genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 ID=Chr13-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58321163

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

This is table  71  of  199  ( 23770 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21207478--21207524	22	2.2	20	85	14	60	53	0	2	44	1.12
21215328--21215416	27	3.3	27	91	0	142	21	15	20	42	1.89
21215555--21215865	32	9.7	32	76	6	220	36	22	20	19	1.95
21215555--21215750	64	3.1	64	85	4	261	37	23	19	18	1.94
21215909--21215968	27	2.2	27	85	11	79	31	18	26	23	1.97
21216043--21216095	24	2.2	23	80	9	70	43	26	9	20	1.82
21216159--21216338	27	6.7	27	79	6	168	26	23	15	34	1.95
21216154--21216286	54	2.4	54	88	1	203	27	24	15	32	1.96
21216159--21216338	81	2.2	81	81	5	204	26	23	15	34	1.95
21216154--21216311	54	2.9	54	85	2	201	27	24	15	32	1.95
21216273--21216363	27	3.4	27	85	8	107	24	21	15	38	1.92
21216346--21216381	18	2.0	18	89	10	56	22	16	11	50	1.77
21218636--21218864	27	8.5	27	77	3	194	26	15	15	41	1.87
21218636--21218864	54	4.2	54	81	6	250	26	15	15	41	1.87
21218636--21218850	81	2.7	81	80	5	240	25	14	16	42	1.87
21222715--21222800	43	2.0	43	100	0	172	23	18	11	46	1.82
21237295--21237600	153	2.0	153	94	0	531	34	21	16	27	1.95
21247511--21247570	20	3.0	20	82	0	66	38	20	30	11	1.88
21249483--21249514	12	2.6	12	95	5	55	43	15	12	28	1.83
21262377--21262418	23	1.9	21	90	9	66	23	9	14	52	1.71
21264934--21264994	20	3.0	19	78	9	50	42	19	27	9	1.83
21264956--21264994	20	1.9	20	84	5	51	46	20	25	7	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21271320--21271359	21	1.9	21	100	0	80	42	12	20	25	1.86
21274393--21274439	22	2.1	22	84	0	58	42	19	14	23	1.88
21274680--21274716	18	2.0	19	89	5	58	45	29	0	24	1.53
21290528--21290580	17	3.2	17	70	5	54	30	20	15	33	1.93
21302208--21302749	273	2.0	271	91	2	874	30	17	19	32	1.96
21307658--21307847	102	1.9	102	92	2	319	31	13	12	43	1.81
21310324--21310738	138	3.0	135	89	5	638	40	7	6	46	1.56
21316631--21316692	2	31.5	2	78	3	54	37	1	4	56	1.30
21316604--21316697	37	2.7	36	81	6	104	34	2	4	59	1.29
21328215--21328244	15	2.0	15	100	0	60	26	13	40	20	1.89
21330064--21330111	21	2.3	21	86	13	64	66	0	18	14	1.25
21330063--21330094	13	2.4	14	94	5	57	68	0	18	12	1.20
21330064--21330111	7	6.9	7	79	15	55	66	0	18	14	1.25
21331352--21331571	44	5.0	44	67	7	151	27	19	26	26	1.99
21331344--21331581	88	2.7	88	90	1	361	26	20	25	26	1.99
21331800--21332078	50	5.6	50	70	5	226	30	19	23	26	1.98
21331803--21332104	99	3.1	99	88	0	453	30	19	22	27	1.98
21332196--21332575	45	8.7	44	74	9	285	28	21	24	25	1.99
21332111--21332401	128	2.3	130	84	3	356	28	21	23	26	1.99
21332324--21332575	89	2.8	90	83	4	314	28	21	25	24	1.99
21332324--21332573	134	1.9	134	84	1	340	28	22	25	24	1.99
21334174--21334260	33	2.6	34	80	5	90	33	2	4	59	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21338817--21338924	44	2.5	44	85	8	157	37	24	18	20	1.94
21338915--21339044	43	3.0	42	80	4	154	33	23	18	23	1.97
21342815--21342853	20	2.0	20	94	0	69	48	0	2	48	1.15
21342874--21342951	33	2.4	34	81	12	92	47	17	7	26	1.75
21345838--21345924	45	1.9	45	90	4	140	33	22	16	27	1.95
21345935--21346070	50	2.7	52	88	5	215	30	29	16	23	1.97
21347531--21347639	35	3.1	35	82	0	146	27	25	16	30	1.97
21350239--21350298	21	2.9	21	90	2	86	71	5	5	18	1.23
21352888--21353096	40	5.4	40	75	11	184	17	30	17	33	1.94
21352900--21352965	20	3.3	20	70	8	62	15	34	16	33	1.90
21352893--21353039	73	2.0	72	89	3	224	17	29	17	34	1.93
21352993--21353054	20	3.2	20	73	13	65	17	35	17	29	1.93
21352973--21353072	39	2.5	40	80	9	123	17	30	18	35	1.93
21358595--21360304	40	43.5	39	79	8	953	19	30	16	34	1.94
21358595--21360304	79	21.7	78	79	7	973	19	30	16	34	1.94
