genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 ID=Chr13-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58321163

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

This is table  65  of  199  ( 23770 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19272625--19272657	16	1.9	17	88	11	50	84	3	12	0	0.72
19272625--19272658	17	1.9	18	88	5	52	85	2	11	0	0.71
19273544--19273690	44	3.4	44	76	5	138	27	21	22	29	1.99
19273661--19273744	44	1.9	44	85	0	114	29	22	20	27	1.98
19273872--19275008	45	24.7	49	70	15	458	32	17	20	29	1.96
19274153--19274270	46	2.7	42	79	8	123	33	16	18	31	1.94
19273867--19275134	138	9.2	137	71	11	410	32	18	20	29	1.96
19273863--19274490	321	2.0	321	92	1	1046	31	18	20	29	1.96
19274280--19275013	185	4.0	181	86	2	788	32	17	19	29	1.95
19274150--19275134	44	21.6	44	71	13	475	32	17	19	29	1.96
19274422--19274916	92	5.4	92	71	9	312	33	17	18	30	1.94
19274332--19275013	183	3.7	182	86	2	803	32	17	19	29	1.95
19273860--19275040	506	2.3	497	81	6	1433	32	18	20	29	1.96
19274365--19275089	183	3.9	179	83	5	696	33	17	19	29	1.95
19276671--19276751	18	4.4	18	71	4	56	37	7	1	54	1.37
19276562--19276729	3	57.3	3	69	8	87	32	5	2	58	1.37
19278832--19278922	44	2.1	44	85	4	121	43	4	12	39	1.62
19280592--19280666	19	3.9	19	75	3	62	24	21	24	30	1.99
19282184--19282215	12	2.7	12	90	0	55	37	0	3	59	1.13
19282208--19282253	18	2.6	18	77	19	51	32	4	2	60	1.28
19293188--19293318	30	4.4	31	79	5	137	36	20	0	41	1.58
19293188--19293319	59	2.2	60	83	1	158	36	21	0	41	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19293653--19293710	21	2.7	21	86	5	71	79	6	10	3	1.04
19293793--19293866	13	6.0	13	78	15	77	75	0	24	0	0.80
19293793--19293866	6	12.0	6	75	15	62	75	0	24	0	0.80
19293799--19293866	21	3.3	21	81	4	86	76	0	23	0	0.79
19294508--19294551	20	2.2	20	91	0	70	36	9	9	45	1.68
19294708--19295115	35	11.5	35	72	14	268	29	13	10	45	1.78
19294773--19295114	18	19.3	18	72	18	170	30	13	11	45	1.78
19294808--19294870	19	3.4	19	78	6	58	33	9	9	47	1.68
19294838--19294880	19	2.3	19	87	0	59	25	9	11	53	1.67
19294887--19295114	17	13.2	17	75	12	178	29	14	10	46	1.77
19296827--19296861	4	9.0	4	93	6	63	25	25	0	48	1.51
19301726--19302630	157	5.9	152	86	5	1144	25	17	21	35	1.95
19301702--19302650	78	12.3	76	86	5	1187	25	17	21	36	1.94
19302797--19302920	29	4.2	29	87	2	176	33	24	2	39	1.68
19302797--19302920	59	2.1	59	89	3	187	33	24	2	39	1.68
19303272--19303318	17	2.7	18	81	15	55	76	6	14	2	1.08
19303273--19303331	23	2.7	23	81	5	68	76	5	16	1	1.05
19303414--19303503	7	12.4	7	71	15	58	76	0	23	0	0.78
19303407--19303496	31	2.7	34	81	13	107	75	0	24	0	0.80
19303406--19303502	21	4.6	21	74	8	81	75	0	24	0	0.81
19303424--19303503	42	1.9	42	85	10	110	75	0	25	0	0.81
19303411--19303501	24	3.8	24	77	8	103	75	0	24	0	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19303406--19303501	34	3.0	31	76	16	97	75	0	25	0	0.81
19303736--19303772	10	3.5	11	85	7	51	83	0	16	0	0.64
19304290--19304410	36	3.4	33	79	13	102	30	13	9	46	1.75
19304344--19304682	18	18.5	18	71	14	214	29	12	10	47	1.75
19304287--19304683	35	10.9	36	70	15	212	29	13	10	46	1.77
19306657--19307040	44	8.8	44	76	9	295	30	17	23	27	1.97
19306704--19307032	133	2.5	133	87	2	472	29	17	24	27	1.98
19306644--19307040	177	2.3	172	81	6	453	31	17	23	26	1.97
19308521--19308558	12	3.1	12	85	14	51	34	0	0	65	0.93
19313855--19313978	37	3.4	37	71	18	98	44	3	3	49	1.34
19313852--19313991	74	1.9	74	85	2	192	43	2	4	49	1.37
19316448--19316527	25	2.9	27	80	15	94	37	1	11	50	1.46
19318422--19318601	51	3.6	50	78	3	184	24	16	27	31	1.96
19318615--19318700	45	1.9	45	95	0	154	25	15	24	34	1.94
19323376--19323415	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
