genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 ID=Chr13-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58321163

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

This is table  76  of  199  ( 23770 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23016692--23017081	62	6.4	65	78	14	265	32	1	20	45	1.58
23016554--23016993	150	3.0	146	89	7	664	33	1	20	45	1.58
23016691--23017072	212	1.8	212	99	0	755	32	0	20	46	1.56
23017204--23017240	17	2.2	17	95	0	65	32	0	13	54	1.40
23017578--23017650	35	2.1	34	85	9	96	31	1	13	53	1.49
23017611--23017667	12	4.6	12	73	16	53	35	0	10	54	1.35
23017732--23017775	15	2.8	16	82	10	54	56	0	4	38	1.20
23018552--23018604	7	7.6	7	78	0	52	45	43	0	11	1.40
23018549--23018604	21	2.7	21	82	0	76	42	44	0	12	1.42
23018559--23018598	14	2.9	14	88	0	62	45	40	0	15	1.46
23018667--23018713	20	2.3	20	81	3	58	46	29	4	19	1.68
23018927--23019192	147	1.8	147	80	4	322	34	22	16	25	1.95
23018907--23019208	147	2.1	147	78	5	315	36	22	14	26	1.93
23020291--23020738	114	3.9	113	86	2	567	26	28	21	22	1.99
23021786--23021857	27	2.7	27	84	4	83	16	18	20	44	1.87
23033934--23034040	40	2.7	40	72	8	101	38	16	4	40	1.70
23033945--23034092	13	11.2	13	70	8	84	35	18	4	41	1.71
23035653--23035710	30	2.0	29	86	10	82	53	12	0	34	1.38
23047226--23047264	21	1.9	21	84	5	53	53	10	2	33	1.48
23047230--23047269	21	1.9	21	89	0	62	50	12	2	35	1.54
23047374--23047409	18	2.1	17	89	5	54	33	2	8	55	1.44
23051382--23051421	21	1.9	21	84	0	53	25	7	7	60	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23063362--23063798	41	10.7	41	83	2	430	35	15	28	20	1.93
23063386--23063451	20	3.2	20	67	12	53	34	16	31	16	1.92
23063362--23063798	122	3.6	121	83	4	527	35	15	28	20	1.93
23063390--23063798	163	2.5	163	84	3	500	36	15	28	20	1.93
23071104--23071369	41	6.6	41	79	2	250	36	11	28	24	1.90
23071105--23071332	120	1.9	120	83	1	296	36	12	27	24	1.91
23073012--23073042	16	1.9	16	93	0	53	48	6	3	41	1.45
23084101--23084156	19	2.9	19	94	0	94	16	37	25	21	1.93
23085328--23086219	130	6.9	131	89	1	1334	25	24	20	29	1.99
23085328--23086219	261	3.4	261	90	1	1366	25	24	20	29	1.99
23086179--23086552	43	8.7	43	67	12	176	25	25	20	28	1.99
23086037--23086422	173	2.2	173	92	0	628	25	25	19	29	1.99
23086092--23086374	87	3.3	87	71	10	299	26	26	20	27	1.99
23086222--23086561	129	2.6	130	90	0	565	26	24	20	29	1.99
23087811--23087840	13	2.3	13	94	0	51	10	20	0	70	1.16
23087801--23087850	7	7.1	7	76	15	50	14	20	0	66	1.26
23088743--23088807	7	8.7	7	80	15	51	7	12	0	80	0.91
23088784--23088820	19	1.9	19	94	0	65	13	0	2	83	0.74
23088784--23088819	6	5.8	6	87	6	54	13	0	2	83	0.76
23088782--23088812	13	2.4	13	100	0	62	16	0	0	83	0.64
23094813--23094847	17	2.1	17	89	5	54	22	11	11	54	1.68
23109110--23109205	28	3.4	28	89	2	140	32	22	22	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23109621--23109770	27	5.6	27	84	6	187	16	21	20	42	1.89
23109621--23109770	54	2.8	53	87	4	210	16	21	20	42	1.89
23109618--23109770	81	1.9	81	88	0	234	15	21	20	41	1.89
23110449--23110490	20	2.0	21	86	4	59	54	2	38	4	1.34
23116741--23116860	28	4.2	28	92	1	186	29	21	25	23	1.99
23117194--23117432	27	8.9	26	81	10	180	18	19	17	43	1.88
23117206--23117432	54	4.2	52	80	11	235	18	20	16	44	1.86
23117203--23117433	81	2.9	81	85	6	301	18	20	16	44	1.87
23125911--23126070	35	4.6	35	83	2	169	15	12	31	40	1.85
23125910--23126070	70	2.3	70	80	2	189	15	12	31	40	1.84
23129741--23129789	23	2.1	23	81	7	55	51	2	0	46	1.12
23145796--23145837	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
23149693--23149731	14	2.8	14	84	0	51	33	2	7	56	1.41
23153082--23153292	106	2.0	106	100	0	422	33	26	18	22	1.97
23155573--23155612	7	5.7	7	87	0	53	32	12	27	27	1.93
