genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.63.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 ID=Chr13-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58321163

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   

This is table  63  of  199  ( 23770 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18761186--18761268	26	3.2	24	77	11	67	27	2	3	66	1.21
18762560--18762590	6	5.2	6	96	0	53	35	0	0	64	0.94
18764797--18764858	30	2.0	31	90	6	99	43	20	6	29	1.77
18772244--18772385	72	2.0	72	97	0	266	29	17	23	29	1.97
18787998--18788093	3	31.3	3	77	15	90	32	3	2	62	1.22
18788377--18788412	16	2.2	16	90	0	54	33	11	5	50	1.61
18791683--18791730	24	2.0	24	100	0	96	29	8	20	41	1.81
18794235--18794276	14	2.9	15	82	10	52	30	0	0	69	0.89
18796953--18796991	20	1.9	20	84	5	51	43	2	0	53	1.14
18797154--18797218	27	2.4	27	81	0	94	26	33	32	7	1.85
18797294--18797355	3	21.3	3	80	12	76	66	0	33	0	0.92
18797394--18797432	21	1.9	20	84	5	51	64	2	30	2	1.21
18797544--18797683	41	3.3	41	74	13	149	35	5	11	47	1.61
18797631--18797771	76	1.9	76	87	3	212	30	6	12	50	1.65
18797544--18797812	85	3.4	76	77	11	272	33	5	11	49	1.62
18797544--18797804	40	6.5	40	70	15	137	33	5	11	49	1.61
18800274--18800340	5	13.6	5	75	17	52	38	1	2	56	1.24
18800310--18800351	15	3.0	15	80	16	54	42	0	0	57	0.99
18801416--18801550	25	5.6	25	84	8	133	16	22	20	41	1.90
18801416--18801550	50	2.8	49	80	11	147	16	22	20	41	1.90
18801432--18801544	22	4.9	22	82	5	109	15	23	21	40	1.90
18808694--18809202	156	3.2	159	89	7	792	28	8	8	53	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18809270--18809303	17	2.1	16	88	5	50	70	5	8	14	1.31
18809311--18809370	27	2.2	27	87	0	84	8	35	33	23	1.85
18809565--18809620	12	4.8	12	75	20	55	67	7	0	25	1.15
18809615--18809685	30	2.4	30	85	4	90	63	8	7	21	1.46
18810970--18811054	3	29.3	3	71	11	52	0	37	2	60	1.10
18811016--18811055	11	3.6	11	83	10	55	0	30	0	70	0.88
18822152--18822197	2	23.0	2	95	0	83	52	0	0	47	1.00
18823066--18823127	31	2.0	32	87	3	90	38	20	11	29	1.88
18823794--18823947	61	2.6	59	81	9	170	55	3	0	40	1.23
18827705--18827880	87	2.0	87	100	0	352	39	17	17	26	1.91
18829468--18829508	20	2.0	21	86	13	59	31	4	0	63	1.15
18831413--18831441	11	2.5	12	94	5	51	41	3	0	55	1.17
18831406--18831488	29	2.7	30	75	5	87	36	1	0	62	1.03
18831357--18831467	40	2.8	41	86	10	169	33	1	0	64	1.04
18831447--18831488	19	2.2	19	83	8	50	38	0	0	61	0.96
18831446--18831489	20	2.3	19	88	4	61	36	0	0	63	0.95
18831365--18831489	40	3.2	39	84	5	110	35	1	0	63	1.04
18836931--18836955	5	5.0	5	100	0	50	80	0	20	0	0.72
18839095--18839151	25	2.3	25	84	0	69	40	12	5	42	1.65
18839412--18839479	23	3.0	23	89	4	102	38	20	22	19	1.94
18844484--18844528	7	6.6	7	82	5	56	84	6	8	0	0.78
18844808--18844900	39	2.4	38	81	13	111	15	12	1	70	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18847668--18847725	14	4.5	13	79	12	57	72	0	3	24	1.00
18847681--18847725	6	7.2	6	80	9	54	73	0	2	24	0.95
18847668--18847725	26	2.2	26	84	0	71	72	0	3	24	1.00
18851904--18852065	71	2.3	71	88	2	227	29	24	18	28	1.98
18852024--18852075	27	2.0	26	88	3	77	25	25	21	28	1.99
18852650--18852709	24	2.5	24	97	2	113	25	21	6	46	1.75
18862304--18862423	44	2.7	44	96	0	222	32	5	19	43	1.72
18865316--18865467	68	2.2	68	84	0	205	20	23	21	34	1.96
18868100--18868186	38	2.3	38	87	0	120	19	24	27	28	1.98
18868121--18868243	38	3.2	38	82	2	140	21	20	27	30	1.98
18869060--18869208	40	3.7	40	88	5	203	34	2	0	62	1.09
18869094--18869131	9	4.3	9	80	6	51	31	0	0	68	0.90
18869115--18869181	11	6.4	11	74	20	54	35	2	0	61	1.12
18874439--18874529	45	2.0	45	97	0	173	35	25	8	30	1.86
18887350--18887699	50	7.0	49	85	3	450	21	30	21	27	1.98
