genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr4
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  30015117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2502754--2502793	19	2.1	19	90	9	64	80	2	7	10	1.00
2511320--2511633	105	3.0	105	82	1	344	34	12	22	31	1.91
2525220--2525253	14	2.5	14	90	4	52	50	32	0	17	1.47
2525346--2525629	141	2.0	142	94	1	498	50	8	16	25	1.73
2525849--2525892	23	2.0	22	81	4	52	27	9	11	52	1.67
2529833--2529890	5	11.4	5	81	17	66	39	0	0	60	0.97
2529828--2529890	15	3.7	17	80	16	76	38	0	1	60	1.07
2529833--2529891	31	2.0	29	87	12	84	40	0	0	59	0.97
2538051--2538106	24	2.3	24	74	17	62	41	21	19	17	1.91
2539732--2539802	31	2.4	29	83	4	88	36	2	7	53	1.43
2539999--2540023	12	2.1	12	100	0	50	32	16	20	32	1.94
2555338--2555379	21	2.0	21	90	0	66	14	57	7	21	1.61
2557071--2557138	20	3.3	20	71	18	59	36	1	2	58	1.22
2563059--2563087	13	2.1	14	93	6	51	34	0	0	65	0.93
2563433--2563492	25	2.4	25	97	0	111	15	20	23	41	1.89
2563505--2563560	22	2.6	21	83	8	67	17	21	19	41	1.91
2568201--2568332	67	2.0	67	98	0	255	28	33	18	20	1.96
2569406--2569497	46	2.0	46	100	0	184	34	8	8	47	1.65
2570772--2570820	17	2.8	17	81	15	55	24	4	8	63	1.40
2580108--2580133	7	3.7	7	100	0	52	30	15	26	26	1.96
2580108--2580141	14	2.4	14	90	0	50	29	20	23	26	1.99
2580171--2580218	25	1.9	25	82	0	60	54	2	12	31	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2581843--2582079	124	1.9	124	89	3	370	32	8	17	41	1.79
2593734--2593798	22	3.0	22	84	4	78	18	26	18	36	1.94
2598803--2598854	11	4.6	11	90	2	77	23	32	1	42	1.65
2598803--2598857	22	2.4	23	90	6	94	23	30	1	43	1.64
2598803--2598878	34	2.3	34	79	9	84	27	28	1	42	1.64
2598838--2598937	51	2.0	51	84	4	130	28	25	1	46	1.60
2599472--2599529	30	1.9	30	100	0	116	36	17	22	24	1.95
2603327--2603769	125	3.5	126	89	1	658	28	22	17	30	1.97
2603894--2603941	15	3.1	15	75	3	51	56	25	0	18	1.42
2612879--2613050	93	1.8	93	88	0	263	40	14	17	27	1.88
2619678--2619707	11	2.6	12	94	5	53	46	3	0	50	1.18
2619699--2619728	15	1.9	16	93	6	53	50	0	0	50	1.00
2634225--2634302	20	4.0	21	76	15	69	62	0	3	33	1.13
2634229--2634305	30	2.6	30	85	6	95	63	0	2	33	1.08
2634189--2634302	9	11.8	9	74	13	68	62	0	3	34	1.12
2634948--2635014	32	2.0	33	91	5	109	32	20	1	44	1.61
2636352--2636400	24	2.0	24	88	0	71	38	14	26	20	1.91
2639030--2639205	87	2.0	87	89	0	271	33	22	21	22	1.97
2647010--2647068	31	1.9	31	89	6	93	35	8	10	45	1.68
2647010--2647080	31	2.3	31	85	4	90	35	8	11	45	1.70
2652036--2652078	18	2.4	18	85	11	61	23	2	4	69	1.18
2652199--2652247	23	2.1	24	84	3	64	28	8	12	51	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2660574--2660637	22	2.9	21	73	13	56	56	1	3	39	1.25
2660971--2661027	24	2.3	25	85	8	73	73	3	8	14	1.20
2660992--2661036	24	1.9	23	86	4	63	75	2	4	17	1.07
2661239--2661308	16	4.4	16	96	0	104	31	0	35	32	1.58
2661287--2661381	45	2.1	44	90	5	147	32	6	27	33	1.82
2661541--2661575	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
2663410--2663436	11	2.5	11	100	0	54	51	18	7	22	1.70
2663780--2663810	14	2.2	14	100	0	62	45	29	6	19	1.75
2669231--2669332	51	2.0	51	96	0	186	41	11	25	21	1.87
2671591--2671992	149	2.7	147	81	6	436	29	17	16	35	1.93
2680226--2680351	44	2.9	43	79	9	139	28	7	13	50	1.70
2680226--2680351	42	2.9	42	80	9	128	28	7	13	50	1.70
2682639--2682774	44	3.1	43	80	8	150	29	7	13	49	1.70
2684591--2684630	14	2.9	14	88	0	53	37	7	15	40	1.75
2684644--2684729	33	2.7	32	76	7	93	26	8	17	47	1.75
2699250--2699284	18	2.0	17	94	5	61	48	0	51	0	1.00
