genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr4
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  30015117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24272858--24272898	20	2.0	20	100	0	82	48	9	0	41	1.36
24277620--24277650	11	2.7	11	95	5	53	3	35	6	54	1.42
24277754--24277787	17	2.0	17	88	0	50	0	38	5	55	1.24
24283607--24283640	16	2.1	16	88	0	50	47	14	2	35	1.60
24283829--24283881	23	2.4	22	87	3	70	28	18	11	41	1.85
24283995--24284049	18	2.9	19	84	12	69	25	5	0	69	1.10
24284800--24284840	18	2.3	18	87	8	57	26	0	2	70	0.99
24284794--24284881	21	4.3	20	72	13	72	29	2	2	65	1.16
24284865--24284995	61	2.2	60	82	8	142	37	4	13	44	1.65
24288409--24288437	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
24289972--24290031	18	3.4	16	78	17	57	68	3	0	28	1.05
24291303--24291341	20	1.9	21	89	5	62	41	0	2	56	1.13
24292315--24292340	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
24296089--24296146	30	1.9	31	82	10	75	37	15	5	41	1.70
24296097--24296249	59	2.6	58	77	6	155	32	16	5	45	1.72
24296143--24296224	30	2.8	29	92	3	137	30	17	7	45	1.75
24296143--24296224	29	2.8	29	94	3	139	30	17	7	45	1.75
24296143--24296264	59	2.1	59	81	6	140	28	17	8	45	1.77
24296597--24296662	13	4.8	14	78	17	68	80	0	18	1	0.79
24296603--24296663	7	8.7	7	81	12	72	81	0	16	1	0.76
24296603--24296663	20	3.1	19	79	15	63	81	0	16	1	0.76
24296600--24296662	6	10.3	6	74	19	51	80	0	17	1	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24296597--24296663	15	4.6	15	76	10	68	80	0	17	1	0.79
24296791--24296867	24	3.1	25	80	10	88	29	40	24	5	1.77
24296789--24296831	8	5.2	8	80	2	50	32	44	20	2	1.65
24296938--24296987	11	4.5	11	82	7	57	84	0	16	0	0.63
24296946--24296987	7	6.3	7	79	20	54	85	0	14	0	0.59
24296937--24296988	10	5.8	9	76	17	54	84	0	15	0	0.62
24296937--24296985	13	3.6	14	81	10	57	83	0	16	0	0.64
24296946--24296987	16	2.5	17	85	14	61	85	0	14	0	0.59
24296938--24296988	19	2.8	18	80	14	59	84	0	15	0	0.63
24297253--24297312	17	3.5	17	80	8	68	33	10	11	45	1.74
24297252--24297316	18	3.7	18	85	2	87	32	10	12	44	1.76
24297365--24297451	18	4.7	18	77	8	77	36	11	9	42	1.73
24297390--24297480	38	2.5	37	82	7	96	34	12	9	43	1.75
24297456--24297541	34	2.6	34	81	7	97	26	13	11	47	1.78
24298703--24298795	40	2.3	40	89	7	136	60	1	4	34	1.24
24307777--24308396	288	2.2	288	93	0	1051	38	15	17	28	1.90
24315274--24315299	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
24317769--24317998	126	1.8	127	96	3	428	32	24	10	32	1.90
24320110--24320144	17	2.0	18	88	5	54	40	0	5	54	1.24
24322161--24322204	21	2.0	22	95	4	81	34	18	13	34	1.90
24339824--24339916	30	3.1	29	74	10	87	39	17	7	35	1.78
24341297--24341368	36	2.0	36	100	0	144	36	19	11	33	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24342365--24342431	11	6.4	11	84	11	88	58	0	1	40	1.07
24342356--24342480	40	3.1	40	87	4	180	63	0	2	34	1.08
24342366--24342432	10	6.5	10	83	10	73	56	0	1	41	1.08
24352671--24352715	20	2.3	19	82	14	56	40	8	2	48	1.47
24355089--24355273	92	2.0	92	98	0	361	52	7	9	30	1.61
24355844--24355887	23	1.9	23	90	0	70	72	0	15	11	1.11
24367335--24367360	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
24369315--24369339	13	1.9	13	100	0	50	48	0	8	44	1.32
24377000--24377025	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
24377030--24378975	967	2.0	967	99	0	3874	38	8	8	44	1.66
24379947--24379971	13	1.9	13	100	0	50	48	0	8	44	1.32
24384621--24384669	16	3.1	16	87	0	71	38	2	34	24	1.67
24395161--24395191	6	5.2	6	100	0	62	16	35	32	16	1.91
24395581--24395627	23	2.0	24	95	4	87	36	12	8	42	1.74
24398214--24398273	28	2.2	28	78	3	68	31	5	16	46	1.69
24398400--24398453	19	2.8	19	77	2	54	66	5	1	25	1.23
