genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.61.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr4
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  30015117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21254044--21254087	17	2.7	17	89	6	65	72	2	0	25	0.96
21260911--21260950	18	2.3	18	87	8	57	65	7	0	27	1.20
21262031--21262115	19	4.0	21	72	14	75	47	0	1	51	1.08
21265278--21265333	27	2.0	28	93	3	96	41	7	0	51	1.29
21265393--21265494	27	3.8	27	88	0	141	26	28	28	16	1.97
21265568--21265607	11	3.7	11	86	6	64	70	0	30	0	0.88
21265632--21265670	19	2.0	21	85	10	55	23	0	10	66	1.22
21265716--21265780	3	21.3	3	93	3	112	32	0	3	64	1.09
21265792--21265822	12	2.6	12	94	0	53	19	0	19	61	1.35
21266384--21266421	18	2.1	18	90	0	58	34	7	44	13	1.72
21271131--21271277	75	1.9	77	82	5	183	37	4	8	49	1.54
21271713--21271844	4	32.0	4	92	6	219	0	26	0	72	0.90
21271887--21271954	27	2.5	27	90	4	102	16	27	27	27	1.97
21271904--21271963	27	2.2	27	81	0	75	16	31	25	26	1.96
21272017--21272067	27	2.0	26	88	7	77	52	0	7	39	1.30
21274791--21274826	10	3.8	10	89	10	58	66	0	0	33	0.92
21278096--21278144	20	2.5	20	89	0	71	34	0	6	59	1.22
21281281--21281399	59	2.0	60	98	1	231	35	6	11	46	1.67
21284563--21284587	13	1.9	13	100	0	50	72	8	12	8	1.29
21301881--21301912	2	16.0	2	100	0	64	50	0	50	0	1.00
21307487--21307561	26	2.9	27	82	6	91	45	9	21	24	1.81
21307477--21307561	26	3.2	25	78	6	80	45	8	20	25	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21312052--21312103	27	1.9	27	84	0	68	44	5	21	28	1.75
21314677--21314716	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
21315609--21315638	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
21316085--21316141	27	2.1	28	86	3	80	45	8	5	40	1.58
21318476--21318516	3	13.7	3	100	0	82	65	0	0	34	0.93
21326625--21326739	9	12.2	9	69	19	58	58	1	4	35	1.28
21326635--21326682	21	2.3	20	82	10	60	58	0	2	39	1.10
21326933--21326966	17	1.9	17	94	5	59	47	0	0	52	1.00
21334684--21334719	18	2.0	18	94	0	63	25	52	0	22	1.47
21345364--21345492	43	3.0	42	83	8	161	20	18	29	31	1.97
21352500--21352534	5	7.0	5	86	0	52	45	0	0	54	0.99
21352482--21352541	20	3.2	18	77	13	59	43	1	3	51	1.28
21352500--21352535	10	3.6	10	92	0	63	47	0	0	52	1.00
21353438--21353563	43	2.9	42	78	12	130	19	17	30	32	1.95
21353615--21353747	43	3.1	43	93	4	216	21	18	33	27	1.96
21358004--21358250	50	4.8	50	80	9	268	23	28	21	27	1.99
21358004--21358242	100	2.3	104	84	6	301	23	28	20	27	1.99
21371208--21371251	22	2.0	22	95	0	79	43	13	15	27	1.85
21372360--21372404	14	3.3	14	81	3	56	53	4	0	42	1.21
21372520--21372568	25	2.0	25	100	0	98	46	16	12	24	1.81
21381850--21381910	26	2.3	26	88	0	86	36	29	11	22	1.90
21385984--21386022	17	2.2	18	86	4	53	38	2	2	56	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21386066--21386201	68	2.0	68	97	0	254	33	10	5	51	1.58
21386153--21386253	50	2.0	52	90	3	161	32	11	4	50	1.60
21392739--21392781	19	2.3	19	79	0	50	48	18	11	20	1.79
21393292--21393361	31	2.3	31	84	0	95	47	14	5	32	1.68
21393611--21393648	13	2.8	14	84	8	51	2	15	0	81	0.80
21394137--21394162	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
21402101--21402139	18	2.2	18	90	0	60	51	0	0	48	1.00
21408106--21408160	26	2.1	26	83	6	67	16	16	25	41	1.88
21408126--21408180	26	2.1	26	86	6	76	18	20	20	41	1.90
21408162--21408261	25	4.1	25	66	14	64	19	28	19	34	1.95
21412607--21412683	23	3.4	22	78	12	75	62	9	1	27	1.33
21416844--21416887	20	2.2	20	84	8	54	40	6	4	47	1.50
21418829--21418941	58	1.9	58	89	0	172	37	11	29	22	1.89
21418837--21418954	58	2.0	58	83	3	148	38	11	28	22	1.88
21418995--21419099	33	3.2	33	83	0	111	44	14	21	19	1.86
