genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr4
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  30015117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27839892--27839948	25	2.2	26	90	3	89	29	17	10	42	1.83
27843773--27843835	21	3.2	21	62	25	55	41	6	9	42	1.63
27843768--27843844	38	2.0	38	100	0	154	37	7	10	44	1.68
27854152--27854181	15	1.9	16	93	6	53	53	0	16	30	1.44
27855700--27855746	18	2.6	18	82	0	58	59	4	4	31	1.36
27856740--27856857	44	2.7	44	84	5	150	31	21	19	27	1.97
27856673--27856922	88	2.8	89	76	8	274	26	24	20	29	1.99
27857306--27857352	18	2.6	18	82	0	58	59	4	4	31	1.36
27858261--27858307	18	2.6	18	82	0	58	59	4	4	31	1.36
27857119--27859017	955	2.0	945	97	1	3381	41	16	15	25	1.88
27859051--27859747	349	2.0	350	98	0	1353	30	16	13	39	1.87
27866482--27866599	44	2.7	44	82	5	141	30	22	19	27	1.98
27866427--27866798	88	4.3	88	72	14	265	25	25	19	29	1.98
27866479--27866860	128	2.9	132	71	12	342	26	24	19	29	1.99
27866841--27866938	44	2.2	44	85	3	135	28	25	20	25	1.99
27867061--27867204	44	3.3	44	68	3	137	22	26	28	22	1.99
27866940--27867521	176	3.3	176	83	0	680	21	22	27	28	1.99
27867105--27867336	44	5.3	43	69	12	148	21	23	29	25	1.99
27867009--27867526	264	2.0	264	84	0	685	21	23	27	27	1.99
27867238--27867381	44	3.3	44	74	11	141	23	22	26	27	2.00
27867009--27867527	88	5.9	88	86	1	603	21	23	27	27	1.99
27868877--27868909	14	2.3	15	89	5	50	27	33	12	27	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27876180--27876233	24	2.2	24	86	0	72	7	14	35	42	1.74
27876640--27876685	13	3.7	13	85	11	69	32	0	0	67	0.91
27876634--27876699	24	2.6	25	90	7	107	27	0	4	68	1.09
27876638--27876700	13	5.2	11	77	19	63	28	0	3	68	1.05
27885925--27886070	48	3.1	48	83	1	177	23	23	30	22	1.99
27895229--27895271	22	2.0	22	95	4	79	41	18	11	27	1.85
27920595--27920630	17	2.1	17	89	5	54	83	2	0	13	0.76
27924112--27924148	16	2.3	16	90	0	56	27	8	2	62	1.37
27926773--27926810	19	2.1	19	90	5	60	42	0	0	57	0.98
27934306--27934370	32	2.0	32	96	0	121	38	21	12	27	1.89
27934732--27934830	49	2.0	49	98	0	189	52	22	4	21	1.63
27934751--27934828	24	3.2	24	64	10	68	47	25	5	21	1.71
27934732--27934845	49	2.3	49	92	3	176	53	20	4	21	1.63
27941426--27941540	54	2.1	54	88	0	176	32	18	13	35	1.90
27941300--27941672	197	1.9	197	88	2	570	30	19	18	31	1.96
27941480--27942006	143	3.7	143	85	4	670	28	21	19	30	1.97
27941480--27942012	286	1.9	286	87	1	782	28	21	19	30	1.97
27949952--27949999	14	3.2	14	79	8	51	50	0	4	45	1.21
27958888--27959176	27	10.7	27	85	0	328	35	19	21	24	1.96
27959217--27959298	24	3.5	23	78	8	85	20	4	23	51	1.67
27959370--27959434	27	2.4	27	82	7	71	18	24	23	33	1.96
27959413--27959463	26	2.0	26	88	0	75	15	21	25	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27959470--27959705	32	7.4	32	76	11	198	19	21	22	36	1.95
27959470--27959734	64	4.2	64	78	9	211	19	21	21	37	1.95
27959471--27959703	96	2.4	96	81	7	260	18	21	23	36	1.95
27959727--27959791	22	3.0	21	73	13	60	16	20	18	44	1.87
27959785--27959837	26	2.0	26	85	0	70	18	26	20	33	1.96
27962636--27962662	13	2.1	13	100	0	54	51	14	0	33	1.43
27965048--27965073	13	2.0	13	100	0	52	15	30	7	46	1.74
27969212--27969242	11	2.8	11	100	0	62	25	35	0	38	1.56
27973490--27973574	41	2.1	41	95	0	152	36	23	4	35	1.76
27988764--27988909	42	3.1	49	74	20	164	22	23	18	34	1.96
27997904--27998145	127	1.9	126	93	1	403	28	19	6	45	1.75
27998415--27998716	27	11.2	27	82	1	345	18	16	23	42	1.89
27998413--27998716	134	2.3	135	84	3	371	18	16	23	41	1.90
28008913--28008960	24	2.0	25	83	4	62	56	2	33	8	1.41
28009375--28009413	19	2.1	19	100	0	78	38	10	15	35	1.81
28022321--28022359	17	2.5	15	84	15	60	15	33	25	25	1.95
