genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  19593398

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   

This is table  15  of  50  ( 5896 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7538031--7538168	73	1.9	73	89	0	213	25	10	22	41	1.86
7538033--7538190	73	2.2	73	84	2	201	27	12	20	39	1.88
7538293--7538338	21	2.2	21	92	0	74	50	21	8	19	1.75
7538949--7539184	126	1.9	126	90	1	384	35	9	12	42	1.75
7543183--7543218	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
7552128--7552161	18	1.9	17	88	5	50	67	2	8	20	1.31
7552154--7552181	5	5.6	5	100	0	56	82	0	0	17	0.68
7581543--7581579	16	2.2	17	95	4	67	35	5	0	59	1.20
7585064--7585093	7	4.3	7	91	0	51	43	0	43	13	1.43
7589499--7589539	22	1.9	21	90	5	64	26	9	17	46	1.79
7592215--7592245	14	2.2	14	94	0	53	67	9	19	3	1.33
7596426--7596453	4	7.0	4	100	0	56	50	25	0	25	1.50
7596827--7596860	16	2.0	17	88	11	52	5	61	0	32	1.20
7602023--7602176	30	5.4	27	79	9	87	59	0	7	33	1.24
7602029--7602101	33	2.3	33	86	11	107	64	0	4	31	1.12
7602085--7602160	30	2.5	30	97	0	143	53	0	11	34	1.37
7602173--7602232	26	2.3	26	85	2	75	70	3	1	25	1.12
7602456--7602501	15	3.1	15	90	0	65	32	23	8	34	1.86
7614213--7614256	14	3.1	14	81	18	56	34	0	0	65	0.93
7618797--7619031	61	3.9	61	75	11	178	33	14	11	41	1.81
7631300--7631337	3	12.7	3	94	0	67	63	0	0	36	0.95
7631813--7631854	15	2.8	16	78	10	52	61	14	4	19	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7637701--7637770	28	2.5	28	84	9	106	38	12	17	31	1.87
7639254--7639285	17	1.9	17	93	6	57	34	0	0	65	0.93
7646634--7646671	20	1.9	20	100	0	76	42	13	13	31	1.82
7648889--7648929	15	2.8	14	85	10	55	68	0	2	29	1.03
7649018--7649106	3	30.3	3	73	17	55	68	0	4	26	1.08
7653072--7653125	13	4.0	13	78	4	54	66	0	7	25	1.17
7653069--7653124	26	2.0	27	83	10	69	67	0	8	23	1.18
7660249--7660373	60	2.1	60	90	0	196	32	15	17	34	1.91
7663058--7663104	21	2.3	21	89	7	71	61	0	0	38	0.96
7673862--7673893	10	3.0	11	90	9	57	43	18	9	28	1.81
7673895--7673933	18	2.2	18	86	9	53	23	10	20	46	1.81
7674168--7674215	9	5.3	9	87	0	69	27	10	18	43	1.82
7676176--7676214	19	2.0	20	95	5	71	5	23	5	66	1.32
7676464--7676615	75	2.0	75	96	3	288	19	25	3	50	1.64
7702580--7702628	2	24.5	2	95	0	89	48	0	0	51	1.00
7703096--7703135	14	2.8	15	85	14	57	5	40	2	52	1.37
7703112--7703278	79	2.2	76	92	3	271	5	35	4	53	1.45
7706538--7706654	60	2.0	60	84	6	157	33	4	17	45	1.68
7706763--7706844	22	3.7	22	78	0	83	29	7	15	47	1.73
7706906--7706958	22	2.4	22	93	0	88	47	15	13	24	1.81
7707003--7707062	22	2.8	22	76	2	59	56	11	3	28	1.51
7710712--7710763	22	2.4	22	86	0	77	28	19	15	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7710751--7710810	22	2.8	21	76	2	57	20	11	25	43	1.85
7710755--7710903	76	2.0	75	81	4	174	23	13	26	36	1.92
7715184--7715348	61	2.7	61	88	0	231	27	32	16	23	1.96
7715936--7715983	23	2.1	23	84	7	62	35	31	0	33	1.58
7722268--7722491	61	3.7	61	88	2	324	28	31	16	23	1.97
7723083--7723130	23	2.1	23	84	7	62	35	31	0	33	1.58
7729122--7729181	22	2.7	22	76	0	66	43	30	6	20	1.77
7729209--7729250	22	1.9	22	85	0	57	47	16	9	26	1.77
7729315--7729372	22	2.6	22	83	2	62	48	27	6	17	1.72
7732895--7732920	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
7734974--7735290	156	2.0	157	87	1	449	39	10	21	28	1.86
7736639--7736686	13	3.5	13	77	8	51	25	0	8	66	1.19
7738162--7738402	133	1.8	134	85	0	340	26	10	27	35	1.89
7738162--7738405	67	3.7	66	83	2	301	26	10	27	35	1.89
7740201--7740590	67	5.8	67	83	6	443	27	10	27	34	1.90
