genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.66.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 ID=Chr13-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58321163

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19431050--19431105	21	2.7	20	83	8	76	53	0	16	30	1.43
19431053--19431125	28	2.6	28	79	12	78	46	0	21	31	1.52
19431046--19431105	7	8.6	7	75	14	61	51	0	16	31	1.45
19431853--19431888	17	2.1	18	89	5	56	55	0	2	41	1.14
19432760--19432816	29	1.9	29	86	10	80	31	1	1	64	1.13
19433674--19433726	21	2.5	22	76	14	56	41	0	1	56	1.10
19433700--19433741	17	2.4	18	84	7	52	40	0	0	59	0.97
19434393--19434425	17	2.0	17	88	5	50	54	0	0	45	0.99
19434444--19434511	16	3.9	17	73	23	54	60	1	1	36	1.15
19434501--19434530	15	2.0	15	93	0	51	56	0	0	43	0.99
19434701--19434764	18	3.3	20	72	10	62	50	1	4	43	1.32
19449134--19449224	44	2.1	44	89	0	137	47	12	12	28	1.76
19449398--19449453	27	2.1	27	90	3	87	48	3	5	42	1.43
19449419--19449459	21	1.9	21	85	5	55	53	4	4	36	1.44
19449899--19450010	58	1.9	59	85	3	154	35	16	2	45	1.61
19453769--19453912	43	3.3	43	85	1	155	34	29	16	19	1.94
19453898--19454031	43	3.1	41	71	14	110	34	22	15	27	1.94
19459523--19459748	14	15.9	14	70	13	113	38	38	0	22	1.58
19459526--19459639	7	16.3	7	77	9	81	34	42	0	23	1.55
19459526--19459748	21	10.5	21	72	15	93	39	38	0	22	1.58
19459651--19459753	7	14.4	7	77	8	64	46	30	0	22	1.58
19459579--19459747	21	8.0	21	76	8	103	39	36	0	23	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19460154--19460318	40	4.1	40	80	6	163	27	22	21	29	1.99
19460300--19460351	27	2.0	26	84	3	68	19	17	23	40	1.91
19461665--19461728	32	2.0	32	96	0	119	48	17	9	25	1.76
19465173--19465220	12	4.0	12	80	0	60	27	14	14	43	1.84
19465174--19465244	24	3.0	24	81	6	74	23	15	14	46	1.82
19465212--19465244	11	2.8	12	86	9	50	18	18	12	51	1.76
19465413--19465459	12	3.8	12	75	13	51	31	17	12	38	1.87
19465418--19465480	24	2.7	23	87	7	83	33	12	14	39	1.84
19469609--19470056	134	3.4	133	82	2	513	37	16	20	25	1.93
19469606--19470043	200	2.2	201	82	2	524	37	16	20	25	1.93
19469609--19470057	67	6.7	67	79	5	424	37	16	20	25	1.93
19484401--19484451	21	2.5	20	87	6	68	45	19	21	13	1.85
19484972--19485013	17	2.4	18	84	11	52	47	14	0	38	1.44
19487441--19487471	16	1.9	16	93	0	53	25	6	19	48	1.72
19489409--19489476	30	2.2	31	84	2	84	26	19	7	47	1.75
19492649--19492689	3	13.3	3	84	5	55	63	0	4	31	1.15
19494338--19494522	51	3.6	51	76	5	160	24	17	27	30	1.97
19500662--19500919	125	2.1	126	85	4	344	31	16	20	31	1.95
19504260--19504397	60	2.3	60	98	0	267	48	12	4	34	1.60
19504411--19504458	25	1.9	25	91	0	78	39	10	0	50	1.37
19504426--19504511	45	1.9	45	90	0	136	51	12	0	36	1.40
19505130--19505154	8	3.1	8	100	0	50	0	24	28	48	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19506796--19506893	51	1.9	51	83	8	128	45	3	24	26	1.67
19506855--19506909	11	4.9	11	75	20	60	43	1	29	25	1.65
19506855--19506909	22	2.5	22	85	8	76	43	1	29	25	1.65
19507695--19507743	19	2.6	18	81	12	53	71	4	0	24	1.03
19507695--19507743	10	5.1	9	78	9	53	71	4	0	24	1.03
19507695--19507743	20	2.5	20	83	3	64	71	4	0	24	1.03
19507791--19507853	32	1.9	33	83	3	83	61	3	3	31	1.27
19507809--19507884	9	7.4	10	76	18	50	64	1	1	32	1.10
19508398--19508437	20	2.0	20	90	4	64	40	0	0	60	0.97
19515555--19515745	51	3.8	51	82	4	235	22	16	27	33	1.95
19515665--19515745	26	3.2	26	62	28	64	22	14	28	34	1.94
19515752--19515840	45	2.0	45	90	0	142	24	17	23	33	1.96
19526198--19526224	14	1.9	14	100	0	54	0	0	7	92	0.38
19529736--19529791	20	2.8	20	86	0	67	46	10	10	32	1.73
19544298--19544346	23	2.1	23	84	0	62	30	4	18	46	1.67
