genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.50.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 ID=Chr13-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58321163

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14653580--14653842	85	3.1	85	84	0	355	29	19	17	33	1.95
14655231--14655473	50	4.8	50	88	0	342	25	23	31	20	1.98
14659231--14659314	5	16.8	5	100	0	168	40	0	0	59	0.97
14660337--14660394	22	2.6	22	86	5	82	15	27	18	37	1.92
14661106--14661221	54	2.1	54	82	3	135	29	21	23	25	1.99
14661141--14661270	27	4.8	27	77	0	98	26	22	24	26	2.00
14661115--14661287	81	2.1	81	80	0	184	26	21	23	27	1.99
14663078--14663188	19	5.8	19	89	0	177	39	9	13	37	1.76
14663085--14663188	38	2.7	38	98	0	199	40	8	12	38	1.74
14663078--14663214	19	6.9	21	85	4	114	38	8	14	38	1.76
14663836--14663884	21	2.3	22	82	7	64	28	2	4	65	1.22
14663821--14663885	25	2.5	27	76	16	75	29	1	3	66	1.16
14677561--14677604	22	1.9	24	86	9	65	56	11	6	25	1.58
14679770--14679828	27	2.2	27	87	6	84	59	0	6	33	1.24
14680677--14680742	31	2.2	30	78	5	71	45	12	9	33	1.73
14680732--14680842	39	2.9	39	82	13	124	31	6	1	60	1.32
14680732--14680810	40	2.0	39	85	11	108	32	6	1	59	1.31
14681312--14681349	18	2.1	19	85	5	51	63	0	2	34	1.09
14690027--14690067	21	1.9	21	85	5	55	70	0	9	19	1.14
14691889--14692016	43	3.0	42	81	12	152	21	20	27	30	1.98
14692743--14692791	15	3.2	15	85	8	55	30	0	20	48	1.50
14693027--14693236	47	4.5	47	93	2	343	33	12	14	39	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14693554--14693588	2	17.5	2	93	0	61	45	0	2	51	1.16
14696841--14696889	13	3.8	13	75	0	53	34	16	8	40	1.78
14696839--14696889	26	2.0	26	84	0	66	35	15	7	41	1.76
14698772--14698797	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
14702541--14702572	15	2.1	15	94	0	55	68	3	6	21	1.26
14706524--14706568	19	2.3	19	85	11	56	35	4	4	55	1.40
14714622--14714660	18	2.2	18	85	0	51	58	10	5	25	1.51
14714695--14714772	37	2.1	37	83	4	95	29	29	0	41	1.57
14716454--14716515	21	3.0	21	79	6	65	12	32	32	22	1.92
14716517--14716549	16	2.1	16	100	0	66	24	45	24	6	1.75
14717746--14717815	34	2.1	34	94	5	124	28	5	25	40	1.78
14719918--14720232	27	11.7	27	83	4	264	40	22	17	19	1.91
14719930--14720232	54	5.6	53	80	5	293	40	23	17	18	1.91
14719918--14720234	81	3.9	81	79	4	309	41	22	17	19	1.91
14720384--14720490	26	4.1	26	86	4	153	17	16	26	39	1.91
14723757--14723929	64	2.7	64	88	0	238	36	21	19	23	1.95
14727896--14727921	10	2.6	10	100	0	52	26	0	30	42	1.56
14729261--14729319	31	1.9	31	89	0	91	30	3	20	45	1.67
14730433--14730472	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
14730418--14730484	34	1.9	35	90	3	109	31	8	13	46	1.74
14730412--14730488	14	5.0	15	71	20	52	33	9	14	42	1.77
14736236--14736260	6	4.2	6	100	0	50	0	16	0	84	0.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14736425--14736454	9	3.3	9	90	0	51	46	13	10	30	1.75
14736539--14736604	19	3.4	19	79	8	71	57	6	0	36	1.23
14736757--14736804	3	16.0	3	100	0	96	33	0	0	66	0.92
14737029--14737068	21	1.9	21	89	0	62	57	12	10	20	1.63
14744296--14744371	22	3.4	23	82	14	88	25	30	2	42	1.69
14744295--14744369	33	2.2	33	86	9	107	24	30	2	42	1.68
14744295--14744371	11	6.9	11	74	21	72	24	29	2	42	1.68
14744331--14744430	51	2.0	51	84	4	130	28	26	2	44	1.65
14746240--14746279	18	2.2	18	90	0	62	20	30	5	45	1.72
14748451--14748942	126	3.9	125	87	2	691	30	22	16	30	1.96
14750967--14751021	24	2.2	24	80	3	56	43	3	38	14	1.63
14752175--14752205	15	2.1	15	93	0	53	22	16	12	48	1.80
14757103--14757193	41	2.2	41	82	9	105	31	8	27	31	1.87
14759200--14759258	20	3.0	20	100	0	118	30	10	15	44	1.79
14760625--14760704	32	2.5	32	81	4	90	52	17	2	27	1.57
