genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.62.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr4
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  30015117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21624282--21624363	26	3.2	26	81	5	103	13	24	45	17	1.84
21643313--21643360	21	2.3	21	88	0	69	37	6	31	25	1.81
21646217--21646263	24	1.9	25	91	4	78	42	6	4	46	1.48
21648638--21648698	23	2.5	23	84	7	68	18	11	19	50	1.76
21662828--21662864	17	2.1	18	85	14	51	24	2	2	70	1.14
21669794--21669863	36	1.9	36	100	0	140	37	8	8	45	1.65
21672858--21672908	22	2.3	23	89	3	77	39	0	11	49	1.40
21673128--21673455	161	2.0	162	97	0	622	32	21	10	34	1.88
21673959--21673985	5	5.4	5	100	0	54	18	0	0	81	0.69
21681082--21681123	22	1.9	22	95	0	75	45	2	4	47	1.36
21682002--21682057	17	3.6	16	81	11	71	48	0	0	51	1.00
21695249--21695311	24	2.6	24	87	0	90	34	17	1	46	1.58
21700617--21700807	41	4.6	41	92	0	274	27	19	28	23	1.99
21710595--21710785	41	4.6	41	88	0	292	28	18	27	25	1.98
21712095--21712133	20	2.0	20	90	10	62	56	5	23	15	1.59
21718538--21718576	17	2.3	17	86	8	53	12	23	7	56	1.62
21725689--21725721	14	2.4	14	94	0	57	6	21	3	69	1.24
21732138--21732193	19	2.8	19	91	5	85	37	8	16	37	1.80
21732151--21732216	21	3.0	24	83	12	72	37	7	16	37	1.77
21736620--21736656	19	1.9	19	88	0	56	24	5	16	54	1.63
21741097--21741153	6	9.3	6	79	11	62	78	3	3	14	1.01
21741098--21741158	17	3.9	16	77	12	56	77	4	3	14	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21741097--21741157	23	2.8	22	80	9	72	78	3	3	14	1.00
21746806--21746862	30	1.9	29	85	3	78	36	3	22	36	1.72
21747201--21747731	50	10.6	50	78	6	427	29	21	27	22	1.99
21747420--21747592	95	1.8	94	82	3	222	29	19	27	24	1.98
21747270--21747763	244	2.0	244	95	0	889	29	21	26	22	1.99
21752216--21752264	25	2.0	25	84	8	64	48	6	22	22	1.72
21752395--21752530	40	3.4	39	81	8	159	35	22	20	22	1.96
21752570--21752886	41	7.8	41	87	2	397	23	19	26	30	1.98
21753197--21753285	14	5.9	14	74	11	70	25	0	33	40	1.56
21753196--21753285	47	1.9	47	86	0	126	25	0	33	41	1.56
21753219--21753267	25	1.9	26	87	4	73	26	0	30	42	1.55
21753273--21753320	21	2.3	22	78	10	55	22	0	41	35	1.54
21753308--21753344	7	5.3	7	96	0	56	18	0	48	32	1.49
21753301--21753353	21	2.5	22	81	3	63	22	0	43	33	1.54
21753635--21753710	21	3.6	20	74	13	64	23	0	40	35	1.55
21756486--21756546	28	2.2	28	85	5	79	32	9	24	32	1.88
21757897--21758082	43	4.4	42	78	7	160	25	20	27	26	1.99
21762477--21762510	13	2.6	13	100	0	68	8	17	20	52	1.71
21762874--21763083	104	2.0	105	99	0	413	33	21	15	29	1.94
21774069--21774151	41	2.0	41	90	0	130	50	12	6	31	1.63
21774189--21774226	19	2.0	19	94	0	67	42	18	5	34	1.73
21774781--21774831	24	2.1	24	92	0	84	25	27	17	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21777972--21778053	41	2.0	41	95	0	146	47	15	7	29	1.73
21792854--21792899	23	2.0	23	83	4	58	19	4	45	30	1.70
21816745--21816787	11	4.0	10	82	11	50	74	11	4	9	1.20
21816752--21816785	10	3.3	10	84	8	50	73	11	5	8	1.24
21818488--21818635	72	2.1	72	97	0	278	29	20	10	39	1.85
21821702--21821726	13	1.9	13	100	0	50	16	16	0	68	1.22
21825907--21825936	13	2.2	14	94	5	53	46	3	0	50	1.18
21834398--21834836	221	2.0	221	87	2	641	25	12	20	40	1.88
21838289--21838316	13	2.2	13	100	0	56	25	21	14	39	1.91
21844078--21844122	13	3.5	13	75	0	54	17	31	13	37	1.89
21844072--21844131	26	2.3	26	97	0	111	15	33	15	36	1.88
21846328--21846373	21	2.2	21	84	3	58	54	8	4	32	1.51
21849131--21849167	9	4.1	9	85	0	56	48	0	0	51	1.00
21849123--21849175	13	4.1	13	80	7	63	47	0	3	49	1.19
21858584--21858635	26	2.0	26	92	0	86	32	7	5	53	1.53
21867022--21867078	26	2.1	27	84	15	75	40	0	0	59	0.97