19560970--19561100	43	3.0	43	86	2	183	47	2	25	25	1.64
19565273--19565350	30	2.6	30	75	0	84	25	7	23	43	1.80
19566991--19567160	78	2.2	78	98	0	331	41	21	4	32	1.72
19566991--19567160	39	4.4	39	80	0	205	41	21	4	32	1.72
19568795--19569080	50	5.6	50	83	4	286	23	28	20	27	1.99
19581414--19581588	44	4.0	44	91	1	273	47	2	24	25	1.65
19581414--19581588	87	2.0	87	92	2	289	47	2	24	25	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19592020--19592177	48	3.3	48	89	0	235	35	5	20	39	1.74
19603370--19603418	19	2.6	20	81	18	61	36	0	2	61	1.08
19609239--19609308	27	2.6	27	81	2	86	37	11	10	41	1.75
19621108--19621143	17	2.1	17	89	5	54	5	8	11	75	1.19
19631112--19631319	106	2.0	104	86	7	296	43	16	4	35	1.69
19648146--19648179	18	1.9	17	88	5	50	64	17	0	17	1.29
19648877--19648939	3	21.0	3	96	0	117	65	0	1	33	1.03
19652791--19652830	19	2.1	19	86	9	55	15	22	15	47	1.82
19656547--19656601	24	2.2	24	84	9	67	36	1	0	61	1.06
19657482--19657548	20	3.2	20	78	4	71	50	1	1	46	1.19
19657472--19657548	41	1.9	41	82	10	97	51	1	1	45	1.17
19657894--19657936	22	2.0	23	86	9	63	48	2	0	48	1.14
19658936--19658973	6	6.3	6	96	0	67	0	18	0	81	0.69
19659959--19659985	14	1.9	14	100	0	54	29	18	7	44	1.77
19668318--19668516	56	3.7	56	88	6	277	28	20	26	24	1.99
19668318--19668572	56	4.8	53	86	8	258	28	21	25	24	1.99
19668371--19668571	100	2.0	104	82	5	248	27	22	26	22	1.99
19673880--19674489	302	2.0	302	97	0	1150	33	16	24	26	1.96
19675544--19675847	50	5.8	53	79	10	322	27	19	28	24	1.99
19675544--19675847	106	2.9	104	86	2	400	27	19	28	24	1.99
19679749--19679876	61	2.1	61	89	0	193	23	28	25	23	2.00
19689050--19689079	12	2.5	12	94	0	51	6	30	40	23	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19690130--19690209	25	3.2	25	73	19	76	27	21	27	23	1.99
19694079--19694163	13	6.4	13	76	18	63	24	2	1	71	1.04
19694081--19694158	5	14.4	5	81	15	68	23	2	1	73	1.03
19694081--19694162	31	2.7	30	85	7	112	23	2	1	73	1.03
19695201--19695389	101	1.9	100	81	8	231	26	14	27	31	1.95
19695981--19696015	15	2.4	15	90	4	54	48	0	8	42	1.33
19697537--19697583	22	2.1	22	100	0	94	53	12	12	21	1.72
19699869--19699893	12	2.1	12	100	0	50	24	24	20	32	1.98
19705066--19705106	22	1.9	22	90	5	66	17	17	2	63	1.42
19707004--19707123	41	2.9	41	83	2	116	29	18	23	29	1.98
19711043--19711074	13	2.5	13	95	5	57	56	0	40	3	1.15
19711550--19711597	21	2.2	22	85	3	62	41	6	0	52	1.27
19717677--19717869	106	1.8	106	89	0	305	38	17	19	24	1.92
19722427--19722547	45	2.7	45	87	2	154	46	14	18	20	1.84
19738437--19738522	45	1.9	45	90	0	136	27	15	23	33	1.94
19749749--19749805	25	2.4	23	81	13	71	22	12	43	21	1.85
19750965--19751007	19	2.3	19	80	15	54	11	23	41	23	1.87
19751218--19751718	161	3.1	160	78	8	480	39	19	16	24	1.92
19751218--19751730	27	19.1	27	79	6	436	39	19	17	23	1.92
19753430--19753483	25	2.2	25	86	0	72	24	11	44	20	1.83
19755259--19755285	10	2.7	10	100	0	54	44	7	40	7	1.60
19764970--19765033	32	2.0	32	100	0	128	25	18	15	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19767591--19767719	49	2.6	49	82	6	154	23	24	20	31	1.98
19767591--19767837	50	4.8	52	79	6	229	23	27	21	28	1.99
19784524--19784559	13	2.8	13	91	0	54	30	33	8	27	1.86
19800504--19800565	30	2.1	30	84	0	79	46	9	9	33	1.69
19809390--19809446	21	2.7	22	78	15	66	24	1	1	71	1.04
19816270--19816346	3	25.7	3	75	12	52	29	3	2	63	1.25
19817317--19817393	37	2.1	37	95	0	136	18	27	23	31	1.97
19830232--19830330	42	2.4	42	81	3	119	18	31	26	24	1.97
19831353--19831615	43	6.1	43	82	0	294	27	26	19	26	1.99
19848753--19848779	7	3.9	7	100	0	54	55	0	0	44	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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