genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.83.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 ID=Chr13-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58321163

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   

This is table  83  of  199  ( 23770 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24999456--24999646	86	2.2	86	85	1	258	42	18	16	22	1.89
25008080--25008105	13	2.0	13	100	0	52	61	23	0	15	1.33
25010521--25010548	13	2.2	13	100	0	56	35	7	14	42	1.73
25034600--25034632	6	5.7	6	92	7	59	15	0	0	84	0.61
25041705--25041735	13	2.4	13	100	0	62	32	12	0	54	1.38
25044124--25044156	17	1.9	17	88	11	50	42	9	12	36	1.74
25044417--25044635	30	7.4	29	76	7	102	36	12	26	24	1.91
25044474--25044695	30	7.4	30	79	4	146	40	12	25	22	1.89
25044474--25044766	60	4.9	59	71	6	162	39	13	23	23	1.90
25045275--25045340	25	2.6	25	85	2	78	42	6	22	28	1.77
25045292--25045341	25	2.0	25	92	0	82	42	6	20	32	1.76
25049991--25050015	11	2.3	11	100	0	50	16	56	0	28	1.41
25061416--25061442	5	5.4	5	100	0	54	40	0	18	40	1.51
25062170--25062246	34	2.3	34	79	4	84	15	9	23	51	1.71
25062089--25062377	107	2.7	107	92	0	470	24	6	23	44	1.78
25063524--25063612	37	2.4	37	88	0	142	41	14	7	35	1.75
25063827--25063892	33	2.0	33	96	0	123	42	13	6	37	1.69
25065452--25065478	11	2.5	11	100	0	54	22	7	18	51	1.70
25066953--25067159	91	2.3	91	90	1	317	45	3	4	46	1.39
25066948--25067159	45	4.6	45	65	21	111	45	3	4	46	1.40
25067074--25067134	28	2.2	28	85	5	81	45	0	3	50	1.17
25067163--25067494	54	5.6	57	67	20	193	42	2	4	50	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25067175--25067592	120	3.5	120	96	1	766	42	2	5	49	1.38
25067309--25067354	16	2.9	16	78	12	51	45	0	2	52	1.13
25067420--25067471	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
25067368--25067555	61	3.1	61	70	14	199	42	1	6	48	1.39
25067549--25067590	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
25067540--25067581	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
25067802--25067832	16	1.9	16	100	0	62	19	35	6	38	1.77
25067933--25067993	29	2.1	28	81	3	68	24	16	13	45	1.83
25075695--25075747	7	7.6	7	95	0	97	56	13	1	28	1.47
25077026--25077052	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
25077363--25077977	308	2.0	309	99	0	1214	31	16	14	37	1.88
25078293--25078370	39	2.0	39	100	0	156	23	15	17	43	1.87
25084842--25085035	69	2.8	68	74	9	194	54	4	7	34	1.49
25084868--25084996	23	5.7	22	77	12	102	56	3	7	32	1.43
25084842--25085046	46	4.4	45	75	11	141	55	4	6	33	1.46
25097021--25097061	18	2.2	19	91	4	66	58	0	2	39	1.11
25099706--25099758	11	4.6	11	76	15	54	28	5	5	60	1.42
25103946--25104002	26	2.2	26	93	0	96	75	12	3	8	1.16
25103946--25104052	35	3.1	34	82	6	119	73	9	7	9	1.24
25103953--25104029	20	3.8	20	71	10	66	74	10	7	7	1.23
25104041--25104085	22	2.1	21	87	4	63	77	0	20	2	0.87
25104929--25104992	7	9.0	7	83	16	71	70	0	14	15	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25106307--25106889	50	11.7	50	72	5	469	32	22	18	25	1.97
25106281--25106965	100	6.8	100	91	0	992	32	22	19	25	1.97
25106281--25106938	50	13.2	49	69	5	357	32	22	19	25	1.97
25124817--25124893	33	2.3	33	84	2	91	27	23	25	23	2.00
25124990--25125096	26	4.1	26	88	0	151	36	21	20	21	1.95
25125235--25125528	27	10.9	27	85	0	374	18	16	22	42	1.88
25125901--25125945	23	2.0	23	95	0	81	44	11	6	37	1.66
25126920--25126981	25	2.5	25	86	0	88	24	20	22	32	1.98
25136235--25136267	16	2.0	17	88	5	50	45	3	12	39	1.57
25145805--25145987	91	2.0	91	100	0	366	27	17	25	29	1.97
25152116--25152151	18	2.0	18	100	0	72	38	16	5	38	1.72
25158429--25158456	14	2.0	14	100	0	56	57	0	7	35	1.26
25158406--25158455	26	1.9	26	84	8	66	54	4	4	38	1.38
25161689--25161717	14	2.1	14	100	0	58	31	0	13	55	1.39
