genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.92.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 ID=Chr13-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58321163

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28267158--28267252	48	2.0	48	89	0	145	26	38	12	22	1.90
28267292--28267605	66	4.8	66	86	2	425	21	40	19	19	1.92
28270627--28270673	18	2.6	18	80	6	51	44	21	10	23	1.83
28270641--28270675	18	1.9	18	94	0	61	42	17	11	28	1.83
28270649--28270705	17	3.3	17	82	2	60	45	14	10	29	1.78
28270663--28270706	17	2.6	17	85	0	61	47	13	9	29	1.74
28272699--28272774	40	1.9	39	83	2	98	35	22	26	15	1.94
28272876--28273237	82	4.4	82	85	2	447	15	24	27	32	1.95
28272876--28273195	41	7.7	41	89	1	424	15	24	27	32	1.95
28272877--28273237	41	8.7	41	83	6	150	15	24	27	32	1.95
28275329--28275385	25	2.4	22	80	13	60	19	42	1	36	1.62
28275361--28275399	16	2.6	15	84	11	53	23	35	5	35	1.77
28275615--28275688	33	2.2	33	92	2	121	32	2	28	36	1.71
28275929--28275966	17	2.2	17	95	0	67	10	36	13	39	1.79
28277623--28277668	22	2.1	22	88	8	67	45	10	4	39	1.59
28277611--28277949	56	5.6	56	79	15	363	48	10	2	38	1.53
28277679--28277724	22	2.1	22	91	0	74	47	10	2	39	1.51
28277745--28278069	9	37.7	9	66	19	72	45	13	2	38	1.58
28277735--28277813	22	3.8	21	66	27	60	49	11	1	37	1.47
28277645--28277949	96	3.2	96	93	3	498	48	10	2	38	1.54
28277611--28277949	152	2.2	145	82	11	430	48	10	2	38	1.53
28277949--28278027	34	2.3	34	80	0	86	43	13	1	41	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28278071--28278126	25	2.2	25	83	0	67	44	14	5	35	1.68
28278107--28278140	16	2.1	16	94	0	59	52	14	0	32	1.42
28283574--28283738	66	2.5	65	84	4	197	40	19	26	13	1.89
28283723--28283787	21	3.1	21	79	0	67	36	18	41	3	1.66
28283748--28283827	21	3.8	21	79	0	88	40	16	40	3	1.66
28289244--28289310	32	2.1	31	83	8	82	37	7	0	55	1.28
28290959--28290999	16	2.6	16	100	0	82	39	4	36	19	1.73
28291221--28291262	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
28291230--28291271	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
28291242--28291413	45	4.1	43	63	26	111	50	4	1	43	1.30
28291340--28291392	15	3.6	15	82	14	58	54	1	0	43	1.11
28291480--28291514	17	2.1	17	100	0	70	65	0	0	34	0.93
28291221--28291591	121	3.1	120	92	3	604	51	4	1	42	1.31
28291589--28291627	20	2.0	20	84	0	51	43	2	12	41	1.56
28294895--28294925	5	6.2	5	100	0	62	19	19	19	41	1.90
28295189--28295228	21	1.9	21	89	0	62	25	17	25	32	1.97
28302083--28302158	29	2.6	28	81	6	89	32	6	1	59	1.32
28304042--28304079	17	2.2	17	90	0	58	31	5	0	63	1.17
28308265--28308294	13	2.2	14	94	5	53	80	0	20	0	0.72
28308304--28308345	7	6.0	7	81	18	52	71	0	14	14	1.15
28308304--28308345	21	2.0	21	90	9	68	71	0	14	14	1.15
28309605--28310250	50	12.9	50	71	3	393	29	20	24	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28309593--28309893	100	3.0	100	94	0	512	27	19	26	26	1.99
28309819--28310311	100	4.9	99	88	1	558	29	20	24	25	1.99
28309619--28310143	250	2.1	250	94	0	942	29	19	24	25	1.99
28309708--28310327	150	4.1	150	77	2	634	29	20	25	25	1.99
28309870--28310311	100	4.4	100	92	0	704	29	21	24	24	1.99
28310631--28310812	44	4.1	44	64	16	106	31	18	23	26	1.98
28312414--28312451	17	2.2	17	90	0	58	31	5	0	63	1.17
28316946--28316975	15	2.1	15	93	6	53	86	0	13	0	0.57
28317820--28317848	15	1.9	15	100	0	58	82	0	6	10	0.83
28318937--28318967	4	7.8	4	100	0	62	77	0	0	22	0.77
28319283--28319923	44	14.7	44	72	11	331	29	19	23	27	1.98
28319285--28319923	87	7.3	88	71	10	393	29	19	23	27	1.98
28319235--28319794	264	2.1	264	93	0	978	29	19	23	27	1.98
28319553--28319954	175	2.3	174	87	4	571	30	19	21	28	1.98
28319158--28320105	218	4.3	219	80	6	974	30	19	22	27	1.98
