genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.49.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 ID=Chr13-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58321163

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14304440--14304591	35	4.3	35	89	0	214	40	29	15	14	1.86
14314848--14314882	15	2.4	15	90	4	54	34	8	0	57	1.29
14315237--14315292	26	2.1	27	83	9	71	33	8	1	55	1.42
14315587--14315997	107	3.9	106	87	1	590	30	17	19	33	1.95
14331920--14331967	20	2.3	22	85	7	64	54	12	0	33	1.38
14332657--14332685	12	2.4	12	100	0	58	37	6	0	55	1.27
14337099--14337147	23	2.1	23	88	0	71	44	22	6	26	1.76
14346915--14347148	43	5.4	43	87	2	290	26	29	17	27	1.97
14347488--14347669	86	2.1	87	86	3	260	13	28	17	40	1.88
14349243--14349298	9	6.2	9	89	8	87	42	23	10	23	1.85
14349243--14349314	18	4.1	17	87	7	83	41	23	12	22	1.88
14349243--14349314	27	2.7	26	85	8	92	41	23	12	22	1.88
14352606--14352838	50	4.7	50	83	5	253	22	27	21	28	1.99
14352606--14352846	100	2.4	97	85	6	297	22	27	21	28	1.99
14360161--14360394	50	4.7	50	81	4	242	22	29	21	27	1.99
14364096--14364488	9	43.2	9	67	19	117	36	3	17	42	1.65
14364143--14364604	56	8.2	56	74	14	418	35	3	17	43	1.65
14364234--14364604	110	3.4	110	83	7	529	36	3	17	42	1.67
14364562--14364598	9	4.2	9	89	3	58	32	0	21	45	1.52
14366449--14366524	39	1.9	38	87	10	109	35	6	5	52	1.50
14366780--14366855	29	2.6	29	83	4	82	51	23	2	22	1.61
14366919--14366957	20	2.0	20	89	0	60	48	30	2	17	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14367003--14367046	14	3.3	14	81	6	56	45	40	0	13	1.44
14367409--14367487	21	3.7	21	73	11	72	39	36	0	24	1.55
14367820--14367863	20	2.3	19	80	7	52	63	6	4	25	1.38
14367868--14368080	40	5.2	41	78	3	234	24	28	22	25	1.99
14367868--14368080	81	2.6	80	80	5	232	24	28	22	25	1.99
14390862--14391059	35	5.6	35	82	4	229	15	15	30	38	1.88
14404740--14404869	66	2.0	66	90	0	206	27	32	20	20	1.97
14404996--14405103	57	1.9	56	90	1	171	24	26	20	28	1.99
14409117--14409451	171	2.0	171	90	0	526	22	20	30	26	1.98
14411497--14411530	7	4.9	7	100	0	68	41	0	0	58	0.98
14414070--14414129	31	1.9	31	83	12	79	50	3	18	28	1.63
14417956--14418003	19	2.6	19	78	18	57	60	0	2	37	1.09
14418090--14418180	32	2.7	33	79	8	94	47	0	30	21	1.51
14418394--14418454	30	2.0	31	90	3	97	36	0	44	19	1.51
14418503--14418539	9	4.1	9	89	0	56	32	10	10	45	1.74
14418592--14418624	9	3.7	9	95	0	57	33	21	12	33	1.90
14422278--14422461	80	2.4	80	78	15	208	39	9	5	45	1.61
14430629--14430660	15	2.1	15	94	0	55	50	0	6	43	1.27
14430651--14430703	26	2.0	26	85	7	72	67	0	7	24	1.16
14431861--14431925	19	3.4	20	85	6	64	52	1	23	23	1.56
14440551--14440580	16	1.9	15	93	6	51	50	13	0	36	1.42
14452121--14452287	34	5.0	33	79	6	167	27	10	17	44	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14452109--14452282	68	2.6	68	87	2	235	28	10	17	43	1.83
14452354--14452422	24	2.9	24	82	0	84	26	21	15	36	1.94
14453841--14453957	60	1.9	61	84	1	155	46	5	11	37	1.62
14456968--14457030	22	2.9	21	81	6	72	15	28	9	46	1.78
14458004--14458055	20	2.6	20	93	0	86	36	17	15	30	1.91
14460577--14460689	34	3.3	34	75	15	97	27	23	21	28	1.99
14460962--14461050	27	3.3	27	90	0	133	34	19	16	29	1.94
14461478--14461508	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
14461476--14461518	18	2.3	18	92	4	68	32	13	18	34	1.90
14461561--14461597	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
14465913--14465958	22	2.1	22	100	0	92	39	13	17	30	1.87
14477295--14477357	26	2.4	26	69	23	60	31	7	15	44	1.76
14477370--14477420	9	5.7	9	78	0	57	25	11	25	37	1.90
14477701--14477772	37	1.9	38	83	5	94	33	25	4	37	1.75
