genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.47.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 ID=Chr13-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58321163

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13698762--13699072	170	1.8	170	88	1	480	28	17	24	29	1.97
13699210--13699381	44	3.9	44	66	8	107	29	23	24	22	1.99
13699053--13699394	132	2.6	132	85	2	438	30	19	24	25	1.98
13699476--13699569	44	2.1	45	82	5	111	29	15	25	28	1.96
13699902--13699946	22	2.0	23	86	4	65	37	6	15	40	1.74
13700616--13700653	9	4.1	9	96	3	67	13	0	0	86	0.56
13700664--13700707	23	2.0	22	90	4	70	34	6	2	56	1.38
13700693--13700730	9	4.3	9	80	6	51	28	2	2	65	1.19
13702744--13702791	20	2.5	18	80	12	51	25	8	4	62	1.41
13703868--13703938	32	2.2	32	87	0	97	32	11	11	45	1.75
13705175--13705269	38	2.5	38	82	3	111	42	17	11	28	1.85
13711140--13711175	18	1.9	19	88	5	56	52	19	5	22	1.66
13711784--13711926	38	3.8	38	87	5	175	32	21	18	27	1.97
13722733--13722834	44	2.3	44	75	1	123	31	20	19	28	1.97
13727517--13727649	64	2.1	64	92	2	223	49	14	7	28	1.70
13746070--13746130	2	30.5	2	79	0	50	36	1	4	57	1.30
13746070--13746130	24	2.5	24	81	0	77	36	1	4	57	1.30
13753022--13753063	21	2.0	21	86	9	59	73	0	11	14	1.09
13754347--13754498	44	3.5	44	70	4	128	25	21	25	27	1.99
13754307--13754544	88	2.7	88	86	1	352	27	19	25	27	1.99
13754921--13755075	49	3.1	49	68	5	150	29	21	23	25	1.99
13754970--13755125	50	3.1	50	71	1	170	27	21	25	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13754771--13755148	99	3.9	99	87	5	538	28	21	23	26	1.99
13756858--13756920	33	1.9	32	87	3	90	46	33	9	11	1.72
13758117--13758183	2	33.5	2	81	0	62	37	1	4	56	1.29
13758550--13758600	27	1.9	26	84	4	66	21	5	5	66	1.35
13763766--13763791	11	2.4	11	100	0	52	53	7	0	38	1.30
13763756--13763893	40	3.5	39	81	10	156	61	1	1	35	1.14
13763813--13763845	16	2.0	17	88	5	50	54	0	0	45	0.99
13763829--13763874	25	1.9	24	86	8	67	58	0	4	36	1.18
13768001--13768386	199	1.9	199	87	2	569	29	21	22	26	1.99
13767999--13768403	100	4.1	99	87	3	537	30	20	22	26	1.98
13768049--13768323	50	5.5	50	63	2	158	30	20	22	26	1.98
13768629--13768735	44	2.4	44	78	6	108	34	20	19	25	1.96
13770784--13770814	16	1.9	16	93	0	53	64	3	6	25	1.33
13770964--13771965	525	1.9	526	89	3	1579	31	15	16	36	1.91
13772399--13772460	28	2.3	28	83	5	83	38	3	0	58	1.15
13772422--13772464	20	2.2	20	91	4	70	32	0	0	67	0.91
13773231--13773274	3	14.7	3	100	0	88	65	0	0	34	0.93
13774947--13774971	10	2.5	10	100	0	50	32	20	0	48	1.50
13777154--13777219	28	2.3	27	82	10	78	33	0	3	63	1.10
13778705--13778760	22	2.5	24	77	8	64	57	3	5	33	1.39
13779282--13779319	14	2.7	14	87	0	58	18	18	7	55	1.66
13779281--13779332	14	3.7	14	81	0	50	23	15	5	55	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13786685--13786714	16	1.9	15	93	6	51	46	16	10	26	1.78
13793295--13793340	20	2.3	19	85	10	65	41	19	26	13	1.88
13793303--13793342	20	2.0	20	95	0	71	45	17	25	12	1.83
13797691--13797743	10	5.2	10	75	20	56	77	0	1	20	0.87
13804181--13804364	51	3.6	51	81	4	194	30	27	14	27	1.95
13812739--13812772	14	2.2	16	90	10	54	79	0	20	0	0.73
13812740--13812772	15	2.1	16	88	5	50	81	0	18	0	0.68
13821510--13821645	51	2.7	50	82	1	155	30	26	16	27	1.97
13825631--13825660	15	1.9	16	93	6	53	36	0	46	16	1.47
13826322--13826368	23	2.0	23	100	0	94	21	17	14	46	1.83
13830145--13830181	17	2.2	17	100	0	74	27	10	24	37	1.88
13832568--13832765	50	3.8	50	79	4	207	23	28	20	27	1.99
13832568--13832754	100	1.8	103	83	6	254	23	28	20	27	1.99
13837930--13837980	25	2.0	25	85	14	70	33	15	1	49	1.56
13838233--13838287	25	2.2	26	90	3	85	30	12	25	30	1.93
