genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.26.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr4
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  30015117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8630719--8630831	55	2.0	56	93	1	192	47	13	8	30	1.73
8638743--8638777	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
8638924--8639033	45	2.6	44	81	8	131	31	29	5	33	1.80
8639012--8639065	16	3.4	16	94	0	90	31	35	0	33	1.58
8641205--8641351	43	3.4	44	75	10	126	42	18	17	21	1.90
8644415--8644441	13	2.1	13	100	0	54	48	0	14	37	1.45
8646151--8646248	49	2.0	49	91	0	160	30	14	10	44	1.78
8652804--8653023	51	4.2	51	81	8	262	33	14	23	28	1.94
8652898--8653022	58	2.2	58	94	0	214	32	15	26	26	1.95
8653174--8653210	9	4.1	9	89	0	56	48	13	10	27	1.75
8653895--8653920	5	5.2	5	100	0	52	23	19	19	38	1.93
8654010--8654035	5	5.2	5	100	0	52	19	19	19	42	1.90
8654051--8654076	7	3.7	7	100	0	52	42	11	30	15	1.82
8654802--8654860	29	2.0	29	86	0	82	20	11	37	30	1.89
8655529--8655610	42	2.0	42	100	0	164	41	14	9	34	1.79
8662281--8662328	25	1.9	25	82	0	60	22	25	4	47	1.69
8662587--8662685	29	3.3	29	64	8	81	26	26	15	32	1.95
8662579--8662756	61	2.9	61	91	0	275	26	24	15	33	1.95
8662554--8662785	61	3.8	61	86	4	254	26	25	13	34	1.93
8667662--8667697	13	2.8	13	82	0	54	50	0	5	44	1.25
8668323--8668408	25	3.4	25	75	4	84	27	24	19	27	1.99
8671105--8671223	54	2.2	54	81	0	139	29	17	15	37	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8671067--8671474	28	14.7	28	67	10	156	28	19	18	33	1.95
8671176--8671359	56	3.3	55	77	6	172	28	19	20	32	1.96
8671064--8671467	84	4.8	84	71	10	247	28	19	18	33	1.95
8671390--8671476	30	3.0	28	75	12	79	28	14	17	39	1.89
8680285--8680368	42	2.0	42	83	4	107	51	5	5	36	1.51
8680513--8680571	6	9.8	6	100	0	118	16	0	0	83	0.66
8684681--8684705	13	1.9	13	100	0	50	44	8	0	48	1.32
8687084--8687290	26	7.5	26	69	12	110	24	17	21	36	1.95
8687084--8687290	29	7.5	29	71	12	141	24	17	21	36	1.95
8687215--8687303	29	3.2	28	69	12	69	29	16	20	33	1.95
8691145--8691207	25	2.5	26	87	7	87	17	23	19	39	1.92
8694526--8694568	14	2.7	15	83	16	52	41	2	0	55	1.12
8699921--8699973	25	2.1	25	100	0	106	30	0	11	58	1.33
8701247--8701364	50	2.3	50	85	5	148	33	16	13	37	1.87
8703526--8703552	12	2.2	12	100	0	54	29	7	22	40	1.81
8703920--8703958	19	2.1	18	85	4	51	33	12	0	53	1.39
8705438--8705480	21	2.0	21	90	0	68	46	4	2	46	1.36
8706303--8706429	38	3.3	38	71	18	134	56	2	1	39	1.22
8706301--8706441	35	3.8	36	74	16	142	56	2	1	40	1.20
8706268--8706436	79	2.1	81	96	3	315	55	3	2	38	1.33
8709908--8709943	18	2.0	18	88	0	54	52	0	8	38	1.32
8711367--8711468	49	2.2	47	80	7	118	30	17	7	44	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8712996--8713170	42	4.2	42	83	2	174	42	17	22	17	1.88
8712999--8713121	21	5.9	21	64	3	68	43	19	21	15	1.88
8712996--8713167	84	2.0	84	80	2	193	42	17	22	17	1.89
8720229--8720257	15	1.9	15	100	0	58	68	0	3	27	1.05
8720270--8720316	23	2.1	23	85	14	64	57	0	8	34	1.29
8720245--8720309	14	4.6	14	74	16	55	60	3	6	30	1.37
8727541--8727716	93	1.9	93	80	6	205	29	18	23	28	1.98
8727638--8727741	44	2.4	44	81	0	118	30	22	20	26	1.98
8727631--8727783	44	3.5	44	75	5	112	31	20	20	27	1.98
8728183--8728221	20	1.9	19	85	10	51	46	25	5	23	1.73
8731093--8731117	13	1.9	13	100	0	50	64	0	4	32	1.12
8741162--8741209	25	1.9	25	83	8	62	58	0	10	31	1.32
8745010--8745060	26	2.0	26	100	0	102	21	11	15	50	1.76
8746282--8746352	28	2.5	29	90	2	108	36	12	0	50	1.41
8747131--8747214	27	3.1	27	87	1	125	16	29	28	25	1.97
