genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.88.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 ID=Chr13-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58321163

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

This is table  88  of  199  ( 23770 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26916562--26916676	51	2.2	52	81	6	126	20	17	29	33	1.95
26921768--26921816	18	2.6	19	78	18	57	73	2	2	22	1.04
26926219--26926262	6	7.3	6	94	0	70	63	0	20	15	1.31
26931876--26932134	116	2.2	116	80	1	286	44	14	24	16	1.86
26936970--26937009	21	1.9	21	89	0	62	37	22	17	22	1.94
26937219--26937278	16	3.7	16	73	4	57	21	13	18	46	1.83
26937189--26937279	33	2.7	33	77	1	92	21	17	15	45	1.86
26948864--26948939	37	2.0	38	85	7	102	50	9	7	32	1.63
26951714--26951934	20	11.1	20	64	6	99	33	19	29	18	1.95
26951705--26951934	40	5.8	40	82	3	275	34	18	28	18	1.94
26968288--26968523	40	5.9	40	89	0	319	35	18	28	17	1.93
26968343--26968520	20	8.9	20	67	9	94	34	19	30	15	1.93
26980583--26980612	15	2.0	15	100	0	60	40	6	26	26	1.81
26981816--26981858	19	2.2	20	83	4	52	72	4	4	18	1.20
26985267--26985333	30	2.3	29	80	14	84	22	19	31	26	1.98
26985335--26985414	26	2.9	29	80	14	105	36	22	22	18	1.95
26985599--26985851	27	9.3	26	79	10	260	16	19	19	43	1.88
26985600--26985851	54	4.6	54	82	6	296	17	19	19	44	1.87
26985644--26985851	81	2.6	81	92	1	337	17	19	19	43	1.88
26992039--26992070	15	2.1	16	94	5	57	6	21	0	71	1.07
26993082--26993125	11	3.9	11	80	16	54	13	9	9	68	1.40
26993082--26993142	11	5.7	10	81	14	52	11	6	8	73	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26993082--26993142	12	5.6	11	77	19	58	11	6	8	73	1.24
26997913--26998002	28	3.1	28	89	6	144	28	24	23	23	1.99
26998113--26998188	26	2.9	26	80	0	80	39	22	19	18	1.92
26998362--26998613	27	9.3	27	75	11	171	19	18	17	44	1.87
26998360--26998613	54	4.7	54	79	6	248	19	18	18	44	1.88
26998363--26998605	81	3.0	79	83	5	263	18	18	18	43	1.88
27001796--27002173	27	14.1	26	83	6	402	18	19	21	40	1.91
27001796--27002173	54	7.0	54	85	3	494	18	19	21	40	1.91
27001800--27002173	81	4.6	80	85	2	482	18	19	21	40	1.92
27004410--27004470	28	2.2	28	85	2	79	32	27	22	16	1.96
27004580--27004630	26	2.0	26	88	0	75	41	21	19	17	1.91
27004580--27004653	26	2.8	26	81	2	67	39	22	20	17	1.92
27004867--27005165	27	11.2	27	80	3	309	19	16	21	42	1.89
27004867--27005165	80	3.7	80	82	3	359	19	16	21	42	1.89
27004868--27005165	54	5.6	54	83	2	343	19	16	21	42	1.89
27013215--27013260	22	2.1	22	92	8	76	36	4	19	39	1.72
27019798--27019872	37	2.0	37	97	0	141	50	9	16	24	1.73
27020182--27020207	2	13.0	2	100	0	52	0	0	50	50	1.00
27021343--27021535	33	5.8	33	84	0	251	31	21	20	26	1.98
27021343--27021535	99	1.9	99	87	0	278	31	21	20	26	1.98
27025294--27025327	18	1.9	18	94	5	61	38	5	26	29	1.80
27027033--27027121	25	3.1	30	79	15	116	26	24	6	41	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27031134--27031163	15	2.0	15	100	0	60	26	26	13	33	1.93
27031659--27031709	25	2.0	25	96	0	93	25	13	7	52	1.67
27035433--27035481	21	2.3	21	89	0	71	34	16	44	4	1.66
27035838--27036054	43	5.0	43	75	6	188	19	18	32	29	1.96
27035838--27036066	87	2.7	87	88	3	331	19	18	31	30	1.95
27035838--27036106	87	3.1	87	82	3	224	21	19	29	29	1.98
27036330--27036372	22	2.0	22	95	0	77	41	27	20	9	1.83
27037502--27037910	87	4.7	87	77	4	335	41	11	12	34	1.79
27040082--27040120	19	2.0	20	95	5	71	56	7	15	20	1.63
27041491--27041654	87	1.9	86	83	5	213	50	15	5	28	1.66
27043457--27043548	25	3.7	25	89	2	132	30	22	20	26	1.98
27046318--27046368	23	2.2	23	92	0	84	41	21	9	27	1.84
27061123--27061178	30	1.9	28	82	13	69	60	10	14	14	1.58
27063523--27063562	19	2.2	19	86	4	55	12	12	5	70	1.33
