genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.81.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr4
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  30015117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28247059--28247185	35	3.6	35	90	2	175	18	10	29	42	1.83
28250915--28251202	29	9.9	29	81	3	265	21	25	15	37	1.93
28250912--28251202	87	3.3	87	82	2	327	22	25	15	37	1.93
28250915--28251202	58	4.9	58	79	2	299	21	25	15	37	1.93
28254349--28254394	19	2.4	19	82	7	58	13	30	2	54	1.50
28263845--28263880	18	2.1	16	90	10	54	72	0	8	19	1.10
28266039--28266070	3	10.7	3	100	0	64	0	31	0	68	0.90
28269708--28269735	14	2.0	14	100	0	56	42	0	28	28	1.56
28270930--28270978	20	2.5	20	93	6	82	55	2	20	22	1.54
28275230--28275268	12	3.2	12	85	0	51	17	20	7	53	1.68
28275460--28275631	50	3.5	49	77	10	145	22	26	22	28	1.99
28275540--28275646	50	2.1	50	84	0	142	21	29	21	27	1.98
28284136--28284169	18	2.0	18	88	11	54	70	0	8	20	1.13
28287123--28287151	14	2.0	15	93	6	51	58	0	41	0	0.98
28293646--28293671	12	2.2	12	100	0	52	0	26	0	73	0.84
28318703--28318752	23	2.2	23	92	0	82	16	20	6	58	1.59
28319337--28319361	13	1.9	13	100	0	50	8	0	24	68	1.16
28320085--28320118	17	2.0	17	88	0	50	50	11	20	17	1.77
28320336--28320377	21	2.0	21	95	0	75	30	9	11	47	1.72
28335946--28336003	28	2.1	28	93	0	98	44	20	18	15	1.86
28337854--28337965	23	5.1	23	76	14	121	33	22	21	22	1.97
28347459--28347505	22	2.1	22	96	0	85	25	34	0	40	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28349351--28349392	21	2.0	21	90	0	66	47	33	16	2	1.60
28349355--28349400	21	2.2	21	84	0	56	47	30	19	2	1.61
28349628--28349949	29	11.3	29	94	3	566	44	27	0	28	1.55
28349640--28349682	23	2.0	20	95	4	59	48	20	0	30	1.50
28349972--28350096	56	2.2	56	88	2	180	36	14	8	40	1.75
28355689--28355752	24	2.4	28	77	20	73	42	3	4	50	1.39
28362877--28363040	45	3.7	45	66	12	122	25	21	25	26	2.00
28362899--28363309	88	4.7	87	88	1	534	27	21	26	24	2.00
28363054--28363280	44	5.2	44	66	8	156	24	22	26	26	2.00
28362849--28363309	176	2.6	175	83	3	539	27	22	25	24	2.00
28364806--28364861	23	2.4	24	77	14	64	26	0	7	66	1.18
28367988--28368016	2	14.5	2	100	0	58	0	51	0	48	1.00
28372719--28372749	16	1.9	16	93	0	53	35	35	0	29	1.58
28386352--28386400	23	2.1	23	84	0	62	18	0	18	63	1.32
28386640--28386677	9	4.1	9	96	3	67	13	0	0	86	0.56
28386688--28386731	23	2.0	22	90	4	70	34	6	2	56	1.38
28396238--28396271	2	17.0	2	100	0	68	0	50	0	50	1.00
28398626--28398672	24	2.0	24	87	8	69	10	10	4	74	1.20
28403544--28403619	37	2.1	37	97	0	143	36	38	2	22	1.68
28406438--28406472	2	17.5	2	93	0	61	48	0	0	51	1.00
28407299--28407458	79	2.0	80	93	3	279	25	8	11	55	1.64
28407303--28407476	79	2.2	79	87	6	237	27	7	10	54	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28409178--28409224	21	2.3	21	88	3	69	27	36	4	31	1.76
28409144--28409211	32	2.1	34	88	5	104	26	36	4	32	1.76
28409783--28410046	83	3.1	83	68	14	257	17	19	24	37	1.93
28409718--28410060	172	2.0	172	100	0	686	17	19	25	37	1.93
28410056--28410213	84	1.9	84	92	5	266	16	15	32	35	1.91
28410056--28410239	84	2.2	83	86	5	237	16	15	33	34	1.91
28413107--28413153	21	2.3	21	88	3	69	27	36	4	31	1.76
28413073--28413140	32	2.1	34	88	5	104	26	36	4	32	1.76
28413812--28413969	84	1.9	84	95	0	289	17	15	31	36	1.91
28413812--28413995	84	2.2	84	89	1	262	17	15	32	34	1.92
28414781--28414824	21	2.1	21	82	0	52	13	2	52	31	1.53
28414809--28414843	13	2.7	13	90	0	61	14	8	48	28	1.73
28414778--28414850	13	5.5	13	76	9	51	15	4	47	32	1.64
28414795--28414924	14	9.4	14	69	12	54	10	3	49	36	1.53
28414859--28414927	21	3.3	21	80	8	77	5	0	50	43	1.26
28414859--28414927	14	4.9	14	74	13	70	5	0	50	43	1.26
