genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 ID=Chr13-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58321163

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

This is table  70  of  199  ( 23770 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20817176--20817287	15	7.8	14	72	15	86	74	1	19	4	1.09
20821349--20821398	16	3.2	15	78	10	55	28	18	28	26	1.98
20822538--20822596	17	3.4	17	72	11	57	61	5	10	23	1.48
20822532--20822603	35	2.2	30	79	18	81	55	4	15	25	1.58
20824707--20824745	16	2.4	16	86	0	51	51	2	25	20	1.60
20827512--20827645	30	4.5	30	77	9	130	25	23	11	39	1.89
20827601--20827786	60	3.1	59	81	1	210	25	23	11	38	1.89
20827512--20827704	89	2.2	89	84	1	253	24	23	12	39	1.89
20827537--20827786	30	8.4	31	70	9	153	24	24	12	39	1.89
20828232--20828271	21	1.9	21	84	0	53	37	15	10	37	1.80
20830028--20830300	29	9.4	29	77	2	271	39	11	26	23	1.88
20830019--20830300	58	4.8	59	80	2	304	39	11	25	23	1.89
20830014--20830314	117	2.6	117	78	5	313	38	12	25	23	1.90
20833082--20833131	25	2.0	25	88	0	73	22	14	20	44	1.86
20833121--20833205	25	3.5	24	80	7	100	30	17	25	25	1.97
20836199--20836273	39	1.9	39	86	5	107	32	13	13	41	1.83
20854749--20854777	12	2.3	13	94	5	51	65	6	6	20	1.40
20856791--20856862	33	2.2	33	82	0	81	33	18	11	37	1.86
20856808--20856874	33	2.0	33	100	0	134	23	17	16	41	1.89
20858044--20858116	36	2.0	36	100	0	146	45	19	5	30	1.73
20868259--20868295	13	2.8	13	83	0	56	62	8	13	16	1.54
20879776--20879953	45	4.0	45	84	4	229	27	16	22	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20882945--20883196	40	6.3	40	80	2	256	29	15	30	25	1.95
20882983--20883087	20	5.2	20	62	8	52	29	13	30	26	1.94
20882946--20883179	80	3.0	78	83	3	290	29	15	29	25	1.96
20883041--20883105	20	3.2	20	70	8	51	30	9	30	29	1.88
20889675--20889742	20	3.4	20	81	4	75	36	22	32	8	1.85
20895010--20895197	27	6.9	27	79	8	132	22	16	20	40	1.91
20895039--20895199	27	5.9	27	80	9	139	23	15	19	41	1.89
20899741--20899775	17	2.1	17	100	0	70	40	5	34	20	1.76
20902925--20903017	27	3.5	26	70	15	73	31	26	23	18	1.97
20903191--20903468	27	10.3	27	90	2	360	23	15	19	42	1.89
20905710--20905786	20	3.8	20	67	6	66	40	20	27	11	1.87
20923478--20923527	26	1.9	26	95	0	91	24	16	20	40	1.91
20924652--20924780	53	2.4	53	89	1	186	24	21	32	20	1.98
20939654--20939693	11	3.6	11	89	0	62	22	12	45	20	1.84
20953694--20953719	12	2.2	12	100	0	52	23	46	15	15	1.83
20956481--20956516	18	1.9	19	94	5	65	8	27	30	33	1.86
20961082--20961152	29	2.4	29	85	0	88	18	21	22	38	1.94
20964015--20964086	26	2.7	27	80	8	85	13	18	34	33	1.90
20965737--20965901	52	3.3	51	89	5	237	26	30	14	28	1.95
20967408--20967448	13	3.1	13	85	3	55	39	2	9	48	1.49
20967409--20967449	14	3.0	14	85	3	57	39	2	12	46	1.54
20968784--20968977	102	1.9	102	88	3	293	25	17	26	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20968780--20968966	51	3.7	50	78	4	223	24	17	27	31	1.97
20968972--20969066	45	2.1	45	88	0	145	26	16	24	32	1.96
20974616--20974664	25	2.0	25	83	0	62	22	16	16	44	1.86
20993679--20993783	21	5.1	21	62	13	56	33	15	31	20	1.93
20993652--20993823	82	2.1	81	86	3	238	36	13	29	20	1.91
20993648--20993823	41	4.3	41	81	4	187	35	13	30	21	1.92
20999257--20999283	6	4.5	6	100	0	54	85	0	14	0	0.61
21003315--21003341	6	4.5	6	100	0	54	85	0	14	0	0.61
21006752--21006932	45	4.1	45	84	1	231	27	15	23	33	1.95
21030399--21030437	18	2.2	18	90	9	62	71	2	20	5	1.17
21032208--21032279	33	2.1	34	92	2	119	38	6	13	40	1.72
21043318--21043356	15	2.6	15	87	0	60	53	0	2	43	1.14
21043318--21043363	15	3.1	15	83	0	56	56	0	2	41	1.11
21047463--21047492	16	1.9	16	93	6	53	50	20	0	30	1.49
21048678--21048924	29	8.5	29	71	7	117	23	22	13	40	1.90
