genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.24.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr4
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  30015117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7914420--7914479	31	1.9	31	100	0	120	76	8	3	11	1.12
7916923--7916962	3	13.3	3	100	0	80	35	0	0	65	0.93
7922050--7922136	33	2.6	33	83	7	122	18	34	4	42	1.71
7926984--7927018	15	2.3	15	100	0	70	57	5	11	25	1.56
7929343--7929529	51	3.7	50	78	7	182	30	16	22	29	1.96
7933505--7933544	21	1.9	21	89	0	62	37	2	0	60	1.11
7933504--7933562	22	2.8	21	80	14	59	40	1	3	54	1.27
7937029--7937159	50	2.6	51	86	3	176	28	16	24	31	1.96
7937455--7938144	345	2.0	345	100	0	1380	39	10	16	33	1.83
7946996--7947026	15	2.1	15	93	0	53	41	19	9	29	1.83
7958656--7958964	57	5.5	57	82	6	317	26	15	22	35	1.94
7958664--7958964	28	10.6	28	80	6	304	25	16	22	35	1.94
7958881--7959000	57	2.1	57	84	3	152	30	14	16	38	1.88
7960292--7960415	50	2.5	50	82	0	140	26	22	28	22	1.99
7969824--7969854	16	1.9	16	93	0	53	61	22	0	16	1.34
7982275--7982314	20	2.1	20	90	9	66	35	10	0	55	1.34
7983415--7983446	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
8004983--8005014	16	2.1	15	94	5	55	43	25	6	25	1.77
8038257--8038310	17	3.2	17	89	0	72	18	27	35	18	1.94
8040700--8040741	20	2.0	21	90	4	68	54	4	0	40	1.21
8040700--8040748	20	2.4	20	86	10	64	53	4	0	42	1.20
8041453--8041496	15	2.9	15	80	9	54	61	2	0	36	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8042013--8042069	9	6.2	9	82	10	71	31	0	0	68	0.90
8042020--8042065	17	2.6	18	86	10	67	32	0	0	67	0.91
8044441--8044542	47	2.2	47	92	1	170	55	7	5	30	1.52
8044457--8044531	24	3.2	24	62	17	57	52	9	6	32	1.60
8061241--8061298	3	19.3	3	81	0	62	56	1	6	34	1.36
8061241--8061298	21	2.8	21	86	0	89	56	1	6	34	1.36
8062873--8063078	44	4.8	44	74	10	208	30	26	17	25	1.98
8062837--8063074	85	2.8	86	74	10	222	30	25	17	26	1.97
8062872--8063121	129	1.9	129	90	1	403	30	25	18	26	1.98
8062873--8063123	44	5.8	44	73	10	203	29	25	17	26	1.98
8063869--8063901	17	1.9	17	100	0	66	18	36	18	27	1.94
8064648--8064680	17	2.0	17	88	5	50	18	18	0	63	1.31
8079307--8079356	22	2.4	21	83	9	68	38	0	26	36	1.57
8081324--8081356	10	3.7	9	88	11	50	72	3	0	24	0.98
8085951--8086013	20	3.1	21	69	15	60	15	33	17	33	1.92
8085972--8086032	20	3.0	20	71	17	63	14	31	16	37	1.89
8085950--8086076	40	3.2	40	86	1	182	14	30	17	37	1.89
8086446--8086478	17	1.9	17	93	0	57	36	3	15	45	1.61
8089554--8089606	22	2.5	20	80	16	63	28	9	20	41	1.83
8089564--8089607	22	2.0	23	90	4	72	27	11	18	43	1.84
8100840--8100884	18	2.5	17	83	16	56	22	2	2	73	1.05
8101700--8101821	63	2.0	62	85	1	163	31	13	13	40	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8102781--8102814	11	2.9	12	86	8	52	70	0	8	20	1.13
8109650--8110517	434	2.0	436	93	1	1474	28	17	18	35	1.93
8118043--8118083	19	2.2	19	90	0	64	63	7	4	24	1.40
8119042--8119080	17	2.2	18	90	4	62	20	30	0	48	1.50
8120681--8120855	76	2.3	78	83	2	210	40	4	18	37	1.69
8121216--8121427	31	6.6	31	70	12	142	28	8	19	42	1.81
8121201--8121446	33	7.5	32	72	15	184	28	8	19	43	1.79
8121201--8121427	64	3.5	64	86	3	310	28	8	19	43	1.80
8121999--8122045	23	2.0	23	100	0	94	38	4	14	42	1.66
8128478--8128640	86	1.9	86	83	2	211	28	17	19	34	1.94
8129440--8129627	93	2.0	93	87	0	268	30	25	8	35	1.86
8144824--8144885	32	1.9	32	93	0	106	45	9	17	27	1.80
8152958--8152995	15	2.5	15	95	0	67	13	34	7	44	1.72
8153629--8153675	19	2.5	19	89	6	69	42	4	4	48	1.42
8155584--8155637	17	3.2	17	77	15	67	55	5	31	7	1.51
