genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.47.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  19593398

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          49   50   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19137243--19137384	64	2.2	63	81	9	155	45	2	1	51	1.22
19137411--19137479	15	4.8	15	73	20	67	46	1	0	52	1.09
19137418--19137486	19	3.4	19	71	21	59	46	1	0	52	1.09
19137307--19137475	91	1.9	90	81	9	209	46	2	1	49	1.25
19137398--19137539	64	2.2	63	81	9	155	45	2	1	51	1.22
19137566--19137634	15	4.8	15	73	20	67	46	1	0	52	1.09
19137573--19137641	19	3.4	19	71	21	59	46	1	0	52	1.09
19137462--19137630	91	1.9	90	81	9	209	46	2	1	49	1.25
19137553--19137694	64	2.2	63	81	9	155	45	2	1	51	1.22
19137721--19137789	15	4.8	15	73	20	67	46	1	0	52	1.09
19137728--19137796	19	3.4	19	71	21	59	46	1	0	52	1.09
19137617--19137785	91	1.9	90	81	9	209	46	2	1	49	1.25
19137708--19137849	64	2.2	63	81	9	155	45	2	1	51	1.22
19137876--19137944	15	4.8	15	73	20	67	46	1	0	52	1.09
19137883--19137951	19	3.4	19	71	21	59	46	1	0	52	1.09
19137772--19137940	91	1.9	90	81	9	209	46	2	1	49	1.25
19137863--19138004	64	2.2	63	81	9	155	45	2	1	51	1.22
19138031--19138099	15	4.8	15	73	20	67	46	1	0	52	1.09
19138038--19138106	19	3.4	19	71	21	59	46	1	0	52	1.09
19137927--19138095	91	1.9	90	81	9	209	46	2	1	49	1.25
19138018--19138159	64	2.2	63	81	9	155	45	2	1	51	1.22
19138186--19138254	15	4.8	15	73	20	67	46	1	0	52	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19138193--19138261	19	3.4	19	71	21	59	46	1	0	52	1.09
19138082--19138250	91	1.9	90	81	9	209	46	2	1	49	1.25
19138173--19138314	64	2.2	63	81	9	155	45	2	1	51	1.22
19138341--19138409	15	4.8	15	73	20	67	46	1	0	52	1.09
19138348--19138416	19	3.4	19	71	21	59	46	1	0	52	1.09
19138237--19138405	91	1.9	90	81	9	209	46	2	1	49	1.25
19138328--19138469	64	2.2	63	81	9	155	45	2	1	51	1.22
19138496--19138564	15	4.8	15	73	20	67	46	1	0	52	1.09
19138503--19138571	19	3.4	19	71	21	59	46	1	0	52	1.09
19138392--19138560	91	1.9	90	81	9	209	46	2	1	49	1.25
19138483--19138624	64	2.2	63	81	9	155	45	2	1	51	1.22
19138651--19138719	15	4.8	15	73	20	67	46	1	0	52	1.09
19138658--19138726	19	3.4	19	71	21	59	46	1	0	52	1.09
19138547--19138715	91	1.9	90	81	9	209	46	2	1	49	1.25
19138638--19138779	64	2.2	63	81	9	155	45	2	1	51	1.22
19138806--19138874	15	4.8	15	73	20	67	46	1	0	52	1.09
19138813--19138881	19	3.4	19	71	21	59	46	1	0	52	1.09
19138702--19138870	91	1.9	90	81	9	209	46	2	1	49	1.25
19138793--19138934	64	2.2	63	81	9	155	45	2	1	51	1.22
19138961--19139029	15	4.8	15	73	20	67	46	1	0	52	1.09
19138968--19139036	19	3.4	19	71	21	59	46	1	0	52	1.09
19138857--19139025	91	1.9	90	81	9	209	46	2	1	49	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19138948--19139089	64	2.2	63	81	9	155	45	2	1	51	1.22
19139116--19139184	15	4.8	15	73	20	67	46	1	0	52	1.09
19139123--19139191	19	3.4	19	71	21	59	46	1	0	52	1.09
19139012--19139180	91	1.9	90	81	9	209	46	2	1	49	1.25
19139103--19139244	64	2.2	63	81	9	155	45	2	1	51	1.22
19139271--19139339	15	4.8	15	73	20	67	46	1	0	52	1.09
19139278--19139346	19	3.4	19	71	21	59	46	1	0	52	1.09
19139167--19139335	91	1.9	90	81	9	209	46	2	1	49	1.25
19139258--19139399	64	2.2	63	81	9	155	45	2	1	51	1.22
19139426--19139494	15	4.8	15	73	20	67	46	1	0	52	1.09
19139433--19139501	19	3.4	19	71	21	59	46	1	0	52	1.09
19139322--19139490	91	1.9	90	81	9	209	46	2	1	49	1.25
19139413--19139554	64	2.2	63	81	9	155	45	2	1	51	1.22
19139581--19139649	15	4.8	15	73	20	67	46	1	0	52	1.09
19139588--19139656	19	3.4	19	71	21	59	46	1	0	52	1.09
19139477--19139645	91	1.9	90	81	9	209	46	2	1	49	1.25
