genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.16.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  19593398

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   

This is table  16  of  50  ( 5896 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7914057--7914100	24	2.0	22	82	13	54	38	20	13	27	1.90
7933562--7933898	55	6.2	54	75	7	202	38	12	11	36	1.80
7933590--7933772	27	6.6	27	68	8	118	41	11	10	36	1.76
7933630--7933879	109	2.3	109	81	3	272	40	12	12	35	1.80
7934986--7935051	33	2.0	33	87	0	96	13	45	6	34	1.68
7935342--7935600	133	1.9	133	80	6	301	55	3	8	32	1.46
7941220--7941260	16	2.6	16	81	14	57	29	14	29	26	1.95
7941968--7942129	81	2.0	81	96	0	297	27	17	24	30	1.97
7943515--7943552	18	2.1	18	90	0	58	36	10	5	47	1.61
7943748--7943808	30	2.0	30	93	0	104	55	8	4	31	1.50
7944311--7944371	30	2.0	30	87	0	86	57	4	3	34	1.36
7943536--7944660	563	2.0	562	98	0	2178	42	13	10	33	1.79
7956788--7956821	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
7957312--7957356	14	3.2	15	81	15	60	51	0	0	48	1.00
7963011--7963048	14	2.5	16	87	12	62	34	7	5	52	1.53
7972079--7972256	26	7.0	26	75	11	102	31	16	12	38	1.87
7972122--7972256	51	2.7	51	88	1	191	34	15	11	38	1.84
7972148--7972231	25	3.3	25	81	3	105	36	13	10	39	1.79
7972171--7972256	25	3.4	25	79	7	102	32	13	13	39	1.85
7973524--7973594	2	35.5	2	100	0	142	50	0	0	49	1.00
7976058--7976895	144	5.8	144	81	2	768	31	22	10	35	1.88
7976897--7977913	144	7.1	144	78	3	911	32	23	10	34	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7976499--7977295	398	2.0	397	99	0	1585	31	24	9	35	1.87
7976965--7977913	288	3.3	287	81	3	1134	32	22	10	34	1.88
7976215--7977583	686	2.0	685	81	3	1574	31	24	9	34	1.88
7976173--7977705	830	1.8	829	81	3	1882	31	24	9	34	1.88
7976898--7977783	432	2.1	432	81	5	1013	31	23	10	34	1.88
7978710--7978804	32	3.0	33	76	16	92	24	4	1	70	1.11
7978747--7978789	15	2.8	15	85	3	50	20	2	0	76	0.89
7978728--7978811	37	2.2	40	83	10	104	23	2	0	73	0.94
7978731--7978819	27	3.2	27	82	4	106	23	3	0	73	0.99
7978996--7979052	14	4.3	13	79	18	64	24	5	0	70	1.08
7981892--7981929	16	2.4	16	90	0	58	2	34	21	42	1.67
7993115--7993194	13	6.2	13	70	15	51	22	6	0	71	1.08
7993131--7993181	27	1.9	26	84	11	68	23	3	0	72	1.01
7993416--7993462	18	2.7	17	87	6	67	25	2	0	72	0.96
7993420--7993462	14	3.4	12	80	20	52	23	2	0	74	0.93
7993416--7993455	21	1.9	21	85	10	55	27	2	0	70	1.01
7994143--7994173	12	2.7	11	90	9	53	25	25	0	48	1.52
7994953--7995220	144	1.9	145	89	0	421	30	22	13	33	1.92
7998310--7998356	23	2.0	24	83	4	60	31	21	17	29	1.96
8001022--8001076	2	27.5	2	96	0	101	52	47	0	0	1.00
8004484--8004543	26	2.2	28	82	11	79	16	21	3	58	1.53
8005007--8005047	2	20.5	2	94	0	73	46	0	2	51	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8006230--8006262	16	2.1	17	88	11	52	39	0	6	54	1.25
8008664--8008729	4	17.0	4	74	16	59	68	0	31	0	0.90
8008655--8008729	20	3.7	20	92	3	114	66	0	33	0	0.92
8010429--8010453	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
8011487--8011522	14	2.6	14	91	4	56	11	0	2	86	0.68
8011490--8011531	20	2.1	20	86	8	59	7	0	9	83	0.81
8019109--8019150	15	2.9	15	82	3	50	40	0	28	30	1.57
8027345--8027386	15	2.8	15	85	0	57	57	11	2	28	1.47
8028773--8028797	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
8030029--8030066	20	1.9	20	94	0	67	47	18	5	28	1.70
8034105--8034129	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
8035055--8035090	18	1.9	18	88	5	54	25	0	0	75	0.81
8038855--8038879	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
8040370--8040505	36	3.8	35	79	2	164	36	5	13	44	1.67
