genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.29.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 ID=Chr13-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58321163

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

This is table  29  of  199  ( 23770 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8380647--8380677	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
8382085--8382381	23	12.7	23	80	2	333	24	14	20	40	1.90
8382085--8382381	47	6.4	46	84	1	333	24	14	20	40	1.90
8382085--8382382	70	4.3	70	80	3	330	25	14	20	39	1.90
8384324--8384383	30	2.0	31	83	9	79	41	0	38	20	1.52
8385522--8385578	20	2.8	20	81	0	78	43	10	10	35	1.74
8388647--8388840	96	2.0	96	97	0	370	44	11	12	30	1.79
8395010--8395288	27	10.3	27	84	3	319	44	19	17	17	1.87
8395010--8395290	81	3.5	81	85	2	352	44	19	18	18	1.87
8395469--8395540	26	2.8	26	84	0	90	19	22	19	38	1.93
8395640--8395705	33	2.0	33	85	5	89	24	24	21	30	1.99
8396065--8396105	15	2.7	15	85	7	57	65	2	0	31	1.05
8396065--8396105	14	2.9	14	85	3	55	65	2	0	31	1.05
8398571--8398918	42	8.2	42	84	6	427	31	20	22	25	1.98
8398571--8398919	85	4.1	84	86	4	438	31	20	22	25	1.98
8399348--8399383	12	3.0	12	91	0	54	2	36	16	44	1.63
8399369--8399437	21	3.3	21	85	4	77	4	36	20	39	1.72
8401696--8401748	21	2.5	21	93	0	88	5	37	18	37	1.75
8405717--8405947	9	26.0	9	78	5	238	32	2	18	47	1.61
8405974--8406112	25	5.5	25	77	7	138	37	2	16	43	1.63
8406012--8406316	126	2.5	125	82	9	357	37	3	16	42	1.65
8409077--8409103	12	2.2	12	100	0	54	40	0	0	59	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8409635--8409704	7	10.0	7	75	6	61	44	44	0	11	1.40
8409983--8410751	114	6.9	113	76	8	696	28	22	16	33	1.95
8409998--8410620	215	2.8	217	91	3	964	26	22	16	34	1.95
8413598--8413804	113	1.8	113	80	4	247	36	19	21	21	1.95
8413964--8414103	73	1.9	73	82	4	174	29	17	23	30	1.97
8413664--8414241	188	3.1	185	77	8	449	32	17	22	26	1.96
8414736--8414792	7	8.0	7	78	3	60	15	0	38	45	1.47
8414744--8414782	15	2.7	15	92	4	62	20	0	30	48	1.50
8418263--8418334	21	3.4	21	82	0	90	33	18	44	4	1.69
8418653--8418750	42	2.3	42	91	0	160	30	22	22	24	1.99
8419211--8419250	18	2.2	18	86	8	55	67	12	0	20	1.22
8419956--8420152	43	4.6	42	80	6	175	25	27	16	29	1.97
8419956--8420158	85	2.4	85	81	6	216	27	27	16	29	1.97
8420411--8420501	43	2.1	43	85	2	121	42	12	10	34	1.77
8424577--8424620	15	3.0	15	78	15	56	31	47	2	18	1.61
8424647--8424689	22	2.0	22	95	0	77	44	32	0	23	1.54
8425015--8425049	15	2.4	14	86	9	52	40	37	0	22	1.55
8425396--8425760	41	8.9	41	79	2	356	31	27	18	22	1.97
8425396--8425738	124	2.8	122	81	3	402	30	27	18	23	1.97
8428622--8428659	3	12.7	3	100	0	76	34	0	31	34	1.58
8430879--8430925	10	4.4	10	80	15	58	21	31	0	46	1.51
8430882--8430940	11	5.4	11	77	18	52	22	35	1	40	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8430879--8430940	22	2.8	22	81	15	67	20	33	1	43	1.62
8430940--8431018	30	2.7	30	98	2	151	41	3	3	50	1.38
8434886--8435176	125	2.3	125	92	0	483	27	20	19	32	1.97
8435374--8435441	7	9.4	8	76	23	53	47	33	0	19	1.50
8435374--8435441	14	4.8	14	77	16	77	47	33	0	19	1.50
8448969--8449018	24	2.1	24	100	0	100	34	12	20	34	1.89
8450312--8450350	20	1.9	21	89	5	62	30	2	5	61	1.31
8450872--8450929	29	2.1	26	81	15	64	34	3	3	58	1.32
8452191--8452240	21	2.4	21	86	0	64	62	0	0	38	0.96
8452242--8452279	14	2.7	14	100	0	76	60	0	5	34	1.19
8452259--8452356	46	2.1	46	86	3	135	66	0	4	29	1.10
8452271--8452304	17	2.0	17	88	0	50	70	0	0	29	0.87
8452284--8452309	11	2.4	11	100	0	52	84	0	0	15	0.62
8453202--8453485	97	2.9	96	80	6	333	41	16	2	39	1.64