8156350--8156394	21	2.1	21	100	0	90	31	11	17	40	1.85
8158903--8158933	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
8162847--8162895	18	2.7	18	78	12	55	20	26	34	18	1.95
8163422--8163452	16	1.9	16	93	0	53	12	12	16	58	1.64
8168571--8168599	7	4.3	7	91	8	51	86	0	13	0	0.58
8168571--8168599	13	2.1	14	93	6	51	86	0	13	0	0.58
8171160--8172518	678	2.0	680	99	0	2704	32	11	11	44	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8172773--8172827	24	2.3	24	80	0	65	23	5	12	58	1.55
8172789--8172827	12	3.2	12	81	0	51	23	5	10	61	1.48
8177416--8177514	40	2.5	40	88	1	146	10	14	30	45	1.77
8179034--8179064	13	2.4	13	100	0	62	6	25	32	35	1.82
8184409--8184690	50	5.6	50	79	4	280	34	26	12	26	1.92
8184486--8184561	25	3.0	25	73	19	77	34	26	13	26	1.93
8184426--8184664	101	2.4	101	81	5	261	34	27	12	26	1.92
8184583--8184662	25	3.2	25	70	16	74	35	25	12	27	1.92
8191964--8191999	17	2.1	17	89	0	54	22	0	8	69	1.15
8192024--8192068	3	15.0	3	100	0	90	66	0	0	33	0.92
8195952--8196005	19	2.8	19	97	0	99	14	31	16	37	1.89
8199160--8199200	12	3.6	12	81	18	52	78	9	12	0	0.98
8200223--8200305	43	1.9	43	85	4	114	25	30	22	21	1.99
8200768--8200908	51	2.8	52	75	10	143	41	5	4	47	1.49
8203266--8203421	40	3.9	40	88	0	240	28	19	24	26	1.99
8203463--8203800	40	8.6	40	72	8	262	29	18	21	29	1.97
8203279--8203860	184	3.1	186	84	6	731	29	18	22	29	1.97
8204199--8204315	7	16.4	7	72	13	69	24	0	26	47	1.57
8204199--8204400	14	14.2	14	70	12	92	22	0	30	45	1.59
8204204--8204403	7	28.1	7	69	10	66	22	1	32	44	1.59
8210150--8210376	43	5.3	43	81	6	219	20	15	28	36	1.93
8221874--8221976	35	2.9	35	79	4	118	35	33	11	18	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8226855--8226888	17	2.0	17	100	0	68	47	17	11	23	1.81
8226873--8226982	21	5.4	21	69	20	99	53	18	5	22	1.64
8226880--8227005	38	3.1	41	76	17	163	50	21	6	22	1.71
8226936--8226968	17	1.9	17	100	0	66	48	18	9	24	1.76
8226856--8226982	38	3.2	38	77	16	159	52	18	6	22	1.67
8226856--8227007	80	1.9	80	100	0	304	50	20	6	23	1.71
8228336--8228367	13	2.3	15	89	10	50	56	0	0	43	0.99
8228586--8228643	29	2.0	29	96	0	107	22	17	24	36	1.95
8229247--8229436	7	26.7	7	68	15	59	46	29	2	22	1.63
8229245--8229342	28	3.5	28	74	13	76	45	31	1	21	1.58
8229763--8229935	41	4.2	41	85	4	242	30	27	20	21	1.98
8229763--8229935	82	2.1	82	90	4	269	30	27	20	21	1.98
8229937--8230025	41	2.2	40	82	7	101	31	28	20	20	1.97
8229950--8230155	41	5.0	41	80	4	220	33	27	17	22	1.96
8229751--8230107	186	1.9	186	85	5	499	31	27	19	21	1.97
8229804--8230080	145	1.9	146	87	5	409	32	26	19	21	1.97
8229970--8230155	82	2.3	82	86	1	266	34	26	16	22	1.95
8234198--8234245	18	2.6	18	90	3	69	41	10	0	47	1.37
8236113--8236175	30	2.1	31	82	14	78	22	7	20	49	1.75
8240263--8240772	253	2.0	253	98	0	977	21	19	15	43	1.87
8243883--8243922	20	2.0	20	95	0	71	65	0	2	32	1.06
8244007--8244055	7	7.0	7	100	0	98	42	42	0	14	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8244473--8244550	27	2.9	27	90	0	120	24	23	26	25	2.00
8244482--8244568	27	3.2	27	86	3	104	25	25	27	21	2.00
8249456--8249552	42	2.3	42	91	1	151	39	13	24	22	1.90
8253607--8253702	49	2.0	49	93	0	165	53	15	0	31	1.43
8253814--8253866	17	2.8	18	81	13	63	0	32	0	67	0.91
8253810--8253866	20	2.8	21	74	17	57	0	31	0	68	0.90
8254008--8254069	27	2.3	27	91	0	97	29	24	19	27	1.98
8272182--8272264	29	2.8	30	77	3	96	26	24	12	37	1.90
8272367--8272442	33	2.3	33	82	15	95	26	25	17	31	1.97
8273869--8273904	15	2.4	15	100	0	72	27	36	5	30	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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