genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.33.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  19593398

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   

This is table  33  of  50  ( 5896 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14838568--14838699	60	2.2	60	88	0	192	31	3	18	46	1.66
14838800--14838877	22	3.5	22	76	0	75	26	10	14	48	1.75
14839075--14839125	22	2.3	22	79	0	57	52	15	7	23	1.68
14852509--14852773	133	2.0	133	93	0	449	36	16	15	31	1.90
14861778--14861858	2	39.0	2	87	9	110	49	2	1	45	1.23
14861772--14861848	38	2.0	38	92	5	129	46	5	2	44	1.39
14871154--14871183	16	1.9	15	93	6	51	40	13	0	46	1.43
14871427--14871457	4	7.8	4	100	0	62	48	0	0	51	1.00
14871620--14871667	22	2.2	21	85	10	62	45	4	6	43	1.48
14873656--14874714	542	2.0	541	98	0	2030	39	13	12	34	1.83
14875908--14875959	19	2.7	19	100	0	104	55	0	0	44	0.99
14877617--14877641	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
14887154--14887188	16	2.2	16	89	0	52	20	20	20	40	1.92
14904939--14904982	21	2.1	21	86	0	61	31	2	6	59	1.36
14907978--14908093	35	3.4	33	74	9	92	23	14	27	34	1.94
14907975--14908071	32	2.9	33	76	10	108	23	15	25	35	1.94
14907975--14908102	67	1.9	67	85	6	179	24	14	27	34	1.93
14913069--14913093	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
14918320--14918352	5	6.8	5	93	6	59	39	21	0	39	1.53
14918320--14918352	14	2.3	15	94	5	59	39	21	0	39	1.53
14918387--14918437	15	3.4	15	83	0	57	49	17	3	29	1.65
14919634--14919658	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14922306--14922351	2	23.5	2	86	4	67	50	0	2	47	1.13
14926948--14926996	25	2.0	25	87	0	71	14	2	12	71	1.23
14928606--14928707	13	7.8	13	85	12	147	53	7	1	36	1.41
14928593--14928728	53	2.5	53	97	1	254	51	8	4	35	1.53
14939191--14939705	74	6.8	74	76	8	348	25	17	22	35	1.95
14939120--14939707	150	3.9	149	76	9	500	25	18	22	34	1.96
14939233--14939707	79	6.3	78	76	7	394	24	17	22	34	1.96
14941009--14941275	81	3.3	81	76	9	211	23	27	17	31	1.97
14941059--14941303	81	3.0	80	78	7	235	24	29	16	29	1.97
14941779--14942291	151	3.4	151	82	4	561	35	16	14	33	1.89
14943756--14943830	31	2.4	31	86	0	105	36	17	17	29	1.93
14944724--14945101	23	16.4	23	72	8	239	25	34	11	28	1.91
14944893--14945113	119	1.9	119	82	1	282	23	32	14	29	1.95
14945142--14945218	23	3.3	23	83	3	84	23	29	14	32	1.94
14945036--14945230	104	1.9	104	83	2	257	25	31	12	30	1.92
14959395--14959442	22	2.2	21	85	10	62	45	4	6	43	1.48
14960020--14960062	2	22.5	2	90	9	72	48	0	0	51	1.00
14960020--14960062	19	2.3	19	95	0	77	48	0	0	51	1.00
14972450--14972494	21	2.1	21	88	8	65	37	13	13	35	1.84
14975198--14975232	2	17.5	2	100	0	70	51	48	0	0	1.00
14975309--14975380	37	1.9	37	83	5	92	23	34	20	20	1.96
14975952--14975993	20	2.1	20	95	0	75	42	9	33	14	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14990621--14990679	27	2.1	28	84	3	75	67	0	6	25	1.15
14990632--14990678	18	2.7	19	84	15	66	72	0	4	23	1.02
14991238--14991265	14	2.0	14	100	0	56	42	7	0	50	1.30
14995429--14995473	21	2.1	21	88	8	65	37	13	13	35	1.84
15005731--15005764	16	2.2	15	89	5	50	76	2	20	0	0.92
15006131--15006170	2	20.0	2	94	0	71	47	0	2	50	1.14
15012873--15012927	28	2.0	28	85	7	76	20	18	27	34	1.95
15018315--15018344	5	6.0	5	96	0	51	40	23	0	36	1.55
15018379--15018422	22	2.0	22	86	0	61	43	18	6	31	1.76
15020284--15020337	28	1.9	28	85	7	74	25	16	20	37	1.93
15022040--15022078	16	2.4	16	87	8	53	76	0	2	20	0.90
15028308--15028350	21	2.0	21	95	0	77	37	0	4	58	1.19
15028530--15028677	76	1.9	77	87	4	219	34	9	14	41	1.79
15037216--15037261	15	3.1	15	80	0	65	28	13	23	34	1.92
15037115--15037349	118	2.0	118	89	5	359	26	11	25	37	1.90
15038729--15039092	118	3.1	116	88	4	517	18	11	25	44	1.83
