genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.55.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 ID=Chr13-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58321163

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16162579--16162827	50	4.8	50	83	3	282	20	28	23	27	1.99
16162578--16162827	100	2.4	104	86	5	337	20	28	23	27	1.99
16162922--16162952	13	2.4	13	94	0	53	54	12	0	32	1.38
16167038--16167074	19	2.0	19	89	5	58	54	0	18	27	1.44
16167112--16167163	27	1.9	27	84	7	70	53	3	9	32	1.51
16168605--16168646	22	1.9	22	85	9	59	7	19	2	71	1.20
16168949--16168987	20	2.0	21	85	10	55	35	0	2	61	1.10
16170646--16170678	15	2.3	15	89	5	50	57	0	12	30	1.35
16170732--16170775	18	2.4	18	88	11	63	15	6	4	72	1.22
16170732--16170777	17	2.5	18	82	13	58	17	6	4	71	1.24
16174897--16174921	9	2.8	9	100	0	50	24	32	8	36	1.84
16183241--16183290	3	16.3	3	95	4	91	66	0	0	34	0.92
16183768--16183823	19	2.9	19	94	0	103	37	16	8	37	1.80
16183745--16183823	38	2.0	40	87	9	117	39	16	7	36	1.77
16183761--16183832	38	2.0	36	86	10	103	37	15	9	37	1.80
16187251--16187308	3	19.3	3	100	0	116	67	0	0	32	0.91
16194593--16194640	2	24.0	2	100	0	96	50	50	0	0	1.00
16195318--16195349	5	6.4	5	100	0	64	40	0	0	59	0.97
16199167--16199197	2	16.0	2	93	6	55	51	0	0	48	1.00
16202714--16202749	18	1.9	19	88	5	56	25	0	27	47	1.52
16202949--16202990	22	1.9	22	90	0	66	21	19	23	35	1.96
16206983--16207017	7	4.9	7	89	3	52	40	42	0	17	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16211659--16211733	39	1.9	39	86	0	105	16	17	29	37	1.91
16212262--16212293	15	2.0	17	88	11	50	46	0	31	21	1.52
16217139--16217418	124	2.3	124	94	1	499	29	15	21	33	1.94
16219422--16219579	56	2.8	56	93	0	280	42	10	10	36	1.74
16219574--16219830	29	8.9	29	82	13	323	27	0	27	44	1.57
16219633--16219761	35	4.0	35	83	16	172	27	0	28	44	1.55
16219725--16219895	47	3.5	47	90	4	243	28	0	26	45	1.54
16219806--16219902	18	5.8	18	79	16	118	28	0	22	48	1.51
16219898--16219961	25	2.5	26	87	2	103	37	12	1	48	1.51
16221774--16221829	25	2.3	25	80	14	64	62	5	0	32	1.18
16221920--16221986	10	6.6	10	74	3	62	65	0	0	34	0.93
16221920--16221986	30	2.2	31	97	2	127	65	0	0	34	0.93
16222021--16222070	22	2.3	23	89	6	77	36	4	36	24	1.74
16222043--16222100	30	1.9	30	96	0	107	36	0	36	27	1.57
16222019--16222121	52	2.0	52	92	3	172	35	1	33	29	1.69
16222072--16222121	22	2.3	22	92	0	82	38	0	32	30	1.58
16226982--16227018	19	1.9	19	88	0	56	72	5	2	18	1.15
16227685--16227758	30	2.6	28	81	8	80	45	0	4	50	1.20
16227792--16227837	20	2.2	21	88	11	69	28	0	2	69	1.00
16233658--16233718	19	3.3	19	71	17	65	52	1	37	8	1.41
16233661--16233734	36	2.1	36	92	0	121	51	2	37	8	1.46
16235450--16235643	50	3.9	50	79	4	196	28	21	27	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16239918--16239965	5	9.6	5	91	8	80	81	0	0	18	0.70
16239918--16239958	14	2.9	14	96	3	73	80	0	0	19	0.71
16239916--16239965	24	2.0	25	96	3	93	80	0	0	20	0.72
16244881--16244927	20	2.2	21	82	14	53	46	0	27	25	1.53
16250285--16250358	38	1.9	38	91	0	121	28	16	21	33	1.95
16252495--16252685	50	3.7	50	79	8	190	27	20	28	23	1.99
16252496--16252734	49	4.7	50	80	6	216	28	20	27	23	1.99
16252934--16252972	12	3.2	12	85	0	51	51	5	23	20	1.67
16252935--16252977	20	2.2	20	91	0	68	53	6	23	16	1.67
16259016--16259414	50	7.8	50	84	4	451	23	29	20	27	1.99
16266518--16266546	11	2.6	11	100	0	58	51	0	0	48	1.00
16266506--16266569	29	2.2	28	76	13	67	59	0	0	40	0.97
16267194--16267278	38	2.2	38	81	8	102	32	3	0	63	1.11
16268693--16268939	50	4.8	51	83	10	256	27	21	27	23	1.99
16274522--16274573	26	2.0	26	96	0	95	38	7	17	36	1.78
