523	13	2.3	13	94	5	51	44	0	3	51	1.18
23942097--23942127	3	10.3	3	100	0	62	35	64	0	0	0.94
23949092--23949140	20	2.5	20	81	15	66	12	24	6	57	1.58
23949350--23949582	50	4.6	50	78	8	168	24	27	20	27	1.99
23949348--23949525	50	3.6	50	82	3	182	23	27	21	28	1.99
23957522--23957564	21	2.0	21	95	0	77	41	18	6	32	1.77
23963844--23964030	50	3.8	48	77	2	167	22	26	22	28	1.99
23967205--23967350	22	6.6	22	72	3	96	43	17	23	15	1.88
23967203--23967355	44	3.5	44	79	3	130	43	16	23	16	1.88
23967276--23967372	22	4.4	22	77	2	88	46	18	22	12	1.82
23967279--23967371	44	2.1	44	83	0	114	47	17	22	12	1.81
23970759--23970805	11	4.3	11	83	5	60	40	8	0	51	1.33
23975680--23975727	5	9.8	5	80	13	55	4	12	0	83	0.79
23979241--23979293	27	2.0	27	84	0	70	26	16	20	35	1.94
23982617--23982660	23	1.9	24	86	9	65	65	2	6	25	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23989990--23990028	17	2.3	17	83	12	53	79	0	17	2	0.84
23991986--23992024	11	3.7	10	83	10	51	17	2	10	69	1.28
23992739--23992773	12	2.9	12	82	0	52	20	34	0	45	1.51
23994314--23994352	11	3.4	11	85	7	51	76	0	20	2	0.90
23994315--23994352	17	2.2	17	90	0	58	76	0	21	2	0.91
23999656--23999691	17	2.1	17	100	0	72	16	11	19	52	1.73
24024834--24025385	44	12.7	44	72	14	283	29	21	23	26	1.99
24024836--24025164	89	3.8	87	76	11	357	28	21	23	26	1.99
24024928--24025468	128	4.2	128	69	15	314	29	20	22	27	1.99
24024878--24025247	172	2.1	172	94	1	650	28	21	22	27	1.99
24025051--24025458	218	1.9	210	90	6	649	28	20	22	27	1.99
24026836--24026887	24	2.2	24	82	6	61	23	0	1	75	0.91
24026946--24027005	23	2.6	23	76	10	68	30	1	5	63	1.25
24035997--24036030	17	2.0	17	100	0	68	58	5	5	29	1.45
24039618--24039823	84	2.4	86	81	10	233	28	24	19	28	1.98
24039490--24039865	44	8.7	43	71	11	216	26	23	21	28	1.99
24068766--24068831	23	2.9	23	84	4	62	31	9	1	57	1.39
24068754--24068793	17	2.4	17	95	0	71	27	5	7	60	1.45
24068841--24068895	23	2.4	23	81	6	67	34	5	3	56	1.40
24068771--24068884	49	2.4	45	81	7	120	33	7	2	57	1.40
24081547--24081690	26	5.5	26	76	10	123	29	18	23	27	1.98
24081536--24081739	79	2.6	79	82	3	250	30	18	22	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24081536--24081710	53	3.3	51	70	16	160	30	18	22	28	1.97
24081536--24081776	79	3.1	79	78	5	245	30	17	21	29	1.96
24084858--24084982	53	2.4	52	77	10	146	36	16	12	36	1.85
24084862--24084964	53	1.9	54	88	2	154	35	14	13	35	1.86
24086561--24086678	41	2.9	41	87	2	148	33	24	16	26	1.96
24093321--24093367	24	2.0	24	83	8	60	40	12	8	38	1.74
24101878--24102025	57	2.5	60	84	9	205	21	25	22	30	1.99
24103117--24103162	24	2.1	24	84	15	64	15	28	2	54	1.53
24108000--24108030	12	2.5	13	89	10	55	54	0	0	45	0.99
24116344--24116383	11	3.6	11	93	6	64	20	35	0	45	1.51

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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