genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.18.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  19593398

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          49   50   

This is table  18  of  50  ( 5896 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8590197--8590236	15	2.6	16	88	11	66	20	5	20	55	1.62
8592863--8592915	28	1.9	27	84	3	70	32	15	20	32	1.93
8599164--8599211	15	3.1	15	87	3	69	37	6	18	37	1.76
8599479--8599505	14	1.9	14	100	0	54	59	11	0	29	1.32
8600846--8600926	40	2.0	40	81	9	94	28	7	1	62	1.29
8601054--8601135	31	2.6	31	78	16	89	29	1	0	69	0.96
8601067--8601116	20	2.4	21	80	16	59	30	2	0	68	1.01
8601056--8601220	18	8.4	19	68	23	85	30	1	0	67	1.01
8601055--8601230	29	6.0	29	70	19	109	31	1	0	67	1.01
8601060--8601123	19	3.2	21	72	14	55	29	1	0	68	0.99
8601148--8601193	23	2.0	23	82	0	56	34	0	0	65	0.93
8601036--8601174	69	2.0	69	81	5	165	33	2	0	63	1.14
8600819--8601193	182	2.1	182	92	5	620	30	4	1	63	1.22
8601081--8601231	29	5.3	29	73	16	138	31	1	0	66	1.00
8605300--8605339	15	2.7	15	92	0	62	35	7	15	42	1.75
8605383--8605422	5	8.0	5	91	0	62	40	0	22	37	1.54
8613816--8613916	33	3.1	33	98	0	193	27	23	20	27	1.99
8617450--8617785	175	1.9	175	91	1	557	14	40	8	36	1.78
8617916--8617967	16	3.3	15	74	15	52	23	1	1	73	1.04
8618604--8618669	33	2.0	33	93	0	114	28	19	10	40	1.85
8619167--8619192	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
8620742--8620771	15	2.0	15	93	0	51	40	16	6	36	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8626884--8626934	24	2.0	25	88	7	77	39	11	17	31	1.86
8630037--8630076	21	1.9	21	94	0	71	22	22	20	35	1.96
8633220--8633254	18	1.9	18	88	11	54	37	28	34	0	1.58
8636491--8636524	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
8636589--8636622	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
8636434--8636623	98	1.9	97	98	1	371	43	6	10	39	1.64
8638606--8638671	33	2.0	33	87	0	96	34	13	10	40	1.79
8639150--8639206	30	1.9	30	88	0	87	49	8	7	35	1.61
8644509--8644582	35	2.1	35	87	0	112	48	17	12	21	1.79
8645598--8645884	102	2.8	101	79	2	324	26	19	11	42	1.85
8649913--8649947	2	17.5	2	87	0	52	45	0	0	54	0.99
8649913--8649946	10	3.4	10	95	0	59	44	0	0	55	0.99
8650152--8650204	17	3.1	17	83	8	54	16	13	13	56	1.67
8650730--8650787	26	2.2	26	93	0	98	41	13	13	31	1.84
8653632--8653676	15	2.9	15	80	6	54	66	0	0	33	0.92
8653632--8653676	16	2.9	15	80	6	54	66	0	0	33	0.92
8666465--8666499	17	2.1	17	94	0	61	31	5	2	60	1.35
8681229--8681319	15	6.1	15	77	8	69	54	2	30	12	1.49
8681229--8681325	30	3.2	29	79	5	104	54	3	30	11	1.51
8681285--8681332	12	4.0	12	77	0	60	58	2	31	8	1.39
8686945--8687007	26	2.4	27	75	17	69	39	3	0	57	1.15
8686946--8687112	67	2.5	67	92	5	266	44	2	0	51	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8704833--8704858	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
8705680--8705717	14	2.6	14	91	4	58	73	0	2	23	0.95
8707013--8707049	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
8706800--8707297	251	2.0	250	99	0	978	42	7	14	34	1.74
8707263--8707297	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
8709953--8710019	33	2.0	33	100	0	134	25	14	20	38	1.91
8714230--8714617	31	12.5	31	73	8	261	23	17	21	36	1.94
8714230--8714628	93	4.3	93	76	6	317	23	17	21	37	1.94
8716186--8716235	16	3.1	16	74	5	55	44	12	4	40	1.60
8716186--8716258	30	2.3	32	81	6	87	43	10	5	39	1.63
8716508--8716574	31	2.2	31	86	0	89	35	28	10	25	1.89
8716520--8716595	31	2.5	31	84	0	89	27	30	13	28	1.94
8716717--8716868	31	4.7	31	74	7	151	23	18	20	38	1.94
8716749--8716853	36	3.1	36	78	6	112	22	18	22	36	1.95
