genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.63.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr4
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  30015117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21980067--21980124	9	6.4	9	87	0	89	25	10	22	41	1.85
21980067--21980124	18	3.2	18	95	0	98	25	10	22	41	1.85
21985895--21985924	15	2.0	15	93	0	51	26	6	10	56	1.57
21988776--21988989	101	2.1	101	83	3	270	32	14	21	31	1.94
21992558--21992785	101	2.3	101	85	0	294	32	16	23	27	1.96
21992694--21992776	33	2.5	33	80	3	96	32	16	26	24	1.96
21994142--21994211	27	2.6	27	77	8	72	21	18	21	38	1.93
22010266--22010313	10	4.6	10	80	10	51	35	0	2	62	1.07
22018565--22018661	46	2.1	46	96	0	176	19	13	28	38	1.90
22019522--22019546	9	2.8	9	100	0	50	68	0	24	8	1.16
22020307--22020368	26	2.4	26	91	0	97	35	12	14	37	1.85
22038022--22038095	27	2.7	27	81	10	80	21	20	8	50	1.74
22045105--22045316	101	2.1	101	91	1	336	30	15	24	29	1.96
22045106--22045331	33	6.7	33	70	10	109	29	16	26	28	1.97
22045207--22045361	68	2.3	66	81	4	159	29	16	27	26	1.97
22045136--22045357	101	2.2	100	84	4	277	28	16	26	27	1.97
22045272--22045351	33	2.4	32	80	10	90	30	18	28	22	1.98
22052942--22053190	50	4.9	50	76	8	193	28	21	27	23	1.99
22056672--22056774	40	2.6	40	73	0	98	36	17	33	12	1.88
22056672--22056776	20	5.2	20	73	4	77	37	18	32	12	1.88
22059507--22059540	16	2.2	15	89	5	50	44	0	8	47	1.34
22071533--22071580	24	2.0	24	92	4	80	62	10	18	8	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22072033--22072089	28	2.0	28	100	0	114	26	21	14	38	1.91
22072881--22073053	50	3.5	50	76	3	145	28	23	26	21	1.99
22075154--22075203	24	2.1	24	100	0	100	44	4	16	36	1.66
22079191--22079222	13	2.5	13	94	0	55	43	6	21	28	1.77
22091394--22091423	14	2.1	14	93	0	51	40	0	43	16	1.48
22094059--22094135	29	2.7	29	91	0	118	36	9	27	27	1.87
22094123--22094197	29	2.6	29	86	2	96	37	9	30	22	1.86
22097710--22097903	51	3.8	51	79	3	205	23	14	28	32	1.95
22097712--22097896	101	1.8	102	89	3	293	23	14	28	33	1.94
22097900--22097990	45	2.0	45	91	0	146	26	18	24	30	1.98
22099949--22099973	13	1.9	13	100	0	50	16	0	16	68	1.22
22103024--22103075	20	2.8	18	78	21	63	51	1	1	44	1.23
22105197--22106233	383	2.7	386	82	5	1212	37	19	13	29	1.90
22109655--22109696	21	2.0	21	90	0	66	16	21	26	35	1.94
22111274--22111308	18	1.9	18	88	0	52	62	11	5	20	1.48
22111936--22111981	23	2.0	23	95	0	83	32	17	15	34	1.91
22114560--22114606	24	1.9	25	82	4	60	27	25	4	42	1.73
22117814--22117847	16	2.2	16	89	5	52	76	0	0	23	0.79
22125978--22126154	45	4.0	45	86	2	225	23	15	26	34	1.95
22131211--22131392	45	4.1	45	81	5	201	20	15	28	35	1.94
22131222--22131392	90	1.9	88	86	2	243	21	15	27	36	1.93
22138541--22138730	95	2.0	94	98	1	371	33	16	15	33	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22140285--22140320	11	3.4	11	96	3	65	50	8	0	41	1.33
22143984--22144059	37	2.1	37	100	0	152	28	13	23	34	1.92
22147228--22147266	20	2.0	20	90	10	62	15	23	5	56	1.59
22147521--22147703	50	3.5	50	77	7	152	24	27	19	28	1.99
22155021--22155209	50	3.6	50	79	9	148	24	26	21	28	1.99
22168458--22168597	43	3.3	43	87	0	199	27	28	19	25	1.98
22168458--22168648	86	2.2	85	82	6	226	30	25	18	25	1.98
22170110--22170170	28	2.2	28	85	5	79	32	24	9	32	1.88
22174105--22174160	15	3.9	15	68	13	55	35	41	1	21	1.64
22174081--22174152	27	2.7	27	91	4	112	34	44	2	18	1.64
22174138--22174217	42	1.9	42	84	5	108	31	41	0	27	1.56
22185573--22186017	44	10.3	44	68	12	287	31	21	20	26	1.98
22185478--22186153	129	5.4	129	87	5	988	31	21	20	26	1.98
22185491--22186017	85	6.1	84	73	10	352	31	21	20	26	1.98
22185904--22186131	114	2.0	114	93	0	393	31	22	18	27	1.97