19323516--19323567	2	26.0	2	96	0	95	51	0	0	48	1.00
19324386--19324414	7	4.1	7	100	0	58	31	27	13	27	1.94
19326614--19326663	25	2.0	25	84	7	66	12	4	18	66	1.39
19327598--19327654	3	19.0	3	100	0	114	33	0	0	66	0.92
19327734--19327786	11	4.6	11	76	15	54	28	5	5	60	1.42
19332506--19332539	15	2.4	14	90	5	50	82	5	0	11	0.83
19334850--19335062	44	4.6	45	67	18	116	33	17	19	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19334838--19335024	98	1.9	97	82	6	234	33	18	20	27	1.96
19335149--19335195	23	2.0	23	100	0	94	34	21	27	17	1.95
19335179--19335536	50	7.2	49	71	5	225	33	23	19	23	1.97
19335172--19335536	100	3.7	100	87	0	480	32	23	20	23	1.97
19337041--19337082	16	2.7	15	79	17	50	28	2	7	61	1.35
19337141--19337193	11	4.6	11	76	15	54	28	5	5	60	1.42
19342466--19342617	43	3.6	43	77	10	177	23	17	28	30	1.97
19342466--19342624	84	1.9	84	85	5	223	23	16	27	32	1.96
19343556--19343609	27	2.0	28	96	3	101	16	9	22	51	1.72
19347065--19347202	40	3.5	39	78	3	100	18	18	21	40	1.91
19347102--19347177	20	3.8	20	67	0	62	18	19	21	40	1.91
19347045--19347180	40	3.5	40	78	5	143	20	19	20	39	1.92
19350665--19350697	12	2.6	13	90	4	50	9	15	0	75	1.03
19351960--19352001	22	1.9	22	85	0	57	45	7	7	40	1.59
19354204--19354236	2	16.5	2	93	0	57	45	0	3	51	1.16
19360142--19360169	6	4.7	6	100	0	56	17	28	0	53	1.44
19369494--19369651	79	2.0	79	98	0	307	39	20	16	23	1.91
19377582--19377650	31	2.3	30	80	7	77	42	20	13	24	1.87
19377779--19377814	3	12.3	3	88	5	56	69	0	30	0	0.89
19379475--19379568	35	2.6	36	84	3	127	44	0	14	40	1.46
19379475--19379582	36	3.0	36	83	4	130	44	0	13	41	1.44
19379669--19379991	124	2.6	124	87	4	452	36	14	18	29	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19381779--19381829	24	2.1	24	81	0	57	19	19	35	25	1.95
19385305--19385361	16	3.6	16	95	0	87	29	0	36	33	1.58
19385607--19385641	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
19389273--19389302	12	2.5	12	94	0	51	43	20	23	13	1.86
19389551--19389581	14	2.2	14	100	0	62	45	29	6	19	1.75
19391873--19392151	139	2.0	139	100	0	558	27	16	14	41	1.87
19392726--19392821	29	3.3	29	82	8	97	34	7	1	57	1.33
19395796--19395834	2	19.5	2	94	0	69	51	0	0	48	1.00
19395791--19395831	10	4.1	10	93	0	55	53	0	0	46	1.00
19400546--19400590	21	2.1	21	100	0	90	35	4	22	37	1.74
19403579--19403616	7	5.4	7	100	0	76	42	0	15	42	1.47
19405217--19405241	12	2.1	12	100	0	50	32	0	36	32	1.58
19406312--19406385	30	2.5	29	77	14	71	47	5	2	44	1.40
19408329--19408389	32	1.9	32	82	0	77	29	4	6	59	1.44
19409615--19409666	24	2.2	24	92	0	86	51	7	3	36	1.49
19409757--19409815	29	2.0	29	93	0	100	33	32	10	23	1.88
19413292--19413344	24	2.2	24	86	3	70	54	7	3	33	1.46
19414172--19414206	19	1.9	19	88	11	56	45	5	8	40	1.58
19414285--19414458	85	2.0	85	100	0	348	34	4	12	48	1.61
19416332--19416373	16	2.6	16	78	10	50	45	0	0	54	0.99
19416966--19417005	16	2.5	17	84	11	50	57	2	0	40	1.12
19417085--19417151	22	3.0	21	74	10	53	52	1	0	46	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19420715--19420769	27	2.1	25	80	12	58	76	7	1	14	1.08
19420866--19421129	50	5.2	49	70	17	214	51	3	9	35	1.52
19420969--19421017	20	2.5	20	86	0	71	55	0	8	36	1.30
19421000--19421049	16	3.1	16	77	13	57	52	4	6	38	1.45
19420863--19421177	104	3.0	104	90	4	503	52	3	8	34	1.50
19421073--19421119	20	2.3	20	85	0	67	55	0	8	36	1.31
19421710--19421805	19	4.7	21	74	14	65	40	14	6	38	1.71
19421710--19421767	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
19421746--19421818	19	3.8	19	87	0	110	35	13	10	39	1.80
19428451--19428500	18	2.7	20	82	14	63	32	4	4	60	1.34

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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