genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  19593398

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   

This is table  4  of  50  ( 5896 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2056980--2057096	30	4.2	26	78	16	101	34	2	0	63	1.08
2057020--2057096	26	2.9	26	82	17	97	37	1	0	61	1.05
2057020--2057083	5	13.2	5	74	12	53	37	1	0	60	1.06
2056923--2057114	26	7.2	26	71	23	89	32	2	0	65	1.04
2057056--2057110	14	4.2	13	81	11	67	36	0	0	63	0.95
2058299--2058606	160	1.9	163	86	4	446	47	4	23	24	1.71
2059811--2059841	13	2.4	13	100	0	62	29	25	19	25	1.99
2072037--2072077	16	2.3	18	84	16	50	43	7	12	36	1.70
2080551--2080624	31	2.5	30	77	14	82	44	4	0	51	1.20
2081196--2081405	108	1.9	108	87	1	305	38	16	3	42	1.64
2086014--2086068	27	2.0	27	100	0	110	21	10	21	45	1.82
2087617--2087761	47	3.0	47	78	6	157	38	17	10	33	1.84
2088365--2088423	25	2.3	26	91	5	93	32	20	30	16	1.95
2088361--2088452	25	3.4	27	79	7	89	36	19	28	15	1.92
2111391--2111432	12	3.2	13	80	12	50	35	0	0	64	0.94
2111576--2111647	27	3.0	24	79	16	69	47	1	1	50	1.18
2111721--2111801	39	2.1	37	80	15	85	43	7	1	48	1.39
2111725--2112184	218	2.1	218	84	4	595	43	5	3	47	1.43
2132277--2132327	21	2.4	21	80	9	59	49	1	1	47	1.24
2132459--2132519	28	2.2	28	82	5	70	55	1	0	42	1.09
2133216--2133259	3	14.7	3	95	0	79	31	0	68	0	0.90
2143532--2143571	17	2.4	17	84	12	55	0	25	0	75	0.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2149039--2149087	24	2.0	24	88	7	73	22	16	18	42	1.88
2149553--2149585	14	2.4	14	85	14	50	0	30	0	69	0.88
2149545--2149585	15	2.7	15	85	11	57	0	31	0	68	0.90
2159301--2159358	30	1.9	30	100	0	116	39	0	3	56	1.16
2164123--2164202	42	1.9	42	86	0	115	32	10	22	35	1.87
2169172--2169208	3	12.7	3	88	5	58	35	0	0	64	0.94
2169859--2169886	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2189423--2189720	60	5.0	60	87	1	388	27	17	30	24	1.97
2193390--2193434	18	2.5	17	85	7	54	46	0	0	53	1.00
2193375--2193428	27	2.0	26	82	10	65	55	0	0	44	0.99
2193415--2193446	16	1.9	17	93	6	57	46	3	0	50	1.17
2197484--2197511	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2206841--2206873	15	2.1	15	94	5	57	30	0	6	63	1.18
2206840--2206872	16	2.1	17	83	16	52	33	0	6	60	1.21
2232884--2232956	31	2.3	31	83	4	83	61	5	8	24	1.45
2232904--2232965	31	2.0	31	100	0	124	54	3	9	32	1.49
2233064--2233093	4	7.2	4	96	3	51	50	0	0	50	1.00
2266792--2266823	2	16.5	2	93	6	57	50	0	0	50	1.00
2266795--2266823	15	1.9	15	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2266896--2266935	2	20.5	2	94	5	73	50	0	0	50	1.00
2272263--2272300	9	4.2	9	83	10	51	23	2	0	73	0.95
2272263--2272307	18	2.5	18	89	7	65	24	2	2	71	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2272263--2272307	8	5.2	8	82	15	54	24	2	2	71	1.09
2272366--2272417	4	14.0	4	88	8	51	26	0	0	73	0.84
2272371--2272434	28	2.3	27	82	15	69	29	3	0	67	1.06
2272561--2272591	16	2.0	16	93	6	55	35	0	6	58	1.24
2276448--2276490	21	2.0	21	95	0	77	16	20	13	48	1.80
2310845--2310874	15	1.9	16	93	6	53	76	0	0	23	0.78
2316286--2316322	4	9.2	4	100	0	74	0	0	24	75	0.80
2320940--2321150	108	1.9	109	84	2	282	42	5	15	36	1.69
2322940--2323015	29	2.6	29	82	12	84	36	7	0	55	1.29
2344566--2344627	29	2.1	29	96	0	115	35	19	9	35	1.85
2344664--2344702	18	2.2	18	95	0	69	38	2	10	48	1.51
2344680--2344753	15	4.9	15	71	14	62	39	5	13	41	1.67
2345079--2345200	45	2.7	45	80	0	145	38	18	12	30	1.88
2345173--2345344	24	7.4	24	69	12	108	37	19	17	25	1.93
2345159--2345344	69	2.7	69	88	0	273	36	18	18	26	1.94
2345262--2345423	45	3.6	45	89	1	245	32	19	20	27	1.96
