genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 ID=Chr13-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58321163

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

This is table  74  of  199  ( 23770 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22349242--22349680	44	9.3	45	64	17	158	33	18	20	27	1.96
22349230--22349478	98	2.5	98	92	0	408	33	18	20	27	1.96
22349328--22349711	142	2.7	142	92	0	633	33	18	21	27	1.96
22353356--22353406	27	1.9	26	84	11	68	23	9	11	54	1.66
22365664--22365707	21	2.1	21	95	0	79	40	13	22	22	1.89
22368539--22368786	9	27.9	9	78	8	258	33	1	19	46	1.58
22368505--22368786	27	10.6	27	77	10	251	32	1	18	47	1.56
22368818--22368910	37	2.5	37	91	0	141	39	5	9	45	1.60
22368855--22369029	57	3.1	57	94	0	305	40	5	8	46	1.57
22368766--22368967	94	2.2	94	89	0	307	40	4	9	46	1.56
22368855--22369074	114	1.9	114	83	3	282	41	5	9	43	1.60
22369104--22369145	19	2.2	19	95	0	75	45	0	9	45	1.36
22369067--22369178	56	2.0	56	89	0	170	42	2	10	43	1.53
22372376--22372785	147	2.8	145	79	4	349	37	21	15	26	1.93
22372487--22372827	147	2.3	147	81	3	364	37	21	14	26	1.92
22373418--22373470	27	2.0	27	85	7	72	54	22	0	22	1.45
22374091--22374406	114	2.8	114	85	4	397	27	28	20	23	1.99
22374319--22374457	73	1.9	72	85	1	188	26	24	25	23	2.00
22375737--22375764	12	2.3	12	100	0	56	7	14	35	42	1.73
22377023--22377148	20	6.3	20	72	9	105	36	20	31	11	1.88
22379902--22379962	21	3.0	21	88	7	81	34	21	40	3	1.69
22380268--22380562	42	7.0	40	76	8	225	27	20	21	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22380268--22380562	43	7.0	42	77	5	294	27	20	21	29	1.98
22380268--22380562	83	3.5	83	80	5	317	27	20	21	29	1.98
22381205--22381240	18	2.0	19	89	10	58	22	8	0	69	1.15
22384352--22384393	6	7.2	6	97	2	77	0	16	0	83	0.65
22385516--22385540	11	2.3	11	100	0	50	44	20	0	36	1.52
22385967--22386029	31	2.0	31	81	6	74	42	12	9	34	1.76
22388327--22388369	17	2.6	17	88	3	70	44	0	0	55	0.99
22388541--22388628	46	1.9	46	85	0	122	28	5	15	50	1.67
22415114--22415141	14	2.0	14	100	0	56	50	14	14	21	1.78
22428121--22428663	102	5.4	102	89	4	629	29	15	25	29	1.96
22428121--22428653	51	10.6	50	79	6	522	29	15	25	29	1.96
22428855--22428927	37	1.9	38	88	2	112	43	2	21	31	1.67
22441249--22441305	15	3.6	16	81	9	64	31	15	8	43	1.78
22441256--22441303	16	3.0	17	79	11	57	31	14	8	45	1.74
22451750--22451812	32	2.0	32	93	0	108	41	14	28	15	1.87
22462464--22462786	27	12.1	27	81	5	354	39	17	19	22	1.92
22462505--22462759	130	2.0	130	88	2	377	39	18	20	22	1.93
22478836--22478891	21	2.5	22	72	16	53	21	16	8	53	1.69
22488180--22488208	15	1.9	15	100	0	58	34	13	13	37	1.85
22506962--22507255	50	5.9	50	87	0	399	24	22	32	20	1.98
22513932--22514189	50	5.2	50	88	0	372	27	19	31	21	1.97
22521327--22521366	14	2.8	15	88	7	57	35	20	22	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22522358--22522428	31	2.2	32	95	2	126	29	11	14	45	1.79
22525070--22525106	17	2.2	17	100	0	74	35	21	18	24	1.96
22527947--22528042	31	3.1	31	95	3	174	31	9	13	45	1.75
22528346--22528371	12	2.2	12	100	0	52	15	0	7	76	0.99
22532294--22532326	9	3.8	9	92	4	50	45	27	9	18	1.79
22539435--22539775	50	6.8	50	84	1	371	22	29	20	27	1.99
22544880--22544934	19	2.9	19	81	2	67	52	9	18	20	1.71
22551648--22551754	53	2.0	53	96	0	196	36	22	6	34	1.80
22552709--22552735	14	1.9	14	100	0	54	14	25	22	37	1.93
22556590--22556651	30	2.1	30	87	6	90	48	11	8	32	1.68
22562746--22563151	41	9.9	40	84	1	416	21	18	30	29	1.97
22563498--22563546	15	3.4	15	88	8	75	20	0	40	38	1.53
22563498--22563546	14	3.4	14	88	2	71	20	0	40	38	1.53
22563527--22563577	21	2.4	21	80	9	59	23	0	45	31	1.53
22563801--22563847	14	3.3	15	88	8	71	27	0	31	40	1.57
