genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.31.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 ID=Chr13-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58321163

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

This is table  31  of  199  ( 23770 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8829248--8829301	28	1.9	28	88	0	81	40	7	7	44	1.60
8829555--8829616	8	8.0	8	76	7	56	1	19	0	79	0.82
8829556--8829600	10	4.4	10	77	5	54	0	17	0	82	0.68
8829562--8829620	25	2.5	24	83	8	75	1	20	0	77	0.85
8829897--8829937	10	3.7	11	79	20	50	0	19	0	80	0.71
8829886--8829940	13	4.6	12	76	19	53	1	18	0	80	0.81
8829886--8829939	23	2.4	22	87	9	74	1	18	0	79	0.82
8829896--8829939	22	2.0	23	90	4	72	0	20	0	79	0.73
8830266--8830295	12	2.5	12	94	0	51	0	0	16	83	0.65
8830685--8830799	59	2.0	57	81	6	133	41	6	20	31	1.77
8830791--8830825	17	2.1	17	94	0	61	20	0	5	74	1.02
8831143--8831538	81	5.1	78	84	6	486	36	19	15	28	1.92
8843132--8843197	30	2.2	30	94	0	114	18	4	36	40	1.71
8843147--8843203	18	3.4	18	66	28	54	17	1	36	43	1.60
8844560--8844686	17	7.2	16	75	17	101	45	11	14	28	1.80
8844564--8844752	18	10.6	18	73	15	115	48	12	13	25	1.78
8844544--8844686	35	4.1	34	79	7	142	44	11	14	28	1.81
8844602--8844757	54	2.9	55	78	9	153	46	12	12	27	1.78
8845773--8845812	11	3.6	11	93	0	71	0	25	0	75	0.81
8845745--8845812	21	3.2	21	78	2	73	2	29	0	67	1.05
8846462--8846496	17	2.1	17	94	0	61	20	0	5	74	1.02
8847130--8847522	194	2.0	194	90	1	610	26	23	25	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8851611--8851654	13	3.4	13	77	0	52	29	22	0	47	1.51
8851546--8851631	39	2.2	39	80	2	100	34	18	3	43	1.67
8853083--8853351	139	1.9	139	96	0	502	44	9	15	30	1.78
8856129--8856170	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
8856701--8856748	25	1.9	25	91	8	80	45	16	16	20	1.85
8857629--8857744	61	1.9	59	86	5	162	25	14	14	45	1.83
8857995--8858020	4	6.5	4	100	0	52	53	0	0	46	1.00
8858263--8858321	31	1.9	31	89	0	91	50	8	15	25	1.71
8858349--8858391	2	22.0	2	95	4	79	48	0	0	51	1.00
8872993--8873032	20	2.0	20	90	0	62	47	0	5	47	1.24
8873113--8873150	19	2.0	19	100	0	76	47	15	10	26	1.78
8873142--8873172	14	2.2	14	94	0	53	41	16	6	35	1.74
8873358--8873389	14	2.3	14	94	0	55	25	12	15	46	1.81
8876167--8876226	23	2.5	24	78	8	68	53	5	1	40	1.33
8880575--8880625	25	2.0	26	88	3	77	60	0	3	35	1.15
8891012--8891036	4	6.2	4	100	0	50	0	24	0	76	0.80
8911264--8911289	5	5.2	5	100	0	52	42	19	19	19	1.90
8912284--8912320	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
8914697--8914763	33	2.0	33	100	0	134	44	11	17	25	1.83
8917418--8917472	15	3.7	15	80	0	65	43	29	3	23	1.71
8919521--8919608	37	2.3	38	96	1	160	17	7	23	51	1.71
8919558--8919617	29	2.0	29	80	3	66	13	6	25	55	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8923140--8923176	9	4.1	9	100	0	74	35	10	43	10	1.75
8923961--8924008	25	1.9	25	100	0	96	39	4	8	47	1.53
8942350--8942379	15	2.1	15	93	6	53	60	6	0	33	1.23
8961624--8961664	19	2.0	21	90	9	68	12	26	19	41	1.87
8961841--8961888	21	2.3	20	92	3	78	43	8	27	20	1.80
8964067--8964117	2	25.5	2	87	0	75	45	3	0	50	1.20
8968348--8968413	27	2.5	26	85	4	89	77	0	19	3	0.90
8969667--8969795	44	2.9	45	81	6	154	28	24	23	23	1.99
8969660--8969795	45	3.0	45	80	6	177	30	23	23	22	1.99
8969894--8971016	44	25.6	43	64	19	211	29	18	24	27	1.98
8969809--8971044	132	9.4	132	92	0	1972	29	18	24	26	1.98
8975760--8975889	40	3.2	41	77	7	133	32	20	21	25	1.98
8976044--8976102	15	4.0	15	86	4	75	18	0	33	47	1.49
8975984--8976085	22	4.8	21	70	11	64	24	0	29	45	1.60