19139568--19139709	64	2.2	63	81	9	155	45	2	1	51	1.22
19139736--19139804	15	4.8	15	73	20	67	46	1	0	52	1.09
19139743--19139811	19	3.4	19	71	21	59	46	1	0	52	1.09
19139632--19139800	91	1.9	90	81	9	209	46	2	1	49	1.25
19139723--19139864	64	2.2	63	81	9	155	45	2	1	51	1.22
19139891--19139959	15	4.8	15	73	20	67	46	1	0	52	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19139898--19139966	19	3.4	19	71	21	59	46	1	0	52	1.09
19139787--19139955	91	1.9	90	81	9	209	46	2	1	49	1.25
19139878--19140019	64	2.2	63	81	9	155	45	2	1	51	1.22
19140046--19140114	15	4.8	15	73	20	67	46	1	0	52	1.09
19140053--19140121	19	3.4	19	71	21	59	46	1	0	52	1.09
19139942--19140110	91	1.9	90	81	9	209	46	2	1	49	1.25
19140033--19140174	64	2.2	63	81	9	155	45	2	1	51	1.22
19140201--19140269	15	4.8	15	73	20	67	46	1	0	52	1.09
19140208--19140276	19	3.4	19	71	21	59	46	1	0	52	1.09
19140097--19140265	91	1.9	90	81	9	209	46	2	1	49	1.25
19140188--19140329	64	2.2	63	81	9	155	45	2	1	51	1.22
19140356--19140424	15	4.8	15	73	20	67	46	1	0	52	1.09
19140363--19140431	19	3.4	19	71	21	59	46	1	0	52	1.09
19140252--19140420	91	1.9	90	81	9	209	46	2	1	49	1.25
19140343--19140484	64	2.2	63	81	9	155	45	2	1	51	1.22
19140506--19140564	15	4.2	14	73	20	52	45	1	0	52	1.10
19147300--19147345	20	2.3	20	88	7	67	32	4	17	45	1.68
19147390--19147442	28	1.9	27	88	3	79	30	18	22	28	1.98
19147390--19147448	28	2.1	28	84	6	75	30	20	23	25	1.98
19167193--19167229	8	4.8	8	90	6	58	27	0	0	72	0.84
19167193--19167229	15	2.4	16	90	4	58	27	0	0	72	0.84
19168170--19168223	23	2.3	25	78	18	62	25	9	1	62	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19182773--19182916	43	3.3	43	89	1	209	22	13	25	38	1.91
19190365--19190405	22	1.9	21	85	5	55	51	4	19	24	1.66
19198194--19198245	24	2.3	21	74	22	52	46	15	1	36	1.57
19201225--19201276	24	2.2	24	100	0	104	25	15	17	42	1.88
19207184--19207277	49	1.9	49	86	0	134	8	5	44	41	1.57
19207267--19207323	24	2.4	23	74	5	60	8	15	36	38	1.79
19208128--19208168	21	2.0	21	95	0	73	7	19	4	68	1.32
19209926--19209974	22	2.2	22	96	0	89	26	8	12	53	1.66
19210269--19210526	137	1.9	137	83	4	342	23	10	11	54	1.67
19211905--19211947	4	11.0	4	95	5	79	0	25	0	74	0.82
19215170--19215202	15	2.2	15	94	0	57	39	9	18	33	1.82
19233981--19234978	417	2.4	417	87	1	1358	33	12	14	39	1.84
19241739--19241880	72	2.0	72	84	4	189	33	16	23	26	1.96
19244510--19244571	27	2.3	27	80	0	70	38	12	20	27	1.90
19251933--19251966	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
19255351--19255389	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
19257549--19257595	22	2.2	21	85	11	60	21	2	0	76	0.89
19258076--19258115	13	3.2	13	82	3	55	0	20	2	77	0.88
19269735--19269812	11	6.4	12	77	15	72	17	3	1	76	1.00
19269743--19269812	26	3.0	22	78	15	68	17	2	1	78	0.94
19269762--19269818	5	11.2	5	75	17	55	19	1	0	78	0.83
19269757--19269827	29	2.3	30	81	13	83	21	2	0	76	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19269755--19269818	12	5.2	12	82	12	69	18	1	0	79	0.81
19269782--19269831	24	2.0	25	88	3	75	22	2	0	76	0.89
19269955--19270002	8	5.8	8	82	7	60	22	2	0	75	0.91
19269955--19270003	17	2.8	18	82	14	59	22	2	0	75	0.90
19269955--19270002	25	1.9	25	87	8	71	22	2	0	75	0.91
19285366--19285414	21	2.3	21	82	6	55	24	12	16	46	1.81
19286005--19286174	62	2.7	62	77	10	168	37	14	20	27	1.92
19288747--19289066	113	2.8	113	80	4	300	24	12	27	35	1.92
19289035--19289078	23	1.9	23	85	0	61	15	9	31	43	1.79
19292955--19293017	26	2.4	26	86	0	81	19	14	7	58	1.60

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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