genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.25.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr4
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  30015117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8279011--8279051	21	2.0	20	85	4	55	56	2	0	41	1.13
8287559--8287677	54	2.2	54	95	0	211	33	20	16	29	1.95
8293858--8293886	12	2.3	13	94	5	51	20	6	6	65	1.40
8306494--8306611	61	1.9	62	83	11	154	24	8	8	58	1.55
8308633--8308668	18	2.0	18	88	0	54	58	22	5	13	1.56
8318211--8318280	17	4.1	17	72	20	56	68	4	2	24	1.21
8318239--8318280	15	2.7	16	85	14	61	69	4	0	26	1.08
8318747--8319189	143	3.1	141	85	6	572	33	17	21	27	1.96
8318747--8319189	72	6.2	73	86	3	585	33	17	21	27	1.96
8319764--8319823	7	8.7	7	78	10	52	18	1	33	46	1.59
8319743--8319823	21	3.9	21	76	14	60	20	3	28	46	1.68
8319629--8319940	157	2.0	157	91	1	509	18	2	32	46	1.64
8319886--8319953	21	3.2	21	74	0	64	20	5	26	47	1.73
8319870--8319953	7	11.9	7	80	7	53	21	5	26	46	1.74
8320016--8320049	2	17.0	2	93	0	59	52	0	0	47	1.00
8320280--8320960	147	4.6	145	73	9	454	25	17	22	34	1.95
8320990--8321023	2	17.0	2	93	0	59	52	0	0	47	1.00
8321195--8321625	147	2.9	147	78	7	462	25	16	23	35	1.95
8322147--8322175	14	2.1	14	100	0	58	13	6	24	55	1.63
8322609--8322774	88	1.9	88	100	0	332	31	15	10	42	1.80
8322877--8322912	6	6.5	6	87	12	51	30	0	0	69	0.89
8323568--8323959	9	46.4	9	71	17	261	46	19	0	33	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8323553--8323957	25	16.4	25	76	11	239	45	19	0	33	1.57
8323553--8323955	34	12.2	33	67	19	159	45	19	0	33	1.57
8323579--8323885	41	7.4	40	79	8	294	46	19	0	32	1.55
8323772--8323955	16	12.0	16	71	18	90	46	16	0	36	1.51
8330521--8330872	43	8.2	43	83	3	361	26	18	29	25	1.98
8330521--8330872	85	4.1	85	81	5	386	26	18	29	25	1.98
8330521--8330872	128	2.7	128	83	3	413	26	18	29	25	1.98
8331072--8331110	20	1.9	21	89	5	62	35	12	0	51	1.40
8331207--8331245	20	1.9	21	89	5	62	35	12	0	51	1.40
8331052--8331322	135	2.0	136	99	0	535	40	10	5	43	1.63
8331352--8331388	18	2.1	18	90	5	58	24	10	8	56	1.60
8335380--8335500	61	2.0	61	96	0	224	34	12	23	29	1.91
8340489--8340536	13	3.6	13	73	15	53	20	8	0	70	1.12
8340527--8340562	18	1.9	18	88	5	54	19	13	2	63	1.41
8351970--8352006	19	2.0	18	89	5	56	32	24	8	35	1.85
8353466--8353490	13	1.9	13	100	0	50	32	36	24	8	1.84
8357791--8357896	51	2.1	51	82	8	126	40	21	27	10	1.86
8358695--8359141	44	9.9	44	74	13	150	31	18	21	28	1.97
8358977--8359139	88	1.9	88	86	2	238	31	21	19	27	1.97
8358881--8359149	132	2.0	136	83	5	339	33	20	19	26	1.97
8359791--8359831	5	8.4	5	83	5	57	17	2	2	78	0.98
8361005--8361230	72	3.2	72	66	19	209	19	11	11	58	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8360965--8361254	143	2.0	144	99	0	573	20	12	9	57	1.62
8376114--8376164	24	2.1	24	100	0	102	47	15	11	25	1.80
8380998--8381039	2	20.5	2	95	4	75	47	0	2	50	1.14
8383880--8383913	17	2.0	17	100	0	68	35	11	17	35	1.87
8386260--8386292	16	2.0	17	94	5	59	0	21	0	78	0.75
8387606--8387642	19	1.9	19	94	0	65	62	2	0	35	1.10
8389994--8390023	10	3.0	10	95	0	51	30	10	23	36	1.87
8390526--8390550	12	2.1	12	100	0	50	32	8	32	28	1.86
8398162--8398315	78	1.9	77	83	10	195	39	4	11	44	1.60
8398202--8398353	78	2.0	76	82	8	182	38	5	10	44	1.63
8398590--8398681	6	15.3	6	87	0	58	16	51	2	30	1.56
8398617--8398663	12	3.9	12	97	0	85	17	63	0	19	1.30
8398617--8398663	18	2.6	18	96	0	85	17	63	0	19	1.30
8398659--8398706	18	2.7	17	78	9	51	16	31	6	45	1.72
8403510--8403549	21	1.9	21	84	0	53	50	10	15	25	1.74
8406720--8407074	177	2.0	178	99	0	703	39	8	17	34	1.80