27071622--27071646	5	5.0	5	100	0	50	40	0	0	60	0.97
27072058--27072088	14	2.2	14	94	0	53	58	0	12	29	1.35
27073802--27074006	106	1.9	106	89	0	320	30	9	13	46	1.75
27084704--27084775	22	3.3	22	94	0	117	25	27	16	30	1.97
27086898--27086953	19	2.8	20	86	10	71	73	5	17	3	1.17
27091823--27091945	28	4.4	28	82	5	160	31	21	24	21	1.98
27092047--27092127	26	3.1	25	70	7	72	33	24	20	20	1.97
27092348--27092663	27	11.7	27	84	6	304	21	17	21	40	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27092361--27092663	81	3.8	82	84	5	343	20	17	21	40	1.91
27092870--27092904	17	2.0	17	88	5	52	22	40	22	14	1.90
27094021--27094175	79	2.0	79	96	0	283	36	11	20	31	1.89
27105469--27105512	23	1.9	22	82	17	54	38	22	0	38	1.55
27112138--27112209	28	2.6	27	84	8	90	34	20	19	25	1.96
27112108--27112209	28	3.2	32	74	18	88	31	21	21	25	1.98
27112320--27112388	26	2.5	29	72	13	72	44	21	14	18	1.85
27118507--27118557	19	2.7	19	74	17	52	47	3	7	41	1.51
27132464--27132648	101	1.8	102	84	5	259	23	18	27	30	1.97
27147345--27147381	3	12.0	3	88	5	56	62	0	2	35	1.10
27147336--27147383	22	2.2	22	81	7	62	64	2	2	31	1.16
27148188--27148238	21	2.4	21	93	0	84	41	9	19	29	1.84
27161356--27161390	17	2.1	17	100	0	70	60	28	0	11	1.32
27162139--27162209	25	2.8	25	80	8	81	26	19	26	26	1.99
27181810--27181985	41	4.3	41	88	0	244	37	13	27	21	1.91
27187673--27187713	21	2.0	21	100	0	82	29	9	17	43	1.80
27190875--27190923	23	2.1	23	100	0	98	18	12	18	51	1.76
27199562--27199626	33	2.0	33	96	0	121	44	6	20	29	1.75
27199572--27199622	16	3.1	16	68	15	50	43	5	21	29	1.76
27204808--27204852	21	2.0	22	83	8	56	33	0	11	55	1.35
27207130--27207164	17	2.0	17	94	5	61	14	0	5	80	0.89
27207130--27207162	8	3.7	9	88	12	50	12	0	6	81	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27217808--27217947	50	2.8	50	81	0	154	22	27	23	27	1.99
27227164--27227337	58	3.0	57	76	6	188	36	14	25	22	1.93
27227173--27227333	29	5.6	29	75	5	146	38	14	25	21	1.91
27237303--27237392	34	2.6	34	77	6	83	22	22	24	31	1.99
27241223--27241268	6	7.7	6	90	9	76	2	17	0	80	0.81
27241223--27241269	24	1.9	25	95	4	87	4	17	0	78	0.90
27241228--27241280	24	2.2	24	86	0	70	5	20	1	71	1.16
27244076--27244149	34	2.2	34	82	4	96	27	17	24	31	1.97
27245057--27245111	21	2.6	21	97	0	101	21	18	20	40	1.92
27250183--27250228	6	7.7	6	88	9	67	4	17	0	78	0.91
27250188--27250240	24	2.2	24	82	0	61	7	20	1	69	1.22
27253031--27253116	34	2.5	33	85	5	109	25	18	25	30	1.98
27272644--27272687	22	2.0	21	83	12	54	40	0	0	59	0.98
27297628--27297685	20	2.9	19	82	14	64	34	12	24	29	1.91
27306822--27306863	18	2.3	19	79	4	50	71	14	2	11	1.24
27308450--27308539	40	2.2	40	96	0	162	30	3	22	44	1.69
27309782--27309839	28	2.1	28	100	0	116	39	22	20	17	1.92
27330524--27330548	4	6.2	4	100	0	50	76	0	24	0	0.80
27338099--27338148	21	2.3	23	82	6	59	68	2	2	28	1.12
27339172--27339255	42	2.0	42	100	0	168	35	2	11	50	1.52
27340250--27340301	19	2.8	19	88	2	79	32	1	0	65	1.04
27340249--27340309	9	6.4	10	74	14	58	31	1	1	65	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27340248--27340308	19	3.3	18	78	13	70	32	1	1	63	1.13
27345218--27345257	19	2.1	19	100	0	80	20	15	30	35	1.93
27346581--27346614	15	2.3	15	89	0	50	38	17	8	35	1.81
27351426--27351512	25	3.5	24	76	9	77	22	5	1	70	1.16
27357915--27357951	6	6.2	6	90	9	58	18	0	0	81	0.70
27357907--27357955	24	2.1	23	85	11	64	24	0	0	75	0.80
27357915--27357963	24	2.0	24	84	7	64	20	2	2	75	1.00
27362087--27362117	15	2.0	16	93	6	55	19	19	19	41	1.90
27369576--27369611	16	2.3	16	90	4	56	25	2	16	55	1.55
27369847--27369877	15	2.1	15	93	0	53	41	0	9	48	1.36

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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