15045513--15045569	23	2.5	23	85	0	69	28	31	19	21	1.97
15045931--15046217	92	3.1	92	88	1	432	32	23	15	28	1.95
15046405--15046470	26	2.8	23	79	18	73	57	6	13	22	1.58
15046412--15046463	26	2.0	26	96	0	95	57	7	13	21	1.61
15048065--15048223	69	2.3	69	85	0	210	22	28	18	30	1.97
15048091--15048208	24	5.0	24	69	10	91	22	28	17	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15054692--15054735	11	4.3	11	78	21	51	68	9	22	0	1.18
15063714--15063777	27	2.3	29	82	15	73	26	4	7	60	1.44
15063751--15063798	20	2.4	20	79	6	53	25	4	10	60	1.47
15068408--15068441	12	2.8	12	90	0	59	23	0	0	76	0.79
15068408--15068441	6	5.7	6	92	0	50	23	0	0	76	0.79
15068719--15068762	20	2.2	20	88	4	72	20	4	13	61	1.50
15070046--15070093	20	2.4	20	79	6	53	25	4	10	60	1.47
15074958--15075054	50	1.9	51	85	8	137	29	8	7	54	1.57
15075420--15075464	7	6.3	7	82	5	54	33	0	2	64	1.06
15075403--15075459	28	2.0	29	83	10	73	33	1	3	61	1.23
15075418--15075459	15	2.9	15	80	16	52	33	0	2	64	1.07
15075418--15075465	14	3.5	13	81	15	60	35	0	2	62	1.07
15092338--15092381	22	2.0	22	90	0	70	40	25	6	27	1.80
15098365--15098509	72	2.0	72	91	0	236	35	19	11	33	1.88
15099976--15100059	37	2.3	37	82	0	96	25	11	25	38	1.90
15105155--15105179	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
15106784--15106812	2	14.5	2	100	0	58	51	48	0	0	1.00
15119560--15119615	21	2.7	21	100	0	112	42	16	14	26	1.86
15121624--15121683	30	2.1	29	81	6	68	31	8	21	38	1.83
15125224--15125258	18	1.9	18	88	11	54	0	22	0	77	0.78
15125314--15125344	3	10.7	3	93	6	55	29	0	0	70	0.87
15125765--15126001	49	5.0	48	73	11	188	40	16	13	30	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15125764--15125990	96	2.4	96	80	5	239	39	16	13	30	1.88
15127440--15127470	15	2.0	16	93	6	55	3	12	0	83	0.75
15129387--15129424	19	2.0	19	94	0	67	28	0	28	42	1.56
15130795--15130819	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
15133737--15133811	32	2.3	32	74	19	75	32	2	1	64	1.16
15134077--15134104	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
15134230--15134268	19	1.9	19	85	10	51	20	33	2	43	1.65
15134778--15134820	3	14.3	3	95	0	77	34	0	0	65	0.93
15138335--15138372	19	2.0	19	100	0	76	26	0	31	42	1.56
15138417--15138469	28	1.9	27	88	3	79	28	20	28	22	1.99
15139452--15139496	21	2.3	18	85	11	54	44	2	2	51	1.26
15139453--15139496	18	2.2	21	84	11	58	45	2	2	50	1.27
15142174--15142858	363	1.9	360	85	3	955	32	18	12	36	1.89
15145820--15145880	30	2.1	30	90	3	97	16	14	22	45	1.84
15149461--15149578	59	2.0	59	93	0	200	31	16	6	44	1.74
15151330--15151371	14	2.9	14	85	3	57	76	4	0	19	0.96
15151330--15151373	15	3.0	15	80	6	54	75	4	0	20	0.98
15156644--15156669	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
15160910--15161163	61	4.2	61	83	5	325	18	23	20	36	1.95
15174655--15174719	30	2.2	30	89	5	98	47	18	4	29	1.68
15176354--15176403	26	2.0	25	88	4	73	22	28	28	22	1.99
15177788--15177816	11	2.6	11	100	0	58	55	0	20	24	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15178711--15178755	21	2.1	21	91	0	72	37	15	8	37	1.79
15178752--15178801	21	2.4	19	78	18	55	36	4	6	54	1.44
15189943--15189972	2	15.0	2	100	0	60	50	0	50	0	1.00
15192986--15193019	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
15194226--15194271	21	2.2	21	88	0	65	19	8	19	52	1.72
15194307--15194504	23	8.5	23	73	11	111	36	26	11	25	1.90
15194399--15194504	26	4.4	23	77	13	90	35	25	12	26	1.91
15194415--15194504	26	3.6	25	79	11	105	36	23	13	26	1.92
15194415--15194521	48	2.2	48	86	0	151	39	23	11	26	1.88
15194440--15194520	22	3.5	22	76	12	81	38	23	12	25	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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