8040370--8040507	71	1.9	72	85	4	190	36	5	13	44	1.66
8048078--8048105	14	2.0	14	100	0	56	42	7	21	28	1.79
8049942--8050188	35	7.1	35	82	3	266	36	6	13	43	1.71
8049935--8050209	142	2.0	139	86	5	392	37	6	13	42	1.70
8049935--8050211	35	7.9	35	81	5	256	36	6	13	42	1.71
8049983--8050213	71	3.3	70	81	6	286	37	6	13	41	1.72
8056245--8056287	18	2.3	19	84	8	52	67	4	9	18	1.36
8060185--8060222	20	1.9	19	89	5	58	60	13	0	26	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8060217--8060259	17	2.6	16	89	10	61	48	0	2	48	1.14
8062078--8062119	22	2.0	20	86	9	57	45	0	4	50	1.23
8067262--8067293	15	2.2	14	94	5	55	50	6	18	25	1.70
8067675--8067724	25	2.0	26	96	4	93	58	0	0	42	0.98
8073366--8073407	20	2.1	20	95	0	75	35	4	26	33	1.77
8076523--8076672	74	2.0	74	90	0	237	38	21	14	26	1.91
8076927--8076958	11	2.9	11	90	0	55	28	15	15	40	1.88
8077568--8077613	24	2.0	23	86	4	65	50	0	0	50	1.00
8077646--8077696	2	27.0	2	81	18	65	49	0	1	49	1.12
8077640--8077696	19	3.1	19	82	12	73	49	0	3	47	1.18
8077756--8077804	2	24.5	2	100	0	98	51	0	0	48	1.00
8087600--8088720	445	2.5	445	84	1	1417	27	17	15	39	1.90
8091568--8091795	55	4.1	54	74	7	190	13	13	29	43	1.82
8091823--8091909	23	3.9	21	89	4	86	22	19	32	25	1.98
8091834--8091937	23	4.5	23	91	0	154	23	22	30	24	1.99
8091918--8092023	31	3.4	32	87	5	146	23	16	23	36	1.94
8092062--8092221	79	2.0	79	96	0	293	31	11	18	38	1.87
8095832--8095921	31	2.9	31	83	3	92	28	17	24	28	1.97
8095852--8095939	31	2.8	31	84	0	104	28	18	22	30	1.97
8096670--8096735	33	2.0	33	84	0	87	27	24	28	19	1.99
8097021--8097120	38	2.6	38	78	15	98	44	6	11	39	1.64
8097118--8097199	16	5.2	16	76	15	66	52	2	8	36	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8097118--8097199	30	2.6	31	81	11	96	52	2	8	36	1.45
8097099--8097193	47	2.0	47	85	4	129	51	4	8	35	1.52
8098725--8098935	93	2.3	93	88	0	332	38	20	17	23	1.93
8098725--8098935	31	6.8	31	86	0	278	38	20	17	23	1.93
8101120--8101288	31	5.5	31	89	2	214	34	20	19	25	1.96
8101840--8101962	24	5.2	24	75	12	103	23	32	17	26	1.96
8101840--8101952	47	2.4	48	72	11	126	24	34	15	24	1.95
8101850--8102012	71	2.3	71	86	1	229	24	33	15	26	1.95
8101931--8102060	47	2.8	47	87	0	170	23	30	18	26	1.98
8126534--8126580	20	2.2	22	77	7	53	34	2	6	57	1.36
8130466--8130512	24	2.0	24	91	0	76	34	14	23	27	1.94
8130394--8130590	63	3.1	63	88	2	306	30	16	29	23	1.96
8130528--8130577	24	2.1	24	96	0	91	28	20	30	22	1.98
8132212--8132264	26	2.0	26	96	0	97	20	13	7	58	1.59
8132206--8132271	26	2.7	24	84	13	89	21	13	6	59	1.56
8145551--8145718	78	2.2	78	83	0	201	17	23	19	40	1.91
8149014--8149486	118	4.1	112	87	4	610	43	26	12	17	1.85
8149014--8149486	111	4.1	113	86	5	603	43	26	12	17	1.85
8150853--8151050	40	5.0	40	68	20	146	34	25	12	27	1.92
8150959--8151004	15	3.1	15	78	12	58	36	19	10	32	1.87
8150871--8151109	118	2.0	118	89	1	363	36	24	12	27	1.91
8160740--8161693	478	2.0	478	94	0	1658	34	11	19	34	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8162543--8162584	21	2.0	21	90	0	66	35	16	26	21	1.94
8167160--8167188	9	3.0	10	90	10	51	51	6	0	41	1.28
8169572--8169695	59	2.1	60	85	7	164	27	12	25	35	1.91
8169869--8169943	22	3.4	21	78	8	78	38	22	13	25	1.90
8175162--8175269	38	2.7	39	84	8	130	25	19	33	21	1.97
8180931--8181030	49	2.0	49	100	0	200	38	8	16	38	1.78
8185390--8185443	28	1.9	28	81	7	65	44	5	3	46	1.44
8185640--8185860	118	1.9	118	97	2	410	34	5	3	55	1.40
8185640--8185931	118	2.5	116	84	9	281	36	6	3	53	1.44
8186721--8186760	10	3.9	10	87	6	53	7	30	2	60	1.38

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50