18887723--18887809	44	2.0	44	93	4	149	27	18	10	43	1.82
18890345--18890383	19	2.1	19	85	4	53	43	15	2	38	1.60
18890927--18890952	6	4.3	6	100	0	52	19	15	0	65	1.27
18891025--18891079	22	2.5	22	85	5	76	45	18	23	12	1.83
18891025--18891090	22	3.0	21	72	12	53	42	18	22	16	1.89
18892227--18892276	15	3.4	15	75	13	59	30	2	0	68	1.01
18892225--18892297	30	2.5	29	80	17	80	31	4	0	64	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18892235--18892359	45	3.0	41	84	13	157	33	3	0	62	1.17
18892638--18892673	15	2.5	14	86	8	54	44	8	0	47	1.33
18892949--18893011	25	2.5	25	89	0	90	34	17	30	17	1.93
18894006--18894052	23	2.0	23	91	0	76	42	10	4	42	1.59
18900471--18900507	15	2.5	15	95	0	65	40	21	10	27	1.86
18907587--18907611	11	2.3	11	100	0	50	52	28	12	8	1.66
18907808--18907870	31	2.0	31	100	0	126	19	41	9	30	1.83
18919895--18919931	13	2.8	13	91	4	56	70	18	0	10	1.16
18922971--18923012	21	2.0	21	90	9	68	23	9	4	61	1.45
18928466--18928503	6	6.2	6	90	3	58	0	60	0	39	0.97
18928468--18928503	18	2.0	18	100	0	72	0	61	0	38	0.96
18930251--18930331	39	2.1	39	97	0	153	23	18	7	50	1.72
18931540--18931592	21	2.5	21	93	0	88	30	39	9	20	1.84
18932427--18932482	29	1.9	29	85	7	78	32	10	12	44	1.77
18932688--18932729	21	2.0	21	86	4	59	9	30	2	57	1.44
18942664--18942699	2	18.0	2	100	0	72	0	50	0	50	1.00
18947641--18947691	20	2.7	20	82	8	54	60	0	1	37	1.08
18948604--18948635	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
18953567--18953594	7	4.0	7	100	0	56	0	0	28	71	0.86
18953719--18953755	15	2.5	15	91	8	58	72	0	0	27	0.84
18953788--18953822	15	2.2	16	90	5	54	60	0	0	40	0.97
18967029--18967077	20	2.5	20	81	15	66	57	6	24	12	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18969661--18969958	33	8.4	33	68	20	149	32	26	19	20	1.97
18969686--18969935	33	6.6	41	69	21	172	33	26	18	21	1.96
18969649--18969935	75	3.8	75	89	0	439	32	26	19	21	1.97
18977352--18977554	33	5.6	33	71	21	156	34	26	18	19	1.95
18977272--18977558	75	3.8	75	89	0	430	33	27	18	21	1.96
18982976--18983079	43	2.4	43	82	1	120	27	21	25	25	1.99
18982976--18983094	42	2.8	42	75	3	105	27	21	25	26	1.99
18985321--18985504	68	2.7	68	85	5	232	37	19	21	21	1.94
18985314--18985520	68	3.1	66	79	10	231	37	19	21	21	1.95
18995516--18995691	89	2.0	89	88	4	266	26	23	20	29	1.99
18995425--18995674	133	1.9	128	81	7	297	27	22	20	29	1.99
18995425--18995674	44	5.8	44	77	10	228	27	22	20	29	1.99
18995820--18996152	44	7.6	44	71	8	241	27	21	21	30	1.98
18995814--18996194	43	8.8	43	68	8	209	26	22	21	29	1.99
18995813--18996199	87	4.4	87	89	0	585	26	22	21	29	1.99
19007469--19007499	11	2.8	11	100	0	62	25	38	19	16	1.92
19008386--19008451	23	2.9	23	79	6	62	57	1	3	37	1.23
19012465--19012573	54	2.0	54	84	8	143	37	6	10	45	1.63
19015825--19015973	68	2.2	68	82	2	183	36	16	21	25	1.93
19016041--19016099	27	2.2	27	87	0	82	35	18	27	18	1.94
19016876--19017044	67	2.5	67	79	5	180	33	18	26	22	1.97
19018822--19018982	71	2.3	70	82	4	207	42	14	10	31	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19018965--19019044	35	2.3	35	80	0	88	41	16	7	35	1.76
19019445--19019632	41	4.6	41	89	2	297	32	22	19	25	1.98
19019643--19019722	38	2.1	38	100	0	160	43	16	5	35	1.69
19020170--19020195	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
19028770--19028815	20	2.3	20	84	0	65	65	2	23	8	1.32
19032025--19032302	40	7.2	40	65	12	152	29	21	24	24	1.99
19032024--19032346	152	2.1	152	85	2	452	30	22	23	23	1.99
19032016--19032335	76	4.2	76	85	4	405	29	22	23	24	1.99
19033132--19033209	40	2.0	39	85	7	104	39	16	19	24	1.91
19033319--19033436	41	2.9	41	80	1	128	18	13	27	39	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199