21419108--21419183	28	2.7	28	87	0	98	38	13	27	21	1.90
21437811--21437854	6	7.2	6	81	2	52	0	56	0	43	0.99
21437811--21437854	18	2.4	18	92	3	70	0	56	0	43	0.99
21437914--21437963	25	2.0	25	92	0	82	4	32	4	60	1.34
21438151--21438175	11	2.3	11	100	0	50	24	0	16	60	1.36
21439947--21440058	55	2.0	56	96	1	208	28	13	21	36	1.91
21441134--21441172	20	2.0	20	94	0	69	48	0	2	48	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21441259--21441325	34	1.9	35	93	3	118	46	11	8	32	1.72
21456403--21456554	41	3.7	41	81	10	159	34	15	29	20	1.93
21456428--21456493	20	3.2	20	69	12	62	36	15	33	15	1.88
21456424--21456555	41	3.2	42	89	2	180	34	13	30	21	1.92
21468954--21469027	20	3.7	20	79	0	85	36	20	33	9	1.85
21468952--21469080	40	3.2	40	80	5	109	34	19	31	15	1.93
21469006--21469094	40	2.2	40	91	0	142	34	17	26	20	1.95
21483367--21483553	49	3.8	50	78	4	195	26	31	14	27	1.95
21483318--21483537	98	2.2	98	85	6	286	28	31	14	25	1.95
21489155--21489413	134	1.9	134	93	0	446	28	13	20	36	1.91
21490354--21490550	98	2.0	98	92	2	324	37	23	10	29	1.88
21492779--21493377	44	13.7	45	77	9	340	27	23	20	28	1.99
21492802--21493198	218	1.8	217	90	1	643	28	22	20	27	1.99
21521535--21521582	20	2.5	20	79	3	62	50	14	0	35	1.44
21521545--21521941	138	2.8	139	82	10	491	42	10	4	43	1.59
21521666--21521988	144	2.2	147	88	4	476	43	9	3	43	1.53
21522300--21522327	13	2.2	13	100	0	56	71	0	0	28	0.86
21523982--21524012	6	5.3	6	96	3	55	32	12	0	54	1.38
21524495--21524545	16	3.1	16	75	5	57	13	35	11	39	1.82
21526247--21526296	25	2.0	25	92	0	82	36	12	12	40	1.79
21526682--21526924	41	5.9	39	79	8	236	20	21	26	31	1.98
21526681--21526927	82	3.0	81	85	3	325	21	21	25	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21526682--21526925	123	2.0	122	82	7	298	20	22	26	31	1.98
21526683--21526951	41	6.6	39	78	9	227	21	21	25	31	1.98
21527389--21527422	16	2.1	16	94	0	59	20	0	26	52	1.46
21527357--21527444	7	12.1	7	70	15	54	20	0	34	45	1.51
21527494--21527542	7	7.0	7	80	0	53	20	0	36	42	1.52
21527489--21527619	14	9.2	14	73	9	95	22	1	29	46	1.61
21527557--21527600	22	2.0	22	90	0	70	20	0	34	45	1.51
21527560--21527615	29	2.0	28	82	3	67	21	0	30	48	1.51
21535371--21535425	24	2.3	24	90	0	83	36	21	5	36	1.77
21543268--21543392	41	3.0	41	81	2	117	36	24	19	20	1.95
21551254--21551331	41	1.9	41	86	0	111	34	26	20	17	1.95
21551275--21551374	41	2.4	41	83	0	110	36	25	21	18	1.95
21558973--21559017	23	2.0	22	82	4	54	40	4	17	37	1.70
21566479--21566534	24	2.3	24	100	0	112	32	12	26	28	1.93
21566862--21567656	44	17.9	44	67	12	334	32	20	22	24	1.97
21566852--21567668	178	4.6	178	98	0	1553	32	20	22	24	1.97
21567669--21567872	44	4.7	44	70	12	150	28	21	25	25	1.99
21567669--21567943	131	2.1	131	87	2	390	28	21	24	25	1.99
21568386--21568428	19	2.4	19	84	7	54	41	4	18	34	1.71
21568399--21568443	23	2.0	22	82	4	54	40	2	17	40	1.62
21577622--21577670	19	2.4	19	83	10	62	55	0	10	34	1.34
21577622--21577667	22	2.2	22	85	11	62	56	0	10	32	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21584980--21585032	3	17.7	3	100	0	106	67	0	32	0	0.91
21590502--21590530	13	2.2	13	100	0	58	20	13	20	44	1.85
21594994--21595055	17	3.6	17	72	8	54	16	27	30	25	1.96
21597700--21597730	11	2.7	12	95	5	55	51	16	19	12	1.76
21597700--21597730	6	5.3	6	92	7	55	51	16	19	12	1.76
21598972--21599102	33	3.6	34	72	19	113	30	26	21	21	1.98
21611304--21611400	20	4.8	20	75	5	97	9	29	23	37	1.86
21611891--21611921	13	2.4	13	94	0	53	41	3	19	35	1.67
21613397--21613529	57	2.3	57	86	0	167	45	15	10	27	1.79
21618015--21618041	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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