genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.91.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 ID=Chr13-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58321163

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28018506--28018751	50	4.8	50	84	3	258	27	20	28	23	1.99
28020664--28020706	12	3.5	12	83	3	50	44	34	4	16	1.68
28021360--28021409	24	2.1	24	81	7	57	66	2	0	32	1.03
28031862--28031928	34	1.9	35	87	3	100	34	7	11	46	1.69
28032086--28032136	26	2.2	24	78	21	56	60	5	0	33	1.21
28039114--28039198	33	2.6	33	78	9	93	21	37	16	24	1.93
28042040--28042545	140	3.6	140	79	1	494	25	18	22	34	1.96
28042031--28042545	70	7.4	70	76	7	323	25	18	22	34	1.96
28048903--28048947	24	2.0	23	82	8	56	46	4	0	48	1.22
28049159--28049189	15	2.0	16	93	6	55	38	0	0	61	0.96
28050454--28050491	19	2.0	19	100	0	76	31	5	5	57	1.43
28052107--28052149	20	2.1	21	86	4	61	37	2	2	58	1.24
28052375--28052409	19	1.9	18	88	11	54	54	11	2	31	1.51
28052435--28052485	20	2.7	19	82	8	59	68	1	0	29	1.00
28052434--28052491	29	2.0	30	83	10	75	65	1	0	32	1.03
28055073--28055108	18	1.9	19	88	5	56	55	8	0	36	1.30
28055710--28055767	29	2.0	29	93	0	98	53	5	5	36	1.46
28057994--28058144	75	2.0	75	100	0	302	60	7	11	19	1.56
28062092--28062145	2	27.0	2	96	0	99	1	50	0	48	1.11
28062444--28062484	17	2.5	17	84	4	57	65	0	0	34	0.93
28062444--28062489	16	2.8	18	81	15	55	65	0	0	34	0.93
28066108--28066132	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28066760--28066814	14	4.0	14	76	21	53	69	0	29	1	0.99
28066986--28067104	60	2.0	60	89	0	184	35	0	12	51	1.46
28069454--28069499	20	2.3	19	82	10	56	76	4	2	17	1.06
28071633--28071830	98	2.0	98	92	1	326	22	23	19	34	1.96
28072644--28072678	18	1.9	18	88	0	52	31	28	40	0	1.57
28072790--28072900	33	3.4	31	82	8	96	17	38	11	32	1.86
28072812--28072909	33	3.0	33	84	3	135	14	38	13	33	1.85
28072814--28072924	33	3.4	33	79	9	120	14	40	12	32	1.83
28077420--28077451	17	1.9	16	93	6	55	34	0	6	59	1.23
28077575--28077634	24	2.5	24	83	8	77	38	0	1	60	1.07
28077575--28077636	23	2.6	22	82	12	70	37	0	1	61	1.06
28077598--28077643	23	2.0	24	82	4	58	36	0	4	58	1.18
28080282--28080430	71	2.1	71	86	2	201	32	27	13	26	1.94
28083686--28083784	43	2.3	43	85	3	128	24	30	17	28	1.97
28083942--28083977	16	2.2	16	90	0	54	30	19	0	50	1.48
28086396--28086441	20	2.3	20	84	0	65	32	2	28	36	1.69
28097077--28097196	9	13.6	9	74	11	97	33	0	18	48	1.48
28097076--28097196	54	2.3	52	92	2	197	33	0	18	47	1.48
28097216--28097282	35	1.9	35	93	0	116	37	5	10	46	1.63
28097215--28097294	35	2.4	32	82	13	108	36	6	8	48	1.59
28097601--28097671	11	6.3	11	69	6	52	43	1	0	54	1.08
28097601--28097666	23	2.9	23	77	8	80	42	1	0	56	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28099014--28099066	24	2.2	24	93	0	88	47	3	5	43	1.45
28099586--28099626	17	2.4	17	87	0	55	43	14	29	12	1.82
28099595--28099632	17	2.2	17	100	0	76	42	13	34	10	1.78
28100864--28100938	22	3.3	23	76	14	66	40	2	34	22	1.68
28101025--28101701	116	5.9	115	82	7	731	33	22	16	28	1.95
28101025--28101701	233	3.0	228	83	6	788	33	22	16	28	1.95
28102177--28102238	15	4.2	15	75	4	63	19	0	29	51	1.47
28102178--28102238	22	2.8	22	82	0	68	19	0	29	50	1.48
28102178--28102240	7	8.7	7	79	6	54	20	0	30	49	1.49
28104633--28104675	22	2.0	22	85	0	59	13	20	23	41	1.88
28104747--28104952	43	4.8	43	94	0	358	28	32	18	21	1.97
28110150--28110307	41	3.9	41	89	1	237	28	31	22	17	1.97
28110358--28110473	40	2.9	39	80	3	133	21	20	21	36	1.96
28119018--28119153	46	3.0	46	89	1	220	52	19	2	25	1.60
28120258--28120303	7	6.9	7	92	7	78	26	0	13	60	1.32
28120258--28120309	13	4.0	13	87	7	79	25	0	13	61	1.32
