genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr4
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  30015117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25945293--25945345	3	17.7	3	96	0	97	33	0	0	66	0.92
25946703--25946895	30	6.4	30	79	4	174	37	11	24	26	1.89
25946793--25946969	60	2.9	61	88	4	243	36	14	26	22	1.93
25946820--25946925	30	3.5	30	77	7	126	37	12	28	21	1.90
25946727--25946941	90	2.4	90	77	7	231	37	13	23	25	1.91
25948621--25948666	23	2.0	23	95	4	85	39	13	17	30	1.87
25949331--25949477	21	7.3	19	69	18	84	19	31	14	33	1.93
25949331--25949479	40	3.7	40	90	1	235	19	31	14	34	1.92
25950966--25951055	35	2.6	35	92	0	153	32	25	24	17	1.97
25952663--25952692	15	2.1	14	93	6	51	83	10	0	6	0.81
25952750--25952841	46	2.0	46	82	4	114	43	14	10	31	1.79
25953322--25953380	30	2.0	30	93	0	100	30	11	10	47	1.73
25953852--25953891	21	1.9	21	100	0	80	47	22	0	30	1.52
25957827--25957889	28	2.2	29	83	11	76	36	9	17	36	1.82
25963170--25963205	18	2.0	18	88	0	54	55	2	5	36	1.38
25964141--25964170	13	2.3	13	94	0	51	83	6	0	10	0.81
25964329--25964450	10	12.3	10	71	20	87	68	0	31	0	0.89
25964329--25964438	4	27.8	4	72	20	56	69	0	30	0	0.89
25964332--25964452	43	2.9	42	76	9	122	68	0	31	0	0.90
25964383--25964452	32	2.3	31	82	5	88	71	0	28	0	0.86
25964817--25965602	159	5.0	152	76	11	785	50	8	10	30	1.66
25964817--25965624	317	2.5	317	94	0	1386	50	8	10	30	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25965600--25965645	21	2.1	22	96	4	85	52	6	4	36	1.47
25965513--25965725	119	1.8	117	86	6	313	46	7	13	32	1.71
25981611--25981642	10	3.2	10	95	0	55	43	0	6	50	1.27
25981936--25981993	3	19.3	3	92	0	98	65	1	1	31	1.13
25985693--25985731	6	7.0	6	88	11	57	0	0	15	84	0.62
25985693--25985731	11	3.5	11	86	10	53	0	0	15	84	0.62
25985682--25985729	10	4.6	10	80	10	51	0	4	10	85	0.73
26000372--26000397	10	2.6	10	100	0	52	42	0	7	50	1.31
26000379--26000405	14	1.9	14	100	0	54	40	0	7	51	1.30
26000703--26000760	3	19.3	3	92	0	98	65	1	1	31	1.13
26023070--26023111	21	2.0	21	85	0	57	30	16	23	28	1.96
26028654--26028686	15	2.2	15	100	0	66	33	6	6	54	1.50
26029891--26029942	6	8.7	6	84	0	68	59	0	23	17	1.37
26029899--26029942	12	3.7	12	100	0	88	59	0	22	18	1.38
26029891--26029942	24	2.2	24	93	6	88	59	0	23	17	1.37
26030085--26030146	26	2.4	26	89	5	90	45	12	9	32	1.75
26030085--26030158	26	2.8	26	78	11	80	45	10	12	31	1.76
26038969--26039006	17	2.2	18	90	4	60	39	0	10	50	1.37
26045325--26045473	75	2.0	75	90	5	239	31	16	8	43	1.78
26070935--26071034	30	3.4	29	87	2	119	31	19	4	46	1.68
26071487--26071555	24	2.8	24	78	12	61	66	0	31	1	1.00
26071628--26071664	17	2.2	17	95	4	67	78	0	21	0	0.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26071628--26071671	17	2.6	17	89	7	54	79	0	18	2	0.83
26077299--26077336	18	2.1	18	95	0	67	31	7	15	44	1.75
26078610--26078678	18	3.8	17	75	12	57	40	7	18	33	1.78
26084041--26085501	74	19.6	74	85	3	1693	28	18	20	33	1.96
26086079--26086178	29	3.4	29	90	2	137	28	21	7	44	1.78
26086579--26086633	15	3.4	15	77	18	65	69	0	30	0	0.89
26086713--26086757	9	4.9	9	83	5	63	82	0	17	0	0.68
26086705--26086754	22	2.2	24	89	7	77	76	0	24	0	0.80
26086834--26086879	14	3.3	14	90	0	65	45	39	13	2	1.55
26086834--26086931	14	7.0	14	72	17	60	36	40	15	7	1.74
26088272--26088343	25	2.9	25	93	0	117	30	19	15	34	1.93
26104521--26104698	88	2.0	89	98	1	349	39	2	14	43	1.58
26112575--26112615	20	2.0	20	85	0	55	29	12	26	31	1.92
26114132--26114167	10	3.4	10	85	14	54	33	8	8	50	1.63
26115058--26115112	27	2.0	27	96	0	101	38	0	0	61	0.96
26115058--26115135	27	3.0	25	87	9	88	38	0	2	58	1.12
