genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.39.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  19593398

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   

This is table  39  of  50  ( 5896 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16910678--16910732	2	29.0	2	82	10	62	52	0	0	47	1.00
16910678--16910726	13	3.8	13	81	2	64	53	0	0	46	1.00
16910678--16910732	9	6.4	9	79	10	62	52	0	0	47	1.00
16910828--16910866	16	2.4	16	82	0	51	43	0	7	48	1.31
16912080--16912211	30	4.6	29	83	4	142	56	3	3	37	1.33
16912141--16912180	21	1.9	21	84	0	53	55	0	5	40	1.22
16912133--16912212	29	2.9	27	78	8	90	57	2	2	37	1.26
16912316--16912368	3	17.7	3	100	0	106	33	0	0	66	0.92
16912945--16913002	29	2.0	29	83	6	73	32	1	5	60	1.29
16913227--16913295	30	2.3	30	85	5	86	63	0	1	34	1.03
16923361--16923416	30	2.0	29	86	10	80	55	10	0	33	1.35
16924531--16924599	5	13.4	5	76	14	61	26	2	0	71	1.00
16924467--16924606	32	4.5	31	74	21	109	30	2	0	65	1.12
16927795--16927848	22	2.5	21	79	8	63	44	7	5	42	1.55
16929760--16929833	28	2.6	28	77	6	87	74	1	0	24	0.90
16929760--16929825	7	9.4	7	76	18	57	74	1	0	24	0.91
16941278--16941323	3	15.3	3	100	0	92	67	0	32	0	0.91
16942072--16942107	17	2.2	17	90	5	56	38	0	0	61	0.96
16943301--16943326	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
16962960--16962991	4	8.2	4	93	6	57	0	21	53	25	1.46
16963063--16963109	23	2.0	24	84	12	62	61	2	4	31	1.27
16963747--16963778	12	2.6	12	95	5	55	46	0	0	53	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16963850--16963909	27	2.2	28	93	3	104	50	3	1	45	1.28
16963831--16964034	88	2.4	85	78	13	202	58	2	0	37	1.17
16963939--16964011	30	2.7	27	79	12	78	63	0	0	35	0.95
16973629--16973670	22	1.9	22	90	0	66	19	11	9	59	1.59
16974073--16974125	21	2.5	22	77	20	58	41	3	1	52	1.30
16975906--16975959	25	2.2	25	89	0	81	50	11	1	37	1.49
16978586--16979164	85	6.7	85	76	11	536	42	15	3	38	1.66
16978708--16978749	13	3.2	13	77	9	50	45	21	0	33	1.52
16978796--16978847	13	4.0	13	82	7	70	50	19	0	30	1.48
16978809--16979119	169	1.8	170	88	2	482	43	15	2	38	1.61
16978626--16979119	183	2.8	183	85	6	678	42	15	3	38	1.65
16978586--16979099	267	1.9	268	87	3	759	42	15	3	37	1.66
16985827--16985882	21	2.6	21	91	2	94	37	37	12	12	1.81
16989537--16989613	33	2.3	33	95	0	136	51	6	3	37	1.46
16989897--16989934	14	2.9	14	84	11	53	47	0	0	52	1.00
16989952--16990030	39	2.1	38	81	11	90	34	1	0	64	1.02
17002384--17002423	2	20.0	2	94	0	71	47	2	0	50	1.14
17009175--17009214	21	1.9	21	84	0	53	35	7	17	40	1.78
17021703--17021774	22	3.3	22	78	3	65	43	19	5	31	1.74
17021712--17021775	22	3.0	22	77	13	69	42	17	6	34	1.74
17021648--17021782	21	6.3	22	68	17	86	42	17	8	31	1.79
17021757--17021845	22	4.0	22	74	8	83	41	17	7	32	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17021768--17021863	44	2.2	44	85	7	124	40	21	6	31	1.78
17021796--17021862	22	3.0	21	74	8	71	40	22	4	32	1.74
17024054--17024133	25	3.2	25	83	15	112	16	21	16	46	1.84
17024057--17024133	24	3.1	25	88	5	120	15	22	16	45	1.85
17027442--17027574	34	4.0	34	90	1	198	33	23	14	28	1.94
17029198--17029640	220	2.0	220	95	3	802	36	21	6	35	1.79
17037593--17037663	25	2.8	25	93	2	115	14	25	18	42	1.87
17037753--17037822	22	3.2	22	93	0	122	10	44	11	34	1.74
17037742--17037822	44	1.9	41	90	7	126	9	44	12	33	1.75
17037956--17038050	34	2.8	34	88	1	147	32	23	14	29	1.94
17038316--17038375	14	4.2	14	75	10	59	3	25	0	71	1.01
17039331--17039382	21	2.4	21	74	3	59	34	23	7	34	1.83
17041441--17041570	53	2.4	53	77	7	129	33	16	15	33	1.91
17048827--17049096	35	7.7	35	82	3	267	37	6	14	42	1.71
17048820--17049096	142	2.0	139	87	3	394	36	6	14	42	1.72
