genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr4
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  30015117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2110436--2110959	216	2.4	215	85	3	683	42	14	12	29	1.83
2111989--2112034	16	2.8	17	96	3	85	34	21	0	43	1.53
2117099--2117467	124	3.0	117	78	10	291	29	12	18	39	1.87
2117270--2117706	124	3.5	123	77	8	418	27	13	21	37	1.91
2127775--2127820	17	2.8	17	86	3	58	58	0	2	39	1.10
2134408--2134593	41	4.5	41	91	1	284	25	27	17	29	1.98
2134408--2134647	82	2.9	82	84	6	283	25	26	17	30	1.97
2144522--2144597	29	2.8	26	72	18	66	60	1	3	34	1.23
2144592--2144701	21	5.4	22	69	19	62	57	0	8	34	1.29
2144617--2144705	30	3.0	29	80	13	94	58	0	6	34	1.25
2145990--2146034	19	2.2	21	88	7	67	40	0	0	60	0.97
2145970--2146025	27	2.0	28	83	10	71	39	1	0	58	1.08
2145998--2146043	21	2.2	21	81	11	60	32	0	2	65	1.05
2145966--2146032	30	2.2	31	84	7	84	40	1	0	58	1.07
2150822--2151000	43	4.2	43	98	0	322	25	32	17	24	1.96
2150822--2151070	86	3.0	86	87	6	333	25	32	17	24	1.97
2150969--2151031	31	2.0	31	96	0	117	25	31	20	22	1.98
2150926--2151066	74	1.9	74	92	0	237	24	31	19	24	1.98
2151376--2151446	21	3.4	21	80	0	79	4	42	16	36	1.68
2151422--2151478	28	2.0	28	89	0	87	10	33	19	36	1.86
2156074--2156131	15	4.1	14	77	22	59	39	41	0	18	1.51
2156198--2156248	14	3.6	14	75	17	52	43	31	0	25	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2156193--2156248	21	2.7	20	79	17	60	42	32	0	25	1.55
2156706--2157321	229	2.7	228	88	1	908	31	21	18	27	1.97
2159711--2159774	23	2.8	23	79	9	76	59	3	6	31	1.38
2166822--2166875	25	2.2	25	96	3	101	29	14	3	51	1.60
2174269--2174522	133	1.9	131	88	5	386	41	6	5	46	1.54
2174440--2174557	51	2.3	50	75	16	118	44	0	1	53	1.16
2180064--2180233	42	4.0	42	86	1	234	25	15	29	28	1.96
2182748--2182781	16	2.1	16	88	0	50	41	20	14	23	1.89
2197018--2197053	18	1.9	19	88	5	56	27	2	2	66	1.19
2196978--2197061	19	4.3	18	73	13	51	29	3	2	64	1.23
2207020--2207135	3	38.7	3	92	0	106	57	0	41	0	1.04
2207436--2207465	14	2.1	14	93	0	51	70	0	26	3	1.03
2212520--2212545	12	2.2	12	100	0	52	26	26	15	30	1.96
2218378--2218430	18	2.9	18	81	13	63	35	0	0	64	0.94
2220327--2220516	55	3.5	55	99	0	371	32	5	5	56	1.45
2223936--2224135	63	3.2	63	93	0	346	37	18	7	37	1.79
2232773--2232940	84	2.0	83	97	1	318	47	14	13	23	1.80
2238912--2238956	23	2.0	22	95	0	72	20	0	77	0	0.75
2241613--2241732	59	2.1	57	89	6	179	47	6	0	45	1.29
2242181--2242205	6	4.2	6	100	0	50	80	0	0	20	0.72
2242854--2242888	1	35.0	1	100	0	70	0	0	0	100	0.00
2244786--2244832	24	2.0	24	95	4	87	25	8	17	48	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2247061--2247088	11	2.5	11	100	0	56	7	7	17	67	1.37
2261348--2261407	31	1.9	32	86	10	88	36	0	8	55	1.30
2263566--2263600	18	1.9	18	94	0	61	25	31	8	34	1.86
2266099--2266993	125	7.1	125	85	4	1128	28	15	16	39	1.90
2266100--2266993	249	3.6	250	85	5	1153	28	15	16	39	1.90
2267054--2267173	34	3.6	33	82	4	132	42	16	0	40	1.54
2272441--2272652	99	2.1	100	96	2	392	46	6	9	38	1.61
2273415--2273452	20	1.9	20	94	0	67	47	13	15	23	1.81
2274026--2274066	21	1.9	22	90	5	66	29	36	17	17	1.92
2274110--2274173	20	3.2	19	71	8	56	40	34	6	18	1.76
2276598--2276654	22	2.7	21	75	2	60	43	0	3	52	1.18
2282180--2282223	22	2.0	22	82	8	54	65	2	2	29	1.16
2282296--2282330	18	2.1	18	89	10	56	51	11	17	20	1.75
2290886--2290980	50	1.9	49	93	2	163	25	23	5	46	1.73
2313074--2313104	14	2.1	15	94	5	55	77	12	3	6	1.08
2313809--2313843	18	1.9	18	94	0	61	48	5	0	45	1.26