2345193--2345568	159	2.4	159	87	0	529	35	18	18	28	1.94
2345081--2345545	114	4.1	114	76	6	384	36	18	16	28	1.93
2345421--2345570	45	3.3	44	81	3	138	34	17	17	30	1.93
2345554--2345639	30	2.8	32	87	7	131	41	12	12	32	1.81
2345576--2345649	30	2.6	28	85	8	96	41	12	10	35	1.77
2352220--2352443	122	1.8	122	84	1	306	27	17	29	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2352229--2352459	61	3.8	61	81	2	275	25	17	30	25	1.97
2356307--2356356	17	2.9	17	77	16	59	50	2	0	48	1.12
2356307--2356356	21	2.2	23	83	16	61	50	2	0	48	1.12
2365571--2365598	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
2367192--2367259	31	2.4	26	73	19	64	52	5	7	33	1.53
2391107--2391142	2	18.5	2	88	5	56	0	50	0	50	1.00
2396483--2396528	17	2.6	17	83	12	58	39	0	0	60	0.97
2397526--2397550	6	4.2	6	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2398364--2398413	25	2.0	26	84	11	68	54	2	0	44	1.11
2399610--2399658	18	2.8	18	79	14	57	48	0	0	51	1.00
2406996--2407067	29	2.4	29	78	19	78	52	1	8	37	1.40
2415571--2415608	17	2.2	18	90	4	60	65	0	0	34	0.93
2415774--2415813	18	2.2	18	95	0	71	50	17	10	22	1.76
2422908--2422946	19	2.1	19	100	0	78	20	30	10	38	1.86
2423221--2423250	2	15.0	2	100	0	60	50	0	50	0	1.00
2460788--2460827	17	2.3	18	86	4	55	32	7	0	60	1.25
2460926--2460967	21	2.0	21	86	4	59	40	2	0	57	1.12
2461587--2461620	14	2.3	14	90	10	50	70	0	5	23	1.09
2472508--2472570	31	2.0	31	96	0	117	39	14	15	30	1.87
2472885--2472910	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2477300--2477347	24	2.0	24	88	4	71	54	0	0	45	0.99
2487860--2487909	3	17.0	3	80	12	59	0	38	0	62	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2497649--2497675	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2512269--2512327	26	2.6	21	72	23	55	32	0	8	59	1.28
2512271--2512320	26	1.9	26	95	0	91	30	0	8	62	1.24
2512519--2512548	14	2.1	14	93	0	51	50	16	0	33	1.46
2516342--2516411	36	1.9	37	88	2	106	50	2	4	42	1.37
2516791--2516849	2	29.5	2	96	0	109	0	49	0	50	1.00
2553044--2553090	10	4.6	10	83	2	58	0	42	10	46	1.38
2554091--2554158	23	3.0	23	73	18	70	47	1	1	50	1.19
2554085--2554139	23	2.4	23	80	20	62	43	1	0	54	1.10
2554093--2554159	22	3.0	21	75	16	64	49	1	1	47	1.19
2568976--2569152	28	6.4	28	75	4	119	41	10	7	40	1.67
2569004--2569179	55	3.2	54	81	4	167	41	9	7	41	1.66
2569018--2569123	27	3.9	28	77	3	99	41	10	6	41	1.65
2568947--2569144	83	2.4	82	78	8	199	42	10	7	39	1.68
2569032--2569180	27	5.5	27	76	4	111	41	9	8	40	1.67
2569130--2569203	27	2.7	27	82	2	85	44	5	4	45	1.45
2569052--2569202	55	2.8	54	82	4	142	44	7	5	41	1.58
2569420--2569459	20	2.0	21	90	5	64	30	0	0	70	0.88
2569419--2569467	21	2.3	21	82	6	64	32	0	0	67	0.91
2570822--2570851	15	1.9	16	93	6	53	46	3	0	50	1.18
2575069--2575107	20	2.0	20	84	0	51	48	2	5	43	1.38
2586483--2586523	20	2.0	21	90	4	66	36	19	12	31	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2588614--2588690	2	41.5	2	85	14	112	50	0	0	49	1.00
2588614--2588689	37	2.1	35	92	4	125	51	0	0	48	1.00
2589624--2589727	53	2.0	53	82	3	129	18	15	29	36	1.91
2595813--2595873	29	2.1	29	93	0	104	18	6	32	42	1.76
2596271--2596345	33	2.3	33	85	0	105	40	8	10	41	1.69
2602026--2602117	2	44.5	2	80	10	78	45	4	43	5	1.46
2602188--2602711	261	2.0	261	99	0	1039	36	18	12	32	1.89
2614974--2615012	2	19.5	2	94	0	69	0	2	48	48	1.15
2626361--2626395	2	17.5	2	87	0	52	0	51	2	45	1.16
2636644--2636672	11	2.5	12	94	5	51	75	0	13	10	1.04

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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