8453605--8453743	69	2.0	69	94	0	242	28	25	25	19	1.99
8454736--8454811	23	3.2	23	62	17	55	46	9	1	43	1.44
8454727--8454824	49	2.0	49	100	0	196	40	12	2	44	1.53
8454734--8454814	26	3.2	26	63	16	71	44	8	1	45	1.42
8459195--8459227	17	2.0	17	88	5	50	15	6	12	66	1.42
8459463--8459494	15	2.1	15	100	0	64	15	6	43	34	1.72
8460075--8460266	41	4.7	41	88	0	276	36	27	18	16	1.93
8460075--8460290	82	2.6	82	84	2	245	37	26	18	18	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8465499--8465543	3	15.0	3	80	0	54	60	2	4	33	1.29
8467429--8467803	132	2.8	132	86	2	529	24	24	21	29	1.99
8468407--8468514	54	2.0	54	100	0	216	24	18	11	46	1.81
8474666--8474960	145	2.0	145	96	0	536	29	23	15	30	1.96
8475974--8476756	132	5.9	132	94	1	1313	27	19	23	28	1.98
8475974--8476755	263	3.0	264	94	1	1356	27	19	23	28	1.98
8476056--8476668	44	14.0	44	65	6	141	28	19	23	28	1.98
8475974--8476756	395	2.0	394	92	1	1318	27	19	23	28	1.98
8478229--8478268	17	2.4	16	87	4	53	42	10	5	42	1.60
8484467--8484511	3	15.0	3	80	0	54	60	2	4	33	1.29
8491224--8491270	15	3.1	15	81	9	51	51	12	2	34	1.52
8491299--8491330	13	2.5	13	94	0	55	56	15	9	18	1.66
8493669--8493750	42	2.0	42	90	4	130	18	40	12	29	1.87
8498410--8498527	61	1.9	61	100	0	236	33	15	27	24	1.95
8501265--8501300	18	1.9	19	88	5	56	41	0	2	55	1.14
8501301--8501346	17	2.6	19	80	16	62	36	0	4	58	1.18
8501875--8502131	126	2.1	124	87	2	363	28	14	23	33	1.94
8505392--8505706	23	13.8	22	76	19	253	28	2	21	46	1.64
8505406--8505497	28	3.5	28	89	7	140	31	1	21	45	1.59
8505481--8505514	17	2.0	17	94	0	59	32	0	20	47	1.51
8505456--8505648	45	4.6	39	71	21	124	29	2	21	47	1.62
8505540--8505640	17	5.2	17	79	17	76	28	2	18	49	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8505457--8505691	63	3.6	63	91	6	337	28	2	21	47	1.64
8505627--8505728	28	3.9	27	80	16	124	26	3	20	49	1.66
8505620--8505728	51	2.2	50	95	5	193	24	3	21	50	1.65
8507848--8507881	15	2.3	15	90	5	52	67	5	0	26	1.13
8507980--8508037	30	2.0	30	89	3	91	62	0	1	36	1.06
8508079--8508120	22	1.9	22	90	0	66	33	0	33	33	1.58
8508092--8508150	30	2.0	30	93	0	100	33	0	35	30	1.58
8508070--8508172	52	2.0	51	86	5	145	34	0	32	33	1.58
8508122--8508199	22	3.5	22	89	6	122	41	0	26	32	1.56
8509519--8509615	41	2.5	37	78	6	104	22	17	26	32	1.96
8509520--8509633	38	2.9	39	74	7	97	22	18	25	33	1.97
8511098--8511138	3	13.7	3	94	0	73	65	2	0	31	1.05
8531139--8531189	20	2.4	23	75	18	56	43	13	19	23	1.87
8539106--8539156	24	2.1	24	82	7	59	58	3	0	37	1.16
8551904--8551965	21	3.0	20	84	9	81	12	24	20	41	1.87
8557383--8557430	19	2.5	20	86	6	64	50	4	8	37	1.52
8557393--8557431	20	2.0	20	95	5	71	51	2	5	41	1.38
8557546--8557576	15	2.1	15	93	0	53	83	0	16	0	0.64
8560589--8560717	67	1.9	67	91	0	213	27	32	18	20	1.96
8564394--8564533	40	3.5	40	73	15	121	29	18	22	29	1.98
8564704--8564820	57	2.1	57	96	0	216	37	7	20	34	1.81
8567138--8567207	10	6.9	10	71	19	56	28	1	1	68	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8567975--8568016	18	2.3	18	95	0	75	38	4	4	52	1.44
8571044--8571080	9	4.1	9	85	0	56	43	13	10	32	1.79
8571046--8571081	18	2.0	18	94	0	63	38	13	11	36	1.81
8571129--8571189	30	2.0	31	90	3	97	19	44	0	36	1.51
8571139--8571201	30	2.1	30	85	11	85	20	49	0	30	1.49
8572375--8572705	170	1.9	170	93	0	572	38	13	21	26	1.91
8577118--8577185	35	1.9	36	82	8	86	58	2	10	27	1.45
8577118--8577186	36	1.9	36	82	11	88	57	2	10	28	1.46
8577527--8577567	16	2.5	17	76	11	50	34	0	0	65	0.93
8578990--8579021	4	8.2	4	93	6	57	78	0	21	0	0.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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