2320681--2320710	15	1.9	16	93	6	53	66	0	3	30	1.07
2321434--2321482	24	2.0	24	84	0	62	48	2	4	44	1.33
2323980--2324015	18	2.0	18	89	10	56	33	2	2	61	1.25
2324264--2324350	17	4.5	20	70	21	60	52	0	2	44	1.13
2324275--2324339	9	7.0	9	80	13	69	53	0	3	43	1.16
2324266--2324348	38	2.2	39	84	6	107	54	0	2	43	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2324284--2324340	30	1.9	29	89	3	87	56	0	1	42	1.10
2324275--2324349	18	4.1	19	75	17	77	53	0	2	44	1.14
2324438--2324628	99	1.9	97	90	2	301	30	14	12	42	1.83
2324428--2324657	99	2.4	97	85	4	293	29	17	14	38	1.89
2328458--2328498	4	10.2	4	100	0	82	51	24	0	24	1.49
2334330--2334359	7	4.4	7	95	4	53	26	0	0	73	0.84
2337087--2337120	10	3.6	10	84	15	54	23	0	0	76	0.79
2337087--2337125	18	2.1	19	95	4	71	23	0	2	74	0.94
2337496--2337554	31	1.9	31	89	6	93	35	10	0	54	1.34
2343012--2343078	34	1.9	35	87	3	100	46	13	7	32	1.71
2344596--2344642	24	1.9	24	83	12	60	34	21	0	44	1.52
2346991--2347044	25	2.2	25	96	0	99	46	12	16	24	1.82
2347331--2347364	17	2.0	17	94	0	59	76	2	0	20	0.92
2354601--2354645	19	2.3	19	84	7	54	60	8	0	31	1.28
2354616--2354653	19	2.0	20	94	5	69	57	5	0	36	1.21
2356830--2357058	116	1.9	119	86	6	333	31	18	10	39	1.85
2363974--2364024	18	2.7	19	84	6	59	37	0	0	62	0.95
2369961--2370005	22	2.0	22	100	0	90	64	4	0	31	1.13
2384194--2384255	32	1.9	32	83	6	81	33	4	4	56	1.42
2387890--2387951	32	1.9	32	83	6	81	33	4	4	56	1.42
2392751--2392801	21	2.4	21	96	0	93	21	43	11	23	1.85
2393418--2393483	12	5.5	11	83	3	60	36	33	3	27	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2393430--2393483	24	2.2	24	93	0	90	37	33	3	25	1.74
2394260--2394302	16	2.7	16	85	7	61	55	9	32	2	1.44
2394988--2395012	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2397730--2397787	31	1.9	30	82	10	73	62	13	5	18	1.50
2416545--2416570	11	2.4	11	100	0	52	76	0	0	23	0.78
2421812--2421852	22	2.0	21	85	9	57	36	2	0	60	1.10
2424809--2424849	21	2.0	21	85	0	55	53	0	0	46	1.00
2425305--2425333	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
2427754--2427787	11	3.1	11	91	0	50	85	0	14	0	0.60
2428620--2428661	21	2.0	21	100	0	84	19	19	9	52	1.72
2429627--2429693	24	2.8	24	84	4	91	22	23	13	40	1.89
2445658--2445719	25	2.3	26	83	8	72	59	1	4	33	1.28
2446330--2446364	16	2.2	16	89	0	52	71	14	8	5	1.29
2454186--2454232	24	2.0	24	95	4	87	21	29	12	36	1.91
2454283--2454332	23	2.2	23	85	7	66	12	20	0	68	1.21
2454761--2454866	1	106.0	1	71	0	77	2	4	6	85	0.80
2454764--2454866	52	2.0	52	84	3	136	2	4	6	85	0.82
2464877--2464911	16	2.2	16	89	0	52	71	14	8	5	1.29
2469466--2469513	21	2.4	21	89	6	73	16	35	22	25	1.95
2469787--2469881	41	2.3	41	90	3	156	15	20	25	38	1.92
2469849--2470123	43	6.4	43	82	2	329	23	20	30	25	1.98
2469869--2470136	129	2.1	130	88	2	396	23	19	30	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2470220--2470262	22	2.0	22	90	0	68	44	27	18	9	1.80
2470719--2470954	41	5.8	41	90	1	339	21	19	30	27	1.98
2471315--2471374	14	4.2	14	81	8	68	23	1	41	33	1.64
2471315--2471356	7	6.0	7	88	0	57	23	0	42	33	1.55
2471322--2471375	7	7.6	7	79	4	54	22	1	44	31	1.63
2471315--2471374	29	2.1	28	84	9	77	23	1	41	33	1.64
2471322--2471382	14	4.4	13	84	10	59	22	1	44	31	1.63
2481245--2481311	31	2.2	31	86	2	91	37	14	38	8	1.78
2491321--2491362	22	1.9	22	90	0	66	40	16	9	33	1.81
2492614--2492647	16	2.1	17	88	5	52	47	0	0	52	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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