genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  19593398

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   

This is table  2  of  50  ( 5896 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
724223--724256	2	17.0	2	100	0	68	50	0	50	0	1.00
724551--724585	13	2.8	13	86	4	54	68	5	25	0	1.11
741552--741581	6	5.0	6	100	0	60	50	16	33	0	1.46
745179--745223	18	2.5	17	82	10	63	26	24	8	40	1.84
745378--745487	56	2.0	56	82	7	134	44	6	6	42	1.55
746731--746766	18	2.0	18	94	0	63	33	2	0	63	1.08
747036--747061	9	2.9	9	100	0	52	46	0	0	53	1.00
748175--748223	23	2.1	24	81	11	57	38	4	2	55	1.31
755759--755832	35	2.1	35	87	5	105	44	4	14	36	1.65
756022--756129	41	2.5	44	83	11	152	20	22	22	35	1.96
756214--756261	18	2.7	18	90	0	78	25	20	12	41	1.87
762530--762644	57	2.0	57	81	9	137	42	6	6	43	1.58
765053--765077	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
767715--767756	9	4.7	9	82	11	59	28	4	23	42	1.74
767709--767766	18	3.1	19	82	12	66	27	6	20	44	1.77
768715--768748	14	2.4	14	85	0	50	47	0	5	47	1.26
773245--773360	44	2.8	44	84	10	147	51	0	2	44	1.21
773443--773510	22	3.1	22	70	4	66	48	0	7	44	1.30
773767--773832	33	2.0	33	85	5	89	28	7	0	63	1.21
776963--777031	35	2.0	35	94	0	120	27	33	10	28	1.89
781137--781185	21	2.3	21	96	0	89	38	18	4	38	1.70
781191--781216	13	2.0	13	100	0	52	46	7	0	46	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
787897--787945	19	2.4	21	83	16	59	51	0	0	48	1.00
787959--788000	17	2.4	18	80	4	50	54	7	0	38	1.28
788019--788097	41	1.9	41	87	5	115	35	13	12	37	1.83
792154--792218	33	2.0	33	93	0	112	35	24	12	27	1.91
793348--793373	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
793349--793799	241	1.9	239	89	3	701	45	7	9	37	1.65
793874--794027	74	2.1	74	80	8	170	48	7	3	40	1.47
794282--794355	32	2.3	33	74	9	80	50	12	8	29	1.68
797798--797918	55	2.1	58	86	7	169	38	16	10	33	1.83
797991--798084	31	3.1	30	77	10	93	32	17	13	36	1.89
798463--798496	12	2.8	12	86	0	50	17	26	5	50	1.69
801540--801569	2	15.0	2	92	0	51	46	0	0	53	1.00
804994--805037	19	2.3	20	88	11	74	65	9	0	25	1.21
805343--805406	34	1.9	33	84	9	85	43	1	0	54	1.09
811404--811497	45	2.1	45	86	4	127	47	2	5	44	1.37
814829--814893	33	2.0	33	93	0	112	35	24	12	27	1.91
828900--828930	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
830861--830972	52	2.2	52	93	0	188	22	21	25	30	1.99
852886--853003	26	4.5	26	70	12	98	27	13	22	36	1.92
853038--853088	22	2.3	22	82	0	57	49	23	7	19	1.74
860864--860963	50	2.0	50	98	0	191	30	13	14	43	1.82
863314--863347	17	2.0	17	88	0	50	17	82	0	0	0.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
874369--874419	25	2.0	25	88	0	75	39	15	19	25	1.91
878874--878902	14	2.0	15	93	6	51	79	0	6	13	0.93
879183--879255	22	3.3	21	81	9	83	35	2	2	58	1.26
879025--879276	125	2.0	127	84	9	329	38	1	4	55	1.31
879363--879465	51	2.0	51	81	10	122	43	1	4	49	1.35
879530--879560	16	1.9	16	93	0	53	48	0	3	48	1.17
879562--879619	28	2.0	29	83	9	75	48	0	0	51	1.00
879574--879622	14	3.6	14	76	17	50	44	0	0	55	0.99
887786--887859	33	2.3	32	90	4	121	56	2	29	10	1.47
917154--917183	15	2.0	15	93	0	51	76	0	16	6	0.99
917353--917382	3	10.0	3	92	0	51	30	0	36	33	1.58
920299--920335	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
938487--938519	16	2.2	16	89	10	52	0	12	0	87	0.53
950471--950512	19	2.2	19	88	12	68	45	4	9	38	1.58
951406--951684	149	1.9	147	96	0	423	35	20	10	33	1.86
952860--952889	3	10.0	3	92	0	51	0	30	0	70	0.88
968725--968752	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