8747273--8747370	29	3.5	26	82	12	115	52	0	11	36	1.38
8747273--8747370	28	3.5	28	87	6	137	52	0	11	36	1.38
8750700--8750726	10	2.7	10	100	0	54	81	0	7	11	0.87
8750787--8750851	32	2.0	32	93	0	112	40	18	21	20	1.92
8750994--8751038	19	2.3	20	88	7	67	53	11	8	26	1.65
8760857--8760929	37	2.0	37	86	2	103	31	21	0	46	1.52
8761263--8761306	23	1.9	24	90	9	74	22	22	0	54	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8761617--8761645	15	1.9	15	100	0	58	27	20	6	44	1.77
8762220--8762245	13	2.0	13	100	0	52	30	0	30	38	1.58
8763993--8764071	41	1.9	41	89	5	124	24	17	26	31	1.97
8766466--8766650	51	3.6	51	82	0	208	24	24	8	42	1.83
8768413--8768722	158	2.0	158	88	0	467	30	23	15	30	1.95
8774525--8774857	167	2.0	166	99	0	657	31	16	16	35	1.91
8777925--8778000	29	2.5	30	83	10	93	31	5	11	51	1.61
8777922--8778000	31	2.6	31	82	9	101	31	5	11	51	1.59
8785172--8785204	16	2.1	16	94	0	57	27	3	24	45	1.68
8790625--8790657	17	1.9	17	100	0	66	72	3	0	24	0.98
8790615--8790657	19	2.2	20	84	12	54	74	4	0	20	1.00
8793354--8793379	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
8793586--8793630	19	2.6	18	82	10	58	60	0	0	40	0.97
8793801--8793932	49	2.6	49	79	9	131	59	9	3	28	1.45
8793821--8793932	49	2.2	50	82	7	138	58	8	2	30	1.43
8793821--8793963	49	2.8	49	76	14	130	58	7	2	30	1.40
8794084--8794114	15	2.0	16	93	6	55	35	0	32	32	1.58
8803010--8803102	47	2.0	47	91	0	150	36	10	2	50	1.49
8803637--8803696	30	2.0	29	93	3	102	58	11	3	26	1.49
8818957--8819094	44	3.1	44	85	7	190	26	14	26	32	1.95
8819184--8819325	51	2.8	51	71	0	122	27	21	25	26	1.99
8819047--8819592	264	2.1	264	95	0	984	28	18	25	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8819378--8819715	169	2.0	168	92	1	561	29	19	25	25	1.98
8819448--8819589	51	2.8	51	73	0	131	28	20	25	26	1.99
8827935--8828294	150	2.4	150	90	0	515	25	18	32	23	1.97
8827935--8828244	50	6.2	50	96	1	559	24	19	34	22	1.97
8827966--8828351	50	7.7	50	89	3	177	26	19	30	23	1.98
8831793--8831843	25	2.0	25	84	3	66	45	9	13	31	1.76
8839276--8839304	12	2.3	13	94	5	51	65	6	6	20	1.40
8846036--8846166	39	3.4	39	86	4	183	44	20	3	31	1.69
8856578--8856723	72	2.0	73	98	1	285	48	8	8	34	1.64
8869689--8869730	13	3.2	13	82	0	57	33	21	4	40	1.74
8869630--8869730	51	1.9	54	82	9	129	32	17	4	44	1.71
8870795--8870954	43	3.7	43	93	0	259	23	30	15	31	1.95
8871077--8871169	30	3.1	30	77	1	114	50	15	6	27	1.68
8872287--8872529	45	5.4	45	80	6	215	22	16	13	48	1.80
8889712--8889743	15	2.1	15	100	0	64	21	12	18	46	1.82
8892476--8892517	23	1.9	22	85	9	59	9	28	2	59	1.41
8906745--8906779	17	2.1	17	88	0	52	40	2	2	54	1.30
8909108--8909156	15	3.3	15	76	21	50	51	2	2	44	1.24
8909716--8909763	23	2.1	23	84	7	62	45	0	6	47	1.27
8913457--8913622	42	4.0	42	90	4	248	25	16	27	30	1.96
8930938--8931020	33	2.5	32	84	5	103	13	25	20	40	1.88
8930959--8931033	33	2.3	33	86	4	98	20	28	13	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8931109--8931138	7	4.3	7	91	0	51	26	26	3	43	1.70
8939317--8939368	22	2.4	22	80	0	59	48	19	15	17	1.82
8939360--8939495	32	4.3	32	86	4	177	38	19	19	22	1.94
8939494--8939554	26	2.3	26	88	0	86	36	24	21	18	1.95
8939670--8939803	24	5.6	24	82	3	135	44	19	6	29	1.76
8939670--8939803	48	2.8	48	81	0	151	44	19	6	29	1.76
8939824--8940326	54	9.3	54	83	2	562	26	22	18	33	1.96
8939824--8940326	27	18.6	27	81	5	507	26	22	18	33	1.96
8940251--8940342	27	3.4	27	82	5	114	20	19	19	40	1.92
8941542--8941583	20	2.1	20	100	0	84	33	19	9	38	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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