21869732--21869787	29	1.9	28	82	13	69	37	3	1	57	1.27
21871347--21871381	17	2.1	17	100	0	70	42	11	17	28	1.83
21872439--21872522	35	2.4	37	78	13	95	42	3	2	51	1.32
21872869--21872897	14	2.1	14	100	0	58	41	10	20	27	1.85
21873071--21873104	16	2.1	16	88	0	50	41	11	2	44	1.56
21874930--21874969	19	2.1	19	85	0	53	27	2	10	60	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21885186--21885299	42	2.7	42	81	0	129	27	20	32	20	1.97
21885224--21885309	42	2.0	42	84	0	109	25	16	36	22	1.94
21885752--21886034	61	4.6	62	82	6	310	32	12	27	28	1.92
21888942--21889009	25	2.7	25	88	0	100	30	19	22	27	1.97
21894935--21894971	19	1.9	19	88	0	56	10	10	5	72	1.25
21906786--21906827	20	2.1	20	95	0	75	28	16	4	50	1.66
21906810--21906883	32	2.4	31	91	6	123	33	9	10	45	1.71
21910611--21910714	47	2.2	48	94	3	192	46	2	1	49	1.28
21911315--21911408	47	2.0	47	100	0	188	25	10	10	53	1.68
21915086--21915373	84	3.4	85	71	15	252	29	22	19	28	1.98
21915081--21915459	173	2.2	168	88	2	551	29	21	19	29	1.98
21915177--21915454	84	3.2	84	70	14	251	30	21	20	27	1.98
21915422--21915717	44	6.8	44	70	14	166	27	22	20	28	1.99
21915249--21915895	217	3.0	216	92	0	1035	28	22	20	29	1.98
21915138--21915537	173	2.3	173	82	5	479	29	22	20	28	1.98
21924001--21924065	24	2.7	24	77	11	62	16	20	18	44	1.87
21927792--21927826	17	2.1	17	89	10	54	71	5	2	20	1.19
21927981--21928021	15	2.7	16	77	11	50	48	0	7	43	1.30
21936362--21936413	15	3.3	15	81	10	59	7	7	0	84	0.77
21936340--21936413	23	3.1	24	86	9	89	6	12	0	81	0.88
21936344--21936413	6	11.7	6	77	11	54	5	12	0	81	0.86
21946456--21946830	50	7.5	50	68	7	258	30	20	23	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21946413--21946838	100	4.3	100	94	0	726	30	20	23	26	1.99
21946912--21947398	132	3.7	132	90	0	760	29	18	23	27	1.98
21949032--21949122	37	2.3	39	85	11	123	31	10	6	50	1.63
21949241--21949270	10	3.0	10	95	0	51	33	10	0	56	1.32
21957957--21957998	17	2.5	17	88	0	57	21	35	26	16	1.94
21960251--21960285	7	5.1	7	96	3	63	42	0	0	57	0.99
21961470--21962319	425	2.0	425	100	0	1700	26	11	19	42	1.85
21963249--21963310	19	3.4	19	66	20	60	32	3	1	62	1.20
21963251--21963338	35	2.5	35	98	0	167	31	4	2	61	1.28
21963281--21963344	17	3.7	17	72	12	67	34	3	1	60	1.22
21963374--21963437	23	3.0	22	72	21	64	48	20	0	31	1.50
21963498--21963538	12	3.4	12	82	0	55	51	21	2	24	1.60
21963498--21963556	24	2.5	24	83	5	68	50	18	3	27	1.62
21963505--21963556	12	4.5	11	79	13	52	50	17	3	28	1.64
21963546--21963852	34	9.4	34	68	15	144	51	18	1	28	1.55
21963513--21963714	95	2.1	95	93	0	341	53	16	1	28	1.52
21963605--21963644	12	3.3	12	89	0	62	50	12	0	37	1.41
21963697--21964006	25	12.6	23	80	5	210	45	21	2	30	1.64
21963693--21964020	9	39.4	9	73	15	226	45	21	2	30	1.64
21963713--21963943	108	2.1	108	96	0	428	45	21	2	30	1.63
21963796--21964018	50	4.3	50	81	6	241	45	22	2	29	1.64
21969580--21969647	21	3.2	21	82	0	82	30	19	45	4	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21969970--21970249	42	6.7	41	82	4	317	32	21	22	23	1.98
21969970--21970246	84	3.3	84	81	2	349	32	20	22	24	1.98
21969970--21970296	169	1.9	168	93	0	564	30	21	22	26	1.99
21970222--21970340	42	2.8	42	89	0	175	22	21	21	34	1.97
21969970--21970254	126	2.3	126	86	1	365	31	20	22	24	1.98
21975926--21976080	43	3.7	43	86	10	212	26	18	25	29	1.98
21975918--21976080	83	2.0	84	87	3	240	27	17	25	29	1.98
21979225--21979272	12	4.1	11	79	12	51	29	0	2	68	1.01
21979225--21979260	11	3.2	11	88	7	54	33	0	0	66	0.92
21979914--21979963	18	2.8	18	100	0	100	40	50	0	10	1.36

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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