975040--975078	18	2.2	18	86	9	53	38	0	0	61	0.96
979919--979958	20	2.0	20	85	14	55	5	10	2	82	0.91
979922--980021	50	2.0	50	84	9	125	6	15	10	68	1.36
980613--980645	14	2.2	16	89	10	52	6	15	15	63	1.49
1010883--1010942	29	2.1	29	96	0	111	31	8	28	31	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1018516--1018591	39	1.9	39	100	0	152	31	15	28	23	1.96
1022572--1022643	2	36.0	2	100	0	144	0	50	0	50	1.00
1038155--1038195	19	2.3	18	87	8	57	58	19	4	17	1.56
1051919--1051959	5	7.8	5	91	5	55	78	2	0	19	0.87
1073325--1073392	24	2.8	24	72	16	68	44	8	2	44	1.50
1074665--1074689	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
1108711--1108755	2	22.5	2	100	0	90	48	0	51	0	1.00
1119359--1119383	2	12.5	2	100	0	50	48	0	52	0	1.00
1132017--1132058	2	21.0	2	95	0	75	50	2	0	47	1.14
1132031--1132159	62	2.1	63	92	5	226	37	6	5	49	1.51
1134821--1135077	131	2.0	132	96	0	480	36	22	10	30	1.88
1138420--1138459	21	1.9	21	100	0	80	35	20	10	35	1.86
1143333--1143362	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
1144202--1144252	3	17.0	3	100	0	102	66	0	33	0	0.92
1156461--1156638	99	1.8	97	87	7	270	33	12	23	30	1.92
1157107--1157214	54	2.0	54	100	0	216	27	25	16	29	1.97
1181859--1181894	18	2.0	18	94	0	63	38	13	16	30	1.88
1207785--1207862	2	37.0	2	93	5	104	5	47	0	46	1.24
1221836--1221860	5	5.0	5	100	0	50	20	0	20	60	1.37
1230625--1230753	60	2.2	60	86	0	195	31	18	24	25	1.98
1249218--1249257	2	21.0	2	85	10	57	52	0	47	0	1.00
1253375--1253402	14	2.0	14	100	0	56	42	14	28	14	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1279965--1280025	32	1.9	32	86	0	86	19	19	27	32	1.96
1282260--1282285	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
1284523--1284555	16	2.1	16	88	5	50	54	12	33	0	1.37
1301186--1301233	25	2.0	24	88	12	71	58	0	0	41	0.98
1303910--1303937	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
1304952--1304994	2	21.5	2	85	0	59	2	48	0	48	1.14
1311180--1311240	21	2.9	22	80	9	58	45	0	0	54	1.00
1311275--1311317	18	2.4	18	100	0	86	37	18	11	32	1.87
1336298--1336378	21	3.8	22	80	4	85	29	6	16	48	1.70
1338444--1338733	80	3.6	81	79	6	286	45	10	10	33	1.72
1338501--1338608	26	4.1	26	67	17	69	44	11	9	35	1.72
1338485--1338774	160	1.8	159	81	7	363	46	11	9	32	1.72
1341432--1341539	2	54.0	2	81	0	99	49	11	0	38	1.45
1346626--1346662	17	2.2	18	90	9	60	35	0	0	64	0.94
1357509--1357565	27	2.2	26	81	6	62	12	5	10	71	1.28
1363830--1363873	12	3.7	12	88	11	72	47	2	40	9	1.48
1369874--1369903	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
1383786--1383840	27	2.0	27	100	0	110	25	10	32	30	1.90
1386307--1386334	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
1388252--1388290	2	20.0	2	94	5	71	48	0	0	51	1.00
1394060--1394091	3	10.7	3	93	0	55	68	0	31	0	0.90
1394660--1394975	162	1.9	163	92	0	526	22	28	15	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1425113--1425151	6	6.3	6	90	3	60	51	43	0	5	1.24
1428366--1428417	26	2.0	26	82	14	63	59	0	1	38	1.08
1436201--1436226	7	3.7	7	100	0	52	88	0	0	11	0.52
1446923--1447039	45	2.6	45	88	0	171	32	14	20	32	1.93
1454561--1454645	2	42.0	2	80	2	98	42	2	5	49	1.40
1458332--1458372	18	2.2	18	86	4	55	46	0	2	51	1.14
1476752--1476792	19	2.2	19	86	4	57	4	7	12	75	1.16
1490462--1490495	1	34.0	1	93	0	59	0	0	97	0	0.04
1494459--1494486	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
1510474--1510506	6	5.5	6	96	0	57	0	45	3	51	1.16

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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