21359283--21359359	19	4.0	19	73	11	59	18	29	15	36	1.92
21359617--21359848	59	3.9	59	72	10	181	18	30	15	35	1.92
21359277--21359776	98	5.1	98	71	10	335	17	30	16	35	1.93
21359492--21359848	177	2.0	177	86	3	504	18	31	16	34	1.93
21360121--21360185	20	3.3	19	68	12	51	16	32	20	30	1.95
21372614--21372703	45	2.0	45	93	0	153	37	11	25	25	1.89
21382300--21382350	21	2.5	20	80	6	57	33	7	21	37	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21382454--21382497	19	2.3	19	80	11	54	54	31	6	6	1.53
21382911--21382992	39	2.2	38	84	8	105	39	17	20	23	1.92
21386880--21387033	41	3.8	40	82	2	157	35	14	29	20	1.92
21386910--21386979	20	3.5	20	70	18	63	35	15	31	17	1.91
21387448--21387501	26	2.0	27	85	3	74	50	18	0	31	1.48
21396251--21396289	12	3.2	12	85	0	51	20	23	5	51	1.67
21396537--21396734	50	3.8	50	75	4	171	23	27	21	27	1.99
21397070--21397130	30	2.1	29	84	9	79	32	18	11	37	1.86
21403815--21403861	24	2.0	24	83	8	60	17	34	0	48	1.47
21406798--21407019	33	6.4	33	69	21	116	33	26	18	21	1.96
21406721--21406996	75	3.7	75	89	1	401	32	26	17	22	1.96
21407049--21407239	51	3.8	50	79	11	228	30	28	17	24	1.97
21407047--21407231	101	1.8	102	91	5	313	30	27	17	23	1.97
21411688--21411729	20	2.1	20	95	0	75	19	23	28	28	1.98
21412512--21412560	21	2.4	20	75	3	53	12	8	2	77	1.07
21414800--21414840	16	2.6	16	85	11	50	34	0	36	29	1.58
21420323--21420763	27	16.4	27	83	3	424	19	17	20	42	1.89
21420323--21420763	54	8.2	54	81	3	480	19	17	20	42	1.89
21420323--21420763	81	5.5	81	79	3	476	19	17	20	42	1.89
21428208--21428301	48	2.0	48	93	0	161	35	27	17	20	1.94
21431961--21431997	19	1.9	19	88	0	56	56	5	10	27	1.55
21436897--21436929	14	2.4	14	100	0	66	6	12	0	81	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21436883--21436935	22	2.5	21	82	17	65	7	11	0	81	0.88
21440309--21440581	38	7.2	39	70	12	113	22	21	23	31	1.98
21440317--21440568	76	3.3	76	79	6	199	22	21	22	34	1.97
21455950--21456342	199	2.0	199	95	0	705	33	25	15	25	1.95
21458950--21458979	11	2.7	11	100	0	60	40	13	0	46	1.43
21461014--21461093	40	2.0	40	100	0	160	20	27	2	50	1.61
21461025--21461089	20	3.2	20	67	16	62	23	27	1	47	1.60
21461035--21461099	20	3.3	19	68	14	51	21	26	3	49	1.64
21461303--21461600	50	5.9	50	79	7	235	22	26	22	28	1.99
21476996--21477029	16	2.1	17	88	5	52	20	11	14	52	1.73
21476996--21477047	26	2.0	26	92	0	86	21	11	13	53	1.70
21477957--21478100	50	2.8	51	78	3	166	31	25	13	28	1.94
21483191--21483234	7	6.3	7	100	0	88	27	0	0	72	0.85
21483979--21484159	49	3.7	49	88	1	263	29	17	20	32	1.95
21483979--21484159	100	1.8	98	89	4	283	29	17	20	32	1.95
21484467--21484528	29	2.1	29	82	11	74	20	6	17	54	1.65
21489976--21490016	21	2.0	20	85	4	55	46	12	7	34	1.69
21499867--21500062	52	3.8	52	74	3	187	22	16	27	34	1.95
21500376--21500420	22	2.0	22	100	0	90	35	0	13	51	1.41
21510524--21510553	13	2.3	13	94	0	51	30	6	3	60	1.39
21510602--21510630	13	2.2	13	100	0	58	24	6	6	62	1.45
21511788--21511893	42	2.5	42	80	3	115	31	12	19	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21513156--21513222	23	2.9	23	84	0	89	34	26	19	19	1.96
21514594--21514686	24	3.9	24	74	16	86	29	22	22	25	1.99
21517145--21517185	15	2.7	15	88	0	64	39	9	19	31	1.84
21522253--21522310	30	1.9	30	85	0	80	36	6	25	31	1.83
21522646--21522892	50	4.8	50	81	6	230	29	21	26	22	1.99
21522799--21522892	49	1.9	49	82	4	118	32	20	22	24	1.97
21532183--21532221	20	2.0	20	90	10	62	15	23	5	56	1.59
21532409--21532645	50	4.6	50	80	5	183	26	29	18	26	1.98
21534154--21534194	13	3.1	14	75	10	50	53	17	12	17	1.72
21545062--21545167	43	2.5	43	87	0	140	26	16	33	23	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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