21048732--21048924	87	2.2	87	87	2	273	24	22	12	40	1.89
21048732--21048917	58	3.2	59	75	5	157	24	22	12	40	1.88
21050746--21050809	31	2.1	31	96	0	119	35	18	7	37	1.80
21053766--21053922	65	2.4	65	88	3	219	28	11	13	47	1.77
21057127--21057153	14	1.9	14	100	0	54	14	25	22	37	1.93
21057647--21057686	21	1.9	21	84	0	53	40	20	20	20	1.92
21057951--21058105	65	2.4	65	90	1	238	28	13	11	46	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21058031--21058077	19	2.5	19	82	0	58	19	8	12	59	1.58
21058595--21058666	35	2.1	35	83	0	90	27	20	19	31	1.97
21060643--21060794	65	2.3	64	90	3	232	28	13	14	42	1.84
21064250--21064287	20	1.9	20	88	0	58	21	23	2	52	1.59
21064249--21064294	20	2.3	19	82	10	56	21	23	2	52	1.58
21067693--21067995	20	15.3	20	68	13	126	36	16	30	15	1.91
21067692--21068011	40	8.1	40	86	2	421	36	17	30	16	1.91
21068965--21069008	21	2.1	21	91	0	70	40	13	9	36	1.76
21068970--21069020	21	2.4	21	90	0	75	43	13	9	33	1.77
21070050--21070191	41	3.5	41	85	0	187	33	16	30	19	1.94
21075983--21076124	46	3.1	46	87	0	203	24	17	24	33	1.97
21075983--21076124	23	6.2	23	81	0	149	24	17	24	33	1.97
21077277--21077409	49	2.7	49	85	0	185	27	12	25	35	1.91
21078267--21078324	29	2.0	29	93	0	98	32	15	5	46	1.68
21079851--21079964	33	3.4	33	82	2	138	40	33	9	16	1.81
21081799--21081913	40	2.9	39	83	5	149	38	19	26	16	1.92
21081845--21081906	20	3.1	20	72	9	63	38	17	25	17	1.92
21082098--21082140	14	2.9	14	77	12	50	44	13	0	41	1.44
21089282--21089607	164	2.0	163	86	4	451	39	17	9	33	1.82
21092734--21092788	10	5.6	10	75	12	51	60	1	5	32	1.30
21092724--21092807	29	2.9	29	77	8	93	58	1	7	33	1.33
21094831--21095713	50	17.7	50	71	5	604	22	20	24	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21094755--21095723	100	9.7	100	88	2	1266	22	21	24	31	1.98
21095762--21096134	44	8.0	44	68	19	204	27	22	18	31	1.97
21095762--21096132	142	2.6	142	92	0	609	27	22	18	31	1.97
21102588--21102635	20	2.5	19	83	9	62	56	0	4	39	1.19
21103256--21103301	21	2.3	20	78	14	51	45	17	6	30	1.73
21112519--21112580	30	2.1	30	84	6	81	45	8	11	35	1.70
21119081--21119106	9	2.9	9	100	0	52	46	0	0	53	1.00
21127104--21127136	10	3.3	10	95	0	57	63	9	0	27	1.24
21131157--21131534	27	14.1	27	82	3	334	43	19	15	21	1.87
21133866--21133912	23	2.0	23	100	0	94	40	12	4	42	1.63
21137365--21137551	50	3.7	50	79	4	189	26	20	29	22	1.99
21137371--21137551	100	1.8	100	82	2	238	26	19	30	22	1.98
21144629--21144957	49	6.8	49	73	12	243	28	20	27	23	1.99
21144573--21144859	99	3.0	95	77	8	258	27	20	28	23	1.99
21144637--21144958	148	2.2	146	92	4	553	27	21	27	23	1.99
21156761--21156891	25	5.3	25	80	1	147	22	17	24	35	1.95
21156741--21156891	49	3.1	49	81	2	169	23	17	21	37	1.94
21163051--21163135	25	3.4	24	75	16	75	31	15	28	24	1.95
21166474--21166522	26	2.0	26	84	8	66	53	8	12	26	1.66
21175261--21175355	45	2.1	45	86	0	136	27	18	24	29	1.98
21178804--21179469	353	1.9	353	93	0	1152	40	9	17	33	1.81
21179785--21179816	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21181142--21181329	51	3.7	51	90	2	297	23	17	28	31	1.96
21181229--21181309	25	3.2	25	63	27	62	23	13	30	32	1.93
21181335--21181429	45	2.1	45	82	3	120	27	18	21	32	1.97
21184179--21184364	50	3.7	50	79	5	205	30	27	18	23	1.97
21184177--21184360	101	1.8	100	87	4	271	30	27	18	23	1.97
21184531--21184573	19	2.3	19	95	0	77	46	11	2	39	1.53
21198860--21198955	41	2.3	41	85	3	122	19	19	22	37	1.94
21198890--21198970	41	2.0	41	87	0	117	18	22	24	34	1.96
21199093--21199192	46	2.2	46	96	1	184	43	8	12	37	1.71
21206865--21206917	25	2.1	25	83	13	65	56	0	3	39	1.17

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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