8976044--8976150	29	3.8	29	74	8	94	18	0	35	45	1.50
8975997--8976149	14	10.7	14	73	9	103	21	0	32	45	1.57
8976039--8976150	7	15.7	7	78	3	80	19	0	33	46	1.50
8978348--8978391	23	1.9	22	82	17	54	38	22	0	38	1.55
8978444--8978529	45	1.9	45	92	0	145	33	25	15	25	1.95
8978535--8978721	51	3.7	50	78	7	207	31	27	17	24	1.97
8978533--8978717	101	1.8	102	87	3	275	31	27	17	23	1.97
8984550--8984591	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8984541--8984582	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
8985885--8986013	47	2.7	45	77	7	132	26	13	10	49	1.74
8985992--8986034	21	2.0	21	90	0	68	25	6	16	51	1.69
8986044--8986192	77	1.9	77	86	2	210	22	10	13	53	1.70
8986121--8986210	47	1.9	47	90	0	144	24	8	13	53	1.68
8986190--8986231	21	2.0	21	90	0	66	28	4	19	47	1.69
8986143--8986279	68	2.0	68	94	0	238	27	8	13	50	1.70
8987451--8987579	43	3.0	43	82	2	161	20	19	27	32	1.97
8987830--8987870	19	2.2	19	90	0	64	21	36	0	41	1.54
8993798--8993858	32	1.9	32	87	9	90	34	4	11	49	1.61
8996024--8996054	7	4.4	7	100	0	62	38	16	16	29	1.90
8996728--8996757	14	2.1	14	93	0	51	40	6	6	46	1.56
8997283--8997328	3	15.3	3	95	0	83	63	2	0	34	1.07
8997795--8997864	16	4.4	16	94	0	95	31	0	34	34	1.58
8997843--8997933	45	2.0	44	85	2	119	32	5	26	35	1.80
9001409--9001476	35	2.0	34	82	8	84	19	2	35	42	1.66
9001979--9002026	14	3.5	13	77	8	51	52	16	2	29	1.56
9008365--9008407	15	2.7	16	82	7	52	67	2	2	27	1.15
9010179--9010230	18	2.9	18	75	11	61	28	1	7	61	1.34
9016494--9016545	22	2.5	20	80	14	61	71	0	5	23	1.07
9022051--9022107	30	1.9	30	92	7	98	29	12	15	42	1.84
9022809--9022897	28	3.2	28	76	16	87	32	17	26	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9031152--9031185	2	17.0	2	93	0	59	47	0	0	52	1.00
9032996--9033211	44	4.9	44	87	1	299	25	25	21	28	1.99
9039993--9040017	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
9040216--9040293	41	1.9	41	94	0	138	28	20	23	28	1.99
9040216--9040318	41	2.5	42	84	12	135	29	20	21	29	1.98
9040540--9040654	37	3.1	37	91	0	176	33	6	25	34	1.83
9040540--9040667	37	3.6	35	88	4	125	31	8	25	34	1.86
9048716--9048749	2	17.0	2	93	0	59	47	0	0	52	1.00
9050125--9050176	27	2.0	26	85	11	70	19	0	9	71	1.13
9050254--9050292	6	6.3	6	82	5	51	79	2	15	2	0.95
9053914--9054038	64	2.0	64	86	0	178	19	18	26	36	1.94
9054081--9054126	24	1.9	24	86	0	65	17	21	21	39	1.93
9056293--9056330	20	1.9	20	88	0	58	47	0	5	47	1.24
9056403--9056433	16	2.0	16	93	6	55	41	0	0	58	0.98
9061021--9061089	32	2.2	32	97	0	129	10	14	28	46	1.77
9067166--9067214	20	2.5	20	86	0	62	4	14	10	71	1.27
9067637--9067691	21	2.6	21	76	0	56	45	20	20	14	1.85
9067661--9067781	42	2.9	41	80	4	143	40	14	23	20	1.90
9067860--9067907	24	2.0	24	95	0	87	27	25	6	41	1.79
9072375--9072439	25	2.6	25	85	4	87	24	18	20	36	1.94
9080027--9080090	29	2.2	29	80	2	67	23	17	20	39	1.92
9086406--9086466	18	3.4	18	65	17	54	32	9	22	34	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9094483--9094525	21	2.0	21	86	8	61	41	0	2	55	1.12
9094492--9094534	21	2.2	20	83	8	52	44	0	2	53	1.13
9094924--9094962	17	2.3	17	86	0	60	79	0	20	0	0.73
9094915--9094960	22	2.0	23	87	12	67	80	0	19	0	0.71
9095123--9095241	60	2.0	60	94	0	211	33	0	12	53	1.39
9097452--9097493	6	7.0	6	88	0	66	30	30	35	2	1.71
9097632--9097734	33	3.1	34	77	4	95	13	40	14	31	1.85
9101191--9101248	27	2.2	26	87	3	80	20	31	22	25	1.98
9101287--9101669	192	2.0	194	90	3	603	42	10	12	33	1.78
9103728--9103755	14	2.0	14	100	0	56	28	21	7	42	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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