28415140--28415195	16	3.5	16	80	7	69	66	3	7	23	1.33
28415483--28415539	23	2.4	24	85	8	73	33	43	1	21	1.63
28416005--28416044	12	3.3	12	83	13	55	22	7	12	57	1.60
28416220--28416246	14	1.9	14	100	0	54	48	0	0	51	1.00
28417375--28418099	69	10.5	69	98	0	1364	42	5	4	48	1.45
28419965--28420172	43	4.9	42	73	7	161	23	18	28	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28419902--28420172	86	3.2	85	77	5	242	23	16	29	30	1.96
28420184--28420279	43	2.2	43	98	0	183	28	27	23	20	1.99
28419902--28420212	86	3.6	86	75	9	210	23	16	29	29	1.96
28420351--28420394	22	2.0	22	90	0	70	40	29	18	11	1.85
28425577--28426132	3	185.3	3	100	0	1112	33	0	0	66	0.92
28430979--28431024	3	15.3	3	100	0	92	32	0	0	67	0.91
28431130--28431166	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
28430988--28431276	142	2.0	143	97	0	553	35	7	13	42	1.73
28432476--28432970	247	2.0	248	99	0	983	36	11	16	34	1.85
28432990--28433015	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
28434386--28434482	48	2.0	49	97	2	187	50	8	2	39	1.44
28438452--28438526	37	2.0	37	86	0	105	30	9	6	53	1.59
28447287--28447436	36	3.9	36	76	16	138	28	20	12	38	1.89
28447323--28447463	46	3.3	46	74	19	167	27	21	13	37	1.91
28447248--28447463	82	2.7	82	90	1	319	29	20	12	37	1.90
28452965--28453055	45	2.0	44	87	2	128	34	28	5	31	1.80
28453034--28453103	16	4.4	16	92	0	95	32	34	0	32	1.58
28453032--28453093	32	1.9	32	93	0	106	29	35	0	35	1.58
28453571--28453840	133	2.0	134	98	0	524	22	12	19	45	1.84
28455629--28455703	33	2.3	33	83	0	105	20	16	13	50	1.77
28458835--28458921	43	2.0	43	84	0	111	26	21	27	24	1.99
28459821--28459855	2	17.5	2	100	0	70	48	51	0	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28460062--28460127	20	3.1	21	80	12	64	39	15	27	18	1.90
28480953--28481033	25	3.2	25	80	7	92	30	8	17	43	1.79
28489042--28489393	128	2.7	128	88	2	481	25	23	19	32	1.98
28489467--28489604	44	3.2	44	72	2	143	25	27	25	21	1.99
28489393--28489607	87	2.5	88	83	2	263	23	28	24	23	2.00
28490866--28490911	6	7.7	6	88	11	60	13	13	0	73	1.09
28490879--28490926	12	4.5	10	79	20	53	10	10	0	79	0.95
28490854--28490902	7	7.3	7	86	13	68	14	14	0	71	1.15
28500819--28500880	21	3.0	21	70	13	65	32	12	35	19	1.90
28500817--28500928	41	2.7	41	84	0	134	36	13	29	20	1.91
28502820--28502883	25	2.6	25	92	0	101	31	18	20	29	1.96
28502839--28502893	25	2.2	25	86	0	74	27	23	21	27	1.99
28504352--28504592	121	2.0	122	99	0	475	27	18	17	36	1.94
28516473--28516612	25	5.7	25	75	9	119	15	30	21	33	1.94
28516532--28516612	24	3.3	24	77	8	74	17	30	20	30	1.96
28516483--28516612	49	2.6	49	80	6	138	16	30	20	33	1.94
28516576--28516632	25	2.3	25	78	6	62	22	28	17	31	1.97
28522672--28522707	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
28522800--28522835	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
28522607--28522864	128	2.0	130	98	1	502	48	10	7	33	1.66
28527637--28527677	21	2.0	21	90	9	66	48	21	17	12	1.79
28537705--28537766	31	2.0	30	87	3	88	25	11	12	50	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28538313--28538373	13	4.7	13	87	0	86	40	22	8	27	1.82
28538308--28538373	26	2.5	26	92	0	105	39	21	7	31	1.81
28541335--28541372	17	2.2	18	86	9	53	31	10	2	55	1.48
28548746--28548775	6	5.0	6	100	0	60	33	16	16	33	1.92
28562402--28562466	35	1.9	34	84	6	87	29	15	30	24	1.96
28565477--28565531	25	2.1	27	80	12	62	40	0	3	56	1.17
28590953--28590988	19	1.9	19	88	5	56	5	38	0	55	1.23
28595129--28595343	107	2.0	108	98	0	414	20	24	22	33	1.97
28597186--28597212	12	2.2	12	100	0	54	44	0	14	40	1.46
28605135--28605199	18	3.6	18	68	12	60	38	3	3	55	1.31

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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