genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.49.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  19593398

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          49   50   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19506665--19506730	31	2.1	31	83	5	80	53	18	4	24	1.63
19506650--19506751	42	2.4	41	75	12	109	49	13	4	32	1.64
19511481--19511528	22	2.2	22	84	0	60	52	18	10	18	1.74
19520310--19520356	22	2.1	23	84	4	60	59	8	8	23	1.54
19520343--19520430	32	2.8	32	75	13	83	53	13	3	29	1.56
19520317--19520420	42	2.5	41	78	7	102	53	11	3	30	1.54
19520414--19520474	10	5.9	10	77	12	52	52	13	3	31	1.56
19520383--19520473	21	4.3	21	70	10	60	52	13	3	30	1.56
19520521--19520582	10	6.0	10	73	14	54	56	17	1	24	1.50
19520520--19520577	11	5.5	11	75	6	57	62	15	1	20	1.42
19520520--19520577	21	2.7	22	78	5	66	62	15	1	20	1.42
19520622--19520659	20	2.0	20	89	5	60	57	13	0	28	1.36
19520632--19520692	21	3.0	21	72	11	54	45	19	3	31	1.66
19520521--19521039	287	1.8	286	83	4	632	52	14	4	29	1.61
19520680--19520737	31	1.9	30	82	3	71	48	13	5	32	1.65
19520789--19520874	31	2.8	31	77	8	86	53	16	5	24	1.64
19521024--19521386	116	3.1	112	78	7	359	49	14	4	31	1.64
19521162--19521208	23	2.0	23	83	0	58	63	8	2	25	1.34
19521191--19521239	20	2.4	21	80	10	57	44	18	2	34	1.61
19521195--19521270	31	2.4	31	74	10	75	48	17	2	31	1.60
19521372--19521460	21	4.2	20	77	9	88	52	17	5	23	1.66
19521098--19521440	116	3.0	115	78	9	288	48	15	4	30	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19521309--19521460	10	14.5	10	65	23	64	50	19	5	25	1.68
19521484--19521541	22	2.6	22	81	10	73	53	15	0	31	1.42
19521679--19521774	21	4.5	22	77	10	85	56	19	3	20	1.56
19521663--19521774	10	10.8	10	70	12	57	51	20	3	24	1.63
19521679--19521774	11	9.1	11	68	17	60	56	19	3	20	1.56
19521816--19521901	21	4.1	21	64	16	54	58	13	4	23	1.55
19522156--19522235	21	3.8	20	78	6	70	51	15	6	27	1.67
19522148--19522235	11	8.4	10	71	8	59	53	14	5	26	1.63
19522424--19522462	21	1.9	20	85	15	53	46	12	2	38	1.56
19522341--19523028	116	6.1	114	70	12	348	50	14	5	29	1.65
19522004--19523844	450	4.1	447	83	5	2136	50	14	5	29	1.65
19523150--19523189	19	2.1	19	85	0	53	62	10	0	27	1.27
19523291--19523427	10	12.9	11	71	16	76	48	13	2	35	1.57
19523291--19523428	21	6.5	21	68	13	61	49	13	2	34	1.56
19523403--19523448	22	2.1	22	84	8	58	60	15	0	23	1.34
19522804--19523522	116	6.3	117	68	15	321	51	15	4	28	1.63
19523436--19523585	31	4.8	30	71	11	104	50	16	5	28	1.67
19523306--19523584	21	13.3	20	66	13	78	49	15	4	30	1.63
19523306--19523824	10	49.8	10	65	13	104	50	15	4	29	1.64
19522004--19523846	449	4.1	450	83	5	2141	50	14	5	29	1.65
19523859--19523918	21	2.9	19	80	14	57	53	13	5	28	1.60
19523388--19524182	333	2.4	333	84	4	1014	50	15	5	29	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19524009--19524063	21	2.5	22	85	2	67	54	9	7	29	1.58
19523998--19524126	55	2.4	54	80	7	138	52	10	5	31	1.59
19524024--19524093	32	2.2	32	84	2	88	52	11	4	31	1.56
19524101--19524190	31	2.9	31	76	1	90	52	14	5	27	1.64
19524101--19524221	62	1.9	64	81	6	149	51	13	4	30	1.62
19524024--19524292	10	25.5	10	66	10	54	51	14	4	29	1.63
19524024--19524324	115	2.6	118	77	7	296	50	14	4	29	1.64
19524318--19524366	21	2.3	22	79	10	57	53	12	6	28	1.62
19524471--19524532	32	1.9	32	90	0	97	51	16	8	24	1.71
19523714--19524628	448	2.0	450	83	4	1152	50	14	5	29	1.67
19526380--19526418	20	2.0	20	84	0	51	66	7	17	7	1.40
19533912--19534061	63	2.4	64	78	16	152	54	14	4	26	1.60
19535509--19535557	21	2.3	21	82	0	62	51	12	8	28	1.68
19535604--19535683	21	3.8	20	74	12	65	53	15	5	26	1.61
19535415--19535685	126	2.1	128	83	5	354	50	15	5	28	1.65