8409698--8409856	83	1.9	83	80	5	187	24	13	28	33	1.93
8414734--8414784	15	3.6	14	80	15	61	74	1	11	11	1.15
8418347--8419554	602	2.0	602	99	0	2409	32	21	13	32	1.92
8427531--8427657	29	4.4	29	87	0	191	25	15	22	35	1.94
8433788--8433819	7	4.6	7	100	0	64	12	46	0	40	1.42
8434714--8434786	28	2.6	27	82	4	74	27	17	26	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8448206--8448292	37	2.4	37	80	1	104	39	29	14	16	1.88
8448903--8448984	37	2.2	37	86	0	110	39	28	15	17	1.90
8447773--8449150	688	2.0	688	96	0	2515	39	21	14	24	1.90
8451541--8451588	21	2.3	21	96	0	87	35	12	4	47	1.60
8455285--8455372	25	3.6	25	75	3	63	17	25	19	38	1.92
8455437--8455520	26	3.3	26	69	20	68	21	23	19	35	1.96
8455446--8455505	27	2.3	27	83	11	72	20	23	18	38	1.93
8455419--8455561	25	5.8	24	68	17	62	20	25	19	34	1.96
8456832--8456911	34	2.4	34	95	0	142	17	30	30	22	1.97
8459862--8459893	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
8465158--8465197	6	6.7	6	100	0	80	17	17	47	17	1.83
8486511--8486581	32	2.2	32	100	0	142	22	28	38	11	1.88
8488831--8488975	78	1.9	78	83	0	191	33	22	15	29	1.94
8491675--8491746	36	2.0	36	94	0	126	40	6	11	41	1.67
8494316--8494358	22	2.0	22	86	9	61	60	11	9	18	1.57
8495803--8495881	31	2.5	31	86	10	108	41	1	0	56	1.07
8503646--8503678	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
8520073--8520161	44	2.0	44	93	0	151	23	28	4	43	1.73
8529695--8529736	21	2.1	21	86	8	61	26	21	35	16	1.94
8534955--8535010	28	2.0	28	96	0	103	28	14	30	26	1.95
8543311--8543521	103	2.0	105	92	5	354	51	9	5	33	1.58
8543393--8543453	23	2.7	23	84	0	68	62	1	6	29	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8547172--8547213	19	2.2	19	83	8	50	11	7	0	80	0.88
8547179--8547203	13	1.9	13	100	0	50	4	8	0	88	0.64
8549611--8549707	49	2.0	49	87	0	140	26	24	5	43	1.75
8550989--8551032	15	2.8	17	74	19	51	22	22	0	54	1.45
8550974--8551059	43	2.0	43	86	0	118	22	24	2	51	1.60
8552283--8552307	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
8556864--8556949	43	2.0	43	83	0	109	24	22	1	52	1.54
8557619--8557662	19	2.4	18	80	3	52	34	13	0	52	1.41
8558073--8558107	15	2.2	16	90	5	54	0	20	2	77	0.90
8559073--8559122	25	1.9	27	84	8	68	66	0	2	32	1.03
8559841--8559868	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
8566898--8566923	3	8.7	3	100	0	52	0	0	65	34	0.93
8569890--8569946	28	2.0	28	96	0	105	29	28	8	33	1.87
8573515--8573752	29	8.2	29	83	3	266	26	14	22	36	1.92
8581100--8581129	11	2.9	10	90	9	51	16	0	43	40	1.48
8581753--8581784	15	2.1	16	94	5	57	71	0	6	21	1.07
8582928--8582963	6	6.0	6	100	0	72	83	0	16	0	0.65
8587242--8587704	29	16.0	29	77	4	323	26	15	19	38	1.92
8591353--8591560	28	7.4	28	79	8	226	24	16	22	36	1.94
8591353--8591560	57	3.7	57	87	5	289	24	16	22	36	1.94
8591353--8591560	112	1.9	111	87	3	294	24	16	22	36	1.94
8591565--8591760	61	3.2	61	85	2	277	33	12	24	29	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8591597--8591748	28	4.9	32	69	20	126	30	11	26	31	1.91
8591599--8591764	33	5.3	33	66	22	124	31	11	25	31	1.91
8599442--8599491	6	8.5	6	82	12	59	76	0	4	20	0.95
8599435--8599490	18	3.2	16	85	12	67	76	0	7	16	0.99
8605560--8605603	19	2.2	21	92	8	74	68	2	0	29	1.02
8605571--8605610	13	3.2	13	86	13	57	70	0	0	30	0.88
8612239--8612267	10	2.9	10	100	0	58	51	10	10	27	1.68
8612713--8612756	18	2.4	18	92	0	70	47	15	2	34	1.58
8613334--8613372	15	2.6	15	87	0	51	51	0	23	25	1.49
8619142--8619167	12	2.2	12	100	0	52	69	7	0	23	1.14

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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