23155569--23155669	49	2.1	49	83	3	123	25	15	28	29	1.96
23155687--23155721	7	5.0	7	92	0	52	17	14	51	17	1.77
23155661--23155700	21	2.0	21	90	5	64	25	17	32	25	1.97
23155683--23155721	14	2.9	14	88	3	53	20	15	46	17	1.84
23164210--23164355	27	5.4	27	76	4	127	28	9	26	35	1.88
23165700--23165770	17	4.5	17	72	16	80	52	1	16	29	1.53
23169319--23169460	70	2.1	70	94	2	252	30	9	11	47	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23186762--23186890	6	22.3	6	89	3	115	82	7	0	9	0.89
23186762--23186878	1	117.0	1	68	0	63	83	7	0	7	0.84
23188172--23188241	22	3.3	21	74	7	70	14	11	2	71	1.25
23192105--23192146	16	2.5	17	88	7	59	64	4	11	19	1.44
23192105--23192149	19	2.6	17	83	13	56	62	4	13	20	1.48
23192120--23192165	19	2.4	19	85	7	58	65	4	10	19	1.41
23193245--23193306	15	4.0	14	73	20	52	54	6	27	11	1.60
23193244--23193334	33	2.7	33	86	1	119	50	7	28	13	1.68
23199174--23199228	27	2.0	28	82	10	69	40	9	23	27	1.85
23199432--23199583	53	2.9	53	86	2	200	30	13	26	29	1.94
23199851--23200021	28	6.0	27	71	12	103	33	19	22	23	1.97
23209328--23209361	2	17.5	2	87	6	52	47	0	0	52	1.00
23210391--23210497	41	2.6	41	82	2	117	29	25	17	27	1.98
23210404--23210509	41	2.6	41	81	0	131	31	24	17	26	1.97
23210700--23210768	34	2.0	34	82	0	84	42	15	2	39	1.63
23212160--23212184	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
23218365--23218470	41	2.6	41	84	3	133	29	25	18	26	1.98
23219438--23219462	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
23220185--23220359	27	6.5	27	81	7	189	32	13	21	33	1.92
23220190--23220357	80	2.1	81	83	7	209	32	13	20	33	1.91
23220454--23220521	27	2.6	27	78	2	75	39	11	23	25	1.88
23220455--23220768	54	6.1	53	68	18	155	36	12	26	24	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23220532--23220607	27	2.8	27	90	4	109	32	9	31	26	1.88
23220533--23220618	27	3.2	27	85	9	97	33	10	31	24	1.89
23220698--23220757	27	2.2	27	87	0	93	38	11	26	23	1.89
23220486--23220787	148	2.0	148	94	0	532	35	11	26	26	1.90
23220708--23220766	27	2.2	27	87	6	84	35	11	28	23	1.91
23222840--23222884	16	2.9	16	87	9	58	48	0	8	42	1.34
23238362--23238401	21	1.9	21	94	0	71	20	12	12	55	1.69
23238783--23238848	20	3.3	20	87	8	82	37	1	6	54	1.34
23238793--23238854	19	3.2	20	86	8	85	33	0	4	61	1.17
23238935--23238983	9	5.4	9	85	0	62	32	10	10	46	1.71
23238934--23238983	18	2.8	18	93	0	91	32	10	12	46	1.74
23244166--23244196	2	15.5	2	100	0	62	0	48	0	51	1.00
23247090--23247123	18	1.9	18	88	5	52	32	20	2	44	1.67
23257658--23257709	25	2.0	25	85	3	68	42	7	11	38	1.70
23261097--23261140	22	2.0	22	86	4	63	31	2	6	59	1.36
23264602--23264655	22	2.5	22	87	6	74	38	7	18	35	1.79
23265563--23265784	60	3.7	59	84	1	264	32	13	27	26	1.93
23265563--23265784	120	1.9	120	84	1	302	32	13	27	26	1.93
23268851--23268879	11	2.6	11	100	0	58	37	10	6	44	1.65
23273869--23273924	20	2.7	21	83	8	69	51	19	12	16	1.75
23277288--23277528	50	4.8	50	81	1	216	29	21	27	21	1.98
23277299--23277479	100	1.8	100	83	0	245	27	21	29	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23279707--23280104	213	1.9	213	84	7	549	38	10	13	37	1.78
23282170--23282236	33	2.0	34	82	8	84	25	25	28	20	1.99
23282205--23282322	28	4.2	28	83	3	141	29	22	25	22	1.99
23282641--23282714	27	2.8	25	85	8	85	22	20	16	40	1.91
23282664--23283030	27	13.7	27	81	6	349	17	22	20	39	1.92
23282676--23283030	81	4.4	81	81	4	389	17	23	19	40	1.91
23289931--23289997	33	2.0	34	85	2	91	26	23	26	22	2.00
23289972--23290083	28	4.0	28	89	0	161	30	22	24	23	1.99
23290263--23290299	19	1.9	19	100	0	74	24	37	5	32	1.78
23290427--23290703	27	10.3	26	77	11	220	15	20	22	42	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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