13838242--13838300	25	2.4	25	88	0	82	28	15	28	27	1.96
13838289--13838528	25	9.7	25	68	11	93	37	21	23	18	1.94
13839350--13839394	19	2.4	18	85	3	54	0	24	2	73	0.95
13839362--13839399	14	2.7	14	80	15	51	2	18	2	76	1.02
13839368--13839415	21	2.5	20	83	10	55	4	16	6	72	1.20
13839362--13839432	35	2.1	33	82	10	81	7	14	4	74	1.18
13839445--13839493	18	2.5	19	78	15	55	48	4	0	46	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13859618--13859773	44	3.5	43	81	7	163	30	21	25	23	1.99
13872234--13872288	27	2.0	27	92	0	92	29	0	54	16	1.42
13874674--13874721	22	2.2	22	85	3	62	35	2	0	62	1.07
13875532--13875609	40	2.0	40	86	0	111	23	29	26	20	1.99
13876364--13876406	21	2.0	22	86	4	61	51	34	0	13	1.42
13896913--13896965	25	2.1	25	85	0	70	13	13	15	58	1.64
13897624--13897675	21	2.4	21	87	9	70	73	3	1	21	1.10
13897777--13897815	20	2.0	19	85	14	53	20	2	0	76	0.90
13898958--13899001	12	3.8	12	81	3	54	40	0	0	59	0.98
13899907--13899955	21	2.3	21	79	6	55	34	36	26	2	1.68
13900171--13900471	138	2.2	135	82	5	347	47	26	0	25	1.55
13900173--13900471	23	13.1	23	76	12	242	47	26	0	25	1.55
13900263--13900471	112	1.8	113	86	3	303	47	25	0	26	1.56
13900465--13900708	116	2.1	115	93	4	420	39	8	6	45	1.61
13903681--13904049	123	3.0	124	91	1	598	31	22	15	30	1.95
13905630--13905744	49	2.3	49	83	0	131	24	15	28	31	1.96
13909357--13909401	21	2.2	21	84	7	58	46	22	22	8	1.79
13909429--13909510	42	2.0	42	90	4	130	46	18	19	15	1.84
13919531--13919585	23	2.3	23	96	3	101	40	21	21	16	1.91
13920895--13920940	22	2.1	22	87	0	65	39	19	19	21	1.93
13921481--13921640	78	2.1	78	96	0	293	25	4	28	42	1.74
13922843--13923131	144	2.0	144	95	0	524	36	17	17	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13924566--13924616	3	17.0	3	100	0	102	66	0	0	33	0.92
13925856--13925883	4	7.0	4	100	0	56	25	0	0	75	0.81
13931281--13931306	5	5.2	5	100	0	52	19	0	0	80	0.71
13933207--13933359	42	3.6	42	80	3	130	43	18	21	16	1.88
13933293--13933366	21	3.5	21	75	0	76	45	16	18	18	1.85
13944025--13944063	20	2.1	18	90	9	60	58	0	28	12	1.34
13944854--13944923	22	3.2	21	68	8	59	34	5	20	40	1.76
13946026--13946183	85	1.9	85	84	5	212	29	17	15	37	1.91
13947736--13947995	75	3.6	75	74	19	216	41	5	8	45	1.57
13952703--13952734	10	3.2	10	90	0	55	0	0	40	59	0.97
13958551--13958581	4	7.8	4	92	0	53	0	0	22	77	0.77
13962882--13962917	16	2.2	16	95	0	63	52	13	5	27	1.63
13963000--13963061	10	6.3	10	74	9	56	25	1	3	69	1.13
13963000--13963061	20	3.1	20	84	6	81	25	1	3	69	1.13
13969760--13969789	12	2.5	12	94	0	51	0	20	50	30	1.49
13979846--13979883	19	2.0	19	85	10	51	52	7	21	18	1.70
13984019--13984073	27	2.0	27	96	0	101	29	12	14	43	1.82
13985859--13985901	15	2.9	15	85	0	59	41	9	16	32	1.80
13985860--13985909	15	3.4	14	81	8	55	44	10	18	28	1.81
13987561--13987619	30	2.0	30	86	0	82	37	8	25	28	1.85
13988077--13988266	23	8.3	23	84	0	236	23	21	24	31	1.98
13988076--13988266	69	2.8	69	90	0	274	23	20	24	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13995071--13995097	8	3.4	8	100	0	54	40	11	0	48	1.39
13996561--13996598	19	2.0	19	94	0	67	23	15	0	60	1.35
13999471--13999500	2	15.0	2	100	0	60	50	50	0	0	1.00
13999500--13999543	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
14001261--14001293	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
14009270--14009308	17	2.3	17	86	8	53	69	5	2	23	1.21
14010520--14010556	9	4.1	9	89	0	56	48	13	8	29	1.71
14014886--14014994	38	2.9	38	79	5	123	36	29	18	15	1.92
14020496--14020574	39	2.0	39	100	0	158	25	2	25	46	1.65
14030235--14030380	38	3.7	38	73	13	114	36	32	17	13	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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