28120255--28120309	20	2.8	19	86	10	76	23	0	12	63	1.29
28120395--28120431	14	2.6	14	91	0	56	18	59	5	16	1.55
28120868--28121013	44	3.3	44	91	0	247	19	6	29	45	1.74
28121208--28121254	23	2.0	23	95	0	85	14	14	17	53	1.74
28124117--28124177	29	2.1	29	85	11	81	59	3	0	37	1.14
28126172--28126268	20	4.8	20	76	9	92	43	10	13	32	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28126166--28126268	40	2.6	40	87	6	147	45	9	12	32	1.75
28141776--28141887	48	2.4	48	89	1	172	25	15	23	36	1.93
28156930--28157031	26	3.9	26	82	1	114	29	22	10	37	1.88
28156968--28157051	26	3.3	26	85	5	64	26	23	8	41	1.82
28160315--28160440	27	4.6	27	85	7	148	43	19	17	19	1.88
28160338--28160454	55	2.1	54	81	10	132	41	17	20	19	1.90
28160625--28160690	22	3.0	22	69	8	62	13	18	18	50	1.79
28165123--28165208	45	1.9	45	87	0	127	19	20	18	40	1.91
28168128--28168351	34	6.5	34	72	3	160	25	24	26	23	2.00
28168236--28168317	35	2.4	34	77	6	85	30	24	24	20	1.99
28168133--28168333	104	1.9	104	82	2	251	27	23	26	21	1.99
28171370--28171422	25	2.1	25	100	0	106	32	7	20	39	1.81
28171802--28171908	25	4.3	24	77	7	81	25	23	24	27	2.00
28174005--28174030	13	2.0	13	100	0	52	38	15	23	23	1.92
28180755--28180844	25	3.7	24	76	4	81	30	14	24	31	1.95
28180991--28181078	24	3.6	25	80	3	90	34	18	27	20	1.96
28182662--28182779	25	4.7	25	78	8	114	23	20	26	29	1.99
28182672--28182779	50	2.2	49	86	6	155	24	21	25	28	1.99
28184083--28184117	16	2.2	16	95	5	63	28	11	17	42	1.83
28189820--28189859	21	1.9	21	84	0	53	40	5	0	55	1.22
28190811--28190845	17	2.0	18	88	5	54	34	8	0	57	1.29
28196942--28197012	29	2.4	29	92	0	115	29	19	7	43	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28197153--28197203	22	2.3	22	86	0	66	43	25	0	31	1.55
28198375--28198403	5	5.8	5	100	0	58	17	0	0	82	0.66
28203434--28203484	24	2.1	23	86	13	68	29	1	0	68	1.00
28208633--28208854	114	1.9	114	89	0	345	27	18	17	36	1.93
28209005--28209095	35	2.7	34	84	3	121	41	19	0	38	1.52
28210396--28210434	18	2.2	18	90	0	60	51	0	2	46	1.14
28210630--28210686	27	2.1	27	87	6	80	50	1	0	47	1.11
28210720--28210784	20	3.2	21	77	12	66	53	0	1	44	1.09
28211474--28211549	26	2.9	25	71	23	66	68	0	30	1	0.98
28211500--28211537	18	2.1	18	90	9	60	60	0	39	0	0.97
28212395--28212470	36	2.1	37	92	5	127	35	2	13	48	1.56
28214308--28214391	33	2.6	33	79	7	100	21	39	17	21	1.93
28214308--28214403	33	2.9	32	78	9	97	19	40	17	21	1.91
28215378--28215432	19	2.9	19	86	0	83	16	29	41	12	1.85
28216235--28216272	6	6.3	6	84	9	51	15	2	0	81	0.80
28217624--28217658	16	2.2	16	94	0	61	20	17	20	42	1.89
28223538--28224039	50	10.1	50	75	2	294	31	21	20	26	1.98
28223546--28224037	99	5.0	101	78	3	374	31	21	20	26	1.98
28223538--28223969	149	2.9	149	86	1	564	30	21	21	25	1.99
28223546--28224036	149	3.3	149	82	3	427	31	21	20	26	1.98
28225718--28225783	33	2.0	31	83	13	80	30	4	3	62	1.30
28225728--28225769	23	1.9	23	85	9	61	30	4	2	61	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28230054--28230129	27	2.8	27	78	4	82	26	36	19	17	1.94
28231008--28231230	69	3.3	69	81	3	249	32	21	9	36	1.86
28232016--28232141	60	2.1	61	80	5	141	44	5	11	38	1.65
28242878--28242942	25	2.7	25	79	15	66	52	0	38	9	1.34
28244117--28244146	2	14.5	2	93	6	51	50	46	0	3	1.18
28246357--28246409	16	3.2	16	86	2	70	18	7	5	67	1.35
28252925--28252978	27	2.0	26	82	10	65	37	0	14	48	1.45
28253294--28253423	35	3.7	36	68	8	106	23	26	21	28	1.99
28253257--28253452	71	2.8	71	82	0	248	26	23	21	29	1.99
28258634--28258658	13	1.9	13	100	0	50	72	0	4	24	1.02

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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