22187608--22187659	14	3.6	14	76	16	52	13	7	0	78	0.94
22187609--22187643	17	2.1	16	89	5	52	11	5	0	82	0.82
22188158--22188778	106	5.9	106	89	0	902	30	17	19	32	1.95
22188158--22188777	318	1.9	318	91	1	1019	30	17	19	32	1.95
22201749--22201834	45	1.9	45	92	0	145	31	11	20	36	1.89
22206121--22206328	30	7.0	30	75	9	185	23	26	13	36	1.92
22206359--22206460	30	3.4	30	83	5	134	28	23	9	38	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22214991--22215069	30	2.6	31	86	4	101	29	21	11	37	1.88
22224860--22225007	75	2.0	74	83	10	185	45	7	12	33	1.70
22224987--22225433	138	3.2	137	86	3	594	40	10	4	44	1.59
22225445--22225480	18	2.1	17	94	5	63	38	0	5	55	1.23
22225703--22225780	39	2.0	39	100	0	156	30	15	17	35	1.91
22227448--22227498	23	2.2	23	89	6	77	41	19	9	29	1.84
22240916--22241227	43	7.3	43	90	1	464	25	28	19	26	1.98
22240916--22241227	129	2.4	129	92	0	534	25	28	19	26	1.98
22241497--22241580	42	2.0	43	81	6	100	45	9	8	36	1.67
22244638--22244713	7	10.4	7	74	13	55	38	42	1	18	1.59
22244641--22244761	21	5.5	22	75	11	88	38	39	1	19	1.62
22244662--22244692	16	1.9	16	93	0	53	32	48	0	19	1.49
22244641--22244713	37	1.9	38	83	8	96	35	43	1	19	1.59
22244981--22245636	113	5.9	113	82	4	732	28	26	19	25	1.99
22245434--22245842	208	2.0	205	86	4	581	28	26	18	25	1.98
22245642--22245933	111	2.6	110	84	3	370	25	23	21	28	1.99
22245326--22245930	319	1.9	315	85	2	816	27	26	20	26	1.99
22247501--22247646	41	3.6	41	86	3	197	23	19	23	33	1.97
22254771--22254820	25	2.0	25	92	3	84	44	0	18	38	1.50
22254769--22254822	24	2.3	23	87	9	81	42	0	16	40	1.48
22256248--22256287	21	1.9	21	85	10	55	47	10	0	42	1.37
22258440--22258618	50	3.6	50	83	3	211	22	26	24	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22262531--22262556	11	2.4	11	100	0	52	30	7	0	61	1.24
22264400--22264455	7	7.7	7	88	7	85	46	37	0	16	1.47
22264400--22264455	15	3.8	15	92	4	96	46	37	0	16	1.47
22264400--22264455	22	2.5	23	88	8	89	46	37	0	16	1.47
22268530--22268568	19	2.1	19	85	9	53	28	15	0	56	1.40
22273419--22273476	27	2.2	26	84	9	73	72	5	3	18	1.18
22281681--22281720	20	2.0	20	85	9	55	15	17	0	67	1.23
22281691--22281721	7	4.6	7	96	4	55	12	12	0	74	1.08
22282553--22282624	29	2.4	29	82	13	85	12	9	6	70	1.32
22282604--22282648	21	2.1	21	83	0	54	6	4	6	82	0.95
22298449--22298504	22	2.7	21	75	8	60	25	28	33	12	1.92
22300200--22300241	22	1.9	22	90	0	66	26	9	30	33	1.88
22301553--22301693	73	1.9	72	91	1	228	29	19	24	26	1.99
22301605--22302129	114	4.6	114	87	1	757	26	20	25	26	1.99
22302138--22302221	41	2.0	41	93	0	141	21	15	33	29	1.94
22302487--22302524	14	2.7	14	91	0	58	31	0	28	39	1.57
22302472--22302536	7	9.3	7	75	5	51	24	0	38	36	1.56
22306022--22306054	17	1.9	17	100	0	66	24	9	18	48	1.76
22306359--22306410	20	2.7	18	80	14	52	55	3	1	38	1.29
22306454--22306734	43	6.6	43	82	4	264	26	19	27	26	1.99
22306487--22306740	85	3.0	84	82	2	310	27	20	27	25	1.99
22306466--22306740	86	3.2	83	81	6	307	26	19	26	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22306826--22306868	21	2.0	22	90	4	70	44	25	20	9	1.81
22313443--22313469	14	1.9	14	100	0	54	7	14	7	70	1.32
22320381--22320448	33	2.1	33	94	0	118	51	19	10	19	1.74
22321495--22321541	23	2.0	23	87	0	67	17	38	0	44	1.48
22332851--22333193	51	6.8	50	78	5	269	31	25	14	28	1.95
22332954--22333088	26	5.3	26	61	19	68	30	27	13	28	1.94
22332849--22333176	102	3.2	102	85	1	372	30	25	14	29	1.95
22341643--22341780	50	2.6	52	79	11	147	25	18	31	25	1.97
22341685--22341804	50	2.4	50	81	5	152	28	20	29	22	1.98
22345213--22345251	18	2.2	18	90	0	60	58	7	12	20	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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