genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 ID=Chr13-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58321163

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

This is table  2  of  199  ( 23770 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
455471--455541	36	2.0	36	91	5	117	26	21	26	25	1.99
460325--461058	358	2.0	358	99	0	1441	22	22	21	33	1.97
465504--465539	18	1.9	19	88	5	56	27	0	13	58	1.36
469381--469575	94	2.1	94	98	0	372	43	15	10	31	1.80
471773--471845	18	4.1	18	80	0	65	58	5	4	31	1.39
479271--479349	31	2.7	30	80	18	78	49	6	10	34	1.62
487574--487600	6	4.5	6	100	0	54	48	0	0	51	1.00
497528--497553	12	2.2	12	100	0	52	30	0	0	69	0.89
498132--498173	23	1.9	21	85	9	57	47	9	7	35	1.64
507575--507614	21	2.0	20	85	5	53	37	10	2	50	1.50
515700--515725	13	2.0	13	100	0	52	38	23	7	30	1.83
531631--531673	18	2.4	18	84	11	61	53	2	0	44	1.13
548668--548708	21	2.0	21	85	9	57	34	0	4	60	1.18
548885--549153	103	2.6	105	86	6	379	13	16	13	56	1.67
550925--550989	33	2.0	33	93	0	112	30	15	13	40	1.86
553043--553076	1	34.0	1	100	0	68	100	0	0	0	0.00
554089--554169	42	1.9	42	85	5	110	33	11	23	32	1.90
557776--557800	13	1.9	13	100	0	50	32	4	0	64	1.12
560357--560402	15	3.0	17	79	20	57	56	0	0	43	0.99
565802--565832	8	3.9	8	100	0	62	48	0	0	51	1.00
571899--571974	38	2.0	38	92	0	125	34	13	9	43	1.75
575211--575294	43	2.0	43	83	4	107	29	23	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
575456--575480	11	2.3	11	100	0	50	28	0	24	48	1.52
577714--577754	3	13.3	3	84	5	55	29	0	2	68	1.03
577714--577754	19	2.2	18	91	4	64	29	0	2	68	1.03
577864--577889	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
577945--578036	37	2.4	38	75	13	109	36	11	3	47	1.57
584172--584196	11	2.3	11	100	0	50	28	0	24	48	1.52
588518--588617	52	1.9	52	97	0	191	49	12	6	33	1.64
610969--610993	11	2.3	11	100	0	50	28	0	24	48	1.52
617732--617765	17	2.0	17	94	0	59	26	2	23	47	1.66
622616--622663	19	2.5	19	80	10	53	22	16	2	58	1.49
636077--636516	125	3.4	125	81	9	508	48	22	10	18	1.79
637254--637300	24	2.0	24	82	0	58	12	27	0	59	1.34
639461--639775	37	8.4	37	89	7	465	25	21	15	38	1.92
639533--639762	120	1.9	120	98	0	442	25	19	16	39	1.92
643467--643493	13	2.1	13	100	0	54	62	7	0	29	1.22
646800--646858	31	1.9	31	89	6	93	47	6	18	27	1.74
650908--650935	14	2.0	14	100	0	56	64	7	0	28	1.20
651851--651884	18	1.9	17	88	5	50	44	5	8	41	1.60
663211--663259	24	2.0	24	96	0	89	69	0	18	12	1.19
668604--668641	3	12.7	3	100	0	76	65	0	0	34	0.93
670068--670097	7	4.3	7	100	0	60	46	13	26	13	1.80
676105--676143	20	2.0	20	85	10	53	25	2	7	64	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
678371--678398	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
683479--683513	2	17.5	2	93	0	61	54	0	45	0	0.99
688865--688938	31	2.4	30	84	2	94	41	8	1	48	1.41
689107--689146	5	8.0	5	100	0	80	40	20	0	40	1.52
694690--694740	26	1.9	27	92	4	86	68	0	11	19	1.20
715042--715071	2	15.0	2	92	0	51	46	0	3	50	1.18
715769--715834	21	3.1	22	78	6	64	40	34	1	22	1.63
717120--717190	31	2.3	31	83	7	92	45	4	19	30	1.70
726878--726904	12	2.2	12	100	0	54	25	0	40	33	1.56
727307--727333	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
739227--739270	3	14.7	3	90	0	70	27	68	2	2	1.14
739392--739434	9	4.8	9	79	0	50	20	44	0	34	1.52
739395--739423	6	4.8	6	100	0	58	17	48	0	34	1.47
739387--739434	12	4.1	12	86	2	53	20	45	0	33	1.52
750384--750428	3	15.0	3	100	0	90	66	0	0	33	0.92