24401639--24401666	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
24402272--24402569	158	1.9	162	86	4	433	39	6	17	36	1.76
24406170--24406230	25	2.4	26	78	8	72	60	4	1	32	1.28
24406631--24406671	22	1.9	21	85	5	55	19	7	14	58	1.59
24408072--24408101	11	2.6	11	94	5	51	70	0	0	30	0.88
24409990--24410026	20	1.9	19	89	10	58	32	27	0	40	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24412092--24412123	15	2.1	15	94	0	55	12	15	21	50	1.77
24416682--24416741	27	2.3	26	86	13	79	65	1	1	31	1.13
24416701--24416735	18	1.9	18	94	0	61	62	2	2	31	1.24
24423061--24423098	3	12.7	3	89	10	60	68	0	0	31	0.90
24423698--24423722	7	3.6	7	100	0	50	32	0	0	68	0.90
24432504--24432528	11	2.3	11	100	0	50	56	0	0	44	0.99
24433848--24433892	24	1.9	24	86	4	65	35	4	2	57	1.31
24439990--24440022	18	1.9	17	88	11	50	48	18	12	21	1.80
24440536--24440560	5	5.0	5	100	0	50	60	0	40	0	0.97
24440631--24440679	3	16.7	3	95	4	91	30	0	0	69	0.89
24451166--24451366	109	1.9	108	90	5	325	34	21	14	29	1.93
24451474--24451509	18	2.1	17	89	5	54	72	8	5	13	1.27
24451829--24451876	22	2.2	22	88	0	69	58	2	4	35	1.29
24451886--24451927	3	14.0	3	89	0	66	64	2	2	30	1.19
24452012--24452063	3	17.3	3	95	0	95	67	1	0	30	1.02
24453677--24453965	44	6.6	42	66	17	140	27	22	21	28	1.99
24453736--24453924	92	2.1	92	97	0	360	29	20	22	27	1.99
24453805--24454055	129	1.9	133	86	7	368	28	21	20	29	1.98
24453864--24454630	44	17.4	44	68	10	262	28	22	19	30	1.98
24453968--24454153	98	1.9	98	96	0	345	29	20	16	33	1.95
24453635--24454679	227	4.7	220	85	5	1059	27	22	19	30	1.98
24454066--24454328	129	2.0	128	90	2	411	27	21	19	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24454125--24454630	44	11.6	43	72	9	267	27	22	19	29	1.98
24454169--24454679	217	2.3	218	93	1	864	28	22	19	28	1.98
24456482--24456535	5	10.8	5	84	7	65	0	1	12	85	0.69
24456482--24456537	20	2.7	21	91	5	87	0	1	12	85	0.67
24456482--24456538	25	2.3	25	90	6	89	0	1	12	85	0.66
24461688--24461724	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
24463729--24463767	15	2.5	16	83	4	53	28	0	35	35	1.58
24464050--24464089	20	2.0	20	95	0	71	35	22	20	22	1.96
24464516--24464634	46	2.6	46	95	0	211	36	8	6	47	1.60
24464765--24464829	23	2.8	23	81	4	78	26	9	21	43	1.82
24465020--24465050	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
24465103--24465148	9	5.1	9	94	0	83	45	13	10	30	1.77
24467011--24467040	9	3.3	9	90	0	51	40	10	13	36	1.78
24473421--24473469	22	2.3	22	85	3	64	28	24	18	28	1.98
24481117--24481168	27	1.9	27	92	0	86	15	32	21	30	1.94
24481119--24481177	27	2.2	27	84	0	73	15	28	25	30	1.96
24481215--24481280	28	2.4	28	92	0	105	48	0	9	42	1.35
24482244--24482281	19	2.0	19	89	0	58	7	7	13	71	1.31
24482249--24482314	19	3.4	19	74	15	55	9	10	15	65	1.47
24482940--24482994	21	2.5	22	79	5	67	63	0	0	36	0.95
24483495--24483637	72	2.0	72	93	1	243	30	10	13	46	1.76
24484213--24484262	21	2.6	18	80	17	57	42	2	0	56	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24485666--24485723	30	1.9	30	89	0	89	24	20	20	34	1.97
24490655--24490686	16	1.9	17	93	6	57	43	0	12	43	1.42
24496608--24496642	15	2.3	15	90	9	54	40	2	2	54	1.30
24496608--24496642	7	4.7	7	89	10	52	40	2	2	54	1.30
24497387--24497427	21	2.0	21	85	0	55	65	0	2	31	1.05
24499840--24499871	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
24500051--24500080	6	5.0	6	95	0	51	3	0	63	33	1.11
24511049--24511248	106	1.9	105	86	6	291	36	15	16	32	1.90
24511181--24511320	72	1.9	73	92	1	237	42	12	11	34	1.78
24511254--24511670	108	3.9	105	88	5	599	40	13	16	30	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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