16276061--16276255	50	3.8	50	82	6	221	26	21	28	23	1.99
16293135--16293383	50	4.8	50	84	3	282	20	29	23	26	1.99
16293134--16293383	100	2.4	104	86	6	339	20	29	23	26	1.99
16293478--16293509	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
16296638--16296721	46	1.9	45	83	11	113	58	3	3	34	1.33
16297221--16297291	32	2.2	32	90	2	108	38	40	9	11	1.74
16300505--16300541	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16301545--16301570	5	5.2	5	100	0	52	19	19	19	42	1.90
16306376--16306408	7	4.7	7	85	14	50	84	0	3	12	0.72
16310793--16310860	29	2.3	29	100	0	136	26	0	20	52	1.46
16325209--16325235	14	1.9	14	100	0	54	55	7	7	29	1.55
16325650--16325696	24	2.0	24	82	0	58	17	19	31	31	1.94
16330300--16330663	27	13.5	27	83	4	373	44	18	20	17	1.87
16336839--16336863	11	2.3	11	100	0	50	28	0	32	40	1.57
16337875--16338351	27	17.7	27	85	4	502	43	18	19	18	1.88
16338640--16338731	28	3.3	28	86	3	123	23	22	21	31	1.98
16338656--16338740	28	3.0	27	80	10	82	23	21	21	34	1.97
16348548--16348621	16	4.6	16	84	5	96	41	5	22	29	1.76
16348601--16348693	44	2.1	45	88	6	136	33	3	24	38	1.72
16354781--16354823	22	2.0	22	90	0	68	11	20	25	41	1.86
16354915--16355229	43	7.3	43	88	2	350	30	30	18	20	1.96
16361235--16361367	22	6.4	21	68	22	84	35	0	16	47	1.52
16361241--16361335	9	10.6	9	73	17	81	33	1	18	46	1.57
16361241--16361335	16	5.3	18	74	15	81	33	1	18	46	1.57
16361269--16361363	38	2.4	38	91	3	145	33	1	18	46	1.57
16361457--16361496	21	1.9	21	85	10	55	50	2	5	42	1.37
16361360--16361554	69	2.8	69	83	6	220	43	5	7	44	1.55
16363131--16363176	24	2.0	22	91	8	74	23	0	41	34	1.55
16363988--16364028	19	2.1	20	82	13	50	46	0	4	48	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16364740--16364814	7	9.9	7	71	13	51	32	49	0	18	1.48
16364740--16364836	22	4.6	22	75	15	98	32	47	0	19	1.50
16364740--16364825	40	2.2	39	87	6	122	31	48	0	19	1.49
16365135--16365169	2	17.5	2	93	0	61	45	0	0	54	0.99
16365478--16365633	41	3.8	40	73	9	127	38	25	16	19	1.92
16365461--16365575	41	2.8	42	77	7	112	37	26	15	20	1.92
16368437--16368470	18	1.9	18	88	5	52	50	0	0	50	1.00
16371950--16372056	22	4.9	22	87	0	142	27	26	14	31	1.95
16382035--16382098	29	2.2	27	86	13	92	31	1	0	67	1.00
16382035--16382098	30	2.2	28	86	8	92	31	1	0	67	1.00
16382045--16382144	32	3.2	32	81	13	86	37	1	0	62	1.02
16382093--16382156	31	2.0	32	88	8	96	37	0	1	60	1.06
16382788--16382873	14	6.0	14	68	18	52	24	2	3	69	1.15
16382792--16382897	12	8.8	12	69	18	53	24	1	5	67	1.22
16382792--16382846	26	2.2	25	87	9	76	23	0	5	70	1.07
16382789--16382827	9	4.6	8	81	12	51	25	0	2	71	0.98
16383018--16383057	16	2.4	16	87	4	53	12	2	17	67	1.33
16384542--16384608	35	1.9	35	82	11	84	14	10	4	70	1.31
16385279--16385348	35	2.0	35	97	0	131	28	27	8	35	1.86
16391589--16391674	18	4.6	18	70	12	75	23	20	1	54	1.51
16391581--16391703	56	2.2	56	91	1	194	21	21	0	55	1.49
16399902--16399928	11	2.5	11	100	0	54	44	0	18	37	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16404540--16404724	101	1.8	102	89	3	293	22	17	28	31	1.97
16404537--16404731	51	3.9	49	80	4	212	22	17	28	30	1.97
16404950--16404981	16	2.0	16	93	0	55	59	0	15	25	1.36
16408891--16408938	19	2.4	21	76	13	57	35	25	8	31	1.85
16423346--16423410	3	21.0	3	75	12	60	32	1	6	60	1.31
16424625--16424677	23	2.3	23	100	0	106	28	3	15	52	1.59
16439545--16439590	22	2.1	22	100	0	92	52	4	26	17	1.63
16444409--16444580	42	4.1	42	86	4	231	21	16	25	36	1.94
16451058--16451145	30	2.9	30	86	0	131	22	39	26	11	1.88
16458567--16458639	6	13.6	5	75	17	51	19	2	2	75	1.05

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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