28320228--28320438	44	4.9	44	74	6	180	31	21	20	26	1.98
28320237--28320466	44	5.4	41	71	10	131	29	21	21	27	1.99
28320232--28320466	129	1.8	129	91	1	391	29	22	21	27	1.99
28320232--28320545	129	2.4	130	82	5	343	29	21	22	26	1.99
28322415--28322509	29	3.2	28	76	8	82	31	7	3	57	1.42
28326873--28326932	28	2.1	28	90	0	93	35	8	28	28	1.86
28328549--28328590	19	2.2	19	83	8	50	4	19	28	47	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28329871--28329900	15	2.0	15	100	0	60	66	6	6	20	1.38
28333824--28333857	17	2.0	17	88	0	50	35	0	11	52	1.38
28334486--28334535	21	2.5	20	87	9	68	58	0	4	38	1.17
28334521--28334555	8	4.5	8	92	7	63	65	0	0	34	0.93
28334521--28334555	15	2.3	15	95	5	61	65	0	0	34	0.93
28335832--28335899	23	2.7	27	82	10	76	33	19	25	22	1.97
28343493--28343539	19	2.5	19	81	18	55	42	17	0	40	1.49
28351336--28351375	18	2.2	18	86	4	53	12	27	0	60	1.33
28377112--28377203	44	2.1	44	83	4	114	31	19	21	27	1.97
28377062--28377396	142	2.4	142	91	2	539	32	17	21	28	1.96
28377252--28377345	44	2.1	44	86	0	125	30	19	23	26	1.98
28378163--28378198	11	3.3	11	88	0	54	5	13	0	80	0.88
28384496--28384529	17	2.0	17	100	0	68	29	29	17	23	1.97
28384761--28384802	22	2.0	21	90	4	66	33	0	11	54	1.37
28397957--28398018	21	3.0	21	92	0	97	16	19	19	45	1.86
28399839--28399918	28	2.9	29	82	12	89	42	1	2	53	1.22
28399878--28399910	17	1.9	17	100	0	66	42	0	3	54	1.15
28400699--28400741	20	2.1	21	86	4	61	39	0	0	60	0.97
28417076--28417110	13	2.7	13	95	0	61	22	5	17	54	1.64
28421152--28421219	24	2.9	24	77	14	88	41	1	0	57	1.08
28430342--28430375	17	1.9	17	88	5	50	58	5	0	35	1.22
28436672--28436720	19	2.7	18	81	15	55	59	4	2	34	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28438301--28438343	22	1.9	23	90	4	70	58	0	2	39	1.11
28438299--28438343	20	2.1	23	84	12	60	57	0	2	40	1.11
28439338--28439383	3	15.7	3	90	4	76	69	0	0	30	0.89
28440016--28440050	18	2.0	17	88	5	52	65	2	2	28	1.21
28440298--28440354	20	2.9	19	73	17	55	52	1	1	43	1.21
28441676--28441710	7	5.1	7	86	6	54	71	0	0	28	0.86
28441676--28441710	13	2.6	14	86	9	54	71	0	0	28	0.86
28445669--28445728	19	3.3	19	77	11	63	28	1	1	68	1.09
28445664--28445722	28	2.1	28	84	6	75	35	1	1	61	1.16
28445679--28445730	18	2.8	19	72	11	54	30	0	1	67	1.02
28453334--28453413	27	3.0	27	92	0	133	37	12	23	26	1.90
28455953--28456043	45	2.0	45	100	0	182	28	23	13	35	1.92
28457045--28457095	25	2.0	26	81	11	61	47	1	3	47	1.32
28466706--28466740	5	7.0	5	93	0	61	2	60	37	0	1.12
28466795--28466820	11	2.4	11	100	0	52	61	0	0	38	0.96
28466787--28466931	40	3.6	40	75	7	125	55	1	1	42	1.17
28466868--28466914	11	4.1	11	88	5	67	46	2	2	48	1.25
28466897--28466942	19	2.4	19	85	3	56	60	0	0	39	0.97
28473978--28474103	44	2.9	44	79	2	146	27	23	17	30	1.97
28475342--28475427	43	2.0	44	83	2	111	17	23	15	44	1.86
28489583--28489627	17	2.7	17	83	10	58	44	17	11	26	1.82
28503405--28503456	24	2.2	24	89	0	77	59	13	13	13	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28503929--28503980	7	7.6	7	95	4	97	13	0	0	86	0.57
28507444--28507510	34	1.9	35	84	3	91	44	14	10	29	1.79
28510253--28510374	25	4.8	25	78	5	111	21	22	21	34	1.97
28512747--28512795	21	2.6	17	79	20	53	26	4	2	67	1.19
28514430--28514503	24	3.1	24	78	3	78	48	14	8	28	1.72
28517476--28517501	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
28521530--28521582	23	2.5	21	78	9	63	67	0	3	28	1.07
28521588--28521635	14	3.3	14	78	16	53	50	10	6	33	1.62
28521647--28521696	24	2.1	24	82	10	59	70	10	2	18	1.25
28528392--28528428	13	2.9	13	85	14	51	29	0	0	70	0.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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