26115129--26115293	85	1.9	85	100	0	330	29	15	23	31	1.95
26124310--26124428	57	2.1	58	88	6	179	46	6	20	26	1.75
26128618--26128671	23	2.3	23	90	0	90	24	14	24	37	1.93
26134375--26134417	17	2.6	16	85	3	50	34	9	13	41	1.77
26144976--26145005	15	2.0	15	93	0	51	36	6	10	46	1.64
26145991--26146035	20	2.2	21	84	7	58	60	6	13	20	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26146307--26146351	17	2.8	17	90	10	76	55	0	0	44	0.99
26146308--26146351	8	5.5	8	89	10	72	54	0	0	45	0.99
26146437--26146491	20	2.7	21	88	2	69	54	1	0	43	1.10
26146448--26146491	20	2.2	20	95	0	79	61	2	0	36	1.09
26147609--26147654	20	2.4	19	85	3	56	65	2	0	32	1.05
26147613--26147654	18	2.3	19	87	4	59	66	2	0	30	1.04
26147613--26147659	18	2.5	18	86	6	58	63	2	2	31	1.18
26147658--26147734	31	2.5	32	85	8	106	28	15	22	33	1.94
26153005--26153029	12	2.1	12	100	0	50	32	24	36	8	1.84
26154167--26154283	59	2.0	59	91	0	189	18	24	15	41	1.89
26158237--26158387	74	2.0	74	84	0	194	26	11	16	45	1.81
26162066--26162141	38	2.0	38	94	0	134	44	10	13	31	1.77
26162456--26162484	5	5.8	5	100	0	58	82	0	0	17	0.66
26165740--26165801	30	2.1	30	84	6	81	3	8	50	38	1.48
26170846--26170932	25	3.5	25	78	9	88	32	21	21	24	1.98
26170830--26170945	50	2.4	49	76	9	112	36	20	19	23	1.95
26175874--26175948	29	2.6	29	71	12	73	16	14	42	26	1.86
26181169--26181272	42	2.4	43	77	1	111	29	15	22	32	1.94
26185931--26186054	54	2.3	54	84	2	169	34	17	25	22	1.96
26186170--26186208	19	2.0	20	85	9	55	56	2	35	5	1.35
26198624--26198681	30	1.9	30	96	0	107	46	17	17	18	1.84
26200503--26200597	46	2.1	46	91	0	154	38	16	8	35	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26200708--26200747	20	2.0	20	90	0	62	40	20	30	10	1.85
26202748--26203105	43	8.3	42	78	9	332	28	27	20	24	1.99
26202748--26203105	85	4.1	86	80	8	379	28	27	20	24	1.99
26203393--26203443	25	2.0	25	84	0	66	45	11	5	37	1.65
26204168--26204230	23	2.7	23	95	0	108	33	12	7	46	1.71
26208260--26208302	21	2.0	21	86	8	61	32	41	0	25	1.56
26208265--26208307	14	3.1	14	82	0	59	27	46	0	25	1.53
26208265--26208307	7	6.1	7	80	0	50	27	46	0	25	1.53
26209473--26209592	30	4.0	30	67	4	89	24	22	24	29	1.99
26213707--26214047	51	6.7	51	74	6	257	31	26	16	25	1.96
26213707--26213939	101	2.3	101	80	3	245	31	26	16	25	1.96
26213707--26214047	152	2.2	152	89	2	506	31	26	16	25	1.96
26216757--26216838	42	2.0	42	83	9	105	29	21	13	35	1.92
26219539--26219829	51	5.7	50	75	4	260	30	27	17	24	1.97
26219542--26219725	101	1.8	101	85	3	262	31	26	17	25	1.97
26219539--26219831	152	1.9	152	93	0	505	30	26	17	24	1.97
26234795--26234834	21	1.9	21	84	0	53	22	32	20	25	1.98
26264337--26264364	6	4.7	6	100	0	56	71	0	14	14	1.15
26265602--26266130	87	6.1	87	89	0	781	28	22	24	24	1.99
26265650--26266196	261	2.1	261	82	2	607	29	22	23	24	1.99
26266115--26266258	44	3.3	44	75	12	129	36	18	21	23	1.95
26267895--26268093	104	1.9	102	88	4	301	20	20	25	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26268029--26268195	74	2.2	74	89	5	264	22	19	25	31	1.98
26267994--26268195	75	2.7	75	86	3	282	22	19	25	33	1.97
26274381--26274586	75	2.8	76	89	3	319	22	20	25	30	1.98
26294859--26295045	32	5.8	32	86	2	232	39	20	17	22	1.92
26294859--26295045	64	2.9	64	87	0	257	39	20	17	22	1.92
26294859--26295045	96	1.9	96	85	2	259	39	20	17	22	1.92
26295051--26295104	26	2.1	26	92	0	90	37	27	20	14	1.92
26295242--26295303	24	2.6	24	82	5	81	37	25	8	29	1.85
26295322--26295503	27	6.8	27	75	15	121	25	21	19	33	1.97
26295322--26295470	54	2.8	54	76	12	162	26	22	17	32	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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