2699433--2699460	14	2.0	14	100	0	56	42	14	14	28	1.84
2701964--2701989	3	8.7	3	100	0	52	0	30	0	69	0.89
2703752--2703795	22	2.1	20	83	8	52	52	2	0	45	1.13
2706777--2706822	24	1.9	24	86	0	65	52	2	0	45	1.13
2710002--2710052	17	3.2	16	86	5	68	82	0	15	1	0.76
2710371--2710681	107	2.9	106	87	3	441	25	18	10	46	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2711379--2711409	8	3.9	8	95	0	53	51	6	0	41	1.27
2717694--2717751	16	4.1	14	68	27	50	46	1	1	50	1.22
2717689--2717761	22	3.4	21	74	20	71	49	1	2	46	1.24
2718727--2718834	37	2.7	40	80	9	114	25	14	24	36	1.93
2720156--2720216	31	2.0	31	93	0	104	37	9	24	27	1.87
2723334--2723380	25	1.9	25	86	4	69	14	27	21	36	1.93
2729448--2729932	242	2.0	242	96	1	891	34	21	14	30	1.92
2735919--2736004	21	4.6	18	69	22	61	40	2	4	52	1.35
2735949--2736004	17	3.2	17	76	14	69	41	1	5	51	1.35
2735929--2736011	35	2.3	36	91	4	132	42	2	6	49	1.40
2736921--2736970	23	2.2	23	85	7	66	54	0	2	44	1.11
2736955--2737011	21	2.8	21	73	23	59	50	8	5	35	1.56
2738468--2738495	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
2767787--2767815	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2776164--2776233	23	2.9	23	85	8	77	30	1	1	67	1.08
2779242--2779271	3	10.0	3	100	0	60	33	33	0	33	1.58
2780954--2781771	409	2.0	409	100	0	1636	37	20	14	27	1.92
2789184--2789359	40	4.4	40	84	3	178	36	19	22	21	1.95
2789185--2789335	80	1.9	79	84	4	205	34	18	23	23	1.96
2789399--2789671	41	6.7	41	89	3	397	18	21	28	31	1.97
2790031--2790098	15	4.7	15	78	8	61	20	1	30	47	1.59
2790189--2790274	35	2.4	36	75	5	95	17	0	44	38	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2790224--2790275	21	2.5	21	83	0	68	15	0	42	42	1.47
2790172--2790285	7	16.3	7	67	16	58	15	0	42	40	1.53
2790175--2790285	35	3.2	32	71	12	78	15	0	44	39	1.53
2794201--2794411	43	4.9	43	83	3	239	27	17	28	27	1.97
2794252--2794429	86	2.1	86	82	5	209	27	17	26	27	1.98
2807040--2807073	13	2.6	13	95	0	59	11	2	44	41	1.56
2810742--2810794	19	2.7	19	77	11	63	35	11	9	43	1.73
2820234--2820267	15	2.2	16	89	5	52	32	0	2	64	1.08
2820201--2820417	108	2.0	109	99	0	427	35	3	11	49	1.58
2820342--2820375	15	2.2	16	89	5	52	32	0	2	64	1.08
2823172--2823196	6	4.2	6	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2827310--2827409	50	2.0	50	90	0	155	28	19	12	41	1.86
2828286--2828341	17	3.2	18	78	12	55	69	0	1	28	0.98
2828959--2828997	19	2.1	19	85	9	53	38	0	2	58	1.12
2828965--2829039	16	4.5	15	73	18	53	40	0	2	57	1.13
2833569--2833608	21	1.9	21	94	0	71	42	22	5	30	1.75
2837374--2837412	19	2.0	19	85	5	51	56	0	0	43	0.99
2856722--2856783	31	2.1	29	90	6	97	38	4	9	46	1.58
2856727--2856791	29	2.2	31	83	5	80	38	7	12	41	1.71
2859672--2859719	16	3.2	16	77	22	59	43	0	2	54	1.12
2859668--2859712	12	3.4	12	78	21	54	46	0	2	51	1.13
2862681--2862777	30	3.2	30	81	7	99	31	15	4	48	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2863322--2863394	11	6.6	11	79	14	53	79	0	20	0	0.73
2863337--2863398	22	2.9	21	83	9	81	85	0	14	0	0.60
2863347--2863417	8	9.0	8	80	10	58	83	0	11	5	0.81
2863334--2863398	18	3.6	18	85	8	87	84	0	15	0	0.62
2863741--2863783	15	2.8	16	76	16	54	79	0	20	0	0.74
2864236--2864286	18	2.8	18	76	8	59	31	13	11	43	1.80
2864413--2864545	17	7.6	18	69	18	68	27	15	8	48	1.73
2864420--2864498	35	2.2	37	78	14	96	21	15	10	53	1.71
2864463--2864545	17	4.8	17	75	5	69	31	14	8	45	1.74
2870775--2872146	78	17.8	76	86	4	1601	27	16	20	34	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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