genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.23.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr4
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  30015117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7610190--7610231	22	1.9	22	85	0	57	47	2	4	45	1.36
7611543--7611615	32	2.2	33	83	7	87	52	0	6	41	1.28
7611528--7611611	37	2.3	36	76	13	93	50	0	5	44	1.26
7611537--7611616	33	2.4	32	81	8	90	50	0	6	43	1.27
7614958--7615035	41	1.9	41	97	0	147	32	25	20	21	1.98
7617235--7617286	21	2.5	21	80	0	59	38	15	40	5	1.71
7617170--7617460	87	3.3	87	88	0	420	42	16	27	13	1.85
7617323--7617368	21	2.2	21	84	0	56	43	17	34	4	1.69
7617809--7617983	43	4.1	43	79	5	176	33	17	26	22	1.96
7619510--7619534	12	2.1	12	100	0	50	52	8	0	40	1.31
7626777--7626821	23	2.0	23	82	8	56	33	26	0	40	1.57
7626966--7627504	3	179.7	3	100	0	1078	66	0	0	33	0.92
7642875--7642902	14	2.0	14	100	0	56	50	0	14	35	1.43
7643112--7643156	16	2.8	16	77	12	56	57	0	2	40	1.11
7643225--7643279	22	2.5	22	76	8	58	58	3	9	29	1.46
7652741--7652935	100	1.9	101	97	2	374	33	8	9	48	1.66
7653415--7653503	13	6.8	13	89	0	133	39	24	11	24	1.88
7653415--7653503	39	2.3	39	96	0	169	39	24	11	24	1.88
7655723--7655778	22	2.4	24	85	5	71	16	23	51	8	1.72
7664883--7665225	171	2.0	173	93	1	582	40	14	10	34	1.80
7670647--7670671	6	4.2	6	100	0	50	84	0	16	0	0.63
7672960--7672989	11	2.7	11	89	0	51	66	6	6	20	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7685511--7685656	40	3.7	40	83	3	177	21	26	16	34	1.95
7686277--7686444	80	2.1	80	88	0	255	23	22	27	25	2.00
7686955--7687013	29	2.1	29	81	9	68	55	3	3	37	1.33
7688417--7688485	28	2.5	28	83	9	88	62	5	8	23	1.46
7688785--7688826	19	2.2	19	91	0	66	4	26	19	50	1.67
7688803--7688851	25	2.0	25	91	0	80	2	22	24	51	1.59
7688828--7688864	19	1.9	19	94	0	65	0	24	18	56	1.41
7689684--7689812	67	1.9	66	90	6	206	48	10	14	25	1.76
7691588--7691635	18	2.7	18	93	0	78	33	12	14	39	1.84
7692097--7692225	65	2.0	65	86	6	181	25	5	12	56	1.57
7702685--7702752	23	3.0	23	81	12	68	36	26	19	17	1.94
7702717--7702852	23	5.9	23	77	3	130	44	26	16	11	1.82
7702717--7702852	69	2.0	69	85	2	184	44	26	16	11	1.82
7702731--7702872	46	3.1	46	83	4	153	44	27	17	10	1.82
7702715--7702872	23	6.9	23	77	2	111	44	27	17	10	1.82
7705923--7705966	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
7706106--7706295	51	3.8	49	79	4	182	32	27	15	24	1.95
7706108--7706292	101	1.8	101	84	5	257	32	26	16	24	1.96
7712393--7712505	46	2.5	46	82	7	149	19	21	14	45	1.85
7712479--7712641	45	3.6	44	77	7	125	22	18	17	41	1.90
7712556--7712650	46	2.1	46	86	4	129	21	14	15	48	1.81
7714069--7714199	62	2.2	60	81	12	151	38	1	4	54	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7727718--7727768	13	3.9	13	81	0	66	33	9	17	39	1.83
7727716--7727768	26	2.0	26	89	7	81	32	9	18	39	1.83
7738719--7739125	50	8.2	50	70	4	268	32	20	20	27	1.97
7738669--7739099	99	4.3	100	87	1	607	31	20	21	26	1.98
7738669--7739099	199	2.2	199	88	2	616	31	20	21	26	1.98
7739132--7739456	44	7.5	43	73	12	204	29	19	22	28	1.98
7744001--7744062	30	2.1	29	85	5	81	17	45	0	37	1.49
7744971--7745031	19	3.1	19	81	9	70	50	0	1	47	1.10
7749194--7749237	22	2.0	23	86	4	63	43	9	0	47	1.35
7754524--7754678	63	2.5	63	84	6	181	32	33	7	26	1.85
7756897--7757065	82	2.1	82	100	0	338	29	3	20	46	1.68
7757486--7757574	32	2.7	32	77	6	99	35	7	12	43	1.71
7760656--7760735	41	2.0	41	85	5	108	37	25	0	37	1.56
7761786--7761846	5	12.4	5	87	8	90	59	1	0	39	1.08
7762189--7762222	8	4.0	8	85	14	50	61	0	0	38	0.96