8716718--8716853	67	2.0	67	92	0	227	22	18	21	37	1.94
8720025--8720098	23	3.2	23	98	0	139	27	29	21	21	1.99
8720147--8720292	55	2.7	55	82	0	184	44	30	11	13	1.79
8722634--8722679	25	1.9	25	86	8	69	63	0	0	36	0.95
8723545--8723602	30	1.9	30	85	0	80	56	8	3	31	1.46
8724472--8724501	3	10.0	3	92	0	51	33	3	0	63	1.11
8740341--8740367	14	1.9	14	100	0	54	62	29	0	7	1.22
8740922--8740974	22	2.4	22	80	0	61	28	9	26	35	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8741048--8741096	21	2.5	20	83	6	55	28	10	24	36	1.88
8741235--8741325	23	4.1	23	78	12	100	34	8	21	35	1.85
8741241--8741474	22	10.8	21	75	7	78	32	8	24	33	1.87
8741241--8741337	43	2.2	46	83	5	119	31	6	24	37	1.80
8741394--8741474	22	3.8	22	90	3	121	34	13	22	29	1.92
8741367--8741487	44	2.8	43	74	10	120	31	12	23	32	1.92
8743941--8743973	14	2.4	14	90	5	50	63	0	0	36	0.95
8744389--8744639	126	2.0	125	100	0	493	41	11	13	32	1.81
8749820--8749856	19	1.9	19	100	0	74	43	29	0	27	1.55
8769560--8769655	46	2.1	45	90	5	156	35	20	6	36	1.78
8781367--8781413	19	2.5	19	82	6	51	57	0	6	36	1.24
8781977--8782012	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
8790997--8791055	29	2.1	29	83	3	75	44	20	3	32	1.68
8791221--8791258	19	2.0	19	94	0	67	42	28	0	28	1.56
8791788--8791862	34	2.2	34	82	0	87	28	14	22	34	1.94
8791799--8791890	34	2.7	34	87	0	121	27	14	23	34	1.93
8795662--8795782	37	3.2	37	78	8	120	42	18	9	30	1.81
8797854--8798252	60	6.6	59	80	7	419	37	13	13	35	1.83
8797862--8798241	180	2.1	180	84	4	500	37	12	13	35	1.83
8811806--8811843	19	2.0	19	94	0	67	42	28	0	28	1.56
8814213--8814252	19	2.0	20	95	4	73	30	0	27	42	1.56
8818462--8818514	28	1.9	27	88	3	79	26	18	20	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8818559--8818604	20	2.3	20	96	0	83	45	21	4	28	1.71
8819279--8819311	17	2.0	17	88	5	50	54	6	15	24	1.63
8819623--8819670	20	2.4	20	75	6	53	72	0	4	22	1.01
8822519--8822566	21	2.3	20	79	10	60	14	22	6	56	1.61
8822524--8822564	21	1.9	22	90	5	66	17	24	7	51	1.70
8826037--8826105	32	2.1	33	86	7	97	37	20	15	26	1.93
8825974--8826164	96	2.0	95	92	1	319	37	16	13	31	1.88
8826378--8826447	27	2.6	27	88	4	97	27	17	21	34	1.95
8827103--8827137	16	2.1	17	89	5	54	37	28	0	34	1.58
8828205--8828246	14	2.9	15	82	10	52	59	4	4	30	1.39
8848507--8848695	27	7.0	26	71	8	101	28	24	31	16	1.96
8848535--8848683	81	1.8	81	82	2	192	28	22	30	17	1.97
8848508--8848697	54	3.5	53	73	2	157	28	24	31	16	1.96
8849803--8849885	27	3.2	26	66	13	71	21	28	15	33	1.94
8849798--8849901	52	2.0	52	92	3	174	22	25	15	36	1.93
8849803--8849927	52	2.4	52	82	2	126	25	27	16	30	1.97
8854006--8854097	39	2.4	39	86	0	130	34	22	20	21	1.96
8854490--8854598	43	2.5	44	88	7	161	18	37	21	22	1.94
8858334--8858442	44	2.6	42	78	7	116	23	12	35	27	1.92
8861420--8861444	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
8862850--8862887	19	2.0	19	100	0	76	26	0	31	42	1.56
8865115--8865139	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8865418--8865496	27	2.9	27	76	0	86	25	20	34	20	1.96
8865418--8865538	54	2.2	54	80	0	125	27	19	32	20	1.97
8865473--8865588	27	4.3	27	73	0	88	28	23	29	18	1.98
8866483--8866563	27	3.0	26	73	7	72	28	12	9	49	1.72
8871067--8871091	4	6.2	4	100	0	50	76	0	24	0	0.80
8889773--8889894	35	3.5	35	82	0	136	45	18	13	22	1.85
8890126--8890194	29	2.4	29	85	0	93	20	27	5	46	1.73
8895875--8895943	30	2.3	30	84	0	84	33	13	15	37	1.86
8895900--8895943	15	2.9	16	80	6	56	34	11	15	38	1.84
8904271--8904333	23	2.7	23	92	0	99	25	6	39	28	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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