28022325--28022361	17	2.2	17	100	0	74	18	37	21	21	1.94
28026279--28026393	48	2.4	48	89	0	167	36	27	19	16	1.93
28039533--28039566	17	2.0	17	94	0	59	58	8	11	20	1.59
28040016--28040065	21	2.4	21	86	0	64	22	34	8	36	1.83
28047975--28048011	19	1.9	19	94	0	65	67	8	8	16	1.40
28056252--28056284	17	1.9	17	93	0	57	33	3	9	54	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28056905--28056951	18	2.5	19	79	10	51	29	23	6	40	1.79
28056936--28056987	17	3.0	17	80	2	59	34	19	11	34	1.88
28057444--28057543	23	4.4	22	76	7	101	41	23	17	19	1.90
28057444--28057551	46	2.3	46	80	3	128	41	22	16	19	1.90
28067923--28068043	50	2.4	50	83	0	152	20	28	23	27	1.99
28072429--28072471	18	2.3	18	88	4	59	58	0	0	41	0.98
28081264--28081486	94	2.4	94	81	4	261	30	20	18	29	1.97
28081925--28081951	14	1.9	14	100	0	54	37	22	25	14	1.93
28096677--28096719	17	2.4	18	84	3	61	79	0	0	20	0.74
28096677--28096733	21	2.7	21	81	13	71	78	0	1	19	0.83
28096677--28096718	10	4.1	10	88	11	59	78	0	0	21	0.75
28096687--28096716	14	2.1	15	93	6	53	76	0	0	23	0.78
28097342--28097388	10	4.9	10	76	7	53	23	6	2	68	1.24
28104744--28105008	144	1.8	143	81	8	333	29	16	20	33	1.95
28104880--28105271	94	4.2	93	82	5	434	29	21	19	30	1.97
28104977--28105237	44	5.6	44	67	18	147	28	21	21	28	1.99
28104890--28105248	188	1.9	188	86	4	519	29	20	20	30	1.97
28106478--28107407	464	2.0	466	99	0	1846	34	10	18	37	1.85
28115855--28115899	22	2.0	22	86	0	63	6	8	24	60	1.51
28131486--28131585	31	3.3	31	70	8	105	40	3	4	53	1.35
28135270--28135328	25	2.4	25	91	0	91	38	3	23	33	1.72
28136213--28136252	17	2.3	17	86	4	53	37	0	2	60	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28136255--28136299	22	2.1	21	83	4	54	37	6	0	55	1.26
28141118--28141161	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
28141205--28141299	45	2.1	45	88	0	136	32	20	17	29	1.96
28141296--28141440	50	2.8	52	81	9	190	29	28	17	24	1.97
28146916--28147172	127	2.0	127	90	3	401	29	13	27	29	1.94
28155635--28155735	50	2.0	50	100	0	202	43	15	13	26	1.85
28157883--28157964	27	2.7	30	87	10	107	15	21	30	31	1.95
28157798--28158008	102	2.1	102	96	0	388	19	22	27	30	1.98
28162807--28162843	18	2.0	19	89	5	58	45	10	10	32	1.74
28163783--28163832	25	2.0	25	84	0	64	24	16	2	58	1.49
28170984--28171180	49	4.0	49	77	0	205	34	27	15	22	1.95
28170982--28171179	98	2.0	99	86	1	272	33	27	15	22	1.95
28171145--28171334	50	3.8	49	74	10	170	32	25	17	25	1.97
28170997--28171308	25	12.6	25	71	10	201	33	26	16	23	1.96
28171173--28171356	100	1.8	100	85	6	257	33	25	17	23	1.96
28172599--28172684	41	2.1	41	95	0	154	38	23	12	25	1.90
28177815--28177840	13	2.0	13	100	0	52	76	7	0	15	0.99
28182360--28182538	42	4.8	36	76	18	163	31	27	18	21	1.97
28182399--28182541	42	3.6	41	76	19	169	31	27	17	23	1.97
28182362--28182538	75	2.4	75	94	3	304	31	27	19	21	1.97
28182566--28182744	51	3.5	51	82	3	200	29	26	15	28	1.96
28187899--28187934	13	2.8	13	86	0	54	38	22	2	36	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28213330--28213365	16	2.2	16	100	0	72	30	8	8	52	1.61
28215350--28215375	13	2.0	13	100	0	52	30	0	0	69	0.89
28218779--28218806	12	2.3	12	100	0	56	57	7	17	17	1.62
28223612--28223705	41	2.3	41	96	1	170	34	20	6	39	1.78
28228582--28228658	36	2.1	37	97	2	147	25	16	27	29	1.97
28235165--28235202	17	2.2	17	100	0	76	44	7	15	31	1.75
28238672--28238720	22	2.2	22	100	0	98	28	22	8	40	1.82
28244862--28244905	19	2.3	20	81	18	58	25	2	6	65	1.28
28245354--28245413	17	3.5	17	69	0	57	23	40	20	16	1.91
28245345--28245409	34	1.9	34	93	0	112	18	40	21	20	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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