7749456--7749557	35	2.9	35	82	7	111	44	15	4	35	1.68
7753227--7753269	19	2.3	19	83	0	50	46	16	4	32	1.67
7754746--7755073	180	1.8	180	86	3	482	34	14	12	37	1.85
7762063--7762118	15	3.7	15	78	0	58	32	23	33	10	1.89
7764201--7764225	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
7774799--7774846	2	25.5	2	87	12	75	50	0	0	50	1.00
7775351--7775414	2	34.5	2	74	14	57	50	3	0	46	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7777348--7777398	14	3.8	13	76	10	50	27	3	0	68	1.07
7790396--7790434	20	2.0	19	85	14	53	33	5	5	56	1.43
7791901--7791930	15	2.1	15	93	6	53	0	0	23	76	0.78
7792176--7792211	15	2.3	16	95	4	65	19	0	0	80	0.71
7792810--7792888	40	2.0	40	92	0	131	35	24	21	18	1.96
7795413--7795491	40	2.0	40	89	0	122	35	22	22	18	1.96
7796813--7796860	6	7.5	6	80	13	51	0	52	0	47	1.00
7799475--7799504	9	3.3	9	100	0	60	46	0	0	53	1.00
7799475--7799510	18	2.0	18	88	0	54	50	0	0	50	1.00
7799500--7799543	15	2.8	16	82	10	54	72	0	2	25	0.96
7800027--7800060	18	1.9	18	88	5	52	38	2	0	58	1.13
7802644--7802681	14	2.5	15	83	12	51	60	10	15	13	1.59
7806356--7806415	27	2.3	26	85	2	75	35	16	15	33	1.90
7806873--7806985	60	1.9	60	90	0	181	48	8	10	31	1.68
7808587--7808621	17	2.1	17	88	0	52	54	5	0	40	1.24
7810061--7810101	20	2.0	20	90	0	64	43	9	9	36	1.71
7815642--7815811	82	2.1	82	97	0	322	45	15	11	27	1.81
7836084--7836117	17	2.0	17	88	0	50	64	5	2	26	1.30
7839767--7839823	23	2.5	22	75	11	53	17	0	38	43	1.49
7839864--7839949	11	7.8	11	78	10	95	23	2	23	51	1.60
7846586--7846725	62	2.3	62	83	5	167	23	17	23	35	1.95
7849516--7849552	16	2.2	18	85	9	51	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7849514--7849565	19	2.8	19	72	22	56	53	0	0	46	1.00
7849511--7849571	28	2.4	27	76	13	67	55	0	0	44	0.99
7849826--7849871	15	3.1	15	83	0	65	32	34	4	28	1.77
7849815--7849871	30	1.9	30	92	0	96	33	35	5	26	1.79
7852764--7853234	180	2.6	181	83	6	541	36	16	13	34	1.87
7854492--7854611	58	2.1	57	92	1	195	35	8	17	38	1.80
7861197--7861237	18	2.3	18	100	0	82	70	0	9	19	1.14
7862079--7862123	8	5.5	8	85	12	56	73	0	0	26	0.84
7862079--7862145	17	3.8	17	74	16	64	71	0	1	26	0.94
7862072--7862139	24	3.1	21	73	21	59	73	0	1	25	0.92
7862242--7862321	27	2.9	27	79	5	88	70	0	6	23	1.10
7862243--7862295	20	2.7	20	77	11	56	71	0	5	22	1.06
7862245--7862331	5	15.8	5	70	21	50	71	1	4	22	1.11
7862245--7862333	22	4.0	24	70	16	66	71	1	4	22	1.10
7862259--7862331	17	4.5	16	70	17	53	72	1	4	21	1.09
7874095--7874582	38	12.7	38	84	5	552	23	15	18	42	1.88
7874095--7874582	154	3.2	153	80	6	574	23	15	18	42	1.88
7875808--7875846	17	2.3	17	95	0	69	66	0	10	23	1.22
7876681--7876734	18	3.1	17	81	7	63	74	0	1	24	0.92
7876832--7876995	5	29.8	5	69	21	80	69	0	4	24	1.12
7876872--7876995	17	7.6	16	72	15	69	70	0	4	24	1.10
7876837--7876989	77	2.0	76	96	3	283	68	0	5	25	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7876831--7876996	11	14.5	11	68	18	72	69	0	4	24	1.11
7876921--7876995	33	2.2	34	84	11	93	72	1	4	22	1.10
7876940--7877000	28	2.2	28	82	8	72	73	1	1	22	1.01
7878706--7878746	17	2.4	18	80	12	50	48	2	9	39	1.49
7891367--7891432	25	2.6	25	80	4	80	30	18	10	40	1.84
7895927--7895987	25	2.5	24	82	17	72	34	18	6	40	1.76
7898574--7898611	18	2.1	19	90	5	60	71	0	26	2	1.00
7898794--7898970	93	1.9	92	83	5	230	38	18	15	27	1.91
7902661--7902875	107	2.0	107	97	1	405	36	10	13	39	1.79
7903121--7903151	5	6.2	5	92	0	53	38	22	22	16	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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