14477795--14477819	4	6.2	4	100	0	50	76	24	0	0	0.80
14477926--14477986	30	2.0	30	100	0	122	34	6	16	42	1.74
14484836--14484889	25	2.2	25	93	0	90	40	12	33	12	1.82
14488408--14488561	72	2.1	73	87	4	222	53	9	1	35	1.44
14489111--14489169	27	2.2	27	93	0	100	33	0	0	66	0.92
14489111--14489176	27	2.5	27	85	2	71	34	0	0	65	0.93
14489119--14489176	27	2.1	27	87	0	80	31	0	0	68	0.89
14494417--14494685	52	5.0	53	70	19	168	27	11	9	51	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14494477--14494599	55	2.3	52	78	9	133	27	9	7	55	1.59
14494449--14494588	26	5.2	27	68	10	81	27	10	7	53	1.63
14496898--14496937	20	2.0	20	85	14	55	32	0	17	50	1.47
14497234--14497284	26	2.0	26	88	7	77	15	19	25	39	1.91
14497291--14497351	25	2.6	23	73	5	59	21	29	16	32	1.95
14497295--14497435	72	1.9	73	81	9	173	18	25	19	36	1.94
14502299--14502455	29	5.1	30	71	10	111	24	17	8	49	1.75
14502687--14502762	39	2.0	38	84	2	98	40	1	1	56	1.16
14502716--14502768	27	2.0	27	82	14	65	41	1	3	52	1.30
14505093--14505206	42	2.7	42	82	4	122	19	27	25	28	1.99
14505122--14505182	21	2.9	21	75	0	59	21	31	24	22	1.98
14505422--14505470	21	2.3	21	82	6	64	12	30	26	30	1.92
14511477--14511517	21	2.0	21	85	9	57	24	29	24	21	1.99
14514058--14514145	35	2.5	35	83	5	117	37	13	21	27	1.91
14514609--14514801	82	2.4	82	85	4	241	30	15	23	31	1.95
14517761--14517879	25	4.8	26	85	8	151	21	28	13	36	1.92
14518160--14518188	13	2.2	13	100	0	58	41	24	13	20	1.89
14536747--14536801	3	18.3	3	100	0	110	67	0	0	32	0.91
14539818--14540257	89	4.9	88	91	2	677	25	22	20	31	1.98
14543198--14543270	31	2.4	31	83	4	85	20	13	12	53	1.72
14548329--14548362	17	1.9	18	94	5	61	47	0	41	11	1.40
14549667--14549697	13	2.3	14	94	5	55	80	0	0	19	0.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14552470--14552566	43	2.2	42	89	8	149	46	13	9	30	1.74
14557980--14558090	40	2.8	40	76	0	123	17	20	21	40	1.91
14558161--14558208	24	2.0	24	91	0	78	31	22	6	39	1.79
14558845--14558871	14	1.9	14	100	0	54	37	22	0	40	1.54
14560124--14560154	14	2.2	14	94	0	53	45	0	6	48	1.28
14563268--14563341	27	2.7	27	82	0	103	25	25	24	24	2.00
14563700--14563730	8	3.8	8	91	8	53	90	0	0	9	0.46
14563700--14563739	17	2.4	17	91	8	64	90	2	0	7	0.55
14563700--14563740	9	4.7	9	93	3	66	90	2	0	7	0.54
14563834--14563859	8	3.2	8	100	0	52	38	0	0	61	0.96
14565577--14565617	11	3.8	11	78	15	50	26	4	4	63	1.35
14565577--14565616	20	2.0	21	90	5	64	27	5	5	62	1.37
14565571--14565616	21	2.2	21	88	7	67	26	4	4	65	1.30
14577450--14577638	41	4.7	41	79	3	179	20	17	26	34	1.95
14577444--14577674	41	5.8	39	79	5	162	20	17	26	34	1.95
14583544--14583586	22	2.0	22	95	0	77	39	4	11	44	1.62
14585672--14585706	17	2.1	16	89	5	52	60	8	8	22	1.54
14585743--14585779	18	2.0	19	85	15	51	70	8	2	18	1.25
14586054--14586108	18	3.2	18	74	10	60	52	7	3	36	1.47
14586115--14586166	21	2.3	23	93	6	90	67	3	0	28	1.08
14590070--14590113	18	2.4	18	81	11	54	47	9	15	27	1.76
14595869--14595901	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14598453--14598532	29	2.8	28	81	12	92	65	1	2	31	1.14
14598453--14598532	20	4.1	20	67	22	53	65	1	2	31	1.14
14611897--14611959	25	2.6	25	75	14	69	3	22	9	65	1.37
14611972--14612005	10	3.1	11	84	16	52	52	8	2	35	1.47
14612854--14612879	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
14623522--14623630	50	2.2	50	86	3	148	15	22	33	29	1.95
14629841--14629896	30	2.0	28	86	10	78	42	12	8	35	1.74
14636393--14636439	24	2.0	24	83	8	60	48	0	34	17	1.47
14639340--14639417	6	12.5	6	76	8	75	16	2	5	75	1.09
14642951--14642992	18	2.3	18	95	0	75	30	9	21	38	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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