19535553--19536443	334	2.7	330	82	5	1060	52	14	5	28	1.63
19535949--19536029	21	3.8	22	69	18	64	49	16	4	29	1.66
19536122--19536226	22	4.9	21	72	16	72	58	13	3	24	1.52
19536106--19536227	21	5.7	21	69	15	54	57	13	4	25	1.54
19536286--19536574	154	1.9	151	82	7	359	55	12	5	26	1.60
19536708--19536764	22	2.7	21	76	10	62	54	15	5	24	1.62
19536719--19536764	22	2.1	22	87	0	65	52	17	6	23	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19536851--19536908	21	2.9	19	82	12	71	50	12	8	29	1.69
19536820--19537016	10	18.9	10	69	19	75	47	12	5	34	1.65
19536882--19537090	116	1.8	116	84	4	287	52	11	5	30	1.61
19536905--19537153	116	2.2	116	83	3	306	51	14	6	28	1.66
19537076--19537152	31	2.5	30	79	8	84	50	19	5	24	1.68
19537308--19537346	10	3.8	10	83	6	51	46	7	10	35	1.67
19537328--19537410	32	2.6	32	80	1	94	53	12	7	27	1.64
19537474--19537546	21	3.5	21	68	17	53	46	21	5	26	1.73
19537658--19537954	117	2.6	116	81	6	343	49	15	5	29	1.66
19537888--19537975	21	4.2	21	76	7	90	53	14	5	26	1.63
19538160--19538219	10	6.0	10	74	12	52	46	25	1	26	1.62
19538376--19538516	10	13.4	10	69	22	60	51	11	5	31	1.61
19538470--19538498	12	2.5	12	94	5	51	58	6	0	34	1.25
19538470--19538516	11	4.3	11	78	10	60	57	8	0	34	1.29
19538370--19538543	10	16.5	10	68	18	52	47	14	5	32	1.68
19538874--19538968	21	4.6	20	74	12	66	49	16	8	25	1.74
19539106--19539148	22	1.9	22	85	4	59	48	16	4	30	1.66
19539085--19539155	32	2.3	31	82	7	81	50	16	4	28	1.64
19539195--19539402	22	9.9	20	69	24	85	54	12	5	26	1.60
19539195--19539276	11	7.8	10	68	18	51	53	15	6	24	1.65
19539300--19539345	20	2.4	18	82	7	56	63	13	0	23	1.30
19539335--19539378	24	1.9	22	90	9	70	50	9	11	29	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19539507--19539698	11	18.6	10	68	12	95	29	4	15	51	1.63
19539538--19539690	21	7.5	20	72	13	73	30	4	15	50	1.63
19539579--19539700	32	3.9	31	75	13	106	28	6	13	51	1.65
19539809--19540029	10	21.4	10	67	14	76	30	4	16	47	1.68
19539892--19539934	19	2.1	21	83	8	54	27	2	13	55	1.51
19539838--19540022	104	1.8	101	88	5	282	31	4	16	47	1.68
19539954--19540046	31	3.0	29	83	10	89	34	5	17	43	1.72
19539954--19540008	11	5.4	10	76	18	51	32	5	18	43	1.73
19539964--19540013	21	2.4	22	80	10	59	36	4	18	42	1.69
19539954--19540046	32	3.0	29	84	10	98	34	5	17	43	1.72
19540285--19540352	21	3.3	21	72	10	61	33	1	14	50	1.53
19540301--19540479	10	17.2	10	66	10	72	32	2	16	48	1.59
19540287--19540367	41	1.9	42	82	9	103	35	1	16	46	1.54
19540276--19540525	115	2.2	115	85	7	321	32	3	14	49	1.61
19540688--19540917	11	21.6	10	69	13	104	27	4	17	50	1.65
19540688--19540969	21	13.2	21	69	11	101	26	4	17	51	1.64
19540718--19540799	32	2.6	32	79	9	89	26	2	20	50	1.61
19540880--19540970	43	2.1	44	82	8	107	24	3	15	57	1.53
19540827--19540940	54	2.1	54	85	3	142	28	4	15	51	1.62
19540982--19541063	7	12.0	7	80	5	69	19	3	39	37	1.69
19546467--19546543	34	2.3	34	83	0	91	19	3	42	33	1.69
19546467--19546543	7	11.3	7	77	10	61	19	3	42	33	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19547675--19547723	7	7.0	7	86	6	55	14	4	55	26	1.57
19547694--19547746	7	7.7	7	87	2	63	15	9	47	28	1.76
19547687--19547746	14	4.4	14	85	2	59	15	8	48	28	1.73
19547771--19547958	7	26.9	7	77	10	107	9	3	50	36	1.53
19547768--19547826	22	2.7	22	91	0	91	3	1	54	40	1.27
19547675--19547958	21	13.5	20	72	12	108	11	4	48	35	1.59
19555700--19555752	27	1.9	28	84	3	72	13	11	37	37	1.80
19555779--19555848	29	2.4	29	83	4	88	10	11	47	31	1.73
19555773--19555848	14	5.3	14	78	6	80	9	11	47	31	1.72
19555905--19556006	15	7.2	14	70	13	66	7	7	48	36	1.61

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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