22563863--22563942	22	3.7	20	77	14	61	21	1	38	38	1.61
22563879--22563947	15	4.6	14	74	13	59	23	1	39	36	1.64
22563858--22563947	7	12.1	7	75	12	65	22	1	37	38	1.61
22564354--22564456	39	2.6	40	81	4	127	32	20	20	27	1.97
22568652--22568888	43	5.6	42	78	10	196	25	15	26	32	1.96
22568705--22568883	87	2.1	86	88	1	259	25	17	27	29	1.98
22568661--22568909	87	2.9	87	81	3	236	26	17	24	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22572727--22572766	17	2.4	17	91	0	62	45	2	0	52	1.14
22572994--22573053	30	2.0	30	100	0	120	20	13	23	43	1.86
22578452--22578505	27	2.0	27	96	0	99	44	9	5	40	1.60
22610346--22610383	20	1.9	20	89	10	60	18	23	7	50	1.73
22610635--22610821	50	3.7	50	88	1	250	20	28	23	27	1.99
22622237--22622301	27	2.4	27	87	5	96	43	16	16	23	1.88
22622510--22622560	26	2.0	26	92	0	84	23	21	21	33	1.97
22631665--22631737	33	2.2	32	81	9	85	60	0	9	30	1.29
22631695--22631745	12	4.2	12	76	0	57	62	0	7	29	1.23
22631695--22631745	24	2.1	24	85	0	66	62	0	7	29	1.23
22634439--22634623	51	3.7	50	86	3	255	24	17	28	29	1.97
22640622--22640802	51	3.6	51	81	4	206	22	18	28	30	1.97
22650573--22650608	18	1.9	19	88	5	56	58	5	11	25	1.54
22655306--22655346	21	2.1	21	86	13	61	53	0	39	7	1.29
22657579--22657625	24	2.0	24	82	0	58	12	6	12	68	1.39
22661617--22661820	63	3.2	63	83	1	239	24	18	23	33	1.97
22661760--22661860	39	2.6	39	79	4	96	27	22	19	29	1.98
22664853--22664891	13	3.0	13	80	0	51	35	0	15	48	1.45
22665037--22665099	24	2.6	25	80	10	76	26	22	20	30	1.98
22672388--22672471	33	2.5	33	86	5	107	26	8	23	41	1.82
22673266--22673352	43	2.0	43	100	0	174	32	6	29	31	1.84
22703254--22703320	32	2.1	32	100	0	134	31	11	14	41	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22709937--22710108	85	2.0	85	100	0	344	44	5	18	31	1.74
22719152--22719184	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
22727668--22727762	48	2.0	48	95	0	172	41	23	17	17	1.90
22727983--22728036	17	2.9	19	75	10	67	48	16	11	24	1.79
22727966--22728036	36	2.0	36	94	0	124	47	15	11	25	1.78
22727965--22728028	17	3.6	17	75	8	65	48	14	10	26	1.76
22732804--22732897	48	2.0	48	91	0	152	42	22	15	19	1.89
22733098--22733142	17	2.6	17	92	0	72	42	15	15	26	1.87
22742439--22742578	50	2.8	50	86	3	183	30	25	16	27	1.97
22752994--22753304	41	7.4	41	77	5	275	32	26	17	23	1.96
22753018--22753263	84	2.9	84	91	0	384	33	26	17	22	1.96
22756599--22756681	32	2.6	32	90	0	130	40	20	4	33	1.74
22769700--22769927	111	2.1	111	92	1	379	28	9	17	44	1.80
22774965--22775146	48	3.8	48	80	2	204	25	29	17	28	1.98
22782546--22782737	48	4.0	48	80	2	224	22	28	21	26	1.99
22788103--22788133	16	1.9	16	93	0	53	9	9	9	70	1.33
22790564--22790614	20	2.5	20	80	0	66	41	17	31	9	1.82
22792659--22792840	54	3.4	54	79	2	179	42	21	15	20	1.88
22792635--22792835	81	2.5	80	84	6	230	43	19	14	21	1.87
22792634--22792812	27	6.7	27	83	1	198	43	21	15	20	1.88
22792682--22792840	27	5.9	27	78	10	139	42	21	16	20	1.89
22797135--22797256	27	4.5	27	82	4	122	45	18	14	22	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22797135--22797256	54	2.3	54	81	2	138	45	18	14	22	1.85
22797211--22797270	27	2.2	27	79	5	68	40	20	21	18	1.92
22803157--22803185	14	2.1	14	93	6	51	51	17	0	31	1.45
22805387--22805536	43	3.5	42	87	4	192	32	24	14	28	1.95
22807576--22807617	21	1.9	23	90	9	70	4	21	7	66	1.35
22813161--22813206	18	2.6	18	80	16	51	13	0	15	71	1.14
22823003--22823066	20	3.2	20	86	0	92	26	31	18	23	1.98
22831960--22832004	21	2.1	22	87	4	65	26	0	4	68	1.08
22833454--22833490	16	2.3	16	90	0	56	27	32	2	37	1.71
22836312--22836483	86	2.0	85	84	10	226	47	6	5	40	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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