752819--752872	3	18.0	3	100	0	108	66	0	0	33	0.92
759159--759218	31	1.9	32	93	3	104	51	1	5	41	1.33
759895--759919	6	4.2	6	100	0	50	68	0	0	32	0.90
764165--764251	45	1.9	45	100	0	174	24	5	27	42	1.77
764910--764961	25	2.1	25	85	7	70	46	3	7	42	1.51
766892--766964	22	3.4	22	65	1	58	46	10	5	36	1.62
769426--769450	13	1.9	13	100	0	50	36	24	8	32	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
772125--772164	16	2.4	17	83	4	55	37	10	0	52	1.35
773388--773482	46	2.1	46	82	7	113	49	14	10	25	1.75
783259--783306	3	16.0	3	86	0	60	58	0	41	0	0.98
783258--783306	18	2.7	18	93	0	80	57	0	42	0	0.99
783262--783301	15	2.7	15	96	0	71	57	0	42	0	0.98
783564--783613	21	2.5	19	81	15	57	42	4	0	54	1.19
795035--795117	10	8.3	10	87	0	112	36	19	18	26	1.94
796878--796927	20	2.5	20	96	0	91	24	18	24	34	1.96
809812--809854	22	2.0	22	100	0	86	37	13	25	23	1.92
815872--815900	2	14.5	2	100	0	58	51	0	48	0	1.00
817641--817667	3	9.0	3	100	0	54	66	0	33	0	0.92
819177--819221	20	2.2	20	80	11	56	55	0	0	44	0.99
822598--823008	108	3.8	108	91	2	623	31	16	17	35	1.92
832722--832785	24	2.5	25	85	7	76	67	6	4	21	1.32
834302--834342	20	2.0	20	85	0	55	41	29	2	26	1.69
834614--834650	5	7.8	5	85	8	51	43	0	2	54	1.14
834614--834647	9	3.7	9	84	7	50	41	0	2	55	1.15
837918--837973	26	2.3	24	87	9	78	67	7	3	21	1.30
842315--842362	16	2.9	16	85	11	62	54	0	0	45	0.99
842387--842433	20	2.3	20	82	10	60	57	0	0	42	0.98
842387--842433	19	2.3	21	82	10	62	57	0	0	42	0.98
843546--843592	2	25.0	2	83	12	64	48	0	2	48	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
843612--843645	3	11.7	3	87	6	52	64	0	0	35	0.94
849292--849345	24	2.3	24	87	3	74	46	16	14	22	1.84
854313--854358	3	16.0	3	84	8	60	0	60	2	36	1.09
862149--862187	20	1.9	20	84	5	51	56	10	7	25	1.59
868481--868505	13	1.9	13	100	0	50	0	12	0	88	0.53
869836--869901	28	2.4	28	85	9	84	62	6	3	28	1.34
872076--872113	20	1.9	20	94	0	67	63	5	0	31	1.17
872454--872497	21	2.1	21	91	0	70	56	13	0	29	1.38
876209--876241	17	1.9	18	88	11	52	51	0	9	39	1.34
880166--880190	13	1.9	13	100	0	50	68	0	0	32	0.90
889991--890123	66	2.0	66	100	0	266	25	9	21	43	1.82
893069--893134	31	2.1	31	91	0	105	27	7	13	51	1.68
896086--896113	14	2.0	14	100	0	56	28	14	7	50	1.69
903532--903654	39	3.0	40	86	8	158	63	0	3	32	1.16
913701--913754	27	2.0	27	85	7	74	35	0	0	64	0.94
915152--915208	30	1.9	29	86	10	80	61	7	0	31	1.23
917442--917508	4	16.8	4	87	0	62	49	10	0	40	1.37
917444--917508	10	6.7	10	80	7	62	49	10	0	40	1.38
917424--917508	14	5.9	14	83	8	82	47	11	1	40	1.48
917450--917495	18	2.6	18	89	0	74	50	15	0	34	1.44
917442--917508	6	11.2	6	77	0	62	49	10	0	40	1.37
920205--920237	6	5.5	6	92	0	57	30	21	15	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
924606--924644	19	2.1	19	85	9	53	35	7	10	46	1.67
925342--925377	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
926334--926358	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
934378--934403	3	8.7	3	100	0	52	30	34	0	34	1.58
935181--935243	29	2.2	28	81	16	67	28	4	9	57	1.51
945269--945414	37	4.0	37	93	1	242	24	21	16	36	1.94
945378--945790	46	8.6	46	88	6	538	28	22	14	34	1.94
953066--953107	18	2.3	18	88	8	59	52	2	0	45	1.13
954963--954987	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
960297--960339	22	2.0	21	86	8	61	34	0	2	62	1.08

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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