17048847--17049075	107	2.2	106	86	1	307	36	6	13	42	1.71
17053549--17053593	21	2.1	21	84	8	56	46	4	6	42	1.50
17079624--17079707	31	2.7	30	78	8	89	26	15	7	51	1.69
17091105--17091283	90	2.0	91	85	3	245	29	12	13	45	1.80
17091501--17091576	27	2.8	27	81	0	89	36	18	15	28	1.92
17091499--17091588	27	3.4	27	76	4	85	37	16	15	30	1.90
17092022--17092069	13	3.7	13	77	0	60	39	2	2	56	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17092015--17092067	26	2.1	25	89	6	81	33	1	1	62	1.17
17101179--17101298	42	2.8	44	81	14	151	40	10	5	44	1.62
17104233--17104275	20	2.2	20	100	0	86	34	30	4	30	1.78
17104240--17104284	20	2.4	19	88	7	65	33	33	4	28	1.77
17105228--17105262	17	2.1	17	89	10	54	25	11	11	51	1.71
17105977--17106009	2	17.0	2	87	6	50	51	0	48	0	1.00
17113855--17113887	15	2.2	15	89	10	50	18	0	12	69	1.18
17119510--17119693	55	3.4	54	77	3	170	13	13	29	43	1.82
17119722--17119777	23	2.4	23	84	0	76	25	19	30	25	1.98
17119763--17119837	31	2.4	31	93	0	123	22	16	28	33	1.95
17123208--17123263	19	2.9	19	64	10	51	23	42	12	21	1.86
17128957--17128981	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
17129240--17129303	28	2.2	29	86	2	85	45	18	6	29	1.74
17133752--17133815	28	2.2	29	86	2	85	45	20	6	28	1.75
17137132--17137179	21	2.3	21	100	0	96	20	14	22	41	1.89
17137546--17137651	38	2.7	40	89	2	162	22	37	16	23	1.93
17139303--17139394	31	3.0	31	85	0	112	30	11	29	28	1.92
17139308--17139406	31	3.2	31	81	2	92	28	11	29	31	1.91
17139338--17139559	93	2.4	92	82	6	259	27	17	25	30	1.97
17139677--17139723	23	2.2	20	82	14	51	48	4	12	34	1.61
17139756--17139880	30	4.5	30	69	17	106	46	5	11	36	1.63
17139756--17139827	29	2.4	30	83	2	83	45	5	9	38	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17139699--17139880	81	2.2	81	91	0	292	47	4	12	36	1.61
17139785--17139931	47	3.1	45	80	13	159	50	4	9	35	1.56
17139842--17139937	14	6.3	14	76	16	59	51	4	9	35	1.54
17139856--17139936	17	5.1	16	76	10	76	51	3	8	35	1.50
17139856--17139937	31	2.6	31	78	7	85	52	3	8	35	1.50
17141875--17142330	155	2.9	156	87	1	612	28	19	19	32	1.96
17141904--17142408	155	3.3	155	84	2	433	30	19	18	32	1.96
17144011--17144201	31	6.2	31	92	0	301	38	18	17	25	1.92
17145524--17145548	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
17147184--17147273	31	2.9	31	90	1	137	37	24	13	24	1.91
17147872--17148220	47	7.4	47	82	4	391	23	34	16	26	1.95
17147872--17148220	94	3.7	94	85	2	450	23	34	16	26	1.95
17147871--17148220	141	2.5	141	88	0	520	23	34	16	26	1.95
17158880--17159012	62	2.1	62	81	4	151	39	12	16	31	1.85
17158964--17159012	22	2.3	21	82	6	62	40	14	16	28	1.87
17162527--17162565	19	1.9	19	85	10	51	23	17	0	58	1.38
17166905--17166943	2	19.0	2	94	5	69	48	2	0	48	1.15
17168278--17168317	2	20.0	2	89	0	53	47	0	5	47	1.24
17178768--17178806	19	2.0	20	85	5	53	38	0	7	53	1.30
17196423--17196471	2	24.5	2	95	0	80	44	0	4	51	1.20
17198169--17198223	20	2.7	21	80	2	67	36	10	23	29	1.89
17198606--17198710	32	3.3	32	84	0	147	31	7	23	37	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17200182--17200230	2	24.0	2	87	4	71	51	0	4	44	1.20
17200295--17200392	36	2.7	38	82	9	123	25	35	15	23	1.94
17200414--17200528	34	3.2	34	70	15	106	27	34	14	22	1.94
17200394--17200541	73	2.0	75	93	2	255	29	34	14	21	1.93
17202782--17202918	36	3.9	36	80	7	147	15	23	18	42	1.88
17213635--17213659	2	12.5	2	100	0	50	48	0	52	0	1.00
17214395--17214419	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
17218136--17218318	60	3.1	60	84	2	172	31	16	27	24	1.96
17218190--17218322	59	2.2	60	89	1	196	31	16	30	21	1.95
17218162--17218434	60	4.6	60	78	6	245	28	15	30	25	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50