25167456--25167551	34	2.9	34	80	6	106	46	17	20	14	1.83
25169463--25169568	54	2.0	53	88	1	158	33	11	14	40	1.81
25170232--25170277	22	2.1	22	100	0	92	41	4	4	50	1.42
25170238--25170294	22	2.9	18	84	10	60	43	5	3	47	1.43
25170398--25170429	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
25174309--25174356	24	2.0	24	88	8	71	33	0	6	60	1.22
25181848--25181881	12	2.8	12	95	0	59	23	20	44	11	1.84
25183069--25183170	27	3.8	27	82	7	118	28	26	12	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25195453--25195559	42	2.5	42	74	5	101	17	23	16	42	1.89
25196092--25196123	14	2.3	14	100	0	64	21	6	25	46	1.74
25207609--25207676	21	3.3	21	70	15	70	32	7	20	39	1.80
25207589--25207676	40	2.2	41	89	2	133	30	6	20	42	1.78
25222646--25222704	31	1.9	30	83	10	75	37	6	16	38	1.76
25228763--25228869	25	4.3	25	74	17	98	28	25	23	23	2.00
25228803--25228883	24	3.3	24	84	5	92	27	25	23	23	2.00
25234793--25234833	16	2.4	18	76	12	50	78	0	9	12	0.98
25239450--25239522	22	3.3	23	78	10	73	13	19	24	42	1.87
25266218--25266259	17	2.4	17	88	11	59	11	16	7	64	1.48
25274615--25274816	30	6.7	30	88	0	287	28	27	11	32	1.92
25278628--25278676	25	2.0	25	95	0	89	42	14	4	38	1.64
25280192--25280235	20	2.2	20	87	0	61	31	4	0	63	1.14
25281305--25281388	44	1.9	44	80	9	100	38	13	26	22	1.91
25281479--25281609	31	4.2	31	74	1	102	41	18	19	19	1.90
25281459--25281610	62	2.5	62	76	6	146	40	17	21	21	1.92
25285583--25285631	19	2.6	19	96	0	89	48	34	4	12	1.59
25296261--25296528	31	8.8	31	80	4	296	43	18	7	30	1.77
25296261--25296528	91	2.9	92	86	3	364	43	18	7	30	1.77
25296261--25296528	61	4.4	61	79	5	317	43	18	7	30	1.77
25303476--25303742	31	8.7	31	87	2	344	43	16	9	31	1.79
25303476--25303731	92	2.8	92	89	0	370	42	16	8	31	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25303476--25303742	61	4.4	61	85	2	347	43	16	9	31	1.79
25303482--25303762	92	3.1	90	84	5	339	43	15	8	32	1.78
25307155--25307285	31	4.2	31	73	7	122	44	12	20	22	1.85
25308100--25308127	12	2.3	12	100	0	56	14	14	21	50	1.78
25316590--25316655	34	1.9	34	100	0	132	46	15	9	28	1.76
25317458--25317588	62	2.1	62	81	8	151	43	20	16	19	1.88
25317483--25317588	31	3.4	31	74	5	99	43	20	16	18	1.88
25321640--25321898	111	2.3	111	82	3	290	30	12	8	49	1.69
25321688--25321928	111	2.2	111	82	3	279	31	9	7	50	1.65
25322757--25322785	12	2.5	12	94	5	51	48	3	0	48	1.18
25328664--25328696	17	1.9	17	88	11	50	66	0	9	24	1.20
25334140--25334171	16	1.9	17	93	6	57	46	3	0	50	1.17
25335287--25335312	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
25337049--25337089	18	2.4	17	87	4	55	46	0	2	51	1.14
25337049--25337097	17	2.8	18	87	3	64	44	0	4	51	1.20
25338469--25338533	22	3.0	22	81	6	78	52	16	13	16	1.75
25343992--25344034	15	2.7	16	82	7	52	44	2	20	32	1.65
25349526--25349564	20	1.9	20	84	5	51	51	17	2	28	1.59
25351859--25351901	20	2.2	19	88	12	61	4	6	9	79	1.06
25360268--25360452	30	6.2	30	73	12	121	40	12	22	24	1.88
25360455--25360518	29	2.2	30	88	8	96	37	17	28	17	1.92
25360268--25360573	118	2.6	117	83	5	391	39	14	23	22	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25364520--25364864	51	6.9	48	80	5	294	29	15	24	30	1.96
25364520--25364863	102	3.4	102	85	3	410	29	15	24	30	1.96
25364570--25364857	51	5.7	50	83	2	299	29	15	24	30	1.96
25371076--25371108	13	2.7	13	90	9	52	36	12	15	36	1.84
25372276--25372551	51	5.4	50	77	6	243	30	15	25	29	1.96
25372276--25372515	102	2.4	102	91	1	374	30	14	25	29	1.95
25372505--25372587	36	2.3	36	93	0	148	32	16	20	30	1.95
25376905--25377092	51	3.7	50	85	3	243	30	28	16	25	1.97
25377006--25377038	14	2.5	13	90	9	50	39	27	9	24	1.85
25386493--25386733	61	3.9	61	84	0	275	26	26	14	32	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199