14764203--14764236	15	2.3	15	100	0	68	47	20	11	20	1.81
14771237--14771326	42	2.1	42	87	0	126	26	30	26	16	1.97
14802737--14802793	30	1.9	30	85	0	78	22	29	29	17	1.97
14806173--14806212	19	2.1	19	85	0	53	30	7	10	52	1.62
14810458--14810493	15	2.4	15	90	0	54	41	5	38	13	1.68
14813994--14814026	2	17.0	2	93	6	59	48	0	0	51	1.00
14815097--14815135	16	2.4	16	82	0	51	74	7	15	2	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14819597--14819635	16	2.4	16	82	0	51	74	7	15	2	1.15
14830025--14830102	30	2.6	30	95	0	138	42	8	26	21	1.83
14830088--14830192	30	3.5	29	85	7	131	32	10	29	27	1.90
14830028--14830237	60	3.5	60	71	7	167	36	12	27	23	1.91
14836618--14836648	16	1.9	16	93	0	53	48	3	0	48	1.17
14836708--14836757	23	2.2	23	82	7	57	50	2	0	48	1.12
14839325--14839360	2	18.5	2	94	5	65	47	0	0	52	1.00
14840931--14840969	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
14846096--14846253	23	6.9	23	73	0	109	42	22	13	21	1.88
14846111--14846198	46	1.9	46	85	0	122	45	25	10	19	1.81
14846171--14846275	46	2.3	46	80	3	113	41	18	12	27	1.86
14861787--14861819	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
14861994--14862026	17	1.9	17	88	11	50	54	0	3	42	1.15
14865820--14866005	90	2.1	90	85	0	246	29	19	13	37	1.90
14868108--14868157	9	5.8	9	75	17	52	22	0	2	76	0.89
14868110--14868168	17	3.4	17	86	11	66	23	0	3	72	0.99
14868108--14868158	17	3.0	17	88	8	68	21	0	1	76	0.88
14869122--14869174	26	2.1	25	82	10	63	18	0	20	60	1.36
14869751--14869784	2	17.0	2	93	0	59	47	0	0	52	1.00
14870259--14870445	41	4.6	41	92	0	293	28	21	27	22	1.99
14872591--14872658	30	2.3	30	82	5	84	39	10	11	38	1.76
14877029--14877054	3	8.7	3	100	0	52	69	30	0	0	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14877670--14877726	30	1.9	30	89	7	89	24	5	10	59	1.51
14885951--14885993	22	2.0	22	81	9	52	27	11	4	55	1.55
14887499--14887548	20	2.6	19	75	15	57	48	10	24	18	1.78
14887604--14887682	40	2.0	40	89	0	122	36	15	22	25	1.93
14887625--14887689	20	3.2	20	71	0	58	33	20	24	21	1.97
14890131--14890264	68	2.0	68	83	2	171	45	5	4	44	1.46
14890667--14890705	17	2.3	17	100	0	78	53	0	5	41	1.23
14892249--14892300	26	2.0	26	100	0	104	30	34	15	19	1.93
14892787--14892927	63	2.3	63	79	6	162	30	30	19	19	1.96
14892787--14892950	62	2.6	63	78	4	181	26	30	20	21	1.98
14904340--14904373	17	2.1	17	88	5	52	44	5	0	50	1.26
14907105--14907138	15	2.4	14	90	5	50	20	0	2	76	0.92
14907867--14907903	19	1.9	19	88	0	56	40	2	10	45	1.53
14915069--14915412	102	3.4	101	87	2	458	29	15	25	29	1.96
14915069--14915403	51	6.6	50	81	5	368	29	15	25	29	1.96
14915604--14915676	37	1.9	38	83	2	94	43	2	21	31	1.67
14923594--14923775	63	2.9	63	84	0	211	25	7	30	36	1.84
14923626--14923867	63	3.9	63	81	2	211	26	5	30	36	1.80
14923752--14923895	63	2.3	63	84	1	182	28	6	31	33	1.82
14925285--14925315	9	3.4	9	100	0	62	22	12	22	41	1.88
14925372--14925405	9	3.8	9	96	0	59	44	17	11	26	1.83
14926314--14926339	5	5.2	5	100	0	52	23	19	19	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14926923--14927016	14	6.7	14	70	0	71	54	6	19	20	1.65
14926916--14927000	28	3.0	28	79	6	91	52	5	20	21	1.66
14926952--14927016	28	2.3	28	94	0	112	55	7	20	16	1.65
14930447--14930477	6	5.0	6	96	4	53	83	0	0	16	0.64
14930806--14930845	3	13.3	3	84	10	55	67	0	0	32	0.91
14930806--14930850	15	3.0	15	83	9	56	68	2	0	28	1.01
14931287--14931338	21	2.6	21	90	6	81	38	15	11	34	1.83
14931771--14931895	44	2.8	44	91	2	189	28	25	17	28	1.98
14931895--14932484	88	6.7	88	86	3	792	19	22	28	29	1.98
14931895--14932483	177	3.3	179	86	4	847	19	22	28	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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