7762185--7762217	10	3.0	11	86	13	50	60	0	0	39	0.97
7762185--7762222	13	3.0	13	85	14	53	60	0	0	39	0.97
7762180--7762222	18	2.4	17	92	7	68	58	2	0	39	1.11
7761727--7762509	389	2.0	393	97	1	1486	34	15	6	43	1.71
7764450--7764497	21	2.3	21	88	0	69	27	27	27	18	1.98
7764450--7764510	21	2.8	21	78	9	61	34	26	22	16	1.95
7765640--7765675	16	2.2	16	90	0	54	0	36	0	63	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7768464--7768608	69	2.1	69	88	0	209	40	15	17	26	1.89
7769208--7769302	43	2.2	43	83	3	120	28	25	16	29	1.97
7771953--7772193	41	5.9	41	91	0	340	35	24	17	22	1.95
7773533--7773564	13	2.5	13	100	0	64	40	18	6	34	1.76
7780287--7780454	56	3.1	56	80	8	211	33	14	11	41	1.81
7780747--7780783	3	13.3	3	88	11	53	70	0	29	0	0.88
7780734--7780779	14	3.4	14	79	11	51	65	0	34	0	0.93
7780734--7780787	27	2.0	27	85	7	74	66	0	33	0	0.92
7780734--7780798	21	3.0	22	75	20	66	69	0	30	0	0.89
7780747--7780791	14	2.9	17	78	21	62	71	0	28	0	0.87
7780891--7781009	60	2.0	60	94	0	211	33	0	12	53	1.39
7783606--7783641	17	2.1	18	94	5	65	33	5	0	61	1.19
7786864--7786925	27	2.3	27	100	0	124	19	32	25	22	1.97
7786877--7786934	27	2.1	27	90	0	89	27	27	22	22	1.99
7786884--7786941	27	2.1	27	83	0	71	27	32	20	18	1.97
7792499--7792528	16	1.9	15	93	6	51	26	3	6	63	1.35
7793179--7793207	5	5.8	5	100	0	58	41	58	0	0	0.98
7798279--7798323	21	2.1	21	88	8	65	20	4	11	64	1.42
7798287--7798318	15	2.1	15	94	0	55	18	3	12	65	1.38
7799755--7799800	24	1.9	24	86	8	67	67	0	8	23	1.18
7804277--7804515	122	2.0	122	100	0	478	45	11	8	34	1.71
7808216--7808244	12	2.5	12	94	5	51	41	20	0	37	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7811168--7811213	21	2.2	21	92	0	74	15	32	30	21	1.94
7826110--7826138	13	2.1	14	93	6	51	34	0	6	58	1.25
7827502--7827568	17	3.7	17	75	21	64	46	0	1	52	1.09
7827505--7827576	21	3.6	22	74	24	79	47	0	1	51	1.09
7827500--7827577	38	2.1	38	95	0	138	48	0	1	50	1.09
7828790--7828830	22	1.9	22	85	5	57	58	4	4	31	1.40
7829391--7829432	21	2.0	22	81	13	52	33	4	0	61	1.17
7833606--7833637	15	2.1	16	94	5	57	31	9	0	59	1.29
7833832--7833910	40	2.0	40	100	0	158	41	12	20	25	1.87
7836534--7836581	20	2.4	20	80	13	55	33	4	4	58	1.36
7838623--7838655	16	2.0	17	88	5	50	30	6	24	39	1.79
7845180--7845224	22	2.0	22	91	0	72	8	28	13	48	1.72
7849987--7850051	25	2.6	25	74	13	62	50	3	3	43	1.33
7851431--7851510	24	3.3	24	83	0	106	21	17	35	26	1.95
7861061--7861107	21	2.2	22	96	3	87	46	10	25	17	1.79
7866507--7866853	159	2.2	159	95	1	615	34	27	17	20	1.95
7869710--7869760	26	2.0	25	84	3	66	52	1	1	43	1.23
7878792--7878921	63	2.1	63	82	0	152	44	15	5	34	1.69
7880981--7881135	24	6.5	24	89	0	193	10	30	29	29	1.91
7883253--7883300	24	2.0	24	84	8	62	52	2	4	41	1.32
7883268--7883316	24	2.0	24	84	8	62	57	4	0	38	1.18
7893012--7893260	124	2.0	125	99	0	491	38	16	10	34	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7898462--7898497	17	2.1	17	90	10	56	44	5	0	50	1.25
7901677--7901727	23	2.2	24	80	13	63	33	7	3	54	1.47
7906958--7907039	27	2.8	29	75	14	80	54	6	10	28	1.59
7910290--7910325	17	2.1	17	90	10	56	44	5	0	50	1.25
7911037--7911117	11	6.5	11	76	20	63	29	0	6	64	1.18
7911039--7911115	13	5.9	14	77	22	87	29	0	6	63	1.19
7911037--7911115	26	3.0	26	87	10	117	30	0	6	63	1.19
7913899--7913938	19	2.0	20	85	4	55	70	10	0	20	1.16
7914160--7914200	20	2.0	21	90	4	66	65	12	21	0	1.25
7914402--7914435	11	3.0	11	91	4	50	58	11	0	29	1.33

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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